Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_10g0015840 | OGI:10048420 | 16/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr10:21252200-21262740 | ||||||||
| Gene Symbol | PPR1, Rf4, Rf-4, PPR782a, PPR9, PPR3, PPR458, PPR7, PPR4, PPR794, PPR6, PPR6-794, PPR5, Rf5, Rf1a, RF1, Rf1 (Rf-1), rf-1, PPR791, PPR8-1, Rf-1, Rf1, Rf-1A, Rf5, Rf1a, RF5, Rf5(t)*(Rf(t)*), RF1A, PPR6, RF1B, RF1b, Rf-1B, PPR7, PPR11 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MARRAASRAVGALRSDGSIQGRGGRAGGSGAEDARHVFDELLRRGRGASIYGLNRALADVARHSPAAAVSRYNRMARAGAGKVTPTVHTYGILIGCCCRAGRLDLGFAALGNVVKKGFRVEAITFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTELSCMPDVFSCTILLKGLCDENRSQEALELLHMMADDRGGGSAPDVVSYTTVINGFFKEGDSDKAYSTYHEMLDRRISPDVVTYSSIIAALCKGQAMDKAMEVLTTMVKNGVMPNCMTYNSILHGYCSSEQPKEAIGFLKKMRSDGVEPDVVTYNSLMDYLCKNGRSTEARKIFDSMTKRGLEPDIATYCTLLQGYATKGALVEMHALLDLMVRNGIHPDHHVFNILICAYAKQEKVDEAMLVFSKMRQHGLNPNVVTYGAVIGILCKSGRVEDAMLYFEQMIDEGLSPGNIVYNSLIHGLCTCNKWERAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIHSHCKEGRVIESEKLFDLMVRIGVKPNVITYSTLIDGYCLAGKMDEATKLLSSMFSVGMKPDCVTYNTLINGYCRVSRMDDALALFKEMVSSGVSPNIITYNIILQGLFHTRRTAAAKELYVGITKSGTQLELSTYNIILHGLCKNNLTDEALRMFQNLCLTDLQLETRTFNIMIGALLKVGRNDEAKDLFAALSANGLVPDVRTYSLMAENLIEQGLLEELDDLFLSMEENGCTANSRMLNSIVRKLLQRGDITRAGTYLSMIDEKHFSLEASTASLAGMARRAASRAVGALRSDGSIQGRGGRAGGSGAEDARHVFDELLRRGRGASIYGLNRALADVARHSPAAAVSRYNRMARAGAGKVTPTVHTYGILIGCCCRAGRLDLGFAALGNVVKKGFRVEAITFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTELSCMPDVFSCTILLKGLCDENRSQEALELLHMMADDRGGGSAPDVVSYTTVINGFFKEGDSDKAYSTYHEMLDRRISPDVVTYSSIIAALCKGQAMDKAMEYSAWILLFRAAERGYWISQKMRSDGVEPDVVTYNSLMDYLCKNGRSTEARKIFDSMTKRGLEPDIATYCTLLQGYATKGALVEMHALLDLMVRNGIHPDHHVFNILICAYAKQEKVDEAMLVFSKMRQHGLNPNVVTYGAVIGILCKSGRVEDAMLYFEQMIDEGLSPGNIVYNSLIHGLCTCNKWERAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIHSHCKEGRVIESEKLFDLMVRIGVKPNVITYSTLIDGYCLAGKMDEATKLLSSMFSVGMKPDCVTYNTLINGYCRVSRMDDALALFKEMVSSGVSPNIITYNIILQGLFHTRRTAAAKELYVGITKSGTQLELSTYNIILHGLCKNNLTDEALRMFQNLCLTDLQLETRTFNIMIGALLKCGRMDEAKDLFAAHSANSLVPDVWTYSLMAENLIEQGSLEELDDLFLSMEENGCSADSRMLNSIVRKLLQRGDITRAGTYLFMIDEKHFSLEASTASFLLESSPIVWEQISRIS |
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| Function | Protein Rf1, mitochondrial [UniProtKB/Swiss-Prot:Q76C99] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_10g0015840 | OsLiXu_10g0015840.01 | Chr10 | 21252200 | 21262740 