Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_06g0024850 OGI:06075380 | 16/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr06:27906493-27913990
Gene Symbol OsGL1-3
DNA seq

ataggtgggtgaggtgacAGagagagagagatctctccattcttcccaacccagcagttctagctagctagctatctagttcatcatccccatccaccGagctcgatatccctggccatggccatctccatgacctctcccttgtcttcttggccttgggcattcttaggctcatacaaggcaagcacacttgatcaactgctgcttcaattctttgtatatatatacatatcattgcaacaaacaattagtatatatgtgatataatgatgaactgatcatgaattcatgatatgcattagcaatggctgtttggctaattgatggatggattgtggatgATatatatgcagtatttgctgtacgggccggtggtggggaaggtggtgcaggagtggagggagcaagggaggttgccgctggggacgtcgtggtgcctccacctcatcctcctcctcgcgctccggtcgctcacctaccagctatggttctcctacggcaacatgctcttcttcacccgccgccgccgcgtcgtcgacgacggcatcgacttccgccagatcgacaccgagtgggactggtaattaataatagtagtagtagtaactttttttttacctccctctacttagttgattactgttctcgtttggctttttgtgatcgggtcatggttatacgctatctaaaaggtaccgtagatgattctctgtgtaagtactttgggtctctgtttataaacagcagcataacttcagcttttaattcttctttgaagtcgatcggtagtatttactgctcatgtccaagacagtagtaattgcagatagattcctcctggctaggaagctacaagtacgaccaaatgtaatggatgacccgtttcatcatgctatgaacacgaagctggtgtttagattatggatgtaaagttttgGTgtgtcacatcagatattatatacggtgtcgtatgtggtattcgggtactaataaaaaaaactaattacataatccattaataaactgcgagacaaatttattaaacctaattaatatattattagcaaatatttactgtaataccgtattgtcaaatcatatagtaattaggcttaaaaatttgtctcgcaaattagtcgtaatctatacaattagttattttttagcctatatttaataattcatacagatgttcaaacgctcgatgtgacatgcgaaagtatgatgctgcctacaggccggctatgattaattggctagccgactcacacatatctacagtttacATatatactttaaaccgctaggaataaatatATAAatgttctattaacatctttttcatgtatttctctacgtcttatcgaccttaactcaaccaaaccaaacacaggcttaataaagtctgaatggaggaccagccaattaatgaaaattaagtttcggtttaatctattatactcatatagtagtatagttagctcctttttgggtttagatgtgccatgaggcccatgatatatatggtgtatcaaattatgcatatatcccggtccatagcttaagaccatgaagtgttgaagaccatatcacgattggaggttgggagtaaatgctcgcgcaataactccatctgcatttcggtggccgtgttggtctcgattgcgaagtgagcgagcgagtaccagtagcagcatgtcgtaacgtggtgccattcaaagcgcacgagatcacggacatgtggcacgtggattcaatggcaaattatttatcaccatttataagagtggaaaataattaattattcatcgacacatcacaccacgcttgcttttgctaatgcaccttgacaaaccataaaccatgtacaatttgctcctacctccgtcacaaaatattactactatgtagaacgggtcaacagatctatatgaaatcttcgttcacaatcgttgttttaggatgagtcaaaatattcgttgttattctatctcaaaataTtctagactacaaaactcaccatcattgtatcgttgttgtcggatctcctctagtgaacgaagagagttcaacttatctacgatggttgaatgccacttccatgctcttattatctcaaaaaatatatatgtaaatcatgtatgatattatcccattttgattgttatcattaatgtgatgtgagatatctttgagtctgtcatttaatttggatgatcttttttttttcagggataacatggtgatcatgcaaaccctaatcgcggcggtgctggtcaccagccgtgtcttccctgccacgtcggatctctcggcgtgggacctacgtgggtgggccatcgctgtggtgctgcacgtggccgtttcagagccggccttctactgggcccaccgggccctccatctgggcccactcttcagccggtaccactccttgcaccactccttccaagccacccaagctctcacaggtaacaataataccctgaaattaaagctctcttcgtacagctccaactcctaaatataactccagaacttgagtctagagtggagttatgaagaagagctctacccaactccactcttaattttggtggagctgaaactgtttggctgagctcagctatgccaaacagcccctaattttcatctacaaactttattaattactccctccatattttaatgaatgacgccgttgactttttaatcaacgtttgatcactcgtcttattcaaaaattttatgcaaaTataaaaatacttatatcatgcttaaagaacatttgatgataaatcaagtcacaataaaataaattctaattatacaaattttttgaataagacgaaaggtcaaacgtttgtcaaaaagtcaacggcgtcatacattaaaatatggagggagtacttattagcgtctaatttcattttgggagtacctatacatctttcgaaatacttttatgattgtatcacacagatttttaatctttagattaaaatatgatagatataatAaaaagtaaaaagtaattaagaaacaccataatggacactaaattaccatatcctcaagaaaaagaccaaatcaaatacaaaatttaaaatttacatgcgaagattcaaaaattacagtgtaacttataaaagttacagtgtaagtttcataaattacactataacttacaagagtacagaaaaATacactgtaaatttgagtgagaaaatcgagtgAaaaatctttcgagtgagatatagcaagatcgtttcgTttttaatgatgtgtttaattaactgcttgattaatgcagctgggttcgtgacgccattggagagcctgatcctgacgctggtggcgtgggccccacttgcaggggccttcatggcgggacacggctccgtgagcctggtctatggacacatcctcctcttcgactacctccggtccatggggtacagcaacgtcgaggtcatctcacacaagaccttccaggattttccctttctcagatacctcatctacacaccatcgtgagtcctctaatttacatactattcataatatcatccaaactgatccactatgttcccttacctcgctccactaatttatatttattcaaattaggccatatttgatttaaactattaaacagattgttgacaaattaaatatttcAaaaaataaatttaacagtagcttaaaacaagttgtctaaataataggcttcttttcttgaaaaaaatattttgtgaagtgcaaagcaaacaatttgttaaaatatatagtctggtgaataataagctaattaagacaacaggacaaacatttttagtagatatttagtacaataTGtgtgtagtgtgttgtgcgcattctacaccctttattttccataccatatactccgtatttaaaaacttaataggtaccatatgtacagtactttcaatacgaatccggtagggaaaaaACatacggtatatatttttcctttattttacataTgtacttcgtacttattagcagcgtattttcttaattaacaccatttaatgtcgcatgctcccgtgcacgcgtctggatagaggccgatatgtgtacagagcgacatgtccagtgcactatagtcgaaggcaccaagtcatatatctgtatgtggtgtcaccatgcaattaactcgaaaaagattgcacttagacagcacaaaaatataccaaaaactgccaaattaattgaagtgtcacgcccattggccaactaCccccaatttatggtgaccggtgtggcgtccactgtcatgtgtcgactttaattagttatattaaggcatctctggataaaacatataatttctgtttccaaaattgtcaacgaattaatcaagttgtcgcagtgatgcgaagttcttgcatttccaaaaaaggccttgcttgcatgagaaataaaaagattgatactatgaaacattgaagtaaatgaataatggactatcagattttgtaatattatctactcgagggtccaaacaagtgcatattgtaaggttcaaaagtttttttttttaaaaaaaagaactaacgagcttatatatagaaatcataggagctaaggaagtgtgtccactatgcattttattactgtatgagagtcacattgttggagcatatatcactttccaatttggaatactccTAtatatatatgtcgtggtcatctaaagcgaatgttatcgatcctgtcctggttaacgaatggatcaggtatcccttaaaccagtgactgcattaatagccaggtttgacgagaatggccatatgatttataaccctaatcattgctgctgtgtactggaaactgataatcaatgctcgtgataaactgatggaGtactaatcaagtggtcaaatgatttaatttttctctaatcaggtgagtcactgtgcatgaacagagcagcttagatagggatgggctagtggttgacaggaattaat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CDS seq

