Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsLiXu_Ung0066190		OGI:99061520 \| 1/16			LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			ChrUN-Ctg489:78502-84181		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		NLS1, OsNLS1
DNA seq		tgaatagcgaaattctacccaaaaaaaaagagagaaaaaacagctgtgtgctagagagatataaggagagaggcaccattgtgctcttacaccagcacaacatgtgctgtgaatttgaaaggggaaataccagctatggaagcagcgatagtgagtgcttcgacgggagtgatgcgttccctcctcgccaagctcacaaaccttcttggtggtgagtacaagctacttaagtggctccgtagggagatggagttcctcgagagcgagctccgtagcatgagcatcttcttggagaggttggaggacacgcaaaagcttcacccccaaatgaaggattggagggatcgagtacgcgagttggcatacgacattgaggattgcatcgacgacttcatactacagcttgattccaaggatgcgaaggttgggtttgggcaaaagcttcttgcatcccgtaggattggccacatgattcgagaactcaaggcgcgtgtaatggaggagagtgagagacaaaggaggtacatgcttgatggcttggcatctgggcctagtgttcatgtgaaggttgatccacggctatcggctctctatgtcgacgaggacagattagttggtattgatgccccgagagatgagatcattgggcggctgttggacaagcggagaagtgcctcagcaaaacaggccatgacaatttccatcgtgggttgcggaggattggggaagaccacccttgccaatcaaatttactgcaaaatcaaaggaaaatttgagtgcgcagcttttgtgtcagtgttccaaaatcccaacaccaagaaggttttgacgaatattctttcccaagtggccactactgctgctgtggaagacgatgagcaagccatcatcaacaagctaagggaataccttagtgacaagaggtatgtacaccaccatccctatgtttttttatgacgttttaatatggattaggatctaatactccctctatttttactttgaccaagtttacagagaaattttagcaacatctataacaacaaatttgttttattaaaactatcattcaatatagttgataatatgtttgttttgtgttgaacatgttgctatattttttataaacctggtcaaacatAaaaaaaattaactaacaaaagagtcaaaacgattaacgatatgaaacatatgtagtaattgatagagaaaattccctatatacccctgaaaaTttactcaatcccttcaatacccctgaatttgacatcatcccttatatacccctgagttttcattttgatctcctctatacccatctccgttagttgaccattagttgaccgttaaatattttaaaatgactatattacccatcctatacatatgtggtacctaccaaataaattttcatatgaaaaattaacttatacaaaatacaagcaatataatcatttaatgcccaacttaaaaaataaaacttattattacttatttttataaaattatgattaaatccatacattagtttcaccagaaaattaagagcaaaaactaaatgttaTttaggtttaattttttgggaagatatacgaaattcatcaaatttgatctgaaatttatttaaaaatttttaatttgttttctaatttgtgataaactaattaTaCcccctttgttttttcacaacaaatcttttttcactaaatatttgttgaaaagtaattttcaaattttatgtagaacTttttttacaataaatcttttttattttaatgaaataatgttttatttttaaaaattcataacaaatatttagtaatttattccttattgattttcacatcacaaataatttacacataaaacatttatagcttttaacaatataccaaggacaataaattaatttctacaattactaacggtcaaactaatggtcaactaacggaatgggtatataaGggatccgaataaaaactcaggggtatataagagatcaaacaaatttcaggggcgtagaagggactgggtgaaattacatgggcatgtagggaattggccctaattgatattcctagtataccatgtagggtactacactcaagggtaatatagacttttcgctaatgctatacacctcacatgctacaaatgctgatctaatatggtacttctccacactccttgtaagtggcacaggtgctccataacaattgagacctgccaataatcttccatttacccttatatccgtgaacccgccattggcattcatctttcttcttcacacacaCctcacctcataaacatttttgcatgacttctctactctgaactccctttgagtcttccaatggaaaaagtacgaattacaccccccccccccccgaactatcgcggttaaccgaattaccccctactcgactgagatgacttaatctctatcgggcattaactaaagaccatcacagatgactcatccgtgacgggccctatactaatgcccgattgagacgacttaatctctatcgggcattaactaaagcccatcatcgatgagtatttttccattttccatatgaaatgtttatattcaatttatgtggtattttttattttcaatttatgagaactttaaatataattttaggctgatttatgtgtttcaaatgtaaaaatcacaaacaattaaattgtacaactcatcgagatttacaactattgtattggtcctttttacaaataagtacatttgaacaatttaaattttgaatgttcaaaatttgacatcttcgaacaaaaattagggttaataaatgatatcaaatagaaaagtcaccaaaaccaaagttgtagaattcatcgagctacaaaaTttttattttggtcatttctccatctgactctatttgaacaatttgaaatttgaaattcaaagtttgagaacttcaaataaaaTtctttttattagtgaacTacttcaactgaaaagtcattaacaacaacaaagctgtataactcatcaaggtctataacttttattttggtcatttttctatataacgttttttaacaatttgaatttgaacttgaaaatatgacaacttcaaataacatttttaaatactaaatgatttcaactggaaaagtcatcaacaacaaagttgtataacacatcaagatctataacttttatttcggtcatttcttcattcgacaaagtgatagtaacattgttcacaaaattcacatatctctcatctggctattttatgaataatcttactaacactttgtcagatgaaaaaatgacaaaaataaaagttatagatcttgatgagttatacaactttgttgttgatgacttttttagttgaaatcatttagtatttgaaaatactgttttgaagttatcatatttttcaaattcaaattcaaattgttcaaaaaaaagttatatagaaaaatgaccaaactaaaagttgtaaatcttgataagttatacaaTtttgttgctgacaattttttcaTttggaatcatttagtatttgaaaatgttatttgaagttgtcatatttttaaattcaaattcaaaccgttaaaaaaagttatatagaaaaatgaccaaactaaaagttgtaaatcttgataagttatacaagtttgttgttgacaatttttccatttgaaatcatttactacccaaaaaattattttgactaataaaataaattattatactacagttaattattttgctacaggtcaacttacaatataaacatttcatataaaaaatggaaaaatacttatcggtgacgggcattagttaaaccctgatagagattaagtaatatcaatcgagcattagtatagagccagctagtttttatctaaatcgggcccaagttggtgcccgtcacggatgacagccaacttgaggcccgattgaaatatggaatgttatctcaatcaggcctaaactacggcccgtcacggatatgtttcattcgtgacgggcctgagttttatacccatctaacatgtctgtgcgaccatttctcaatcgaacgctttatcggtccgattgagataacttccttgtgacggCccgctaattccaggcatgttagaggcagtcacagatggaaggatctggtgtcagataagcataaaaatttcgtctagctccattgctcatgctccctctttacttaTtttttagtttttttgtcactcattttaatataagaattaatagttatttgagatttattttcctatttacatgtaataattaaggtagtacatggttattcctcagaaaactgtaactccgtgcgtgcataactcaaacatgtgatgtgttacacaggtacattgtcatagttgatatatgggatatgcaaatatggaaatttattgaatgtgcgttggtcaagaactgccgtggtagcagaattatcacaacaacacgtatacatgatattgctaaattgtgctgttcatctcatggcgattatatttacgaaatgaagcctcttggagttattgactccaaaatattgttcgacaaaagaatttttgatccagaggaaaggcgcccaccgcagttgacagaagtttctgaggaaatattgaaaaaatgtggtggtttgcctttggcgatcatttccatatcaagtttgttggcaagcaaaccaaagtcaaaagatcaatgggacagggtcaaggtttctcttagctctacgcttgaaaggactccagacattgaaaccatggaatgggtgctatcactcagttactctgatcttcctaatcatttaaaaacatgtctgttatatttgagtatataacagggaacgtttggtgagtagatggattgctgaaggattcatttacaaaaaacatggacaaaatccatatgaagtgggggacagttattttaatgagcttgtgaacagaagcttgattcaaccagcaaacattaagcctgatggtcagacaaatgcttgtcgagtggatgacaccgttcatgattttattgtgtccatgtcagttgaagaaaatttcgttacattatttggtggttcaaaattggtaccaaggtcacatggtaaggttcgtcgattatctattcaaaatggcggcattcaagaaaatattgtcacatcaacgcacttggttacatcgcaagtccggtcactaactttaTttgctgtagaaatgccatctcttttaggttttggtatgttacgtgtattggacctagaagattgttatgcattagaagactatcatcttacgaacctggaaaggctagtccagttacggtatttgagtataagaacatcacccattagtgaactcccgaaacaaattgggcagcttcaatatctggaaacactagatttaagagctacgggtgtgcaagaattgccatcaaccattggtagactaaagagtttggtccgtttattcgttgattatcatgttaaattatcaaaagaaatcagcaatatgcatgcactggaagagctaacaagtttctcagccttgatgtactctccagactttctgaaagaactaggtcagcttacaaacatgagggtgctccgagtaatttgtgactgtgatggctttaaaggtgatgcaggaagttgcttggaaaatttag More
CDS seq		atggaagcagcgatagtgagtgcttcgacgggagtgatgcgttccctcctcgccaagctcacaaaccttcttggtggtgagtacaagctacttaagtggctccgtagggagatggagttcctcgagagcgagctccgtagcatgagcatcttcttggagaggttggaggacacgcaaaagcttcacccccaaatgaaggattggagggatcgagtacgcgagttggcatacgacattgaggattgcatcgacgacttcatactacagcttgattccaaggatgcgaaggttgggtttgggcaaaagcttcttgcatcccgtaggattggccacatgattcgagaactcaaggcgcgtgtaatggaggagagtgagagacaaaggaggtacatgcttgatggcttggcatctgggcctagtgttcatgtgaaggttgatccacggctatcggctctctatgtcgacgaggacagattagttggtattgatgccccgagagatgagatcattgggcggctgttggacaagcggagaagtgcctcagcaaaacaggccatgacaatttccatcgtgggttgcggaggattggggaagaccacccttgccaatcaaatttactgcaaaatcaaaggaaaatttgagtgcgcagcttttgtgtcagtgttccaaaatcccaacaccaagaagaactgccgtggtagcagaattatcacaacaacacgtatacatgatattgctaaattgtgctgttcatctcatggcgattatatttacgaaatgaagcctcttggagttattgactccaaaatattgttcgacaaaagaatttttgatccagaggaaaggcgcccaccgcagttgacagaagtttctgaggaaatattgaaaaaatgtggtggtttgcctttggcgatcatttccatatcaagtttgttggcaagcaaaccaaagtcaaaagatcaatgggacagggtcaaggtttctcttagctctacgcttgaaaggactccagacattgaaaccatggaatgggtgctatcactcagttactctgatcttcctaatcatttaaaaacatgtctggaacgtttggtgagtagatggattgctgaaggattcatttacaaaaaacatggacaaaatccatatgaagtgggggacagttattttaatgagcttgtgaacagaagcttgattcaaccagcaaacattaagcctgatggtcagacaaatgcttgtcgagtggatgacaccgttcatgattttattgtgtccatgtcagttgaagaaaatttcgttacattatttggtggttcaaaattggtaccaaggtcacatggtaaggttcgtcgattatctattcaaaatggcggcattcaagaaaatattgtcacatcaacgcacttggttacatcgcaagtccggtcactaactttaTttgctgtagaaatgccatctcttttaggttttggtatgttacgtgtattggacctagaagattgttatgcattagaagactatcatcttacgaacctggaaaggctagtccagttacggtatttgagtataagaacatcacccattagtgaactcccgaaacaaattgggcagcttcaatatctggaaacactagatttaagagctacgggtgtgcaagaattgccatcaaccattggtagactaaagagtttggtccgtttattcgttgattatcatgttaaattatcaaaagaaatcagcaatatgcatgcactggaagagctaacaagtttctcagccttgatgtactctccagactttctgaaagaactaggtcagcttacaaacatgagggtgctccgagaagttgcttggaaaatttag More
Protein seq		MEAAIVSASTGVMRSLLAKLTNLLGGEYKLLKWLRREMEFLESELRSMSIFLERLEDTQKLHPQMKDWRDRVRELAYDIEDCIDDFILQLDSKDAKVGFGQKLLASRRIGHMIRELKARVMEESERQRRYMLDGLASGPSVHVKVDPRLSALYVDEDRLVGIDAPRDEIIGRLLDKRRSASAKQAMTISIVGCGGLGKTTLANQIYCKIKGKFECAAFVSVFQNPNTKKNCRGSRIITTTRIHDIAKLCCSSHGDYIYEMKPLGVIDSKILFDKRIFDPEERRPPQLTEVSEEILKKCGGLPLAIISISSLLASKPKSKDQWDRVKVSLSSTLERTPDIETMEWVLSLSYSDLPNHLKTCLERLVSRWIAEGFIYKKHGQNPYEVGDSYFNELVNRSLIQPANIKPDGQTNACRVDDTVHDFIVSMSVEENFVTLFGGSKLVPRSHGKVRRLSIQNGGIQENIVTSTHLVTSQVRSLTLFAVEMPSLLGFGMLRVLDLEDCYALEDYHLTNLERLVQLRYLSIRTSPISELPKQIGQLQYLETLDLRATGVQELPSTIGRLKSLVRLFVDYHVKLSKEISNMHALEELTSFSALMYSPDFLKELGQLTNMRVLREVAWKI
Function		Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2R8L1]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLiXu_Ung0066190	OsLiXu_Ung0066190.01	ChrUN-Ctg489	78502	84181	+	NAM
CDS seq	atggaagcagcgatagtgagtgcttcgacgggagtgatgcgttccctcctcgccaagctcacaaaccttcttggtggtgagtacaagctacttaagtggctccgtagggagatggagttcctcgagagcgagctccgtagcatgagcatcttcttggagaggttggaggacacgcaaaagcttcacccccaaatgaaggattggagggatcgagtacgcgagttggcatacgacattgaggattgcatcgacgacttcatactacagcttgattccaaggatgcgaaggttgggtttgggcaaaagcttcttgcatcccgtaggattggccacatgattcgagaactcaaggcgcgtgtaatggaggagagtgagagacaaaggaggtacatgcttgatggcttggcatctgggcctagtgttcatgtgaaggttgatccacggctatcggctctctatgtcgacgaggacagattagttggtattgatgccccgagagatgagatcattgggcggctgttggacaagcggagaagtgcctcagcaaaacaggccatgacaatttccatcgtgggttgcggaggattggggaagaccacccttgccaatcaaatttactgcaaaatcaaaggaaaatttgagtgcgcagcttttgtgtcagtgttccaaaatcccaacaccaagaagaactgccgtggtagcagaattatcacaacaacacgtatacatgatattgctaaattgtgctgttcatctcatggcgattatatttacgaaatgaagcctcttggagttattgactccaaaatattgttcgacaaaagaatttttgatccagaggaaaggcgcccaccgcagttgacagaagtttctgaggaaatattgaaaaaatgtggtggtttgcctttggcgatcatttccatatcaagtttgttggcaagcaaaccaaagtcaaaagatcaatgggacagggtcaaggtttctcttagctctacgcttgaaaggactccagacattgaaaccatggaatgggtgctatcactcagttactctgatcttcctaatcatttaaaaacatgtctggaacgtttggtgagtagatggattgctgaaggattcatttacaaaaaacatggacaaaatccatatgaagtgggggacagttattttaatgagcttgtgaacagaagcttgattcaaccagcaaacattaagcctgatggtcagacaaatgcttgtcgagtggatgacaccgttcatgattttattgtgtccatgtcagttgaagaaaatttcgttacattatttggtggttcaaaattggtaccaaggtcacatggtaaggttcgtcgattatctattcaaaatggcggcattcaagaaaatattgtcacatcaacgcacttggttacatcgcaagtccggtcactaactttaTttgctgtagaaatgccatctcttttaggttttggtatgttacgtgtattggacctagaagattgttatgcattagaagactatcatcttacgaacctggaaaggctagtccagttacggtatttgagtataagaacatcacccattagtgaactcccgaaacaaattgggcagcttcaatatctggaaacactagatttaagagctacgggtgtgcaagaattgccatcaaccattggtagactaaagagtttggtccgtttattcgttgattatcatgttaaattatcaaaagaaatcagcaatatgcatgcactggaagagctaacaagtttctcagccttgatgtactctccagactttctgaaagaactaggtcagcttacaaacatgagggtgctccgagaagttgcttggaaaatttag More
