Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_Ung0055010 OGI:10005900 | 16/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) ChrUN-Ctg422:1035766-1044994
Gene Symbol OsFbox510, Os_F0210, OsFbox515, Os_F0086, OsFbox517, Os_F0054
DNA seq

ttggacaatgggaaaagctgattgatatatcaactaaaattgaaagcaggtcacaggattgtaacaaaactatcagaaaaaaaaaacatgaatcccatatgggatactcaaacatgtaacatgcagtgttctgatcatgtgatcaatggttttctagcaaacaatgtaaccaaacaggcagaacgaatatccgcgaatagaacaacactgagtgacattacaaggtacaagcaatggagcaactcaagaagtcaagatccaagacaactgattgggtgcactcaagtcgtagcaccaaacaagagcggaagataaactagtcttatgtgccatcgaactcagctggaatcaaccaatgtatgtatatccatcccaaaaagaatattatttttcgatgggacaacaagagaagagatcctttgatatttcatatctactcaggccagaaaattagaggcccttgatgctgcatctggctttaggtttgatatgaatctgagcagtggtcataccgctactaacaaagaagtcaaccaagtggttgatcaggggatcattctccgagcatatgacttcaacaatcttaagatgaccacatgtaaatgatctttcagtaagctcaccaatgattctttgttgctgataacgaaactgtagcaaagaaaacaggtaagctatatcctgaagacaagctcatgtgcaaaattttcaagttggatcagtacacatttggagaagatcatttaccggatggagtttcagtgttagcttctctagtcttggtgtgttctgcatgaataaaattaaagcatagaaattcgcatccagacaccatcgaccgagagtcaggttgacaacattgttgaatttcggacacaattgcaaatggccttcgattgtcagctgcacaagattgaaatgattagctggctaaaaaaaacttccaacaaaattgagcgagctaacattatgtgataaatatcctgtttgcagcgcaggtataactgtaagaatgttaaaggaccacgagaagaagaaaaaaaacttatgacaacaaaaatacagcattaaagcatgctatagtttttatttttattttttgccatcaacaagaatccaaagccaggagaatatttgaattaattgtcaggatgctttctaagaaagtcgagtacattagtacaacaatgaaaatacaacgcaactatgtcatgattcaagaggtagcagtacaagacagatttcttgctaaagcattttccatttgcatgttgcctttgaatgcctcttaatttttgaagttatgtaaaactgtcaaatgaagttaaataatcactcaaatattagacaagatacattttcagttggtaaccccaaaattgaatccacatcacaaaatattagagttgtcgaataggaaatgctccagtcccttgtgaagaacaaaaagcttccaactaaggtatttctaataaagtgatcaactggttgatttatctacagatgacctgggtacatgaacaagattgcatcaagtggttgacaggttgagttatcatatcagcgcatcatgatttcatgacataagaattagccatagaggcaactaatatagtgctgttatgaagtgtcaggaagcataccgcgctttagatttcactttttcaaattgataccaaaattaagatgcatggatatgctaagatagaggggaatatgtaagataaaaaatcatacctcgcccagataatagaactccaaatttttaacaccagaaagtgcccatagatattggcgcaaacccctagcatcaaattcatcaataaactcactaggtttaactgatgcagtcactactgatgccatgtccttcagtacaactatgccgtgcgcaggcctccacaatgtcagagaagtaacacttggagtattaatagaagtcttgtgttccatggagaacttagtgtccttgatggtcaaaaccttcagtgtctgggaggagatctcatcaccgctaatgacgcagtcatctaaggagagatcttccaatgctggacagcccgactcgagttgcttgaagaaaccatcttccagaagaacatttgagaacacaacttttgtcaggtagcttgaagtaaacacagagtgatcaatcaccaacaggtagaggtcagcgaggtcaacgtaaacctctacaacccgggccttcttctgcaaagcttgactgatccacctgttggcggcagcatcttgcgactcggtgtcatcctcgttgtcatcagatatggagtaccagagacagaacttgtcaatagaggcaacagggtcgcggagttccagcagccggttgacaaatctcttgaacatcggcaccgccaccgccaacgcctcgtcgtatcccgctttagtgtccgtcatctcgaagaactcgttgtagtccgcgttgatgagaggcatggagagccagaggttgcgccaccgccgcgagagcacgcacgtctgcactgcctcgcgcaaggtgaggaaggacatgatgcggtgaagaactccttcggggaggccgctgatcatgtcagtgctgggggcgtccctcttgaacatggtgtccgagccacgcccgcggaggccattcgtcgaataggtgtcgtgcgcggactggaatctgcaggacgggagaaaaaaaaatcaatcaaggatcaataccccatggatccgcagctcagaactataagcaacaaagatttgggatcgcagtgcaacactcgagcagaaaaaaatcaatcgggttaaatgaaatctccatggaccgaagaggcaagatgcaagaaagaaaccatgaatcgagcaagattcggcatcgcagcaaagcgagattcgagcagaaaattgatggatgggtgaaaattttccagcaaatcgaagaaggaaaaaggaagaagaagcatacttgacaatcatttggcgatcgcgccgcaagcacagttcacctcagaaagggaaggggagtgaggaaagggggaatgctccagaaggcaggcagatcgagcagctttgtatattttccgttttatttttgtggcctctgctctggaaaaatattctatttgtcctataaaatatatataaaaaaagactgtctatgtgacgtccagctgatatttttttgtctttttgtctgaatttctagccgtcggatagaccacgtgccagcatcgagcgcttctctctgtcagcgtcttgttggaccggatatgggcttcaagcacgttgtgctatgtccgttataaaaggcccaacaaacaaatgggctagaaaaaacacacaggacgagcccactttgcacacaacaaacgatttcgctatcgatttcgctatatacttgtcatcaaatttctccccctaatatttgtcagatgtagctctgttaatagctaacattctcaacatttcatctatataaagctactagcatatgttttctctcaacatatgtcaggctatgaaataacatgtcatgtataatgtaactgtattcaaattttagttctctctgaacatccaaaacccttgggaaaaatttttttggatgcaaatgcatcaaaaaaaactctagtgcctaactagattgagcattatctccaatggaagatcagccagaacacatcacaagattgaatttatctgttagcttcctagtcatccatagcacaattagacccgatcctctacctcatctctaccatccaacttaatcaaatggacattattcttttcctttatttctgctctttagcccataaatgtgtgaaaacattgcatttgtatctagccatgagcatatattttttatttttctaacataaaataagcgttgggatattcatattacaaaggtgaaaataccatatgattcatctactaattaagaaatgaaaaccttgctgaattagttaaaaaaatattttgtcaagtaatatcatcccaaaaaactactcctacatgagcttagtaacaacaactgaaattggaacacatgattgtctgaaacaaaagtatagtgctatgcaatataagctcaattactaaaataaaacagatcttcgctataaagatcttgatctttcaatccaacttggaaatgagctaaaaaaacaatctacaatgggccagaccagttgatgggccaagtaatcctgtccattggattaagtcggatagagatgaagtaaagtcacggtgtgactttaatggccaaaggcagaggatctgcgtccctgcaaaatttatacattttagttagttaccaagatgcaaatatttcagtttcaatttgtgtgacaaaaaataaaattatgtgcatcttcatattgaattttgttgtcgcaaaattcagaatgagtactagcttacaactagagatggcaacgggtgtacacccatcaggttttcttagcctagacccacacctgtgatggtgaaaagttcccacttcaacacccacatttgctcgcgggtacaagattttccctgtacccacacctatgagagtaatgggtatccattgggtacccatacccactacgctaacttagagagcttctaattttgcacaataattagacgattacaacaacaaccacgaatatcatataaggcaaccttaattttaatattaacattcaaatgcaagtaaacaaaccatgtaagaattagatcatatatgacaactaaacaaaccatacttgtattaaatcatatattaatgttcaaattaagtaaacatcatgctaagcacatgggtactttttacccatgggtaagtgggtacgggtggctaaagaataaactcatacccatttacccaacaggtaaggattttttagaacatgggtaaggatttttgtctgttagtaaacccatgggtataagaattagaccgtatgtgacttctaatagagtaaacaacctatcgggtctcaggttatgggcatcattgccat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CDS seq

