Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_Ung0016430 OGI:99025510 | 1/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) ChrUN-Ctg124:257745-265538
Gene Symbol -
DNA seq

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Function Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16860 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LFL5]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_Ung0016430 OsLiXu_Ung0016430.01 ChrUN-Ctg124 257745 265538 + NAM
CDS seq

atgcttttgaacttgcctaaggcggtaaaaccaattggagtatggttcctttcaggtgcaagggcagcatgcattggtgtagatgtttatcctagtcactttgcatccctattgaaggaatgcaagtctgcaaatacagttcatcaaattcaccaacagataattgcttctggtcttttttctttgcccacaccattattgtcagtctcactaccagcattgccatccgaaccatttatatctccaagatctctgggtactggtgtcgtagcttcttatcttgcttgtggtgctaccgactatgctctcttggtgttggaacgtgttacaccgtcaccagctgtgtggtggaatctacttatccgagaacacatcaaacaaggccgccttgacagtgcaattaatgtctcttgccgcatgctgcgtgctggaactaggccggaccattttactctaccacatgtattaaaagcatgtggagagctaccttcataccgttgtggtagtgcattccatggattgatatgctgcaatggctttgagtccaatgtcttcatatgcaatgcgttggtggcaatgtattcccgttgtggttctttggaggaagccagcatgatctttgatgaaataactcagaggggtattgatgatgttatctcatggaactctattgtttcagcccatgttaaaagtagtaatgcttggactgcattggatctgttttcaaagatgacattgattgtccatgagaagcctacaaatgaaaggtcagacatcattagcattgtcaacatactccctgcatgtggttctctaaaggcagtacctcaaactaaagaagtccatggtaatgctattcgtaatggcacatttccagatgtttttgttggtaatgccctgattgatgcttacgctaagtgtggtttgatggaaaacgcggtaaaggttttcaacatgatggaattcaaagatgtggtttcttggaacgcaatggtggctgggtactcccaaagtggcaactttgaggcagcctttgagcttttcaagaacatgcgcaaggaaaatatcccattagatgtggtaacatggactgctgtaattgcaggctattctcagaggggatgcagccatgaagcactcaatttattccgtcaaatgatattttctgggtccttgccaaattgtgtcacaatcatctctgtgttgtctgcctgcgcttctttgggagcattttctcagggtacggaaattcatgcctactctctaaagaactgtcttctaaccttggataatgattttggtggtgaggatgaggatcttatggtgtacaacgcgctaatagatatgtactcaaagtgcagaagcttcaaagctgcacgctccatatttgatgatatacctctagaggaacgcaatgttgtcacctggactgtcatgatcggggggcatgcacaatatggggactcaaatgatgccctcaagcttttcgtggagatgatttcggaaccatatggagtagccccaaatgcttatacaatttcgtgcattttgatggcttgtgcacatttggcagccatacgtataggtaagcagattcatgcttatgtgcttcgtcatcaccgatatgaatcatctgcatactttgtggcgaactgcctcattgatatgtactcgaagtgtggggatgttgatacagctaggcatgtattcgatagcatgtctcaaaagagtgctatttcttggacatcaatgatgacagggtatggaatgcacggtcgtggtagtgaggccctggacatatttgacaagatgcggaaagcaggctttgttcctgacgatataaccttcctggttgttctttatgcttgtagtcattgtggaatggttgatcaaggtctatcgtactttgacagcatgagtgtagattatggtttgacacctcgggcagagcactatgcctgtgctattgacttgctggcccgctctgggcgattagataaggcatggagaacagttaaggatatgccaatggagcccaccgcagtagtttgggttgcattactgagtgcctgtagagtacattcaaatgttgaacttgctgaacatgctctgaacaaactggtcgagatgaatgctgaaaatgatggatcttacacgcttatctccaacatatatgccactgcagggcggtggaaggatgtagcgaggatcaggcacttgatgaagaaatcaggaattaagaagaggccaggatgcagctgggtccaggctagctctttcaaagatcagtag

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.000000 0.0 0.000000

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_04g0218100 SBH 1.716835 1.716380 4.884757
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g14130 SBH 1.176248 1.089690 1.272469
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os04g0218100 SBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_04g0004540 SBH 0.767107 7.085005 8.837307
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_04g0005200 SBH 0.164408 1.192615 4.607664
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_04g0004760 SBH 0.789720 2.986150 11.800208
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_04g0004750 SBH 0.199648 0.295084 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_04g0004650 SBH 5.203103 10.971343 18.948273
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_04G0112900 SBH 3.3480395 11.8399375 8.9614355
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_04g0004740 SBH 0.250290 0.877884 2.236510
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_04G0120900 SBH 4.2855745 14.656107 12.5276515
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_04g0004500 SBH 0.333794 0.400960 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_04g0004810 SBH 0.876180 10.326959 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_04g0004570 SBH 4.387198 15.636606 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_04g0004450 RBH 0.000000 0.000000 0.565153
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0004720 SBH 0.218898 3.194929 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_04G004870 SBH 0.919815 4.944508 3.542656
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_04g0004580 SBH 1.414393 11.363896 4.074650
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