Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsMH63_02G0436800 | OGI:02048710 | 16/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr02:28229686-28236641 | ||||||||
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| Function | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 [UniProtKB/Swiss-Prot:P10978] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| Protein seq | MGTMATNYFKELFTKDPNLVPANVANLFAPQVSSATNEALCADFSEEQISTALFQIGPIKAPGPDGFPARFFQRNWGLFKDNIVQAVKKFLDTGQMPEGVNHTTIVLIPKVDQPVEMKDFRPISLCNVLYKIVSKCLVNRLRPLLGDIISPNQSAFVQGRMITDNALIAFECIHHIQQVKRPDNSFCAYKLDLSKAYDRVDWCFLEQAMHKIGFSNRWITWIMACVSSVRYSVKFNGTLLEAFAPSRGLRQGDPLSPFLFLFVADGLSALLKEAVQNGEITPVKVCRRAPGVSHLLFADDTLLFFKANSDQANMVKNVLESYAASTGQLINPQKCSILFGHACPEELQEEVKNVLQRTILSQGGKEVMIKAIAQAIPVYVMGVFKLPDGVCEELTKIIRNFWWGSDNGKRKVHWKAWSQLTKSKNAGGLGFRDMKAFNQALLARQAWRLIDNPVSLCARVLKAKYYPNGCLMDTVFSGNASPTWRAIEHGLELLKEGLVWRIGNGTRVRIWRDPWIPRSSTRKVITSQGRCRIKWVADLLDANTNWNEQLVRQIFLPMDADAILSIRTSRQGEDDFLAWHLEKSGIFTVKTAYRLAIENKLNSKNSNASGSSIEGSKSLWNTIWSCPVPPKVRIFAWRVASDCLATRVNKKGRRLEALDTCTLCGTESETAFHALCRCTYARALWAALREVWQIPDQTTWTYQGTKWLLLTLVKLSEMERMFILMLLWRIWHVRNEVVHDKRHAPIEVSKRFLVSYVDSLLGIRQHPTKDIHKGKGVICYQLPNSSRQGGSERQTRLGSGQAGIGMILRNSEGEAIFTGRQAIANCVDALESELLACKFGLALALHWSILPIILETDSILAVSAINGKTEDKSRFAYLIPANSPSPAGAAVCRRRFTAKQPPPIHIYPLLHCPFHRRLVGYRTPARFVVDRRRRRRRRDFALTRVGLQLRSRAGTSSNSPSAAVCALDHLHRCWLAAQVEALFLPLPAAVLPLLLSASRKSEEEALCYQIKDQTQVAELLVIFGLYNCFDISWCQMEFLVPIHVLVNSQIQIVSLDLMILHALCKIATQELSLAPDIVRKDPQLLSIKAFLVPSLLTLPLFAKVVNLMIHTQFSSAIRIFRSDSGGEYMSNAFREFLVSQGTLPQLSCPGAHAQNGVAERKHRHIIETARTLLIASFVPAHFWAEAISTAVYLINMQPSSSLQGRSPGEVLFGSPPRYDHLRVFGCTCYVLLAPRERTKLTAQSVECVFLGYSLEHKGYRCYDPSARRIRISRDVTFDENKPFFYSSTNQPSSPENSISFLYLPPIPSPESLPSSPITPSPSPIPPSVPSPTYVPPPPPSPSPSPVSPPPSHIPASSSPPHVPSTITLDTFPFHYSRRPKIPNESLPSQPTLEDPTCSVDDSSPAPRYNLRARDALRAPNRDDFVVGVVFEPSTYQEAIVLPHWKLAMSEELAALERTNTWDVVPLPSHAVPITCKWVYKVKTKSDGQVERYKARLVARGFQQAHGRDYDETFAPVAHMTTVRTLIAVAATRSWTISQMDVKNAFLHGDLHEEVYMHPPPGVEAPPGHVFRLRRALYGLKQAPRAWFARFSSVVLAAGFSPSDHDPALFIHTSSRGRTLLLLYVDDMLITGDDLEYIAFVKGKLSEQFMMSDLGPLSYFLGIEVTSTVDGYYLSQHRYIEDLLAQSGLTDSRTTTTPMELHVRLRSTDGTPLDDPSRYRHLVGSLVYLTVTRPDIAYAVHILSQFVSAPTSVHYGHLLRVLRYLRGTTTQCLFYVASSPLQLRAFSDSTWASDPIDRRSVTGYCIFLGTSLLTWKSKKQTAVSRSSTEAELRALATTTSEIVWLRWLLADFGVSCDVPTPLLCDNTGAIQIANDPIKHELTKHIGVDASFTRSHCQQSTIALHYVPSELQVADFFTKAQTREHHRLHLLKLNVVDPP
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0065475 | 0.01762 | 0 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0818601 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g44460 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0818601 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0036630 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0036570 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0036200 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0020890 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0434200 | SBH | 0 | 0.030668 | 0.2700225 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0464600 | SBH | 0 | 0 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0036420 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0036250 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0036480 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0036070 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G021240 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
