Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_07g0017710 | OGI:07059350 | 6/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:22040980-22056041 | ||||||||
| Gene Symbol | RLCK237, OsRLCK237 | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atggaattccgtctcatccagtccgtagccatcgtcgccgtagcgctgctcgtgccccgcacttccggggagccctgggtagtgtgcagagaggagttcggcaccttcacgcccagaagcagattcttcgccaacctccagctcatcgccgctacgctgccccgtaacgcctccgcgtcgccggacctatacgccaccgccgtggacgtcggcgccatcccggagcaggtctcggccgccgcgctctgccgcggcgatgtcagcgcgaagtcctgcctcagctgcctcacccaggccttcgccgacctgcccaacgcgtgcagcaacaccaaggacgccaccatctactacgacaggtgcatggtcatctactccgacatccacttcctctccgacgatgaccccaggcagattacggattacacggtgaacaacaacggcaaagtcgtgacggagctagaccggtacaactgcctcgtcgcagcgctcgcgaacgccactgcggactacgcggcgtacaactccacgcggctgtacgcgtctggggaggtggacttcaacaaggagttcccgaaggtgtacagctgggcgcagtgccggccggaccttacgccggcgaggtgccggagttgtctcgccgagatcatggcacaagaaatttggtcatacaaggacaacatcggaggcaggaccctttcagtcaggtgcagctttcgggtcgagaccgagcctttcctcaatggcacaattctggtgcggctaccggcaaccacagcgctatctggatcgccgccggctccgccatcgacgactgcggttggtgtcaaaacggtaccaaatctggaccttccatcgaccaagatcggacggctcaaaaccagtatagattcgcttcttctcgatctgtcaacactacgtgctgctacagataattttgctgaacacaaaaggcttggtgagggagggttcggtgtagtttacaagggaattctacatgacggtcaagaaatagcagtcaaaaggctctcacagaattccagacaaggaataggagagctgaaaactgagctactattagtcgctaagctgaaccacaagaatcttgtgaggctggttggtgtttgcctcgaaaaacatgagaatatacttgtgtacgaatacttgccaaatagaagcctcgatatccttcttttcgatactcagaaaaacaaagaactacactgggcaatgagatacaacatcatagatgggattgctagaggcttgcaatatcttcatgaagattctcaaatgaagattgttcatcaatatgctatgcgcggtcaatattcatccaagtctgatgtgttcagcttcggtgtgttggtcttagaaatcatcacaggaagaaggaactatggctcctacgactacgaaaaagacactgatctcataaatgctatatggcaacactggatcagggagaaagctatcgagttgattgatccgtccttgagcaacaattctcccattgaccagctgctgaagtgcatccatattgggctactgtgtgttcaggaaaaccctgcagataggccgttgatgtcagcagtaaattttatgcttactagcaacacagtccaattaccttctctgtccaggccaggcttttgcaccctgcaggagatttgtgtcgactcaaccgaagtatcaaaaaatgaactgtccatcacagaacttgaacccagatga
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| Protein seq | MEFRLIQSVAIVAVALLVPRTSGEPWVVCREEFGTFTPRSRFFANLQLIAATLPRNASASPDLYATAVDVGAIPEQVSAAALCRGDVSAKSCLSCLTQAFADLPNACSNTKDATIYYDRCMVIYSDIHFLSDDDPRQITDYTVNNNGKVVTELDRYNCLVAALANATADYAAYNSTRLYASGEVDFNKEFPKVYSWAQCRPDLTPARCRSCLAEIMAQEIWSYKDNIGGRTLSVRCSFRVETEPFLNGTILVRLPATTALSGSPPAPPSTTAVGVKTVPNLDLPSTKIGRLKTSIDSLLLDLSTLRAATDNFAEHKRLGEGGFGVVYKGILHDGQEIAVKRLSQNSRQGIGELKTELLLVAKLNHKNLVRLVGVCLEKHENILVYEYLPNRSLDILLFDTQKNKELHWAMRYNIIDGIARGLQYLHEDSQMKIVHQYAMRGQYSSKSDVFSFGVLVLEIITGRRNYGSYDYEKDTDLINAIWQHWIREKAIELIDPSLSNNSPIDQLLKCIHIGLLCVQENPADRPLMSAVNFMLTSNTVQLPSLSRPGFCTLQEICVDSTEVSKNELSITELEPR |
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| Function | Cysteine-rich receptor-like protein kinase 6 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q0D5R3] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_07g0017710 | OsLima_07g0017710.01 | Chr07 | 22040980 | 22056041 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggaattccgtctcatccagtccgtagccatcgtcgccgtagcgctgctcgtgccccgcacttccggggagccctgggtagtgtgcagagaggagttcggcaccttcacgcccagaagcagattcttcgccaacctccagctcatcgccgctacgctgccccgtaacgcctccgcgtcgccggacctatacgccaccgccgtggacgtcggcgccatcccggagcaggtctcggccgccgcgctctgccgcggcgatgtcagcgcgaagtcctgcctcagctgcctcacccaggccttcgccgacctgcccaacgcgtgcagcaacaccaaggacgccaccatctactacgacaggtgcatggtcatctactccgacatccacttcctctccgacgatgaccccaggcagattacggattacacggtgaacaacaacggcaaagtcgtgacggagctagaccggtacaactgcctcgtcgcagcgctcgcgaacgccactgcggactacgcggcgtacaactccacgcggctgtacgcgtctggggaggtggacttcaacaaggagttcccgaaggtgtacagctgggcgcagtgccggccggaccttacgccggcgaggtgccggagttgtctcgccgagatcatggcacaagaaatttggtcatacaaggacaacatcggaggcaggaccctttcagtcaggtgcagctttcgggtcgagaccgagcctttcctcaatggcacaattctggtgcggctaccggcaaccacagcgctatctggatcgccgccggctccgccatcgacgactgcggttggtgtcaaaacggtaccaaatctggaccttccatcgaccaagatcggacggctcaaaaccagtatagattcgcttcttctcgatctgtcaacactacgtgctgctacagataattttgctgaacacaaaaggcttggtgagggagggttcggtgtagtttacaagggaattctacatgacggtcaagaaatagcagtcaaaaggctctcacagaattccagacaaggaataggagagctgaaaactgagctactattagtcgctaagctgaaccacaagaatcttgtgaggctggttggtgtttgcctcgaaaaacatgagaatatacttgtgtacgaatacttgccaaatagaagcctcgatatccttcttttcgatactcagaaaaacaaagaactacactgggcaatgagatacaacatcatagatgggattgctagaggcttgcaatatcttcatgaagattctcaaatgaagattgttcatcaatatgctatgcgcggtcaatattcatccaagtctgatgtgttcagcttcggtgtgttggtcttagaaatcatcacaggaagaaggaactatggctcctacgactacgaaaaagacactgatctcataaatgctatatggcaacactggatcagggagaaagctatcgagttgattgatccgtccttgagcaacaattctcccattgaccagctgctgaagtgcatccatattgggctactgtgtgttcaggaaaaccctgcagataggccgttgatgtcagcagtaaattttatgcttactagcaacacagtccaattaccttctctgtccaggccaggcttttgcaccctgcaggagatttgtgtcgactcaaccgaagtatcaaaaaatgaactgtccatcacagaacttgaacccagatga
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| Protein seq | MEFRLIQSVAIVAVALLVPRTSGEPWVVCREEFGTFTPRSRFFANLQLIAATLPRNASASPDLYATAVDVGAIPEQVSAAALCRGDVSAKSCLSCLTQAFADLPNACSNTKDATIYYDRCMVIYSDIHFLSDDDPRQITDYTVNNNGKVVTELDRYNCLVAALANATADYAAYNSTRLYASGEVDFNKEFPKVYSWAQCRPDLTPARCRSCLAEIMAQEIWSYKDNIGGRTLSVRCSFRVETEPFLNGTILVRLPATTALSGSPPAPPSTTAVGVKTVPNLDLPSTKIGRLKTSIDSLLLDLSTLRAATDNFAEHKRLGEGGFGVVYKGILHDGQEIAVKRLSQNSRQGIGELKTELLLVAKLNHKNLVRLVGVCLEKHENILVYEYLPNRSLDILLFDTQKNKELHWAMRYNIIDGIARGLQYLHEDSQMKIVHQYAMRGQYSSKSDVFSFGVLVLEIITGRRNYGSYDYEKDTDLINAIWQHWIREKAIELIDPSLSNNSPIDQLLKCIHIGLLCVQENPADRPLMSAVNFMLTSNTVQLPSLSRPGFCTLQEICVDSTEVSKNELSITELEPR
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.0 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_07g0538200 | SBH | 0.102156 | 0.105111 | 0.231902 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g35370 | SBH | 0.198939 | 0.067711 | 0.061764 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os07g0538200 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0018220 | SBH | 0.733268 | 0.437266 | 1.296835 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0017960 | SBH | 0.0 | 3.322375 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0017850 | SBH | 1.584352 | 0.0 | 0.000000 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0018060 | SBH | 0.0 | 0.679471 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0017970 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.458047 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0345500 | RBH | 0.5221745 | 9.5596865 | 0.00698 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0018470 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0359000 | SBH | 1.017192 | 49.594669 | 0.1131125 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0017940 | SBH | 0.026354 | 0.135489 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0017870 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0017940 | SBH | 1.971326 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_07g0018220 | SBH | 0.916645 | 0.869835 | 0.192412 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0017830 | SBH | 0.000000 | 2.189205 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G017940 | SBH | 0.481728 | 0.0 | 0.136193 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0017740 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
