Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLaMu_09g0004370 | OGI:09022040 | 15/16 | LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr09:7864620-7880180 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | Ankyrin-3 [UniProtKB/Swiss-Prot:O70511] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_09g0004370 | OsLaMu_09g0004370.01 | Chr09 | 7864709 | 7880180 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgtcttctagccatgagccctcgggactgctaaacagtgatgacataccttccgaaggatcagaagtagcgccaccgtctgttagcactggtgggaatacagagctagtagaacaaggaaatgatagggtgcctgcaatgactaagattgtggtagaaccaaacgctgagctacagtcaccattcgtggtaaaacagcatctattactcaagagacccgatcctagcatactagacgaattgtacagcttgactatggcttttaccgattcagagtcaaaacagaccgattgggtatcaatcaagcacccatcgttccccatcagattaaagcttgaagatatccaggaaacagtaaaacctggaggattgatggataccgattgcctcaacttagctgtgagaaatatggcaacagaggatgctgaaaattttaagaacaccgagtgtttgggttggaggcattacgtattcatccccgtattacattgcgaccactggacactatatgctttcaacatgtgtgataagaagctcagtattctggactctctaccagatgccagtgaaggtggtcaggatcgtctgaagcgtcatgaggaaatcagaaaaattgtatgtggtgctcttaacaaaaccatggatgttgcgttctgttttttctcttgggagtacgagtttccaaaagtgcctaggcaacagaatagttatgacggtgggttctttgtattcaattttatgcgattatgggatggccatcgactgattcgctggttttcaactgaaacgatggacatgcggaagagctttctagcatgcatactctccagcaaaaataatgatgccaccatgcctactaatgtttctgagttgatcaaaacgctcccagattgcaaatcctcatgccgttctgatgagcaagagaatcagattatgcggagtccattgcgcttagatgcaacatcaacagttactagtgatagaggtccacctgagccatactctatccggggtgtgacggttgacggggacggggtgctccacattgctgcaagcttttgccatttcgagcttgccaaatccatcttggaagggcaggaggacaaagccctcatagttatgctactacaagagaacaagagaggagataggcccctgcactgcgcagctgccacggagagtaaagaaatggttcaactcattgtggaaagagcgaaatgtatcacagagccgtccaattttactaccagtctgctgcgtgcgagaaatttggagggccaaacatgcttgcataaggccattctactcggtcacacggagatcgtcaagtatttggtttcgcaagatgaaggattggcgcaaatagtggacaacgaggatatttctcccctctatttggccatcgcattacgaagaggtgacattgtccaagaactgacaataaaagcatcgtgtgggcctgcaggtgccgtgtcgtattgtgggcccgcagggaaaacagttttacatgctgctgttctcttcagtgaagaactgaccaccatactggtgaattgggaatgtagtctcataaaaatcccagatgaatctggtaggaccccacttcactatttggccgttggatgctttggcagatcatcacacctgctcctcgactatttgttagtcgaatgcgttggcatattatcacacctgatggtccggctcctcgactatatttcagtcgacaaccccattatcgctgggccctttttcagtattactgccactaaaactctccttgcgaaagatccatcgtcaggctattgtgcagatttagagggatcattgcccattcacattgctgcgttgaatggaaaagttggtgtcatccataagttgatacaaatgagtcctggctgtgaattatcatgcaatacgtccggccagactatcctacatgttgctgtccgaatgggaagacgtaatgttgtgcgctatatttgtttgaacccaaacttgtcaaaaatgattctgaatacaaaggacaaggatggaaacacggcgcttcatttggctgtacagaaaggatgcagctggactttcggcatattagtgggacgcagcgacgtctatttaagcttcagaaacaaaaatgggcacacgcctcttgatcttgcggtactgggcagcacaagccgactgaaattttggccaggtgaccatgagtggatgcgcaatagcttgctcgacgttggagctgaacttggtacttttgtttgggatcacctctcccgcgagatcgccaaaccttacaaagccgaagacgaagcactgtccgaacaactggacaaatctgccgcagtgatggctgcaatcgcggcgcttatttttagtacggcacttaacatctttttcaacgtggaatcagtctaccacaacgctgcaaatattgcaattcaggagaaccatcaggcaaatgtggtaaaaacactcactgggttctcgctcggtggatctgcagctgccatcactccgaatgcctggtcttattctgggattacatattctcattatatcatccgtgtgtacactgatggcattagcggcacggctgcacctggcgagtactcctcttgcatcggcctttacatggtctttatatactgctacatgaaagccagtaacctattttcgaggttcgacgttcatgtacgtgcacgatataacaggcttggtttcgtcgcattctgccgtagcttatttaagcacagctctctacattctaccgttccgatcatccaagtcggagtctacgtggaactcaccattttgatagctgctattgttttcttgtggacgttggtcggcatcaatgttactccctacgttttccattga
