Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsKeNa_03g0022580 OGI:03048770 | 16/16 KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr03:19051573-19061848
Gene Symbol -
DNA seq

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CDS seq

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Function Mechanosensitive ion channel protein 2, chloroplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:Q56X46]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_03g0022580 OsKeNa_03g0022580.01 Chr03 19051671 19061848 + NAM
CDS seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_03g0022580 OsKeNa_03g0022580.02 Chr03 19051573 19061847 + IsoSeq
CDS seq

cttcccttctcccaatctccccccactcatccatcgtccccctctccctctcctccctcgcccgccgcccccctccctccctccctccctccctccctcctatcccctcggattcagcgcccgccgcgggccgccggcgccgccggagagttgccgctgaaatcccgggccggcgtggccttccgtccgagcgcgactccgcccagagaagtgaagttgcac

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Protein seq

LPFSQSPPTHPSSPSPSPPSPAAPLPPSLPPSLLSPRIQRPPRAAGAAGELPLKSRAGVAFRPSATPPREVKLH

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
SE Chr03 19052989 19054326 + OsKeNa_03g0022580.02 OsKeNa_03g0022580.01,OsKeNa_03g0022580.02 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 2.979053 7.960035 8.703860

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_03g0432900 RBH 8.774753 6.201795 4.626122
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os03g31839 RBH 1.895255 1.435361 0.577113
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os03g0432900 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_03g0022710 RBH 4.867748 27.008316 12.003887
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_03g0022650 RBH 5.578968 10.914566 20.141327
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_03g0022620 RBH 0.712566 0.524238 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_03g0022420 RBH 46.837662 13.476806 38.538956
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_03G0299500 RBH 20.535128 35.9924565 39.0907345
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_03g0022170 RBH 1.664855 0.973142 4.140374
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_03G0303900 RBH 23.651741 30.746141 15.3583065
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_03g0022470 RBH 1.312108 0.584831 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_03g0022450 RBH 5.165863 15.762576 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_03g0022580 RBH 77.255836 35.093288 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_03g0022400 RBH 4.794798 2.218075 5.923697
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_03g0022250 RBH 1.757031 12.595103 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_03G022230 RBH 2.828985 6.213159 8.034290
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_03g0022140 RBH 17.894648 49.345177 37.381157
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