Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsLima_06g0016170		OGI:06046390 \| 16/16			LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr06:18130224-18138574		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		NAAT4, OsNAAT4, OsNAAT1
DNA seq		aaatagaaaaacctctctttattttttttatatttattaatggagtacaagtagaatttgtacaactactttacacaagagaaactttaatactatagctaactactggaactaaattatcttatcccacctcttatacacacatagctggctataaatttgaaatttgtagctcacttttcatctctcctctcttatcttccttatatgtattgataactggtttgtagtttgttattgtatttgctctaactctttgacattccgaaatggggctccactttcgccgacgcacttatattgagcatattagcatgtgactgatgcctccggcaaaaggacttgaccctttctaatccttgctttagccttgggggatccaatgcaaaggtgatgcgcaaccagttttccatgcctaaggctctccctgcagggaaattttttcagatatttactcccaccaatgacaaaaatctttgcctaatttagagtcacattaatcaggcaattataatgctatccactcatctatcagaatttcttttaataaaaaggaggaaattctctcgttcattagagaaacatcttgacatgatatacgtgtattgggcagttggcaagtggcaaatactgctggatcgcatccagcatcactgtaccagaacgatacaccatacaagtgcatgtacccacccaattcacactgctctcatgcatcagtatgagtatgcatcagttggttcggctggggaaccaactaaaccagcccaacccacgtatgaacaggctgaattcaattgctgaaattttgccatacatgcgtgcagaaaaggatcacatgagaacgatgaatggcactttgctagcactcgcataagtcatcaaaccctcacactgacaactccttttcttagtagtggaagagtcaaaagagagtccaagagagaggggattagacgaaagagagaaaatgatgatcgtattggaacatttttaaataaaaaaaaataacttgcttgatacaacaagaagtgctacctaattcccacaatgttgaacgaatgttgtttaaaatatcagcaaaacttcagcattaacaggtatatgaaatttagtgataacatgaactagagcacttgtcggagtctagacattcaaccattcaagcattgaggcttttgtcttccttcctctatctttcaaaaaatccacttctgacacagttataatttttacttcacaaatctggccctttgtttgaattttgattcttggctctttgggaagatcgccaatagggacttggacagaatggatcacatgagaaggatatgatacaaaggatcttatgctattattttccataacaatactaggaggagcaccgtttgatgcttcaattaatagtgactaggacacgggaatgggcaagacctcagccctcgatggcaaagataactgatgcttgcgcaataagagcaggaacgattgttcaccaagaataggacaagaaaggtggagaatatgtcaatgtgaagaaatatctgaaacaaaaacgtgctagttgataagactaggaaggtgcttggccaatggggtaggcagcaaggcacgtgtatatttgtgatatatcgcttatcagagttcgtgtgtactgtaacagtgtgacacagagaagtagagaaccatagagaacaaaacaatttatattgttatactattgttcctgctataaaaaaaaatgtctgtcctgatgttaataagagcacactgatcaggtaggctctagtgttttcaactatcctcttccttttttgtggccatccttaacgaacaaggaatgtgcataacactatggttaaattgtacctaactggaaatgtttacaagtcttatcgaagggcattttatacacccttaaattgaattgcacagtgttttctaatgttgtactaccactgtatctatattgattttagtatcacataatgtaaaatgttcaaacctttctagtgcctgtgtctattcacctgtcatgcactattctcgatgttagttttgaacagatgaaacattgtcaatgttggtcttttattctatttatctaaggatgtcaaacatgatggtattaacgtaaagaacacttatacacttggtattatagaaattaggatatgtgagttagggcggtcacatgtcagttaggccttacaatcagttaaagggttggctgagcaatctagcactatatatggttttcagtggcactgtctgccattttggcactaaaagacatctctacacaccaaatgctgaaaaataagcattaaaagaacatgtttcactactttattgtgttaccacataccaggcaaaagtacgacagactcctcctttaccaacttgctgcagaaatcgatgtcgtcacaaatgtccgataattgtgatatatcaagttttacctgaagaacatatggtcagcattaatgctataagaaatattaattattttttgtgattgcctcaccatcataaaaaacgacccctcaggtttgtgaggacaggtgatacactttatttcttttatttcaccaaaacatatctcagcagtttcctttaacaactcgagagtctttctgaagaattcatcatttgtgttcttcataatatgaggaatagctccctggtgacgataattatataacatcaatgttgggctattttcaatcattcagaaaaaaaaaagagacatgatccgcactacagttacaactgaaaataaaacaggagggttcatccattgatcataacaaaataatgctcagaacagcaatctgtggaagaatacatcattaagctagcaatttgcaccaaaaatgtagttgtcttagaacaagaaaggagaatagagagggagttctacctcatcaattataaatatgaaacatgatgtgctgaagagattccctactaattgatgtaaaaaggaagattaagtaactcattgacagaatgtcatcagaccttttatttctcgaacaatgtcatcacctctagactagtccatatcactatattcatagttgtgtgtttgttgtaatcatattaagtgtcaagtgctcaggtattcacgttttacattattaatgaatttgggtcaataaaatagccaaaacacatataatataacacttttataggataaggactaaaatttctttgtagttaagaggtctttaatatgaacctgagacctccaaataacagaatgcagaacaggtacaaagataaaagaaagaatataaggaaaattgaatcagaagatttgccatgagcccatgacgcaaatcaagcttgctgcatacttatgtgataaggaatttttgtttccataccactgaaatatcacttttttcatatatgctgctgattttctagtgcacacaccaccaaaattgtctgatgttccctcttttagcaataccatctagtatcgttgacttttttacatattctctcttttatttcaccagagatacatgacaaatgtctttataccccagcaggccaacgcgcttgccacacttctcattgcatggtgcggcacgctggcaccctcatttcccggcacaccacactgccctaccctgtcatgtgcttattggtcggttcatgcgatctgattcggaacctgtgggcacatgaaacctgaagctgcccctattccccacccacgcaggaatgatgtgctagtgaaatatggagagatggatctcgaccttgctttagttagttctgactccaatttgcttggtctggagaatagtcaagatgctccaacagtatgtactaatgctatttccaaaacattgtgatcacttggattacatttcaaaattttgatcactctgagctaaatccaacttgctgctgcttaaaacgaatattactaacagttaccactcttgctagctaataagaccaacagaataatgaacatggatgttggggccaaagaagatggacacggcgccattgctgcatgcagcagccagctgccaagaaaactgagtgatgcggagttgcagataacagcgatctggcgatgacagtgaaaatgaagatgcaggaggatgctaggcagcatccatggcaaaggcactgtaacaatgtacaacatataatgtcaccttgcacaagactggattcaccagttaaatcctcggtcgaggaatccagaaaatttgatgcgggagaacagtgatgcagatgatttttagcctctaagagtgaggagtttgagttcacagaaaaaaaaggcaaacataacggtagttgtaaaacaggaaatggtggacaattttggtggtattaaagttcaccacaagattttagtggtaaataacaaagttctcatatatcagttataaacccaatttttcaatataagagacaatagtacaacaactaagagagcacctgtcaatcatatcaagtaattatgctagcttacaaaagtaggaaatatgcacactactataaaagacactagtagtggtggtagttctgccaccaccactacttttgtgcttttacacattagtccctaatatattctgatagtatacaatagtctaatatttgtttgactcaagtgaataccatataaaataagaaaacaagtaatactagcatttggcattttacggggaaatagtagtatcatatttgataaaactagtaacattcctctaagtagtaacgggccaggcccatataagtacggatttgctaatgcatgcctagtcgcgcgcgtcccccccccccctctcccaacacgcgacgaagccacgtggtgtgcgcggagagggaggggatgcttttttccccttttttgggtttttatacatacatatacaaactttgtatacatgacctttttttttgtttcttttcgttcttctacgtacgtatacaaagtttgtacttttgtatatgtgtatatatatttttatacgtcaaaaatgtatgtgtatacatacaaaaaattgctatagatatatatacaaagtttacacatattttatcgtatatacacagatatatatacactttatatacatatgtatatatacgtatatgtatagaatctagatggggtgggctgggcgatcaggcgcagatcagcggcccccatataagtagggatgtgctatataagacattggatccagtggttacctacgcaccctacgcatgcgagcgcggtgtacgcggtgggaggagaacgactccacctttaaggtaatacagaaaaatatattttatccatgacatattgttatatattttcttttacccctatcaaagcataagggcattttgctaatctgccaaaagtaagcaagctagctaccaaggtactgataattgatatgagacttatgagtccataaaataacctgaataaatgttgcaggacctgttgttaggtttcgaaagcttctgagtgaatcgacgacctaaaaattgaaaaggaatggtgccttcagttatgtatcaaacattcagcaaaggtattagctaagcaatcacatagaaaactaattcaaggaaaacaacacaaaaagcctcctttaaagtatttccatgatactaaataggatgattcctcacagattatttgtgttgattccatctccaccagagcaaatacaaaaaccgtataaatgatacagtaaaaagtcctttaaaaaagacacacggtaaaaaaattaattaacaggacacataatcactagcatgttgaatatagcctcttccaactctaagttgctaactcaaagcatctttatgcctttactctcagtattcaaaattctctttcaacccttctgaaattacctcaacatgattggatgaattataagaatttagtgataaatattttatttccctaccagatctgaagcattggttatatatcaataactaaagttccaattgccggatgaaacaggttctaatagagaattgtggactaaaagaacatgaataatgagtaaaatgatacttcatatgctacatctttcacccctttttgtttaacaaataatggaaatgtgttttacacctccagcctctacacacagccaactagacaatatgaaattatgaaagacatagggcagctccctggttctactaatgtgaaagaagattgacaaggtttaagttacgtctcacaaaggaaatgtgaattcatttaaagtataaaatactactccctctgtcctagaatataacaagatttagagttggacacggttattaacaaagtaggtagaagtgggtggtgaagggttgtgattggatgagtagtggaggtaggtgggaaaagtgaattgtggagggttgtgattggttgggaagagaatgttggtggagaagtcgttatattttgggacaaatcctgagagctaaaaattgttatattttgggacggagggagtactacgcatcacaaaaagtaaacagtgtgcttaaaaaaatgtacaaatcacctttgtttctttcagaatgcctttaggatcacaaattgctatccatccaaatctccagccagggacaacccatctctttgatatagctcccaatgtgagtactggaacagtctctccaaacacacccattggcacaaaaggagtgcttccataaacaaggtgaccatatacttcatcagcaatgactaacagaccgagcttgcttgctgtatctgcaatctaagttaagatacggcacataagctccattgaaattggaacaaataaaatgaagtaaggtgttacccagcattgtacagccatcataccaaccttggacagatgctcataagtgtacacattaccacaagggttattggggttagtaatcactattgcaacagtattctcatctgctaaagcttcaacagcttcaacattaatctcccatcctctctctggaacaagatcatagagccgcacttccatcctgtggaacaccgcatgtgcttcatgttttgggtacccgggctttggaagcaatatattggcacctggttggccaaaaacagacataacaatctcgattgcttgggtacctccagatgtgaggaaaatatcatctgtgcaaagcttgtaaggaagatcacaggataggtactctgcaacagctctggatttcaacagaaaatggcaacaaaagcaacacagagaatgtttattagtacaaacaaggattttcacttttccatatactggtgaaagactatcagcaattgcttaatcatgagacatgcgtgattaatttaaatatgttcccgcattctttacatgatttcacatacagtattcatccccattctttaaatatgtttgattaatttaagtatgtgtgattattatgtttgaatcgaagccatatagactgattaatatgccaatttaactgttaacggcagtgaaggatttgatcaaaaagaatttaataagctataagcagttgttgatatttgaatagataaattatactgtttcagaattgacgacagattacgggcctgtttagttcccaaacaaaatttttcacgctgtcacattgaattcaatgtttggacacatgcatgaagtattaaatgtagacaaaaaaaaataaaaccaattacatggttcgctaggaatttgcgagacgaatcttttaaacctaattacgtcatgatttgacaaggtggtgctatggtaaacatttactaacgacagattaattggtcttaataaattcgtctcacaatttcctggcagaatttgtaatttgttttgttattagactacttttaatacctctcaaatgtgtgtcgatgtgacatagaggggcaaaaatttttgccaactaaacaagccctacgataacttaaaagatagggcagattagttctactctgagcgcacagataaatcaaggacgacccaagtacagaaccacctataggggattcagttaaggcaaatccaatcatgagtggacagtgggcaccgaccggcgagcagggaggctggtggcggggaggagtagccgttgtagtcgccggagcggacggcggcggcgacggcttcctccgcctcgggcgcggtgcggaagcaggcggaggagaaggtcgccgtggctgagcgggatgacgggccgtggcccgtgctcgtccaggcacgcgtgcagctgaaggaggtaccgctggatgctgcgttccccgccgcggccacggccagattcggggtcgcgaagcgccatcgcttccccccgcggccgccctccat 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CDS seq		