Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_03g0019790 | OGI:03041610 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr03:16202108-16211288 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | RNA helicase aquarius [UniProtKB/Swiss-Prot:O60306] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_03g0019790 | OsLima_03g0019790.01 | Chr03 | 16202108 | 16211282 | + | NAM | ||
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| OsLima_03g0019790 | OsLima_03g0019790.02 | Chr03 | 16202108 | 16211250 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgccgaaggtctacggcaccggcgtcttcgagttccgccacccgcgcgccgccgagtacccgctcccggccgacgtcccggcctccgccgcgtcggcgcccgacaaggccatccccaccgccgcggcctccaccatcacgctcctcgacatccagcgcgaccgcctcacccgcgtcgccgccgagcactggggcgcgcccaccgcgggggccgccttcgacgccgccctcgtcagggagatctacgcgaccgagctccgggtcgagggccgcggccgcaagaccgtcccgctccaccgcgtcatgatcctcgaggtcagccagtacctcgagaactacctctggccaaacttcgacccggccggcgcctccttcgagcacgtcatgtccatgatcctcatggtcaacgagaagttccgggagaatgtggcggcgtggacctgcttccatgaccggaaggatgctttcaagggatttttatggcgggttctcaagctaaaggaagaggatagggagcttaatatggccgagaaaacaaactacctgttgttcatgataaatgcgtttcagagtttggaggatgaactagttcgagaaaccatacttcagttagtaagcctaaagttgtggcatactctttcttttggacggcttcagatggagctttgccttaaccctgaattgattaagaagtggaccaaaatcaaaagaaaagaagctaaagaagcaaaaaaggcaggtcaaacctgtgatgcttcagaaatgctcgagaatagattccttaggaacttaatagaagaattcctggagattcttgattcgaaggtaatattgtccagtcaagatggtggggatgaatctgtgttgaatgtatcactcagtgggcaggttgatgattattgtgtcttgtactgtgagagattcatggagtttttgattgatatgttgagccagcttcctactagacgatttttaaggccccttgttgccgatgtagctgttgttgctaagtgtcacttaagtgcactgtatacccatgaaaaggggcgtctttttgcgcagttggttgatttgctgcagttttatgaaggctttgagattaatgatcattctggaacacagctcagtgatgatgatgtcttgcaagctcattattcccgtttccaagcctttcagctgctggccttcaaacaagtgcctaagttgagagatttttccttgtgtaatattggttcaatccataagcgtgcggacttagcaaagaagctgcttgtcttgacagatgtagaactgcaagatctggtttgtaataagtttttttatcagctgttattgttatttctcaagttaatttcagaggaggacccatgcagtggaagacgtgattttcttattgaggtcctggttgccttttttgagaagcgtcagtcacagaaagatgcagtaaatgcacttcctctttatccaaatgaacagatcatgtgggatgaaagccttgttcctagcattaattattctggagagggctgccttgctctcccaaaactcaatctccagtttttaacacttcatgattatttattgaggaatttcaatcttttccgccttgaatcaacatatgaaattcgtgaagacatccaggaagctgttcctcatctgcatgcctatattaacaatgagggagacactgcctttcgtggttggtccaggatggctgttccaatcaaggaatttaggattactgaagtgaagcagccaaacattggagaagttaagccatctgctgtaactgctgatgtcactttcagcatctcaagctacaagccacagatcaaatctgaatgggatgctttgaaggaacatgatgttttatttttgttgtcgatccgtccatcttttgaaccccttagccctgaggaggctgcaaaatcaactgtgccagaaaggcttggattacaatgtgtacgtggatgtgaggttattgaaattcgtgatgaggaaggatctcttatgaatgattttacagggaggataaagagagaggaatggaaacctcccaagggtgagattcgtactgttaaaattgctttggatacagctcagtatcatattgatgttactgaggtagcagagaagggtgcagagaatgtgtatgggacatttaacattctaatgagaaggaaacccaaggagaataatttcaaagcgatattggaatctatacgtgatctaatgaatgaaacatgtgtagttcctgaatggttgcataacatattcttgggttatgggaacccttctgccgcacagtggataaatatgcctgatcttctggaaaatatagattttaaggacacttttcttgatgcggaccatgttgtacaaagctttccagattaccaggtcacatttatcaattcagatggaacagaaaacctgaatccgagccctccttttaagattaagttgtccaagaaaatgagggaaagtagtcatgctctacctggcaatgtaaactctgttttgtcggctaagaacaatatggttgatgatgatgggccccagaaagaaaaaataatggttgagacttatattcctgctgatccagggccgtatcctcaagataaacctaaacagaactcagtgaggtttacacctactcagattggtgctataatatctggtattcaacctgggttgacaatggttgttggtcctcctggtacgggaaaaacagatacagctgtgcagatattgaatgttttatatcacaactgtccttcccaaagaactctaattataactcattccaatcaagctttgaatgatttgtttgagaagataatgcagagagatgtgcctgctaggtaccttcttcgtcttggtcagggtgaacaagagttggcaactgatctcgattttagccgtcaaggtcgtgtcaatgctatgctggttcggcgattagagctgctaggtgaagttgcaaaattggcaagttcccttcatcttcctgaagatgtgagctacacatgtgaaacggctgcatacttttggttattacatgtttatgctcggtgggaacaatttttagctgcctgtgcgcaaaaccaagacaagccctcatttgttaaagaccgcttccctttctcagagttcttctcagatactccacaacctaccttcactggtgagtcctttgagaaagatatgcatgcagccaaaggttgtttcaaacatcttttgacaatatttcaagagctggaagaatgtagggcttttgagctacttaagtcaacagcagagagggcaaattatctaatgaccaaacaagccaagattgttgccatgacttgtactcatgcggcattgaagaggagagactttcttcagttagggttcaaatacgataatttgctgatggaagaaagtgcacagatattagagatagagactttcataccgatgctgctgcaacggcaggaagatggctatgctcgtctgaaacgttgcattttaattggtgatcaccatcagttaccccctgtcgtgaagaacatggcttttcagaagtacagccacatggaccaaagtctctttacaagatttgttcgtcttggtgtcccttacattgagctcaatgctcaggggcgtgccagacctagcatcgccgaactatataactggagatacagagaacttggagatctaccttacgtccgtgaggaggctatcttccacaaagctaattctggcttctcttatgactatcagttggttgatgttcctgatttccgtggcagaggtgagtctgccccttctccttggttctaccagaatgaaggggaggctgagtttatagttagtgtctacatctacatgcgcctgattggataccctgccaataagatttcgatattgaccacttacaatggtcagaagcttcttattcgcgatgttattaacagaagatgcaagccatggaatatcgaaccacctagcaaggttaccacagtggacaagttccagggtcaacaaaatgatttcattttattatctcttgtccgcacccgttttgtggggcatcttcgtgatgtcagaagacttattgtggcaatgtcccgtgctcgtctgggcctgtatgtgttctgccgtcgttcactttttgaacagtgctacgaattgcagccaacattccagcttctcctccagaggcctgataagcttggcttgaatcttgaagagtgcacaccatttacagagcgacctttagaggaaactggaaatattcattatgttgctggtattgaagatattggtcatctagtgaatttcagattagaacatcttcgtcagatgcaatacatgcaatattatgcacctcatgcaaatgtaccaccttcagcagtaccagaaaacaatgctgatgcaactgaaaatggcaatgctggcaatggtatgcataaggcaaacgatggcatggctgaagaaaatggtgatgcagtgatgagaaataagatggaggaagacactattgatacaatgcaggaagaaaacaagatggatggtaaaaatcctgaggcaaacgacatggctatggaggagaagaccgtcgacggagatgatgatccaaagaataagatggaggaaggaaatactgaggcaaagaataagatggaggaaggaaatactgaggcaaaggacaagatggaggaagaaaatgatgtggcaaagaacaatatggaagagtga
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_03g0019790 | OsLima_03g0019790.03 | Chr03 | 16210419 | 16211288 | + | IsoSeq | ||
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| Protein seq | MVKILRQTTWLWRRRPSTEMMIQRIRWRKEILRQRIRWRKEILRQRTRWRKKMMWQRTIWKSELTWLLSDWTR |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| SE | Chr03 | 16205851 | 16206227 | + | OsLima_03g0019790.02 | OsLima_03g0019790.01,OsLima_03g0019790.02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.699107 | 0.307597 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_03g0387000 | RBH | 7.809695 | 4.874614 | 13.246194 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os03g26960 | RBH | 3.303776 | 3.405191 | 2.446411 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os03g0387000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_03g0020120 | RBH | 1.276149 | 13.927252 | 11.980931 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_03g0019980 | RBH | 0.580584 | 5.554024 | 5.755743 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_03g0020020 | RBH | 3.074273 | 12.005527 | 17.648594 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_03g0020010 | RBH | 0.425052 | 0.581842 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_03g0019800 | RBH | 12.124653 | 26.833803 | 27.241135 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0256500 | RBH | 19.2995885 | 27.2692225 | 21.5086765 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_03g0019580 | RBH | 1.009884 | 1.019200 | 2.431405 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_03G0257700 | RBH | 13.671044 | 22.8194065 | 35.8946475 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_03g0019830 | RBH | 1.614252 | 36.559086 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_03g0019930 | RBH | 7.552660 | 21.043715 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_03g0019770 | RBH | 1.648539 | 1.721704 | 2.130313 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_03g0019670 | RBH | 0.694218 | 12.113066 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_03G019700 | RBH | 1.105335 | 4.088163 | 4.426272 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_03g0019560 | RBH | 4.545279 | 33.741150 | 12.746469 |