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| Protein seq | MSSSHEPSGLLNSDDIPSEGSEVAPPSVSTGGNTELVEQGNDRVPAMTKIVVEPNAELQSPFVVKQHLLLKRPDPSILDELYSLTMAFTDSESKQTDWVSIKHPSFPIRLKLEDIQETVKPGGLMDTDCLNLAVRNMATEDAENFKNTECLGWRHYVFIPVLHCDHWTLYAFNMCDKKLSILDSLPDASEGGQDRLKRHEEIRKIVCGALNKTMDVAFCFFSWEYEFPKVPRQQNSYDGGFFVFNFMRLWDGHRLIRWFSTETMDMRKSFLACILSSKNNDATMPTNVSELIKTLPDCKSSCRSDEQENQIMRSPLRLDATSTVTSDRGPPEPYSIRGVTVDGDGVLHIAASFCHFELAKSILEGQEDKALIVMLLQENKRGDRPLHCAAATESKEMVQLIVERAKCITEPSNFTTSLLRARNLEGQTCLHKAILLGHTEIVKYLVSQDEGLAQIVDNEDISPLYLAIALRRGDIVQELTIKASCGPAGAVSYCGPAGKTVLHAAVLFSEELTTILVNWECSLIKIPDESGRTPLHYLAVGCFGRSSHLLLDYLLVECVGILSHLMVRLLDYISVDNPIIAGPFFSITATKTLLAKDPSSGYCADLEGSLPIHIAALNGKVGVIHKLIQMSPGCELSCNTSGQTILHVAVRMGRRNVVRYICLNPNLSKMILNTKDKDGNTALHLAVQKGCSWTFGILVGRSDVYLSFRNKNGHTPLDLAVLGSTSRLKFWPGDHEWMRNSLLDVGAELGTFVWDHLSREIAKPYKAEDEALSEQLDKSAAVMAAIAALIFSTALNIFFNVESVYHNAANIAIQENHQANVVKTLTGFSLGGSAAAITPNAWSYSGITYSHYIIRVYTDGISGTAAPGEYSSCIGLYMVFIYCYMKASNLFSRFDVHVRARYNRLGFVAFCRSLFKHSSLHSTVPIIQVGVYVELTILIAAIVFLWTLVGINVTPYVFH
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_09g0004370 | OsLaMu_09g0004370.02 | Chr09 | 7864620 | 7865088 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | tcttattctgggattacatattctcattatatcatccgtgtgtacactgatggcattagcggcacggctgcacctggcgagtactcctcttgcatcggcctttacatggtctttagtttgtatttcaggtttatgtgtagtatactgctacatgaaagc |
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| Protein seq | SYSGITYSHYIIRVYTDGISGTAAPGEYSSCIGLYMVFSLYFRFMCSILLHES |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.040995 | 17.210735 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_09g0328600 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os09g12400 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os09g0328600 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_09g0004500 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_09g0004530 | RBH | 0.0 | 1.606856 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_09g0004570 | SBH | 0.0 | 0.000000 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_09g0004400 | RBH | 0.0 | 0.077990 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_09g0004450 | RBH | 0.0 | 20.427145 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_09G0125700 | RBH | 0.0079615 | 0.5259535 | 0.002533 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_09g0004590 | RBH | 0.0 | 2.044600 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_09G0119000 | RBH | 0.004374 | 0.043277 | 0.007881 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_09g0004570 | RBH | 0.089904 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0004440 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_09g0004520 | RBH | 0.0 | 18.344852 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_09g0004320 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_09g0004380 | RBH | 0.0 | 0.521484 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_09G004650 | RBH | 0.0 | 4.516435 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_09g0004500 | RBH | 0.0 | 18.333033 | 0.0 |