atggagggcggccgcggggggaagcgatggcgcttcgcgaccccgaatctggccgtggccgcggcggggaacgcagcatccagcggtacctccttcagctgcacgcgtgcctggacgagcacgggccacggcccgtcatcccgctcagccacggcgaccttctcctccgcctgcttccgcaccgcgcccgaggcggaggaagccgtcgccgccgccgtccgctccggcgactacaacggctactcctccccgccaccagcctccctgctcgccggtcgagctgttgcagagtacctatcctgtgatcttccttacaagctttgcacagatgatattttcctcacatctggaggtacccaagcaatcgagattgttatgtctgtttttggccaaccaggtgccaatatattgcttccaaagcccgggtacccaaaacatgaagcacatgcggtgttccacaggatggaagtgcggctctatgatcttgttccagagagaggatgggagattaatgttgaagctgttgaagctttagcagatgagaatactgttgcaatagtgattactaaccccaataacccttgtggtaatgtgtacacttatgagcatctgtccaaggttggtatgatggctgtacaatgctgggtaacaccttacttcattttatttgttccaatttcaatggagcttatgtgccatacagcaagcaagctcggtctgttagtcattgctgatgaagtatatggtcaccttgtttatggaagcactccttttgtgccaatgggtgtgtttggagagactgttccagtactcacattgggagctatatcaaagagatgggtcgtcgattcactcagaagctttcgaaacctaacaacaggtcctgcaacatttattcagggagctattcctcatattatgaagaacacaaatgatgaattcttcagaaagactctcgagttgttaaaggaaactgctgagatatgttttggtgaaataaaagaaataaagtgtatcacctgtcctcacaaacctgaggggtcgttttttatgatggtaaaacttgatatatcacaattatcggacatttgtgacgacatcgatttctgcagcaagttggtaaaggaggagtctgtcgtacttttgcctgggagagccttaggcatggaaaactggttgcgcatcacctttgcattggatcccccaaggctaaagcaaggattagaaagggtcaagtccttttgccggaggcatcagtcacatgctaatatgctcaatataagtgcgtcggcgaaagtggagccccatttcggaatgtcaaagagttag More
Protein seq		MEGGRGGKRWRFATPNLAVAAAGNAASSGTSFSCTRAWTSTGHGPSSRSATATFSSACFRTAPEAEEAVAAAVRSGDYNGYSSPPPASLLAGRAVAEYLSCDLPYKLCTDDIFLTSGGTQAIEIVMSVFGQPGANILLPKPGYPKHEAHAVFHRMEVRLYDLVPERGWEINVEAVEALADENTVAIVITNPNNPCGNVYTYEHLSKVGMMAVQCWVTPYFILFVPISMELMCHTASKLGLLVIADEVYGHLVYGSTPFVPMGVFGETVPVLTLGAISKRWVVDSLRSFRNLTTGPATFIQGAIPHIMKNTNDEFFRKTLELLKETAEICFGEIKEIKCITCPHKPEGSFFMMVKLDISQLSDICDDIDFCSKLVKEESVVLLPGRALGMENWLRITFALDPPRLKQGLERVKSFCRRHQSHANMLNISASAKVEPHFGMSKS
Function		Nicotianamine aminotransferase 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:A0A0P0VI36]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLima_06g0016170	OsLima_06g0016170.01	Chr06	18130462	18138574	-	NAM
CDS seq	atggagggcggccgcggggggaagcgatggcgcttcgcgaccccgaatctggccgtggccgcggcggggaacgcagcatccagcggtacctccttcagctgcacgcgtgcctggacgagcacgggccacggcccgtcatcccgctcagccacggcgaccttctcctccgcctgcttccgcaccgcgcccgaggcggaggaagccgtcgccgccgccgtccgctccggcgactacaacggctactcctccccgccaccagcctccctgctcgccggtcgagctgttgcagagtacctatcctgtgatcttccttacaagctttgcacagatgatattttcctcacatctggaggtacccaagcaatcgagattgttatgtctgtttttggccaaccaggtgccaatatattgcttccaaagcccgggtacccaaaacatgaagcacatgcggtgttccacaggatggaagtgcggctctatgatcttgttccagagagaggatgggagattaatgttgaagctgttgaagctttagcagatgagaatactgttgcaatagtgattactaaccccaataacccttgtggtaatgtgtacacttatgagcatctgtccaaggttggtatgatggctgtacaatgctgggtaacaccttacttcattttatttgttccaatttcaatggagcttatgtgccatacagcaagcaagctcggtctgttagtcattgctgatgaagtatatggtcaccttgtttatggaagcactccttttgtgccaatgggtgtgtttggagagactgttccagtactcacattgggagctatatcaaagagatgggtcgtcgattcactcagaagctttcgaaacctaacaacaggtcctgcaacatttattcagggagctattcctcatattatgaagaacacaaatgatgaattcttcagaaagactctcgagttgttaaaggaaactgctgagatatgttttggtgaaataaaagaaataaagtgtatcacctgtcctcacaaacctgaggggtcgttttttatgatggtaaaacttgatatatcacaattatcggacatttgtgacgacatcgatttctgcagcaagttggtaaaggaggagtctgtcgtacttttgcctgggagagccttaggcatggaaaactggttgcgcatcacctttgcattggatcccccaaggctaaagcaaggattagaaagggtcaagtccttttgccggaggcatcagtcacatgctaatatgctcaatataagtgcgtcggcgaaagtggagccccatttcggaatgtcaaagagttag More
