Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_08g0006880 | OGI:08020990 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:6910515-6932222 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Protein FORGETTER 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:F4IF36] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_08g0006880 | OsLima_08g0006880.02 | Chr08 | 6910515 | 6931867 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggccggcggcggcggcggcggcggctccccctcgccggtagccgcctcggcggcccccgtgcaggtgcgctgcgccggatgccgcggcgtcctcgccgtggcccccggcatgaccgagttcatctgCcccaagtgccgcatggcgcagcgcctcccccccgagctcatgcccccttccccgcccaaggcctcccctactccgccgcctcagccacagcctcatcctcagcttcagccgCcgcctcctcctgctcctctccctcccccttcccgccgctccgcgccgcgagcgcagggcgtggaccccacgaagatccagctgccgtgcgcgcgctgcaaggccatcctcaatgtgccccatggcctcgctcgcttccgctgcccccagtgcgacgtcgacctcgccgtcgacctctccaaactccgcaatttcctcgccacggccggtccaggcttcgcccctccgcttccgcttccgccgccgccaccaccgccgatgccgcccatcccgctgccgcacatgcccttcctcccgatgatgccacatgttccggtgccgatgccgccgatggcatcgcccgctgaattgcccgaggagattaatgaggttgcagttgatgttgagcgtgaggaagatgaaggtggtactgtcggggaaacttttatggattacaggcctcccaagctatctcttggtcttcctcatccagaccctgtggtagaaacttcatctttgtctgcagtgcaacctcctgaacctacatatgacttgactattatggatgaattggatgagaccaaggtgttatcttgcttacaaattgaaacgatagtgtatgcttctcagaggcacctttatcatctgcctactggtgctagagcaggtttctttattggcgatggagctggtgttggtaaaggccgaacgattgctggattgatctgggaaaattggaaacagggaaggcataaggcattgtggatttccattggttcagatctgaaatatgatgctcgcagagatttggatgatgttggtgcaaaatatgtggaagtgcatgctttaaataagctaccatattctaagatagactctaaggccgttggaatcacaactggagttatttttgtaacttatagcagcttgatagcatcctctgagaaaggccgttcccgtttgcagcaattgatagagtggtgtgggtctgagttcgatggtcttctggtgtttgatgaggtaaagaagactctggaaatgttacctgaagctcgggtggtttactgctcagcaactggtgcatcagagcctcgaaatctgggttatatggttcgccttggtctctggggagatggaacatcatttcagaattttcagaaatttctaggtgctcttgagaaaggtggtgtgggtgctcttgaacttgttgctatggacatgaaagccagaacgctaagttataagggtgctgcttttgctaccgtggaagctcctctagaggaaagaatgatgaatatgtataggaaagcagctgaattttgggccgagttgcgtgttgaactcctttcagcaattgaatattatgcagaagacaagggtaattcatctcagatttggcggttatactgggccagccatcagcgtttctttaggcatatgtgtatgtcggctaaagtacctgctgttgtgagattagtgaaagaagccttagcagaagaaaaatgtgtggtgattgGTGATGAAAAAGTTGCAGAGGTTCAGCGTAAGCGGCACTATGGACCTGATGAtgtatgctttaaaggacgagctaggaaactcgcaaaaatggaagatgaaagtgatgatggaactgatgaatattctctacttaattcatggattgatatcctcggcaaggaagaactccctgaggtcgccaaggactcgagcgtgacatcgggcaggtCccgcgtgttgagccgcgacgcgagtaggggctcacggaggagacagagaagctgcagcacaatggcggggtgcgatgtggcagcggacgcagtgaggaaggagttgagcatcagcggcgacggcggattggagagtgttgatgggaaggacaacaagcagcgagtgagggatccgacgctgctcgtcgatcgggctggctcggcgacggggagacgcaggggcagcggacttactctcatcggcaaggcggacccaggggacgggcttggcaacgacgatgtgcgtcaccttcggctggaagagtcagaccatgaatcaacagagtctgaagaggaattcaatatgtgtcagatctgcaacactgaggagttgaatgccattttaggagaaGacgatgttgctccattgtactggttgcgccgcacatgttcaccctggttgtctgattcctccttggactggtatgacactgcagtggaaagaaagtcgaatattttgcagattattcgttccttggatttgcctaacaatcctctagatgatatcattgatcagctaggtggtccttacaatgttgcagaaataactggacgtcgtggtatgctacagttcatggatggagaaaagcttgttgcaataatatcagaagcaggatcagctggtgtttctctacatgctgatcgaagggcgaaaaatcagttgaaagtggctaatacaaggcttctttttacaaatcttggaggtgaaaagcgatttgcatctattgtggcaaagagactggagtctcttggagctttgacacaaggagaccgaagagctggaccatcacttagtgctttcaactatgacagcacttatggaaagaaagccttgatgatgatgtacagaggaatactggaacaggatggtcttccagttttgccttcaggatgttctgaggatcaagctagcctccaaggattcatcactaaagcaaaagctgctttggtgtcagttggaattatcagggatgcgctaatgtgcaatggaaaaaatggaggaaagcttactggtaggatttttgattctgatctgcatgacataggccgtttcctcaatcgcattctaggcttggctccagacattcagaacaggcaaaatgcacgaagtgaaggacagcttgattccggtattgttgacatcaaagaaaaaagtgttaaaatgaaagaatcaccgaagtcggcaaatgcaatacttgaagaaaggcagaaagatggagctggttcttcagatgttggattttatgaatccagaagagaatggatgggtcgaaggcattacatgctagcatttgaaggggaaatgcctttggttgaacttaaaagcaagtacaggaaggtttcatcaattgacaaaattggcaatggttggcaggaagagtatgatgcatcatccaagcagtgtatgcatggacccaaatgcaaacttggaagctattgtacagtaggcagaaggttacaggaaatcaatattttgggtggtctaatacttcctgtctggggcatagtagaaaaggccctagctaagcaggttcgacaaattcacaagaggatacgtgtcgctcgcttggagacaaatgataatgagcggattgttggacttatgattccaaattcagctgtggaatcagtattagaaggtctgcaatgggtgcaggatattgacgattga
