Basic Info

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Function Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein [UniProtKB/Swiss-Prot:Q99315]

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsMH63_01G0462300 OsMH63_01T0462300.1 Chr01 29597918 29608899 - maker
CDS seq

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GGCGCGCGGACCGGGTCCATGGGAAGTGGGGCCCACGCGTCAGCCCCACGGTCCACGGTGGACCGGGCGCACGCGGCTGGCGGCGGTCGGCGCCGTGGGTCCCGCGCGTCAGCCGCACCCGCGGGCGCGGGCGGCTGACGGCCGGGCCCACCTGGCAGCCGCGAGGGCGCGCCCGAAGGCGGCCTCGCCGGCACGGCCGACGGGAGCGGCGCGCCCGCGCCCCGATGGTCACCGCCGGCGACCATCGGCGCGGCGGAGCGGCGCCCGAGAGAGAGGAGGGAAGGGGAAAGGCGAACGGCGGTCCTCGGCTCACCCCGGGGCAACGACGACGACGAGAACGGCGGCCGGAGCGGAGGGAGACGGCGGCGCGGCTCGGGATGACGATGACGACGACGCTCCGACGGTCGGCGGGCGAAGCGGAGCGGCGGACGGGGTCGACGGGGATGCGGCGATGCCGAGGGAGGTGTCGCCGAGTCGGGAGGAGATCCGGAGCGGCGACGGCGGCGGGACGGAGCTCGGCGGCGACGGCGGAGGGAGAGGAGCACGGCGCGAGCACGAATCCGACGGCGGGAGCAAGCGGCGAGCGGCGGAAACGGAAGAGCGGAGCACGGGGACCGTTTTTATAGCGACGGGAGAAGGAAAGCGTGGCCGGAGAGGAAGGAAACCGGCCGCGGAGAATCCGGCCGCCATTGATTGCGCCGGCGAGGGTTTCGGGAAGGAAATCGGACGAATCCGAGGGAGAGAGAGAGGGGAAAGAGGGGGAAACGGGAGAGGGAATCACGGGGAGTGA

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Protein seq

MQQQSQGAVQQRPWADVIADVMREQFGLKPKETGSLYRQPYPKWFERVPLPNWFKVPNFSKFSGQDGVSTYEHISRFLVQCGEASAVDALRVRLFQLSLSGSAFSWFSSLSYGSINSWADLEKQFHSYFYSGVHVMKLSDLTVIKQWHDEPVHEYIQRFREMRNKCFSLSLTDAQLADLAFHGMIAPIKEKFSSEDFDSLSYLIQKVTLHEHRSVEARKSSKKVNHVCPYIYGSDDDEDDSEIAAAEWVRSKKADKIFDLLLREKHIQLPADHIIPSDEELGKKRYCKWYNSGSHITNDCKVFRQQIQAAIEEGKIKFDDSKRPMKVDGNPFPVNMVHTAGQTADRGRVRGFQMKSAKIINKYQRKYDKQQEKHYEADDDGFDPHWSCEFFRFCWNESMRLPSIEDCPECSDIAENSSRSYGRGSRLRQTRVPVHQRLGPVNQDHDQEDNEIRKNQWCPSGIFTKNQKRRVQRLRKRERFQEVPVANEAAADEAKRLAKGKSVVTASINMVFTLPAEFGSKQADVDEVEEESAKLILSPEQAVFEKPEGAENRHLKPLYINDYVNGKPMSKMMVDGGAAVNLMPYATFRKLGRNAEDLIKTNMVLKDFGGNPSETKGVLNVELTVGSKTIPTTFFVIDGKGSYSLLLGRDWIHANCCIPSTMHQCLIQWQGDRIEIVPANSQLKMQSPNCYFEGVVEGSGVYVKDTVDDLDDKQGQGFMSADDLEEIDIGPGDRPRPTFISKNLSAEFRTKLIELLKEFRDCFTWEYYEIPGLSRSIVEHRLPIKPGVRPHQQPPRRCKADMLEPVKAEIKRFVVHVIKKNSKVRVCIDFRDLNKATPKDEYPMPVADQLVDATSGNKILSFMAGNARYNQIFMAEEDIHKTAFRFPGAIGLFEWVVMTFGLKSAGATYQRAMNYIYHDLIGWLVEVYIDDVVVKSKEIEDHIADLRKVFERTRKYGMKMNPTKCAFSVSAGQFLGFLVHERGIEVTQSSVNAIKKIQPPENKTELQEMISKINFVKRFISNLPGRLEPFTPLLRLKADQQFTWGAEQQKALDNIKEYLSSPPVLIPPQKGIPFILYLSAGEKSIGSVLIQELDGKERVVFYLSRRLLDTETRYSPVEKLCLCLYFSCTRLRNYLLSNECIVICKADVVKYMLSAPILKGRVRKWIFSLTEFNLRYESSKAIKGQAIADFIVEHRDDSIGSVEMVPWTLFFDGSVCTHGCGIDLVIISPRGACFEFTYTIKPYATNNQAEYEAVLKGLQLLKEVEADAIEIMGDSLLVISQLAGEYECKNDTLMVYNEKCQELMKEFRLVTLKHVSREQNIEANDLAQGASGYKPMIKDVKVEIAAMTADDWRYDVHQYLQNPSQSASRKLRYKALNYTLLDDELYYRTIDGMLLKCLSVDQAKVTVGEVHEGICGTHQSAHKMKWLLRRAGYFWPTMLEDCFRYYKGCQDCQKFGAIQRAPASAMNPIIKPWPFRGWEIDMIGSIFMSDEFVQFANSVGIKLLNSSPYYAQANGQAEASNKSLIKLIKRKISDYPRQWHTRLAEALWSYRMACHGSIQVPPYKLVYGHEVILPWEVRIGSRRIELQDDLTADEYDNLMANEREDLVQSRLRALAKVTKDKERVARHYNKKVVPKTFSEGELVWKSILPIGTRDNKFGKWVNKPRERARGPGPWEVGPTRQPHGPRWTGRTRLAAVGAVGPARQPHPRARAADGRAHLAAARARPKAASPARPTGAARPRPDGHRRRPSARRSGARERGGKGKGERRSSAHPGATTTTRTAAGAEGDGGAARDDDDDDAPTVGGRSGAADGVDGDAAMPREVSPSREEIRSGDGGGTELGGDGGGRGARREHESDGGSKRRAAETEERSTGTVFIATGEGKRGRRGRKPAAENPAAIDCAGEGFGKEIGRIRGRERGERGGNGRGNHGE

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0 0 0.000931

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os01g48490 SBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os01g0825332 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_01g0034311 SBH 0.043118 2.382331 1.872674
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_01g0033831 SBH 0.076553 2.436650 1.151488
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_01G0362100 SBH 0 0 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_01g0033031 SBH 0.043880 0.160660 0.697742
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_01G0450900 RBH 0.003335 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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