Protein seq	MEAAIVSASTGVMRSLLAKLTNLLGGEYKLLKWLRREMEFLESELRSMSIFLERLEDTQKLHPQMKDWRDRVRELAYDIEDCIDDFILQLDSKDAKVGFGQKLLASRRIGHMIRELKARVMEESERQRRYMLDGLASGPSVHVKVDPRLSALYVDEDRLVGIDAPRDEIIGRLLDKRRSASAKQAMTISIVGCGGLGKTTLANQIYCKIKGKFECAAFVSVFQNPNTKKNCRGSRIITTTRIHDIAKLCCSSHGDYIYEMKPLGVIDSKILFDKRIFDPEERRPPQLTEVSEEILKKCGGLPLAIISISSLLASKPKSKDQWDRVKVSLSSTLERTPDIETMEWVLSLSYSDLPNHLKTCLERLVSRWIAEGFIYKKHGQNPYEVGDSYFNELVNRSLIQPANIKPDGQTNACRVDDTVHDFIVSMSVEENFVTLFGGSKLVPRSHGKVRRLSIQNGGIQENIVTSTHLVTSQVRSLTLFAVEMPSLLGFGMLRVLDLEDCYALEDYHLTNLERLVQLRYLSIRTSPISELPKQIGQLQYLETLDLRATGVQELPSTIGRLKSLVRLFVDYHVKLSKEISNMHALEELTSFSALMYSPDFLKELGQLTNMRVLREVAWKI More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLiXu_Ung0066190	OsLiXu_Ung0066190.02	ChrUN-Ctg489	78590	84104	+	IsoSeq
CDS seq	atggtcagacaaatgcttgtcgagtggatgacaccgttcatgattttattgtgtccatgtcagttgaagaaaatttcgttacattatttggtggttcaaaattggtaccaaggtcacatggtaaggttcgtcgattatctattcaaaatggcggcattcaagaaaatattgtcacatcaacgcacttggttacatcgcaagtccggt More
Protein seq	MVRQMLVEWMTPFMILLCPCQLKKISLHYLVVQNWYQGHMVRFVDYLFKMAAFKKILSHQRTWLHRKSG

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.000000	0.0	0.614267

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_11g0249000	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os11g14380	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os11g0249000	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_11g0009120	SBH	0.0	0.0	0.219222
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_11g0009010	SBH	0.0	0.000000	0.0
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_11g0009040	SBH	0.0	0.770641	0.0
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_11g0008860	SBH	0.0	0.040590	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_11g0008940	SBH	0.523941	20.130774	8.930035
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_11G0122000	SBH	3.066209	49.2218055	0.036274
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_11g0008960	SBH	0.060586	0.812950	0.122693
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_11G0124900	SBH	6.3988355	32.3905935	0.088394
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_11g0009040	SBH	0.125777	0.298650	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_11g0009130	SBH	0.049215	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_11g0009020	SBH	0.000000	34.296730	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_11g0008910	RBH	0.000000	0.0	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_11g0009040	SBH	0.0	2.728632	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_11G009100	SBH	0.0	0.0	0.0
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_11g0008950	SBH	0.000000	33.508770	2.144421

Custom TreePlot

Powered by

© 2021- Rice Gene Index @Zhang Lab. All Rights Reserved.

National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement

Huazhong Agricultural University

Any comments and suggestions, please contact us.