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| Protein seq | MAGGGGGGGSPSPVAASAAPVQVRCAGCRGVLAVAPGMTEFICPKCRMAQRLPPELMPPSPPKASPTPPPQPQPHPQLQPPPPPAPLPPPSRRSAPRAQGVDPTKIQLPCARCKAILNVPHGLARFRCPQCDVDLAVDLSKLRNFLATAGPGFAPPLPLPPPPPPPMPPIPLPHMPFLPMMPHVPVPMPPMASPAELPEEINEVAVDVEREEDEGGTVGETFMDYRPPKLSLGLPHPDPVVETSSLSAVQPPEPTYDLTIMDELDETKVLSCLQIETIVYASQRHLYHLPTGARAGFFIGDGAGVGKGRTIAGLIWENWKQGRHKALWISIGSDLKYDARRDLDDVGAKYVEVHALNKLPYSKIDSKAVGITTGVIFVTYSSLIASSEKGRSRLQQLIEWCGSEFDGLLVFDEVKKTLEMLPEARVVYCSATGASEPRNLGYMVRLGLWGDGTSFQNFQKFLGALEKGGVGALELVAMDMKARTLSYKGAAFATVEAPLEERMMNMYRKAAEFWAELRVELLSAIEYYAEDKGNSSQIWRLYWASHQRFFRHMCMSAKVPAVVRLVKEALAEEKCVVMKKLQRFSVSGTMDLMMYALKDELGNSQKWKMKVMMELMNILYSQTMNQQSLKRNSICVRSATLRRYDTAVERKSNILQIIRSLDLPNNPLDDIIDQLGGPYNVAEITGRRGMLQFMDGEKLVAIISEAGSAGVSLHADRRAKNQLKVANTRLLFTNLGGEKRFASIVAKRLESLGALTQGDRRAGPSLSAFNYDSTYGKKALMMMYRGILEQDGLPVLPSGCSEDQASLQGFITKAKAALVSVGIIRDALMCNGKNGGKLTGRIFDSDLHDIGRFLNRILGLAPDIQNRQNARSEGQLDSGIVDIKEKSVKMKESPKSANAILEERQKDGAGSSDVGFYESRREWMGRRHYMLAFEGEMPLVELKSKYRKVSSIDKIGNGWQEEYDASSKQCMHGPKCKLGSYCTVGRRLQEINILGGLILPVWGIVEKALAKQVRQIHKRIRVARLETNDNERIVGLMIPNSAVESVLEGLQWVQDIDD
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_08g0006880 | OsLima_08g0006880.03 | Chr08 | 6924448 | 6932222 | + | IsoSeq | ||
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| SE | Chr08 | 6928392 | 6928903 | + | OsLima_08g0006880.03 | OsLima_08g0006880.02,OsLima_08g0006880.03,OsLima_08g0006880.01 | All |
| SE | Chr08 | 6929021 | 6930327 | + | OsLima_08g0006880.03 | OsLima_08g0006880.02,OsLima_08g0006880.03,OsLima_08g0006880.01 | All |
| A5 | Chr08 | 6920667 | 6921456 | + | OsLima_08g0006880.02 | OsLima_08g0006880.02,OsLima_08g0006880.01 | All |
| MX | Chr08 | 6926402 | 6926843 | + | OsLima_08g0006880.03 | OsLima_08g0006880.02,OsLima_08g0006880.03,OsLima_08g0006880.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.084476 | 0.444869 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0223700 | RBH | 1.396142 | 1.888281 | 1.294322 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g12680 | RBH | 1.830850 | 1.628692 | 0.758261 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0223700 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0007270 | RBH | 0.727894 | 5.833415 | 5.371536 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0007340 | RBH | 0.440297 | 3.591059 | 4.402268 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0007440 | RBH | 1.731028 | 2.838061 | 9.524438 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0007420 | RBH | 0.200588 | 0.198152 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0007230 | RBH | 6.176594 | 11.002342 | 13.338172 |
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| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0111800 | RBH | 6.8872145 | 17.1067885 | 19.957277 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0025810 | RBH | 0.434930 | 0.245744 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0006960 | RBH | 0.387085 | 2.801733 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0006820 | RBH | 1.755230 | 7.057676 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0007450 | RBH | 1.036679 | 0.837013 | 1.044951 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0006910 | RBH | 0.143040 | 2.105605 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G007210 | RBH | 0.935821 | 6.806540 | 4.372150 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0007050 | RBH | 1.605796 | 19.489693 | 8.889218 |