Protein seq	MEGGRGGKRWRFATPNLAVAAAGNAASSGTSFSCTRAWTSTGHGPSSRSATATFSSACFRTAPEAEEAVAAAVRSGDYNGYSSPPPASLLAGRAVAEYLSCDLPYKLCTDDIFLTSGGTQAIEIVMSVFGQPGANILLPKPGYPKHEAHAVFHRMEVRLYDLVPERGWEINVEAVEALADENTVAIVITNPNNPCGNVYTYEHLSKVGMMAVQCWVTPYFILFVPISMELMCHTASKLGLLVIADEVYGHLVYGSTPFVPMGVFGETVPVLTLGAISKRWVVDSLRSFRNLTTGPATFIQGAIPHIMKNTNDEFFRKTLELLKETAEICFGEIKEIKCITCPHKPEGSFFMMVKLDISQLSDICDDIDFCSKLVKEESVVLLPGRALGMENWLRITFALDPPRLKQGLERVKSFCRRHQSHANMLNISASAKVEPHFGMSKS More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLima_06g0016170	OsLima_06g0016170.02	Chr06	18130224	18130498	-	IsoSeq
CDS seq	cccatttcggaatgtcaaagagttagagcaaatacaataacaaactacaaaccagttatcaatacatataaggaagataagagaggagagatgaaaagtgagctacaaatttcaaat
Protein seq	PISECQRVRANTITNYKPVINTYKEDKRGEMKSELQISN

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.317961	0.000000	None

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_06g0345200	RBH	0.494237	0.175076	1.319651
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os06g23684	RBH	0.332272	0.117064	0.337729
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os06g0345200	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_06g0016230	RBH	0.471989	0.000000	1.179145
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_06g0016030	RBH	0.000000	0.522028	0.000000
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_06g0016170	RBH	0.000000	2.571212	0.872206
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_06g0016190	RBH	0.000000	0.099674	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_06g0016310	RBH	1.172706	2.304199	0.492875
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_06G0264000	RBH	2.749538	11.0346505	32.722286
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_06g0015800	RBH	0.0	0.0	0.175219
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_06G0242000	RBH	10.08544	12.4498995	7.4306425
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_Ung0005210	RBH	0.000000	0.000000	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_06g0016140	RBH	0.509125	1.269086	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_06g0015830	RBH	0.000000	0.000000	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_06g0016500	RBH	0.000000	0.000000	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_06g0015950	RBH	0.176058	0.000000	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_06G015930	RBH	0.127981	0.654442	0.267256
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_06g0016140	RBH	0.305518	5.197320	1.301100

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