Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
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Gene Symbol -
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Function Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase PASTICCINO 2A [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XSZ4]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
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ATGGTCAACAATTACCTTAGATTACAAAAGCCAAGCACCATCTCGAAGTCTTCTTCCTCCTCCATCTCTCGCAGCTCTGCAATGGCAGCGGATGGTTCAATGGTGCGGAGGCTCTACCTCTCTATCTACAATTGGGTCGCCTTCATCGGATGGGCTCAGGTGTTGTGCTACATGACCTTGGCATTGCTGGATAAGGGACATGAGGCCGTCTATGCTGCCATCGAGCGACCTCTGCTGTTCACGCAGACTGCTGCCATCTTGGAGGTCCTGGGAGAATTGGAGATTGAGAGGGTTGGTGAGGTCTCCAGTGTCTTCTACTCTCCCACAAATTACTGGAAGGTTACCAGATATTCTTTCTATGGCATGAAGGAGTCATTTGGATTTACACCTTCCTGGCTCTTATGGCTTAGGTACAGCACCTTCATAGCATGCTTTCCTGTTGGTGTGGTTAGTGAGATTTGCCTAGCCTACACTGTTCTTCCTTTCATGAAGGCGTCTGAGAAATACTGCCTTAGGATGCCCAACAAATGGAATTTCTCCTTCAACTACTTCTATGCCAATGTCTTTTTCATGGCTTTTTATGTCCCAGCACCAGCAGCACACAGCGGCAGCAGTAGTGGAAGAGCAGCAACAACGGATGAGCGGAGCAACCGCGGGATGGCGTCAGTCTTGCGGAGGCTCTACCTCTCTGTCTACAACTGGATTGTCTTCATCAGATGGGTTCAGGTGTCGTGGTCCATGATATTGGCATTGTTGGAGAAGAGATATGAGGCCGTCTACGCTGCTGTAGAGCAGCATCTGCTGTTCGCGCAGACTGCTGCCATCATGGAGATTCTTCATTCCATTGTAGGGTTGGTAAGGTCTCCAGTGTCTTCTACTCTTCCACAAATTACTGGAAGGTTGTTCATGATCTGGGGCATCTTGCGGAGCTTCCCTGAGATACACACTCATATTTTTGTTACCTCCTTGCTCATAAGCTGGTGCATCACTGAGGTTACCAGATATTCTTTCTATGGCATGAAGGAGTCATTTGGATTTACACCTTCCTGGCTCTTATGGCTTAGGTACAGCACCTTCATAGTATGCTTTCCTGTTGGTATGGTTAGTGAGGTTGGCCTAGTCTACATTGTTGTTCCTTTCATGAAGGCATCTGAGAAATACTGCCTTAGGATGCCCAACAAATGGAATTTCTCCATCAAATACTTCTATGCCTCTGTCTTTTTCATGGCTTTGTATGCCCCAGTATACCTGCACTTGTTCCACTATTTGATTGTCCAGCGGAAGAAGGCCTTGGCAAAATCAAAAACCACATAA

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Protein seq

MVNNYLRLQKPSTISKSSSSSISRSSAMAADGSMVRRLYLSIYNWVAFIGWAQVLCYMTLALLDKGHEAVYAAIERPLLFTQTAAILEVLGELEIERVGEVSSVFYSPTNYWKVTRYSFYGMKESFGFTPSWLLWLRYSTFIACFPVGVVSEICLAYTVLPFMKASEKYCLRMPNKWNFSFNYFYANVFFMAFYVPAPAAHSGSSSGRAATTDERSNRGMASVLRRLYLSVYNWIVFIRWVQVSWSMILALLEKRYEAVYAAVEQHLLFAQTAAIMEILHSIVGLVRSPVSSTLPQITGRLFMIWGILRSFPEIHTHIFVTSLLISWCITEVTRYSFYGMKESFGFTPSWLLWLRYSTFIVCFPVGMVSEVGLVYIVVPFMKASEKYCLRMPNKWNFSIKYFYASVFFMALYAPVYLHLFHYLIVQRKKALAKSKTT

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
AF Chr01 2693343 2694818 + OsKYG_01g0003370.01 OsKYG_01g0003370.02,OsKYG_01g0003370.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.071359 0.000000 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_01g0150800 RBH 0.248134 0.0 1.052662
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os01g05744 RBH 0.209484 0.0 0.114189
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os01g0150800 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_01g0003650 RBH 0.0 0.0 0.0
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_01g0003500 RBH 0.000000 0.0 0.000000
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_01g0003640 RBH 0.000000 1.069352 2.510534
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_01g0003310 RBH 0.0 0.644466 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_01g0003530 RBH 0.000000 0.000000 1.941574
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_01G0047100 SBH 1.2539405 2.5254685 2.3937645
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_01g0003460 RBH 0.0 0.000000 0.000000
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_01G0048500 RBH 0 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_01g0003280 RBH 0.0 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_01g0003360 RBH 0.358513 19.633137 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_01g0003520 RBH 0.000000 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_01g0003540 RBH 0.000000 0.000000 0.000000
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_01g0003430 RBH 0.000000 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_01G003590 RBH 0.159704 15.418100 3.234962
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_01g0003440 SBH 1.011356 78.888649 9.556228
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