Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_03g0001230 OGI:03002090 | 16/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr03:812885-822154
Gene Symbol -
DNA seq

tctctctcttctcttcctcgtttcagtcaccagtccacccgcggtctcgtacgcgcgacacgagtcaacgaccgacggcgatcgccggaggtggggggcggcacggcggggggtctctgctcagcgtggggggtggggccaccatggtgaggagcgggagtgtgcggcggacggccgcgtcgtcgtcgcccgccgcggcggcggtgccgacggccttcaccgcctcgcccggcgactaccgccttctggaggaggtcggctacggcgcgaacgccgtcgtgtaccgggcggtgttcctgccatccaaccggaccgtcgccgtcaagtgcctggatctcgatcgtgtcaacagtaacctcgtgagctttctctccccctctctctctctctcgatcgaaactccctcactcgttcgtgtcctagggattccggtggtgatcgctgttttgatcgggggatatgcggtcgtgcaggggaggattcgatgcagttgagctgtgtgtgttgtgtcaagttgggacaatttgatccaattaaagttgtttattctattgatcagtattgacgtggtaccaacttaagaattaggttgtggtaactgtgctttgcggagtcgggatttagctccactcacttatgctattcattttagcaaatttttagttcgatcgttcgtattgttcattttgtcggttactttttattaggttttgtggctatatcgagacaacgtggggttccttatccatgggcactttaattcatcctcggcctaacttcatagatagtggatggttaacttcacaaaggcctacatttaattcttccgggcagtgcatttgcggcttataggatgacatgcagttgtcttgggttactgatccagtaaattagatgtataggacgttgtggtatagcttgtttgcttgtagtacttttcacctttgttgcattggatcatgaatgcgtctatttttctttctatcttaatgctaagtagtaggattcatgaatattacctgcagtaaattaattatatacatttactgttataggctgatgtttgaggtctcttaatgatcctctccccaagttcaataatgtatttagcatctcatagtggtatatatacatattgtacccaggatgatataagaaaagaggcacaaacgatgagcttgatagatcaccctaatgtcatcagggcttactgctcatttgttgtggatcataacctctgggtgataatgccattcatgtcagagggttcatgtttacacctgatgaaggttgcatatcctgatggttttgaggagcctgttatcgcctctatcctaaaggaaacacttaaggctctagagtacctccatcgacaaggacatatccatagggatgtcaaggttagcttctacagtagtattcattttagctaactttgtcagttgctttgctcagcgtaatattatacaggcgggtaatatccttatggacagtcctggtatagtgaaacttggggactttggtgtctctgcttgtatgtttgatagaggtgatagacaaagatccaggaatacattcgtgggaacaccatgctggtaactggagttttcttacgttttctctgttgtatgtacaataagtgttctgcaaacctttaaacgtgttttctgctgtcatttggtctttaggatggctccagaagttctccagcctggagcaggatataatttcaagtacgttggtaatatcataaccttgttccgttagctaccagtatcctggttattttgaaaaagttaatttcaatatttagatattaatttcaatatttagataaaattgtgtttcttaaaatattttaccaggaaatatgcttcaaaccatttgtttaccaacttaatttggttatttaaaatttccttaagggtaagaactctaactaccataaaaatactgggaataaggtatattttggtatcaaatgcttcagtgaaccattggcagataactaaaacattctttctttcttctgtcgttgcactcaacatgtaactgcagtgctgcttgtgttcaaacattctgtattttctactatatatgtctttatattttacttggttgctattgtactgttgaggtgcacagtgcgctcacaactatttgtccttgtacagagctgacatatggtcttttggaataactgcactggagctagcacatggccatgctcccttctcgaagtatcctcccatgaaggcaattaattattttatcttttgcaaattgaaacctttttattaaaagaaaaagagtgacagtctaattaacaagtgcatggtcagccaaatatctatgtgtcttatattcaaattttcacatggttagtgtttgctgccagggatgatgtttttgtgatttttgtatgtcatgttgggctagaaaacatatgtactttgcacttgcaatacatgttctgtcatttgtatacaatcccatatactacatgcacatacattcttctcgtgaaattacttgtttggactttaaagttactgccgatgaacagcgttatccatgcagttagcaatatgcctgtagaacattcttgttcatagaaaacaatcttgggtttaggatcctacaaatacaaactttctgctgaactgaggatgtttatgttttgccagaatctgaggatgtttatgtggtctgtaggttcttctcatgacccttcaaaatgcaccaccaggccttgactatgaccgtgataaaagattctcaaaggtagtactagtcctttcagctaattcttggctagcgagtctatgttttatggcagtatctgcttgttttagcctcaatgtttacctcctaatgaaggcttttcagttgtaatcagtctttcaaggaaatggttgcaatgtgcctggtcaaagatcaaacaaagaggccaacggctgaaaagttactaaagcactcatttttcaagaacgcaaaacctccagagctgactgttaagagtattttaactgatttgccccctctgtgggatcgtgtaaaagcgctccaggttttgctagtttactttccttttgtttttacttaatgatggaaacattatgccttaattaattcctgttatcctgtgcatttgcagctaaaagatgcagcacaattagctttgaagaaaatgccttcttctgaacaggaggcactttctatggtttgtgattttgatgtttcttttaagttccactttgttttgtgctgttctttcatttgagttcatgaaaatatgctagctagtttattttacccacaaacttctgaaataggctttatggtggtattatatatattcatcttacaggcaaatcttctgctttgtttttaatttattatcactgaccataccagtcttaatgattttggtcagtagatgcagcttaaaaacaaatttgtagagggccagggtcaatttgcagtaacacaaatcccagcccttgcaaaatgaagttagaactgtggtattactttcatgcatggatatgttattggttgaacaaggactagcacagaatgatttaagatcccagcatattagactaatgtttgatgcttttttaatttaaaaattaaaatgacgttaaatttttttatcacttgtatgctatggtgtcactatatttatgctaagaatatgatgtctaagacacatttcagccaacgcaatgatttgtacgagagatcactttagctagtccaccttacaggcagtagctaacttctatttttctttcacttgttagctccatggacgtaataccctaatgatttttgcacttctgttccacatacaaactaatattcatgataaacatagtttggtttattatagatatgtttgcacttttatttcacttacatgatagtttccttatcatctgaattatctaatagagtgagtaccaaagaggcgtaagcgcatggaacttcgatattgaggatttaaaggctcaagcatcattggtaaaacaaccagtttctttagttctatatcgaaatgctacattgctctctgattcattctgttacattgctaagatgtaaaatgactgtaatttagtcttataagtgagatttccaacctttttgcagattcatgatgatgatccacctgaaataaaggaagatgttgacaatgatagaataaatgaagctgataaggttagctgctctcaacttgattttgtttcagacgtaggcttgcgttctggtaagacagggtaataactgtagctagatgggatcatgagaaaactttatctagtgtgtcaaatagaagaagtatcacacatgtttaacttcaaagcacagaaaagagcttgccgtttatcaaatttgaaaagtcagggtcatttgtaatgccacaaatgcttctgtttaaatctggaagatgcttatgttctgatcctgttattgtttctcgctaattctgagtgctgcagaaacatttgcacaccatgttgtcatagcttattgatttcttgtaagtaagacaaaattatgtaccaaatatgattctgtttcaagtcatttatgattgctctgtttgcaggagccgttttctggcaatcattttggacaaccaaaaattttgagtggaaagcacttcaggttgaatcagtatgcaatatttttttgtggcaatgttttctttaaaagatatagatgttctatattgttccctagcttgtgattctcaacatcaccaatcgaagtatataggattcaagttttattttatgtggtgtagggtgaaattttggtcttataaattaaaacaagcgaaagattcagtgagccttgatgcatgcttttctgtgttactggtagtgtgttcataatgttccactcttttgttacatttcagtgaacaaacttgtgtcactgcagtaagtccaggtgggaatatgcatgagacaagcagaggattggtt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CDS seq