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Protein seq

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Function Very-long-chain aldehyde decarbonylase GL1-3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q67WQ7]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_06g0024850 OsLiXu_06g0024850.01 Chr06 27906500 27913990 + NAM
CDS seq

atggccatctccatgacctctcccttgtcttcttggccttgggcattcttaggctcatacaagtatttgctgtacgggccggtggtggggaaggtggtgcaggagtggagggagcaagggaggttgccgctggggacgtcgtggtgcctccacctcatcctcctcctcgcgctccggtcgctcacctaccagctatggttctcctacggcaacatgctcttcttcacccgccgccgccgcgtcgtcgacgacggcatcgacttccgccagatcgacaccgagtgggactgggataacatggtgatcatgcaaaccctaatcgcggcggtgctggtcaccagccgtgtcttccctgccacgtcggatctctcggcgtgggacctacgtgggtgggccatcgctgtggtgctgcacgtggccgtttcagagccggccttctactgggcccaccgggccctccatctgggcccactcttcagccgcctgatcctgacgctggtggcgtgggccccacttgcaggggccttcatggcgggacacggctccgtgagcctggtctatggacacatcctcctcttcgactacctccggtccatggggtacagcaacgtcgaggtcatctcacacaagaccttccaggattttccctttctcagatacctcatctacacaccatcgtatcttagcctacaccacagggagaaggactccaatttctgcctgttcatgcctctctttgatgccctgggaggaaagaaccatcgggtgccggactttgtgttcctggtgcacgtggtggacgtggtgtcgtcgatgcacgtgccattcgcgttccgcgcgtgcagctcgctgccgttcgcgacgcacctcgtccttctcccgctctggcccatcgccttcggcttcatgctcctccagtggttctgctccaagaccttcactgtcagcttctataagctccgcggcttcctccaccagacctggagcaatgaggcgctcaatgggggtggcacgctgttcgtccgcaagcatcccgacctgcGggtgagggtggtgcacggcaacaccctgacggcggcggtgatcctcaacgagatccccggcgacgtcgcggaggtgttcctcaccggcgcgacgtcgaagctcggcagagccatcgctctctacctctgcaggaagaagatcagagtcttgatgctgacactgtcaacggagaggttcatgaatattcagagggaggcccctgcggagttccagcagtatctggtccagcggtgggcgccggcggggacgcacttccaccagttcgtggtgccgccgatcatcGggttccggcgggactgcacgtacgggaagctcgccgcgatgaggctgccggaggacgtggaggggctggggacgtgcgagtacaccatgggccgcggcgtcgtgcacgcgtgccacgccggcggcgtcgtccacttcctggaggggtgggaccaccacgaggtcggcgccatcgacgtcgaccggatcgacgccgtctggaacgccgcgctcaggcacggcctcacgccggcgtga

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_06g0024850 OsLiXu_06g0024850.02 Chr06 27906493 27913989 + IsoSeq
CDS seq

atggacacatcctcctcttcgactacctccggtccatggggtacagcaacgtcgaggtcatctcacacaagaccttccaggattttccctttctcagatacctcatctacacaccatcgtatcttagcctacaccacagggagaaggactccaatttctgcctgttcatgcctctctttgatgccctgggaggtaCcctcaaccccaagtcttggcagcttcagaaggaggttg

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Protein seq

MDTSSSSTTSGPWGTATSRSSHTRPSRIFPFSDTSSTHHRILAYTTGRRTPISACSCLSLMPWEVPSTPSLGSFRRRL

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A5 Chr06 27911719 27911975 + OsLiXu_06g0024850.02 OsLiXu_06g0024850.02,OsLiXu_06g0024850.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.0 0.0 2.185289

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_06g0653000 RBH 0.0 0.0 1.056604
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os06g44300 RBH 0.0 0.0 0.274665
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os06g0653000 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_06g0024660 RBH 0.0 0.0 7.720953
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_06g0024460 RBH 0.0 0.0 1.364175
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_06g0024650 RBH 0.0 0.0 12.123708
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_06g0024220 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_06g0024680 RBH 0.0 0.0 16.075882
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_06G0419300 RBH 0.4263445 0.075194 12.4124715
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_06g0024190 RBH 0.0 0.0 2.511224
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_06G0401300 RBH 0.6623805 0 39.761309
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_06g0024610 RBH 0.0 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_06g0024580 RBH 0.0 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_06g0024250 RBH 0.0 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_02g0006190 RBH 0.126423 0.107712 0.428032
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_06g0024490 RBH 0.0 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_06G024320 RBH 0.0 0.0 3.915182
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_06g0024470 RBH 0.0 0.0 7.375175
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