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Protein seq

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Function F-box protein At3g03040 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LDJ9]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_Ung0055010 OsLiXu_Ung0055010.01 ChrUN-Ctg422 1035845 1044994 - NAM
CDS seq

atgggctgtccagcattggaagatctctcgtttcatgattgctttatttttgatggtgaggtctcctcccagacactgaagatttctatttctactccgagtgttacttctctgaccctggataatcctatggatggcatagttgtgctaaaggacatgaaatcactagtgagagcatcagttagacttaatagacaatggccgcacgatgattttgatgctagggatttacggaattatctctggaccctatctggcattgaaaatttgaagttctattgtggcaggagaaagctgacaatccaaaacagtctgcagtggtgtccaaaattcttcaatcttgtcagcctgactctcggtcactggtgtctgcatggaaacttctatacactaattgtcttccttcagaactcaccaagactggagaagctaactctgatactcggaaatgaccattggaaaacgtttgaagcaagcattggtgacaagcttgatgaaagatcatttacatgtgagcatattatgagtgttaaagtcagatgctcggaggatgatcccatggtaagcggtgtggtcaacttctttgttaatagtggaatattccagtccgcgcacgacacctattcgacgaatggcctccgcgggcgtggctcggacaccatgttcaagagggacgcccccagcactgacatgatcagcggcctccccgaaggagttcttcaccgcatcatgtccttcctcaccttgcgcgaggcagtgcagacgtgcgtgctctcgcggcggtggcgcaacctctggctctccatgcctctcatcaacgcggactacaacgagttcttcgagatgacggacactaaagcgggatacgacgaggcgttggcggtggcggtgccgatgttcaagagatttgtcaaccggctgctggaactccgcgaccctgttgcctctattgacaagttctgtctctggtactccatatctgatgacaacgaggatgacaccgagtcgcaagatgctgccgccaacaggtggatcagtcaagctttgcagaagaaggcccgggttgtagaggtttacgttgacctcgctgacctctacctgttggtgattgatcactctgtgtttacttcaagctacctgacaaaagttgtgttctcaaatgttcttctggaagatggtttcttcaagcaactcgagtcgggctgtccagcattggaagatctctccttagatgactgcgtcattagcggtgatgagatctcctcccagacactgaaggttttgaccatcaaggacactaagttctccatggaacacaagacttctattaatactccaagtgttacttctctgacattgtggaggcctgcgcacggcatagttgtactgaaggacatggcatcagtagtgactgcatcagttaaacctagtgagtttattgatgaatttgatgctaggggtttgcgccaatatctatgggcactttctggtgttaaaaatttggagttctattatctgggcgagctgacaatcgaaggccatttgcaattgtgtccgaaattcaacaatgttgtcaacctgactctcggtcgatggtgtctggatgcgaatttctatgctttaattttattcatgcagaacacaccaagactagagaagctaacactgaaactccatccgtttcgttatcagcaacaaagaatcattggtgagcttactgaaagatcatttacatgtggtcatcttaagattgttgaagtcatatgctcggagaatgatcccctgatcaaccacttggttgacttctttgttagtagcggtatgaccactgctcagattcatatcaaacctaaagccagatgcagcatcaagggcctctaa

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_Ung0055010 OsLiXu_Ung0055010.02 ChrUN-Ctg422 1035766 1038847 - IsoSeq
CDS seq

gccacaaaaataaaacggaaaatatacaaagctgctcgatctgcctgccttctggagcattccccctttcctcactccccttccctttctgaggtgaactgtgcttgcggcgcgatcgcc

Protein seq

ATKIKRKIYKAARSACLLEHSPFPHSPSLSEVNCACGAIA

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.806118 0.0 0.894464

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_10g0126000 SBH 1.717123 1.891064 7.372031
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os10g03690 RBH 1.061145 1.215766 1.830963
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os10g0126000 SBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_10g0001260 RBH 0.506200 2.758842 4.658386
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_10g0001260 RBH 0.000000 0.000000 1.974653
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_10g0001230 RBH 0.673449 2.347845 9.506536
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_10g0001170 RBH 0.263963 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_10g0001210 RBH 5.722209 4.579731 12.433402
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_10G0030400 RBH 6.2987445 4.2232265 14.9764305
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_10g0001330 RBH 0.0 0.0 0.0
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_10G0034200 SBH 2.079148 2.0945665 7.0703795
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_10g0001210 RBH 0.177105 0.000000 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_10g0001290 RBH 0.485240 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_10g0001300 RBH 0.0 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_10g0001220 SBH 0.000000 0.0 0.000000
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_10g0001250 RBH 0.386138 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_10G001240 RBH 0.318734 0.952789 2.023957
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_10g0001120 RBH 1.513822 6.351990 4.641785
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