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggcgcgccgcgccgcttcccgcgctgttggcgcccttcgctcggacggctcgatccaagggcgaggaggccgcgcggggggcagtggcgccgaggacgcacgccacgtgttcgacgaattgctccggcgtggcaggggcgcctcgatctacggcttgaaccgcgccctcgccgacgtcgcgcgtcacagccccgcggccgccgtgtcccgctacaaccgcatggcccgagccggcgccggcaaggtaactcccaccgtgcacacctatggcattctcatcggttgctgctgccgcgcgggccgcttggacctcggtttcgcggccttgggcaatgtcgtcaagaagggatttagagtggaagccatcaccttcactcctctgctcaagggcctctgtgccgacaagaggacgagcgacgcaatggacatagtgctccgcagaatgaccgagctcagctgcatgccagatgttttctcctgcaccattcttctcaagggtctgtgtgatgagaacagaagccaagaagctctcgagctgctgcacatgatggctgatgatcgaggaggaggtagcgcacctgatgtggtgtcgtataccactgtcatcaatggcttcttcaaagagggggattcagacaaagcttacagtacataccatgaaatgcttgatcggaggatttcaccagatgttgtgacttacagctctattattgctgcgttatgcaagggtcaagctatggacaaagccatggaggtacttaccacgatggttaagaatggtgtcatgcctaattgcatgacatataatagtattctgcatggatattgctcttcagagcagccgaaagaggctattggatttctcaaaaagatgcgcagtgatggtgtcgaaccagatgttgttacttataactcgctcatggattatctttgcaagaacggaagatccaccgaagctagaaagatttttgattctatgaccaagaggggcctagagcctgatattgctacctattgtaccctgcttcaggggtatgctaccaaaggagcccttgttgagatgcatgctctcttggatttgatggtacgaaacggcatccaccctgatcatcatgtattcaacattctaatatgtgcatacgctaaacaagagaaagtagatgaggcaatgcttgtattcagcaaaatgaggcagcatggattgaatccgaatgtagtgacgtatggagcagttataggcatactttgcaagtcaggcagagtagaagatgctatgctttattttgagcagatgatcgatgaaggactaagccctggcaacattgtttataactccctaattcatggtttgtgcacctgtaacaaatgggagagagctgaagagttaattcttgaaatgttggatcgaggcatctgtctgaacactattttctttaattcaataattcacagtcattgcaaagaagggagggttatagaatctgaaaaactctttgacctgatggtacgtattggtgtgaagcccaatgtcattacgtacagtactctcatcgatggatattgcttggcaggtaagatggatgaagcaacgaagttactctccagcatgttctcagttggaatgaaacctgattgtgttacatataatactttgattaatggctactgtagagttagcaggatggatgacgcattagctcttttcaaagagatggtgagcagtggtgttagtcctaatattattacgtataacataattctgcaaggtttatttcataccagaagaactgctgctgcaaaagaactctatgtcgggattaccaaaagtggaacgcagcttgaacttagcacatacaacataatccttcatgggctttgcaaaaacaatctcactgacgaggcacttcgaatgtttcagaacctatgtttgacggatttacagctggagactaggacttttaacattatgattggtgcattgcttaaagttggcagaaatgatgaagccaaggatttgtttgcagctctctcggctaacggtttagtgccagatgttaggacctacagtttaatggcagaaaatcttatagagcaggggttgctagaagaattggatgatctatttctttcaatggaggagaatggctgtactgccaactcccgcatgctaaattccattgttaggaaactgttacagaggggtgatataaccagggctggcacttacctttccatgattgatgagaagcacttttccctcgaagcatccactgcttccttggcaggcatggcgcgccgcgccgcttcccgcgctgttggcgcccttcgctcggacggctcgatccaagggcgaggaggccgcgcggggggcagtggcgccgaggacgcacgccacgtgttcgacgaattgctccggcgtggcaggggcgcctcgatctacggcttgaaccgcgccctcgccgacgtcgcgcgtcacagccccgcggccgccgtgtcccgctacaaccgcatggcccgagccggcgccggcaaggtaactcccaccgtgcacacctatggcattctcatcggttgctgctgccgcgcgggccgcttggacctcggtttcgcggccttgggcaatgtcgtcaagaagggatttagagtggaagccatcaccttcactcctctgctcaagggcctctgtgccgacaagaggacgagcgacgcaatggacatagtgctccgcagaatgaccgagctcagctgcatgccagatgttttctcctgcaccattcttctcaagggtctgtgtgatgagaacagaagccaagaagctctcgagctgctgcacatgatggctgatgatcgaggaggaggtagcgcacctgatgtggtgtcgtataccactgtcatcaatggcttcttcaaagagggggattcagacaaagcttacagtacataccatgaaatgcttgatcggaggatttcaccagatgttgtgacttacagctctattattgctgcgttatgcaagggtcaagctatggacaaagccatggagtattctgcatggatattgctcttcagagcagccgaaagaggctattggatttctcaaaagatgcgcagtgatggtgtcgaaccagatgttgttacttataactcgctcatggattatctttgcaagaacggaagatccaccgaagctagaaagatttttgattctatgaccaagaggggcctagagcctgatattgctacctattgtaccctgcttcaggggtatgctaccaaaggagcccttgttgagatgcatgctctcttggatttgatggtacgaaacggcatccaccctgatcatcatgtattcaacattctaatatgtgcatacgctaaacaagagaaagtagatgaggcaatgcttgtattcagcaaaatgaggcagcatggattgaatccgaatgtagtgacgtatggagcagttataggcatactttgcaagtcaggcagagtagaagatgctatgctttattttgagcagatgatcgatgaaggactaagccctggcaacattgtttataactccctaattcatggtttgtgcacctgtaacaaatgggagagagctgaagagttaattcttgaaatgttggatcgaggcatctgtctgaacactattttctttaattcaataattcacagtcattgcaaagaagggagggttatagaatctgaaaaactctttgacctgatggtacgtattggtgtgaagcccaatgtcattacgtacagtactctcatcgatggatattgcttggcaggtaagatggatgaagcaacgaagttactctccagcatgttctcagttggaatgaaacctgattgtgttacatataatactttgattaatggctactgtagagttagcaggatggatgacgcattagctcttttcaaagagatggtgagcagtggtgttagtcctaatattattacgtataacataattctgcaaggtttatttcataccagaagaactgctgctgcaaaagaactctatgtcggtattaccaaaagtggaacacagcttgaacttagcacatacaacataatccttcatggactttgcaaaaacaatctcactgacgaggcacttcgaatgtttcagaacctatgtttgacggatttacagctggagactaggacttttaacattatgattggtgccttacttaaatgtggaagaatggatgaagctaaggatttgtttgctgctcactcggctaacagtttagtgccagatgtttggacctacagtttaatggcagaaaatcttatagagcaggggtcgctagaagaattggatgatctatttctttcaatggaggagaatggctgttccgccgactcccgcatgctaaattccattgttaggaaactgttacagaggggtgatataaccagggctggcacttacctgttcatgattgatgagaagcacttctccctcgaagcatccactgcttccttcttgttagaatcttccccaatcgtctgggagcaaatatcaagaatatcgtag
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| Protein seq | MARRAASRAVGALRSDGSIQGRGGRAGGSGAEDARHVFDELLRRGRGASIYGLNRALADVARHSPAAAVSRYNRMARAGAGKVTPTVHTYGILIGCCCRAGRLDLGFAALGNVVKKGFRVEAITFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTELSCMPDVFSCTILLKGLCDENRSQEALELLHMMADDRGGGSAPDVVSYTTVINGFFKEGDSDKAYSTYHEMLDRRISPDVVTYSSIIAALCKGQAMDKAMEVLTTMVKNGVMPNCMTYNSILHGYCSSEQPKEAIGFLKKMRSDGVEPDVVTYNSLMDYLCKNGRSTEARKIFDSMTKRGLEPDIATYCTLLQGYATKGALVEMHALLDLMVRNGIHPDHHVFNILICAYAKQEKVDEAMLVFSKMRQHGLNPNVVTYGAVIGILCKSGRVEDAMLYFEQMIDEGLSPGNIVYNSLIHGLCTCNKWERAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIHSHCKEGRVIESEKLFDLMVRIGVKPNVITYSTLIDGYCLAGKMDEATKLLSSMFSVGMKPDCVTYNTLINGYCRVSRMDDALALFKEMVSSGVSPNIITYNIILQGLFHTRRTAAAKELYVGITKSGTQLELSTYNIILHGLCKNNLTDEALRMFQNLCLTDLQLETRTFNIMIGALLKVGRNDEAKDLFAALSANGLVPDVRTYSLMAENLIEQGLLEELDDLFLSMEENGCTANSRMLNSIVRKLLQRGDITRAGTYLSMIDEKHFSLEASTASLAGMARRAASRAVGALRSDGSIQGRGGRAGGSGAEDARHVFDELLRRGRGASIYGLNRALADVARHSPAAAVSRYNRMARAGAGKVTPTVHTYGILIGCCCRAGRLDLGFAALGNVVKKGFRVEAITFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTELSCMPDVFSCTILLKGLCDENRSQEALELLHMMADDRGGGSAPDVVSYTTVINGFFKEGDSDKAYSTYHEMLDRRISPDVVTYSSIIAALCKGQAMDKAMEYSAWILLFRAAERGYWISQKMRSDGVEPDVVTYNSLMDYLCKNGRSTEARKIFDSMTKRGLEPDIATYCTLLQGYATKGALVEMHALLDLMVRNGIHPDHHVFNILICAYAKQEKVDEAMLVFSKMRQHGLNPNVVTYGAVIGILCKSGRVEDAMLYFEQMIDEGLSPGNIVYNSLIHGLCTCNKWERAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIHSHCKEGRVIESEKLFDLMVRIGVKPNVITYSTLIDGYCLAGKMDEATKLLSSMFSVGMKPDCVTYNTLINGYCRVSRMDDALALFKEMVSSGVSPNIITYNIILQGLFHTRRTAAAKELYVGITKSGTQLELSTYNIILHGLCKNNLTDEALRMFQNLCLTDLQLETRTFNIMIGALLKCGRMDEAKDLFAAHSANSLVPDVWTYSLMAENLIEQGSLEELDDLFLSMEENGCSADSRMLNSIVRKLLQRGDITRAGTYLFMIDEKHFSLEASTASFLLESSPIVWEQISRIS
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.141397 | 0.0 | 0.060239 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_10g0497300 | RBH | 0.203808 | 0.658216 | 0.377032 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os10g35260 | RBH | 0.883139 | 0.554582 | 0.648330 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os10g0501700 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_10g0016290 | RBH | 0.346097 | 0.000000 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_10g0016610 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_10g0015690 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 4.637260 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_10g0015910 | RBH | 0.0 | 0.021450 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_10g0015810 | RBH | 0.000000 | 2.258897 | 3.603101 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_10G0314500 | RBH | 0.7674275 | 0 | 4.941933 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_10g0016080 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_10G0334900 | RBH | 1.6322985 | 4.720067 | 10.706966 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_10g0015850 | RBH | 0.060982 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_10g0015420 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_10g0015810 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_10g0015820 | RBH | 0.197398 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_10g0016380 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_10G015670 | RBH | 0.283203 | 1.667709 | 1.056783 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_10g0016280 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.059027 |