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Protein seq

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Function Serine/threonine-protein kinase fray2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q551H4]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_03g0001230 OsLiXu_03g0001230.01 Chr03 812885 822145 + NAM
CDS seq

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_03g0001230 OsLiXu_03g0001230.02 Chr03 818649 822154 + IsoSeq
CDS seq

aaagaaccacaaatctcagtggtcctcttgcactccctactcgtgcttctgcaaatagtctgtctgctcctatccggtcttctggaggctatgtgggctccttgggagataagtctaagcgtagtgtggtgg

Protein seq

KEPQISVVLLHSLLVLLQIVCLLLSGLLEAMWAPWEISLSVVWW

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.760337 3.458165 1.925440

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_03g0114300 RBH 1.387228 0.994340 7.575572
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os03g02320 RBH 0.976499 0.652905 2.026262
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os03g0114300 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_03g0001210 RBH 0.777044 17.086143 7.216916
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_03g0001190 RBH 0.226079 8.041684 3.673242
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_03g0001210 RBH 2.222706 12.134805 14.389498
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_03g0001200 RBH 0.153479 0.417510 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_03g0001220 RBH 10.871791 21.138678 19.536688
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_03G0012800 RBH 4.6409795 26.8685165 10.0585135
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_03g0001200 RBH 0.228625 1.256065 1.940464
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_03G0012300 RBH 6.6714175 25.1504995 10.4789375
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_03g0001250 RBH 0.170474 0.564795 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_03g0001270 RBH 0.453697 14.660518 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_03g0001220 RBH 4.827790 71.169258 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_10g0017070 RBH 2.008490 0.0 2.708427
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_03g0001240 RBH 0.250390 7.138045 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_03G001250 RBH 0.343173 4.405288 3.163935
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_03g0001100 RBH 2.712140 33.032021 13.268733
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