Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsMH63_02G0299100 | OGI:02052190 | 3/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr02:19176000-19198180 | ||||||||
Gene Symbol | - | ||||||||||
DNA seq | 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More
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Function | Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7LHG5] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsMH63_02G0299100 | OsMH63_02T0299100-mRNA-1 | Chr02 | 19176000 | 19198180 | + | maker | ||
CDS seq | ATGACGAAGCCGCCATCCAAGATGGAGTTGGAGCCATCCAATATGATACCGGTCACATTGGATGATTTCGAAGGAGAAGACCGCAAAGCTATGGAGGAATACATCAACGAACTCACACGGGAGGCGTTGATGAGGGCAAGCACTAGGACTCGTCAAGGCGTGATCATCAAGCCCAGGCCACGTCCTAAGCTCGCCCCCGATTTGGTAAGTAATGGTGAGGTAACACAATCTATCCAACAACAAGTAGCATCTATAATAGATTCATCTATAATTGCTTTTAAAGATAAAACATTTGATCCCTCTGTATCTACTGCTGCAAATAATCCCCAAGCTAACCCACATATTCCTAATGCTTATAATGATGTTGCTAGGGGGTATCCTCCCGATACTAGACAAGGCCAATATAATCATATTGCGTCACAAACACAACCTATTAGGCCACCAAATCCACCGCCAAATCAACATGGACCTAATAATATGGAGGATATAATTAGTGAGATTATTAGGAATAGATTCGGGATTGAAACTAGGAATCGTGCTAGAGTTTACAAAAAGCCGTATCCTGATTATTATGATAATGTGCCGTTTCCCCGTAATTATAAAGTTCCCGAATTTACCAAGTTTAGTGGTGAGGATAGATTTAGGGATGTTAAAAACCGATGTTATAGCTTGAATATAACTGATAGAGATTTGGCTGGTCTTGCTTTTAATGTTTTAATTGCTCCTCTTAGAGAAAGACTAGATGGCCAACAATTTCTTGATGTTAGTCAACTTATGCAAAGGGCTCTGGCTCAAGAAAGCCGGGTTAAGGATAATAAAAAACTTCTTAGATCATATGACAAAAAGCCTAATGTTAATGTGATTGATTACCCTGAGGCTAGTGATAGTGAAGAGGAGGGTGATCATGATATATATGTTACTGAATGGTCATGGACTAACAAAAACAAGCCTTTTGTTTGCTCTAACCTAATGCTGACTCCTCGCAAAGATCGGCAAAGTGAGGTTCAATCGGCCATAGATGAAGGACGATTGAAATTCACCGATGGCTCTAAGATGAAGCTTGATCATGATCCTTTTCCGGTGAATACGATTAATTTCAATGATAAGAAGGTGTTGATCCGGCCGAAGCAAGCCGAATCTACTAAGGGAAAAGGAGTGGTCATTGGCGAGCCAAGACCTAAGATGATAGTGCCAAAGAAGCTGGAGATTGGCGTTTGGAAGGAGAATAAGAGTGAAGCTTCAACTTCTAAAGCCCCTACGAAGACCAAAGTGACTTTTGATATGCTTTTGGAGAAGTATGAGAAGCAAGGTGGTGAGAAGGCTCACAACAAAGGAAAAAGACCAAGATCACCTCCTAGGGAGCGATTTGGTCATTCACCGAGACGATCGCATTCACCTCCATATCATCATCTACAAGACATGTCATGGGGTTCTTATTCAATGCCGCCGCCGGGTTATCCTTATCCTTATTATATGCCATGGGGGGCAACACCGCCAATGTTCAACCATATGCCTCCAATGCAATTCAACCAAGGGTGGGGTGGACCAAGAAGGCCAATTCATGAGCGTTTGTCTTCACCACACAATGGCCGGTTTTATGGTAGGAACCGGGCCAATGAAGAAAAGAGGGAAGGAAAGCGCATCAAGGTGGAGGCAAGGACTTCGGAAGTATTTATCATCAAAGTGGGGTCTCATGATGTGCCAATACCTTCTAGAGATGAAGTTGGAGAGTCCTCAAGCAAAAGGTCCGAAGCCGGTACCAGCTCATCGCAGTCAGCCGGTCTGACCAGGCCTTCTAGCCGGTCTGACCACAGCCATACGGCCGGTCTGACCGGGCCATCAGGCCGGTCTGACCGCCGACCCGATAGCGGTCCGACCGACGCCTCAAGCCGATCTAACCGTGCGCCAAATTTTTGTGCTATGGATGAAGCCGGGGTTGCTCAATTCTCATTAGGTCCTAAAGACGCGGTTTTCGAGAAGCCCGATGAGTCAAACCGTCACATGAAGCCTCTTTATCTCAAAGGCCATGTTGATGGGAAGCCGGTCTCTAGGATGTTAGTGGATGGAGGTGCCGCCGTGAACTTGATGCCGTATTCATTACTCAAGAAGTTGGGGCGTGAGGATGATGAGTTGAAGAAGACCAACATGATTCTCAATGGCTTCAATGGTAAACCAACGGAGGCAAAGGGTATCTTTTCGGCGGAGCTCACCATGGGAAATAAGATGCTACCAACCGCTTTCTTCATCGTCGATGTGCAAGATTTTGATGAAGTGGAGAAGCTTGGACAAGGGTTTACATCGGCCGATCCATTGGAGGAAGTAGACATAGGTGATGGAACCAAACCAAGGCCGACTTTTGTAAACAAAAATATGAGAGCCGATTATAAGGTTAAGATAATCGAGCTACTTAAAGAATATGTTGATTGCTTTGCATGGGAATATCATGAGATGCCGGGTCTTAGCCGTGAGCTTGTTGAGCATCGGCTTCCAATTAAACCGGGTTTTAGGCCTTATAAGCAACCACCTCGTCGTTTTAATCCTTTGCTATATGACCGAGTCAAAGAGGAGATTGATCGGTTGTTGAAGGCGGGGTTTATTAGGCCATGTCGTTATGCAGAGTGGGTTTCTAGCATAGTCCCGGTGGAGAAGAAGGGGAGTGGTAAGATTAGAGTCTGCATAGATTTTAGAGATTTAAATAAAGCCACTCCCAAAGATGAGTATCCTATGCCTATAGCCGACATGATGATTAACGATGCCTCGGGTCATAAGGTGATTAGCTTTCTAGATGGTAATGCCGGCTACAATCAAATCTTTATGACGGAAGAGGATATGTACAAAACGGCTTCTAGGTGCCCGGGATTTGTTGGTTTATTTGAGTGGGTTGTCATGACTTTTGGATTGAAGAACGCCGGTGCAACATATCAAAGGGCAATGAATTTGATCTTTCATGATTTGCTAGGTATTATCTTAGAGATCTATATTGATGATATTGTTGTCAAATCGGATGGAATGGAAGGACACATAGCCGATTTGAGGTTAGCTTTTGAGAGGATGCGCCGGTATGGTTTAAAGATGAACCCACTTAAGTGTGCCTTTGGTGTGTCGGTAGGGAAGTTCTTAGGATTCATGGTGCATGAGAGAGGGGTTGAGATTGATCCTAAGAAGATAGAAAAGATTCGTGATTTCAAAGCGCCGACATGCAAGAAGGAGGTTCAGAAGTTGCTAGGGAAGGTGAATTATTTGAGGAGGTTTATTTCTAATCTAGCGAGTAAAATCGATGCTTTTGTTCCTATACTTCGCTTGAAAAAGGAAGCCGATTTTACCTGGGGGGCAAAACAACAAGAGGCGTTTGAAGAGTTGAAGAGATATTTGTCTACTCCACCCGTTGTACATATTGCTAGGTGTGATAATTCTAGAGCAAATGACTTGGCACAACAAGCATCTGGCTATAATGTGAAGAAGGGATTATTTCTGATATTAGAGGAGCCGGTGCTTGCTTTTAAATCTTTGTGCGAAATTGGCAAAACTGGGGACCAGGGGCGGTCTGACAGGCATTGTGTGACCGGTCTGACCGGTGACCAGGGGCGGTCTGACCGGCCACATGCCGCCGGTCTGACCGGCAACCCCGAGCGAGGATGCGAGGCTTGTCAACGGTTCGGCAATATTCAATTGGCACCCGCCGCCGTGTTGAACCCTATAATCAAACCATGCCCGTTCCGAGGATGGGCTTTGGATTTCATTGGTCAAATTTATCCTTCGTCATCAAAGGGGCATAGGTTCGTGCTAGTTGCTACGGATTACTTCACCAAGTGGGCCGAAGCCGTGCCGTTGAAGAATATGACTCATACGGAGGCTAATGGACAAGCCGAGTCGAGTAATAAAACATTGTTGAAGTTAGTGAAAAAGAAGATTGAGGAATACCCAAAGAAGTGGCATGAGATGCTTTCTGAAGCATTGTGGGCACATAGGATATTTAAACATGGTGCCACTAAAGTCACTCCTTTTAAGTTGGTTTATGGTCAAGAAGCCGTTTTACCGGTGGAGGTAAATCTTGGTTCTCTTCGTTATATCAAGCAAGATGATTTGTCAAGTGAAGATTACAAGACATTGATGGGAGACAACCTTGATGAAGTCATCGACAAGTGCTTGAAGGCATTGGAAGAAATAGAGAAAGAGAAGAAGAAGGTGGCCAAGGCATACAACAAAAGGGTGAAAGCAAAGTTGTTTCAAGTTGGAGATTTTGTTTGGAAGACAATTTTGCCTTTGGGTACTCGATCCAAGGAGTTCGGTAAGTGGTATCCTAGTTGGGAGGGTCCTTATCGAGTATGCGGTATTGTTCGAGGAAACGCATATTTTTTGGAGATACTTCAAGGGGAGCGTTTTCAATTCACGTTGTTCATCAAAAAGGCAGGGGGGCATGTGTTTACACCCAAATTTGGCACCTAG
More
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|||||||
Protein seq | MTKPPSKMELEPSNMIPVTLDDFEGEDRKAMEEYINELTREALMRASTRTRQGVIIKPRPRPKLAPDLVSNGEVTQSIQQQVASIIDSSIIAFKDKTFDPSVSTAANNPQANPHIPNAYNDVARGYPPDTRQGQYNHIASQTQPIRPPNPPPNQHGPNNMEDIISEIIRNRFGIETRNRARVYKKPYPDYYDNVPFPRNYKVPEFTKFSGEDRFRDVKNRCYSLNITDRDLAGLAFNVLIAPLRERLDGQQFLDVSQLMQRALAQESRVKDNKKLLRSYDKKPNVNVIDYPEASDSEEEGDHDIYVTEWSWTNKNKPFVCSNLMLTPRKDRQSEVQSAIDEGRLKFTDGSKMKLDHDPFPVNTINFNDKKVLIRPKQAESTKGKGVVIGEPRPKMIVPKKLEIGVWKENKSEASTSKAPTKTKVTFDMLLEKYEKQGGEKAHNKGKRPRSPPRERFGHSPRRSHSPPYHHLQDMSWGSYSMPPPGYPYPYYMPWGATPPMFNHMPPMQFNQGWGGPRRPIHERLSSPHNGRFYGRNRANEEKREGKRIKVEARTSEVFIIKVGSHDVPIPSRDEVGESSSKRSEAGTSSSQSAGLTRPSSRSDHSHTAGLTGPSGRSDRRPDSGPTDASSRSNRAPNFCAMDEAGVAQFSLGPKDAVFEKPDESNRHMKPLYLKGHVDGKPVSRMLVDGGAAVNLMPYSLLKKLGREDDELKKTNMILNGFNGKPTEAKGIFSAELTMGNKMLPTAFFIVDVQDFDEVEKLGQGFTSADPLEEVDIGDGTKPRPTFVNKNMRADYKVKIIELLKEYVDCFAWEYHEMPGLSRELVEHRLPIKPGFRPYKQPPRRFNPLLYDRVKEEIDRLLKAGFIRPCRYAEWVSSIVPVEKKGSGKIRVCIDFRDLNKATPKDEYPMPIADMMINDASGHKVISFLDGNAGYNQIFMTEEDMYKTASRCPGFVGLFEWVVMTFGLKNAGATYQRAMNLIFHDLLGIILEIYIDDIVVKSDGMEGHIADLRLAFERMRRYGLKMNPLKCAFGVSVGKFLGFMVHERGVEIDPKKIEKIRDFKAPTCKKEVQKLLGKVNYLRRFISNLASKIDAFVPILRLKKEADFTWGAKQQEAFEELKRYLSTPPVVHIARCDNSRANDLAQQASGYNVKKGLFLILEEPVLAFKSLCEIGKTGDQGRSDRHCVTGLTGDQGRSDRPHAAGLTGNPERGCEACQRFGNIQLAPAAVLNPIIKPCPFRGWALDFIGQIYPSSSKGHRFVLVATDYFTKWAEAVPLKNMTHTEANGQAESSNKTLLKLVKKKIEEYPKKWHEMLSEALWAHRIFKHGATKVTPFKLVYGQEAVLPVEVNLGSLRYIKQDDLSSEDYKTLMGDNLDEVIDKCLKALEEIEKEKKKVAKAYNKRVKAKLFQVGDFVWKTILPLGTRSKEFGKWYPSWEGPYRVCGIVRGNAYFLEILQGERFQFTLFIKKAGGHVFTPKFGT
More
|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0 | 0.002549 | 0 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g30160 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_06G0344300 | SBH | 0 | 0 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0316300 | RBH | 0 | 0.039885 | 0.010817 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |