Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLima_01g0016570 OGI:01047480 | 16/16 LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr01:15578586-15585903
Gene Symbol Orysa;CKL5
DNA seq

ggtcacgtcgaggatgtcatgcagcctgtacctggtgttcgagtatatggagcatgaccttgctggcctggcagcgagcccggacgtcaagtttactctgccgcaggtgtttaaggatcccgtgctatctcgttttataggcgaatacttgctgggaatatgttaaatttgatgatgatgtacttctcgcagataaaatgctatgtgcagcagctattgtcagggcttgagcattgccacaataataatgtattgcatcgggatatcaagggatcaaacttattgttggataacaatgggattcttaagatcgccgactttggcctggcaacattctttgatccacgacataaacgaccaatgacgagccgcgtggtcacgttgtggtaccggccacctgaattgttgttgggggcgacagactatggtgttggtgtggatttgtggagtgccgggtgcattctggcagagctcttgcatgggaagcccatcatgcctgggcgtactgaggtgagtcataggacaatttctgactcttcattatatgctattcctttggtaatcctggggaccatacttgttctatcaatccaatatcgaaatctcatttggtaccaaaagtcaacttgtactatttatataaaaaaaactccatggtggctgttgtgtattgaaaatgttgactttttatactaggtttgctccaatggattgtagtatctctaggttgattaatcttctacgtttgttctttttttaatgttttggtgatagtgattgatggccacgccgttgtcatttattgaaggggttgaatgatatgctgacttcgttgtatatgtcatgactattatttttgtatagggtactgccatcagtgtttaactggttatccacatggcttcagttgaagcttccttgaaaagcatacatgtcttttggaattaaaatatgttgtgccactattcctgttatttaaaattcgtcagtatagtactctcaactgtcgttaatacatgttgttttggtcttttggacctcaatgcagacctccaaacacttatctgccacttaatttttgttgcaattaatttattaaacacgaaaaaaaatcctttattatggaagtagTtttctaggcaaatctgcacgtatgatttttcatgtattcaatgtacacatatgttggaagtttggctgcatggatatccaaaacagcatatgtttgtgaactgaggtagtagatgttctaagttagtcacataagtatcactttctccatttccaatttttttcttgaaaacacaagagaacttcatttcgttaagaagagagaaatatttaggagtacaaaggaagggtcaaggaacacctcccaccaagaacacgtcccaacaagcctcgcacataagtgaggcccaaccaacaaacccactgagactaactcactgccggggtaagcaacttacaaagaaactgatggagctcatgggctcccactaaacaccaaccctaattagccacagcttgcaacaccaccaccacattaggattagttccattggaaacacaattgtttcagtgtttctgaatctcccaagttactaaataatcaaagaattcaatcccttccgtggctctttgggaacacccttaacaactttgctccaccaacctgaaaaacgtgttgtagaggactgaggtgcagctgaaaccaaacccaatttcatgaaggttaaagtccatacttgtcgggagtaaacacaagacaaatataagctgccacttcttttttgacggaaaacagcaggagaggctcctactgcgatatattaatgtataaatatatagtttacaatagttacaaataaatacaggagaaaattaaagaaagttgtcaatccatgattgccatagaggtttgtcagtttcctttgctctgtgcatttgcagggcaaactcctgttggaaatcagataagctgccactttgactagtatctctgttttattggtggttacattatgtataacagtttacatcttataaaatcatactgctatgtaagtaataagtggtcgatgtaccaatttatatataattggtggatggttttccttttctcgagagcatttcaggcatcgccatatattagtaaatttggaattctgcaaatgtaaaacataatcatcttgttctggttctgtgaaaagagaagtcctgtatttcagatcgacgatgccactggcaatatagagtgattagctgaaccttatttagcagtgattcataagctgattggttctgcttatagctcataaaatgcaaaagccaatttataaggcctttcaaaactttcaaacatataggctatatataacttgtcctgccatgatattttcactggaaggtacacataggcttattaaatatgtccagaaaatgaaatgatcgctaagctaaatatttaggcatggtctatgattaaaactcctatagtaccacaaaccactcaatctgagcaaaactctgtgctgtttgccagcaatatatgctattaatgggatagtcaaacctgaatttaatcatttgaagtttctttaagataacatgaatatggacctgcttgatgaggattatttggaattcgtacaattgttaacttacttatatatctttttgatcgtgacacaacgagtaggattttgtttcatcaggtgatcaaaccaccataaatattcagttcttctaatctatctggttgaatccatgcatctagggtgaactcgtgatgtttattaatttattgtttttatcttgtgttgctatatatgctttagttgcttacataaaattgattgccattttctaattttaatatgtgcaatatgaactgatcaggtagaacagttgcacaagattttcaagctatgtggctccccctcagaggagtattggaaaaagtccaagctgccacatgctacaatattcaaacctcagcagccctataagcgttgtatcagagaagcatttaaagattttcctccatcttccttgccgttggttgaaactctgcttgcaattgatccagctgagcgccaaactgctacatctgccttgcaaagtgaagtatgtccatatcttttcctccttagcattgtaacagagaatgttagtgtgaagtaacataattgacctgtgatttatgtggtcctttgatacatatcacctctatgtggaatcacttctatactcttgagaacagaagaaaaaaaaatcctgcagtatgagcaaaagtgttcaagaatctttttaaacaacaatccatctttgttattgtttcagtctttcggaagcttttatagatactaaactgctggtttgacaatgtggcatctttagattaatctagttccttttctcctaataatctgagcgtagatatcctacatgagtagtgctatgacataaaatgcaaggagcaacaccaataaaatgacgttttgcacactcaaataccaagaaatggctggtattcagatgtgtaatgtactgtaactataaatggaaaagatctgttatgtttttaaatctttagatttggtttgtaccaaggacctcatctttatgaaggtctaaatggctacttagacttccagtataggttccaaaaggttttctgttttagaattgtcgatttaatatctgcatttcatgcacatgtgatatctggagatctatgcccacttattagcaccattgcaattttctagaccacatgatttaatgggttacattatgttttctgcttcaatatttagtgctgcgcttggtacgactctccctaatgttcagtacgtaggaaatctcttatttatttaattaataatatagctccacccttggtatacagtcctaatttttttattttgacgagctattaggctatcactatgtagtaaggttttatgctgtgagtattgcagttctttgcaactgagccttatgcatgtgatccatcaagcttgccgacatatccaccaagtaaggagatggatgctaagatgagagatgaggaagctagaaggtttgttgggcttacacataattatataaatcatgttatgatccttttacatttgttttgcattgattatcaacttgggccatttagactaagtaatgaatggttcactgtgcatttgaactccactttagtttttgcatctctttctctataaactaaggccgtgttcgggagtgagggttgggaaccctcactccccggcacgcaaaacggagcagcgtttaacacgtgattaattaagtattagctttttttttcaaaaatggatcaatatgattttttaagcaactttcgtatagaaactttttgcaaaaaacataccatttagtagtttgaaaagcgtgcacgcggaaaatgagggagaggggttgggaacttcctataccgaacgcagcctaagtaatgatgaatcgttctgtagttcttttattgaaaaaaaggagtgtttaagtcagagtgttttaaaggcaaactaatactatattgatattctctactgccattctttatttgggactaGgggtgggcagaattaggccgaaccgaagaaccgaaccgaaaagaccgagaccgaaaaaaccgagaccgaaaaattcggtcagcaattcggtctcaaccattaaaagaccgaaatttgttcggttaattcggtcatgggcctcaattaaccgaattgaccgaaataaccgaataaggcccaatagatctagttggcccaataagcccactaataaaaaaccctacaggcaaacaccacaccgtgcgccgtttcttccccatcagagcactgcgccgtcccgtctccatcctcttcgctccttcgctccttcaccgtgcgccgcctcccgcctccgcctctgcctccatggccgggcgccgcctccagtcggcgcgcctccgcctccgtcgccgg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Function Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9ZVM9]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_01g0016570 OsLima_01g0016570.02 Chr01 15578586 15585903 + NAM
CDS seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_01g0016570 OsLima_01g0016570.01 Chr01 15578586 15585903 + NAM
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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_01g0016570 OsLima_01g0016570.03 Chr01 15578599 15585558 + NAM
CDS seq

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A3 Chr01 15578691 15578796 + OsLima_01g0016570.03 OsLima_01g0016570.02,OsLima_01g0016570.01,OsLima_01g0016570.03 All
RI Chr01 15584343 15585903 + OsLima_01g0016570.01 OsLima_01g0016570.01,OsLima_01g0016570.02 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.340060 0.316306 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_01g0367700 RBH 2.280136 2.879464 8.608825
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os01g27020 RBH 1.581931 1.831162 2.183695
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os01g0367700 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_01g0017150 RBH 1.316491 19.077698 8.440804
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_01g0016830 RBH 0.277868 2.801369 3.616180
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_01g0017090 RBH 2.477317 14.243322 11.193931
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_01g0016470 RBH 0.504361 0.682779 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_01g0016520 RBH 6.817002 6.364137 26.155319
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_01G0255700 RBH 16.063354 27.7561945 61.5133725
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_01g0016690 RBH 0.575191 1.243833 1.372703
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_01G0253300 RBH 22.0860835 40.632721 34.358299
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_07g0026640 SBH 0.537096 0.139360 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_01g0016500 RBH 1.128427 2.310664 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_01g0016750 RBH 15.427485 81.837517 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_01g0016520 RBH 1.679806 2.111031 2.661424
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_01g0016400 RBH 0.625574 8.731000 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_01G016820 RBH 0.735308 3.115159 4.797252
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_01g0016590 RBH 2.622667 28.466167 4.243095
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