Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_01g0003540 | OGI:01009140 | 16/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr01:2757805-2781550 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atggcgggcgtcgggtcggcggtgcggcggctctacctctccgtctacaactgggccgtcttcttcggatgggcgcaggtgctgtactacgcggtcacgacgctgctggagagcggccatgaggccgtctacgccgccgtcgagcggccgctgcagttcgcgcagaccgccgccttcttggagattcttcatgggcttgtaggtttggtgaggtctccagtctctgcaactcttccacaaattggatcaaggttgtttcttacctggggcatcctgtggagctttccagagacacattcacatatccttgttacttccttggtcataagctggtccatcactgagatcattagatattccttctttggcatgaaggagacattcggatttgccccttcctggctcttatggctgaggtatagcacctttatggtattgtatcctactggtatcagcagtgaggtcggtttaatctacatcgccttgccttacatgaaggcaacagagaaatattgccttaggatgcccaacaaatggaacttctcctttgatttctcctatgcatccattctttctctcgccgtctacgtgcccgccatgacgttaaaaccaaacccatctcctcgacgtcttcctcctccatctcgcagctctgcaatggcagcggatggttcagtgctccggaggctctacttctctgtctacaactgggttgtcttcatcggatgggctcaggtgttattgtccatgatcttggcgttgttggatgacgggcatgaggccgtctatgctgctatcgagcggcatctgctgtttgcacagactgctgccatcatggagacgcattctcatattcttgttacccccttgatcataagctggtccatcaccgaggtcatcagatattccttctttggcataaaggaatcatttggatttacaccttcctggctcttatggcttaggtacagcacctttatagtatgctatcctgttggtatggttagtgaggttggcctaatctatattgccttccctttcatgaaggcatctgagaaatactgcattgggatgcccaacaaatggaatttctccttcgactacttctatttctctacttttttgatggctttgtacgtggggccgcggcacgacacgggagaaaaactcaaaggaggagggcgaccccatccgccgcaccggtcgcaggcacgcagcaaggccgaccccatctgcaatcatcttggaagcactgccactgcaggagtcgtcaccgtggtcccaagcaccatctcgaagtcttcttcctcctccatctctcgcagctctgcaatggcagcggatggttcaatggtgcggaggctctacctctctatctacaattgggtcgccttcatcggatgggctcaggtgttgtgctacatgaccttggcattgctggataagggacatgaggccgtctatgctgccatcgagcgacctctgctgttcacgcagactgctgccatcttggaggtcctgggagaattggagattgagagggttggtgaggtctccagtgtcttctactctcccacaaattactggaaggttaccagatattctttctatggcatgaaggagtcatttggatttacaccttcctggctcttatggcttaggtacagcaccttcatagcatgctttcctgttggtgtggttagtgagatttgcctagcctacactgttcttcctttcatgaaggcgtctgagaaatactgccttaggatgcccaacaaatggaatttctccttcaactacttctatgccaatgggatggcgtcagtcttgcggaggctctacctctctgtctacaactggattgtcttcatcagatgggttcaggtgtcgtggtccatgatattggcattgttggagaagagatatgaggccgtctacgctgctgtagagcagcatctgctgttcgcgcagactgctgccatcatggagatacacactcatatttttgttacctccttgctcataagctggtgcatcactgaggttaccagatattctttctatggcatgaaggagtcatttggatttacaccttcctggctcttatggcttaggttcagcaccttcatagtatgctttcctgttggtatggttagtgaggttggcctagtctacattgttgttcctttcatgaaggcatctgagaaatactgccttaggatgcccaacaaatggaatttctccatcaaatacttctatgcctctgtctttttcatggcttttatacctgcacttgttccactatttgattgtccagcggaagaaggccttggcaaaatcaaaaaccacataactactcaagagctatctaatctgttggcggagaaaggccgttgtctgacggctgataacctgagcaagcgcggatggctgcaccagcgagtttgctcactttgcatgagcagcgatgaggactgtgagcatctttttgtttcctacccttacactaccagaatctggaggatgatcaagggttgggctggaattggcttccaactgccggctgaaacgcgacaaggacttcggaccagctacaagggcgctttcgacactctgaaagcagcaggcaacctctttgccttgattaaagaagatgtcgtggtctggaaagaagctagggttttcaaagttttaggagaggctcaggtgttgtactacctgacctttgcattattgctgaagagcggacaagaggccatctatgccactgttgagcagcctctgcagttcgcacagacagacagacaaactgctgccttcatggagcggtggcatcaactccggcatcatcgcaaccaccggaaagtctcccacctctag
