Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLima_02g0007130 OGI:02015080 | 16/16 LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr02:5162982-5171245
Gene Symbol -
DNA seq

attgatgagaggcagaagccaagaacaaacagcaccctaaaaaagaagcctatcaaagaatttaaggccgcggagaaagatattgaattctttacccacactcgccgcatccaaatctcctcctggaggaagcaatccggtgttctctccttttcctcctctttatcttactagtagtagctgttttgctccctgcacattagctgtccattggcagcggcggcggccatggcgatccgcgtggccgtttcctagccaagaaggcaagaagcaaccgagaaaggcctacaaagtttgcgttcttgagagaaagagggtggaagctagtaggtgttagtgggagggaggggccaagaatggcggcgctggccgccgcattggttgggtttcttcttgctgtctcgtcggcgccggcgggagccaccaccgacgcctccgacggtgagctgcggcccacgattcatggggttcttggttttcttggaatgttcaggaaatcttgttttctttttcctttgatggttggggtgttgttgcagctgcggcgcttgggaatctgtattcgtcgtggaacagcccgtcgcagctggctgggtggtcggccggcggcggcggcgacccttgcggcgcggggtggcaggggatctcctgctccggcgctggcgtcaccgaaatgtaaagatcccgtgatgcgacagcgaagctttcattggcttttttttattggatttgatgagttctttcattggctggtgtttgattcttactgcattctaaatttctgactctctgcaagctgaataaaaacaaatgtgcatttgggaatcgaatcacaatatcacattgtgcaccatcttcattgatggcagatagtttaggattgccaaaatcttctaacaggattaatgaaaagaggggaattaaactccttttttggatccatctatggaatgtgactacatcgcactaaccaacttcactacattcatggcagttctgttttcattggtgtctcaactcctcttaccaagtttgttggaaattcagtgggaaaaaaacttcattttggaacatacatcatcttttgtttagttttatttacttttgttactataagaagctactcaacactgacttgctctcgtattcttcttccattgtatagtaggcttgctggggtaggactggatggctctctgggatatgaactctccagtctattctcattgaagacattgtgagagctcaaaacttggttatactcttcatttttttttatgcattgttttgatctcccgtttcgttacttgcagagatttgagcaacaacaacttgcatggttcaattccttaccagctgccaccgaatctcacatatctgtatgtaatgtaccccacctattataatctgttacgcagcaataagtatagggtgttttattctaaatgatgacacaggaatctggcaaccaacaacttatctggcaaccttccgtactctatatccaacatggtttcattagagtacctgtaagcttctgtccatcactactttgctgtcttttgtatcaacaagtattaatgtaacatcgttaatgcagcaatgtcagccacaactcactgtctcaacagataggtgatttatttggaagtctcaattcactttcagagctgtaagtcatcttatttagattttgtgtgattacacagtgtttctatttacggtcaagagacattcttctgcaacatggcatatatcttttggcaacaattcaattcaaattttattcttaaaatggcctcatataaacttccataaaatgcctttttgcttcatggtccatagcagaagttagtcctaagaggtagaaattcagtagcagttctgtttgtagtgattaaatccaggcatgccatcttcttgtccattttggttcttgtcattttattattccataacattgatgcccatacaataaatgctttgagtatttccctccaattcgttagtactgttacgtgacctttattattattttgagacttgattcttggtagtagtaccaggggacactatcaaccacctagtgcaaagctaagcaacccttccaacagttgagtatgaacttagaaatcttctattatatactaaaagtccattaaacttcctataaacgctctcaagccgccacgtcgtctcctacaaacgctcctaaaccgccatatggcattttaatttaataaaaaaatcaaataaatatctaaccattgattttcctttaaatcggtggacccattaattttaaccattagatctacatctaaaaggaaaaaggaaaaaagtggtatccccacctccattgcgtacgtacgtgctccctcccaccctcctactctccccttctctcctatcttttagctaatttatcctattttctaactaacactccatatattaaaaaataatttggacatctaaatgatcataactctcaagttacatatttttcttttttcttttcaattgttgagttatttataattaaatacataattcaaaattcatattgctcatattttattatttaaaatttagatcatgtgaccgttctaactatgtggtatgcctataaatgctcttaagtcattataaggaactctaataaattaaaaattcaataaatatgtgcaataaaacatctaactatcgatttccacttaaattgatggacccactatcttatatggttagatctatcttttaaaaaaatcgcaaaccaaccttcttccctcacccatcctcctatttctctctccttgccattccttctttgtttttttcactccacgcaatgactaaaataaaaattatctttacccaaaaaaatctcaaaaatggacctctacctaacacatgtagctggctctccctctatcacatgattttcttctctttctcctctatctagcacttatagaagcagcataaattggactttaaaataatcataatttcttaaattatatataatttacaatatgtataaactactgtaatttttaattaaatcaataatataatatgcgtattgacttaccttgtggaacatatccaccttgaggcctccactaaataaaataaaataaaaatttctcattagaaattcaaatatcccaccttattttttttaataaaccagtaaacctattatttattataccctgctagacatctaatgtctttctaccgactacttccgttttgaatatattataaaaaacaaatatattataaaaaacatattcaattttaaatttactaaaagtaatttggtgttgtaattattgatatatttttccaaaaaagaggaagtaattaatttctcttaataggcaaataggggctatttacttgtacttgattttagatgcgcttttgtgaataaattatcttatacgagataaataaatgttcctaggatgatcatagcatataaattatacatatgatatatggtgtcactaatagattagagaaaaagcttttgattatatcatttttttagtcgtaacgtgtaccccgtgtagggtctatttgtcatatatagataacagattgaaaataaccaacatggtgcgttgagcatcatataagatcgtagcaagcacatggtttgtgccaaggaattatagcagtgaaacaaccatatatatcaaatcaattctatatggaaattaaagaccatgtatatttatatatttatttatttggtaaatccagaaacactccagtttagtggtaccattacttaattcttaattggagagagaaatttagaaaggatgccattaccccatgccaagttgtaccaccttaacccatttatattttcattccaaattgcagagatcaaaacatttaagagatacttgacggaatggaaatctagaaaaaaaaattaaaataacatgaaataaaattgaaaactgaacatttatttttttctaaatctaacatttttttcgaatttgaaacccattctaaatagcaaagtcatatatgtcatttatgaatattttttaaggatattaacatatatagtatacaagaaaaatgttactctgcaaaaataaaatatactaaatattaaaaaagaaatgcattgtgtacaaatgatattatagtttcataggaaacaatttcactgtgacacaatagtttcttataaatttaaaactacaatggttttaagtaattttagtttagaattcatatactacagtggtaattagaaaaagaaatactagcactcaaagaaaccccaagcaaattattcaaaaaacatgtttataatagagtaatcgtaaaaattcgtaataaaatttcaaacacattaaataagatgcccgcgcatgtgtgcgggctaccttcctagttacaatgaatgttgtaaaacttgctgttatgttttgacatgcagttataccctttgcacgtttatggtaataagatttaccttctactccctccgtttcacaatgtaagactttctagcattgcccacattcatatagaagctaatgaataatatctagattcattagcatctatatgaatgtgggcaatgctagaaagtcttacattgtgaaacggaggaagtactttatactaacacacatgctcttcccttggtctcatgaattcatctgatactgtttacattccttggcagagatgtatctttcaacaaattgacaggggatcttcccaattctcttggctctctttcaaatctttctagtctgtgagtatcttgtaattttcatgtaaaccccaatttaaacattttttaaaaactttctaatgcttgatataaaattctccattttgcagttatatgcaaaacaatcaattaacaggttctgtcaatgttctcagtggtctaagcctcacaacactgtaagcgagtttttcagacaacaaattgactgctatgctgc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CDS seq

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Function Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 8 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6R2J8]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_02g0007130 OsLima_02g0007130.01 Chr02 5162982 5171245 + NAM
CDS seq

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.0 0.106554 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_02g0190500 RBH 0.197827 0.264505 2.627816
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os02g09740 RBH 0.133781 0.177902 0.676451
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os02g0190500 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_02g0006820 RBH 0.0 10.167137 6.258893
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_02g0006980 RBH 0.0 1.674140 2.312793
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_02g0006760 RBH 0.0 6.844071 7.494315
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_02g0006700 RBH 0.000000 0.310769 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_02g0006750 RBH 0.458112 13.813642 11.306179
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_02G0084900 RBH 3.524311 5.1810125 4.2854075
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_02g0006700 RBH 0.026614 0.741682 1.324988
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_02G0087600 RBH 2.919694 2.7042285 16.4767215
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_02g0006720 RBH 0.000000 8.129844 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_02g0007000 RBH 0.831823 0.000000 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_02g0007010 RBH 0.0 1.599617 0.373832
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_02g0006760 RBH 0.000000 2.604314 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_02G006860 RBH 0.0 3.741201 2.910051
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_02g0006830 RBH 0.0 15.158459 5.357853
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