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| Protein seq | MAGVGSAVRRLYLSVYNWAVFFGWAQVLYYAVTTLLESGHEAVYAAVERPLQFAQTAAFLEILHGLVGLVRSPVSATLPQIGSRLFLTWGILWSFPETHSHILVTSLVISWSITEIIRYSFFGMKETFGFAPSWLLWLRYSTFMVLYPTGISSEVGLIYIALPYMKATEKYCLRMPNKWNFSFDFSYASILSLAVYVPAMTLKPNPSPRRLPPPSRSSAMAADGSVLRRLYFSVYNWVVFIGWAQVLLSMILALLDDGHEAVYAAIERHLLFAQTAAIMETHSHILVTPLIISWSITEVIRYSFFGIKESFGFTPSWLLWLRYSTFIVCYPVGMVSEVGLIYIAFPFMKASEKYCIGMPNKWNFSFDYFYFSTFLMALYVGPRHDTGEKLKGGGRPHPPHRSQARSKADPICNHLGSTATAGVVTVVPSTISKSSSSSISRSSAMAADGSMVRRLYLSIYNWVAFIGWAQVLCYMTLALLDKGHEAVYAAIERPLLFTQTAAILEVLGELEIERVGEVSSVFYSPTNYWKVTRYSFYGMKESFGFTPSWLLWLRYSTFIACFPVGVVSEICLAYTVLPFMKASEKYCLRMPNKWNFSFNYFYANGMASVLRRLYLSVYNWIVFIRWVQVSWSMILALLEKRYEAVYAAVEQHLLFAQTAAIMEIHTHIFVTSLLISWCITEVTRYSFYGMKESFGFTPSWLLWLRFSTFIVCFPVGMVSEVGLVYIVVPFMKASEKYCLRMPNKWNFSIKYFYASVFFMAFIPALVPLFDCPAEEGLGKIKNHITTQELSNLLAEKGRCLTADNLSKRGWLHQRVCSLCMSSDEDCEHLFVSYPYTTRIWRMIKGWAGIGFQLPAETRQGLRTSYKGAFDTLKAAGNLFALIKEDVVVWKEARVFKVLGEAQVLYYLTFALLLKSGQEAIYATVEQPLQFAQTDRQTAAFMERWHQLRHHRNHRKVSHL |
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| Function | Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase PASTICCINO 2B [UniProtKB/Swiss-Prot:Q5ZEJ0] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_01g0003540 | OsLiXu_01g0003540.01 | Chr01 | 2757805 | 2781550 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggcgggcgtcgggtcggcggtgcggcggctctacctctccgtctacaactgggccgtcttcttcggatgggcgcaggtgctgtactacgcggtcacgacgctgctggagagcggccatgaggccgtctacgccgccgtcgagcggccgctgcagttcgcgcagaccgccgccttcttggagattcttcatgggcttgtaggtttggtgaggtctccagtctctgcaactcttccacaaattggatcaaggttgtttcttacctggggcatcctgtggagctttccagagacacattcacatatccttgttacttccttggtcataagctggtccatcactgagatcattagatattccttctttggcatgaaggagacattcggatttgccccttcctggctcttatggctgaggtatagcacctttatggtattgtatcctactggtatcagcagtgaggtcggtttaatctacatcgccttgccttacatgaaggcaacagagaaatattgccttaggatgcccaacaaatggaacttctcctttgatttctcctatgcatccattctttctctcgccgtctacgtgcccgccatgacgttaaaaccaaacccatctcctcgacgtcttcctcctccatctcgcagctctgcaatggcagcggatggttcagtgctccggaggctctacttctctgtctacaactgggttgtcttcatcggatgggctcaggtgttattgtccatgatcttggcgttgttggatgacgggcatgaggccgtctatgctgctatcgagcggcatctgctgtttgcacagactgctgccatcatggagacgcattctcatattcttgttacccccttgatcataagctggtccatcaccgaggtcatcagatattccttctttggcataaaggaatcatttggatttacaccttcctggctcttatggcttaggtacagcacctttatagtatgctatcctgttggtatggttagtgaggttggcctaatctatattgccttccctttcatgaaggcatctgagaaatactgcattgggatgcccaacaaatggaatttctccttcgactacttctatttctctacttttttgatggctttgtacgtggggccgcggcacgacacgggagaaaaactcaaaggaggagggcgaccccatccgccgcaccggtcgcaggcacgcagcaaggccgaccccatctgcaatcatcttggaagcactgccactgcaggagtcgtcaccgtggtcccaagcaccatctcgaagtcttcttcctcctccatctctcgcagctctgcaatggcagcggatggttcaatggtgcggaggctctacctctctatctacaattgggtcgccttcatcggatgggctcaggtgttgtgctacatgaccttggcattgctggataagggacatgaggccgtctatgctgccatcgagcgacctctgctgttcacgcagactgctgccatcttggaggtcctgggagaattggagattgagagggttggtgaggtctccagtgtcttctactctcccacaaattactggaaggttaccagatattctttctatggcatgaaggagtcatttggatttacaccttcctggctcttatggcttaggtacagcaccttcatagcatgctttcctgttggtgtggttagtgagatttgcctagcctacactgttcttcctttcatgaaggcgtctgagaaatactgccttaggatgcccaacaaatggaatttctccttcaactacttctatgccaatgggatggcgtcagtcttgcggaggctctacctctctgtctacaactggattgtcttcatcagatgggttcaggtgtcgtggtccatgatattggcattgttggagaagagatatgaggccgtctacgctgctgtagagcagcatctgctgttcgcgcagactgctgccatcatggagatacacactcatatttttgttacctccttgctcataagctggtgcatcactgaggttaccagatattctttctatggcatgaaggagtcatttggatttacaccttcctggctcttatggcttaggttcagcaccttcatagtatgctttcctgttggtatggttagtgaggttggcctagtctacattgttgttcctttcatgaaggcatctgagaaatactgccttaggatgcccaacaaatggaatttctccatcaaatacttctatgcctctgtctttttcatggcttttatacctgcacttgttccactatttgattgtccagcggaagaaggccttggcaaaatcaaaaaccacataactactcaagagctatctaatctgttggcggagaaaggccgttgtctgacggctgataacctgagcaagcgcggatggctgcaccagcgagtttgctcactttgcatgagcagcgatgaggactgtgagcatctttttgtttcctacccttacactaccagaatctggaggatgatcaagggttgggctggaattggcttccaactgccggctgaaacgcgacaaggacttcggaccagctacaagggcgctttcgacactctgaaagcagcaggcaacctctttgccttgattaaagaagatgtcgtggtctggaaagaagctagggttttcaaagttttaggagaggctcaggtgttgtactacctgacctttgcattattgctgaagagcggacaagaggccatctatgccactgttgagcagcctctgcagttcgcacagacagacagacaaactgctgccttcatggagcggtggcatcaactccggcatcatcgcaaccaccggaaagtctcccacctctag
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| Protein seq | MAGVGSAVRRLYLSVYNWAVFFGWAQVLYYAVTTLLESGHEAVYAAVERPLQFAQTAAFLEILHGLVGLVRSPVSATLPQIGSRLFLTWGILWSFPETHSHILVTSLVISWSITEIIRYSFFGMKETFGFAPSWLLWLRYSTFMVLYPTGISSEVGLIYIALPYMKATEKYCLRMPNKWNFSFDFSYASILSLAVYVPAMTLKPNPSPRRLPPPSRSSAMAADGSVLRRLYFSVYNWVVFIGWAQVLLSMILALLDDGHEAVYAAIERHLLFAQTAAIMETHSHILVTPLIISWSITEVIRYSFFGIKESFGFTPSWLLWLRYSTFIVCYPVGMVSEVGLIYIAFPFMKASEKYCIGMPNKWNFSFDYFYFSTFLMALYVGPRHDTGEKLKGGGRPHPPHRSQARSKADPICNHLGSTATAGVVTVVPSTISKSSSSSISRSSAMAADGSMVRRLYLSIYNWVAFIGWAQVLCYMTLALLDKGHEAVYAAIERPLLFTQTAAILEVLGELEIERVGEVSSVFYSPTNYWKVTRYSFYGMKESFGFTPSWLLWLRYSTFIACFPVGVVSEICLAYTVLPFMKASEKYCLRMPNKWNFSFNYFYANGMASVLRRLYLSVYNWIVFIRWVQVSWSMILALLEKRYEAVYAAVEQHLLFAQTAAIMEIHTHIFVTSLLISWCITEVTRYSFYGMKESFGFTPSWLLWLRFSTFIVCFPVGMVSEVGLVYIVVPFMKASEKYCLRMPNKWNFSIKYFYASVFFMAFIPALVPLFDCPAEEGLGKIKNHITTQELSNLLAEKGRCLTADNLSKRGWLHQRVCSLCMSSDEDCEHLFVSYPYTTRIWRMIKGWAGIGFQLPAETRQGLRTSYKGAFDTLKAAGNLFALIKEDVVVWKEARVFKVLGEAQVLYYLTFALLLKSGQEAIYATVEQPLQFAQTDRQTAAFMERWHQLRHHRNHRKVSHL
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_01g0003540 | OsLiXu_01g0003540.02 | Chr01 | 2757856 | 2761058 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atgcgaaggcgagcagtaatcaacagcgtagtagattcagtccacgcgcccattaaagccaagccactgtccttgtccatctttgtccaggcctcgcgttcctcggttcctcctcctcct |
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| Protein seq | MRRRAVINSVVDSVHAPIKAKPLSLSIFVQASRSSVPPPP |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_01g0150500 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os01g05694 | RBH | 1.015577 | 0.401965 | 0.276768 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os01g0150400 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_01g0003640 | RBH | 0.330210 | 9.723033 | 0.408640 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_01g0003480 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0003640 | RBH | 0.000000 | 1.069352 | 2.510534 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_01g0003310 | RBH | 0.0 | 0.644466 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_01g0003520 | RBH | 1.900995 | 42.083565 | 16.390316 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0047100 | RBH | 1.2539405 | 2.5254685 | 2.3937645 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_01g0003440 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_01G0048500 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0003290 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_01g0003370 | RBH | 0.071359 | 0.000000 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_01g0003520 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0005170 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_01g0003410 | RBH | 0.176690 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_01G003620 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0003440 | RBH | 1.011356 | 78.888649 | 9.556228 |
