Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsKYG_04g0005730		OGI:04033110 \| 16/16			KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr04:11145944-11235727		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		DGS1, OsRPC53, RPC53, OsRPC4, RPC4, OsDGS1
DNA seq		CTCGGCTTTTCCTCTGCACTTCTACAGGCGACGGCGGCGGCTCTGACTTGCTGCGGCAGCTGCGGCTGAGCCCGGAGGCGGCAGCGGCGGCGGCTGCCGGCTGCGCCCGGAGACGGCAGCGGCGGCTGCGGCTGCGCGTGACGGCGGCTGCAGCTGCGGCCTCGCTTGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCAGCTGCGACCGGAGGCTGCAACGGCGGAAGTTGCTCCCGGAGGCTACGGCGGCGGCAGCCCATTTCTCCTCTCCCCCAAGTGTCCCTGTTCCTGATCTCCCCCAAGCACCATGTCCCAGCCAGATACAAGTAAGCTTCGTTTTATGTTTGTAATACCTGCTAGCCACTGATGATTGATGAACTGTTATCATGTCCCTGTGATGAAATTGTGATGGCAAGAGAATTCAGTACAATTATCATGTGATGAACTATTTATTTTGTTGCTGTGATGACCTACTTTATCCTTAGTTTTTTTTAAAACAGCTAAATGGCTTAGCTGCAGCTATAGCCCGCTATAGCTGATGTTAGCTGTTGAAAGCTCAAGCAGCTAAGGCCCTTAGCCGGCTATTTAAATCCCTGGGTATCCTGCGTAAGCGCAATTGTGCAAATCATCGGAAATCATCGTGCGGGGGTGCTGCGGGCGGTTGCGTCGAGCCGCGATATTTCCCCCCCTCCGCTCGCCCTCGACTCCGACTCCGACTCCTCGCGAGTTCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCCGCCGCCGATCCCCCATCCATCCCGCGACCGAGCAGGGTTGCCTCCGCCGCGTCCCGGTGAGCATCGCACGTCCTCTTTTTTTTTTTGTTCTTCTTTTTTGGGCTCGAATTCGTGTTAACCCTAGCTTGCGTTCTAGAGAAATTTGGGTTCGACTGAACCCCCTACGCCCCCATGTTAGATCCGCCATGGCTTGCCATGCCCGCCGCCCCCATGAGAGGGAGGTCCGCCTCTGATGAGCTTAGGGTTCACCGGGTGCCACACCCGTTAGGGCCCTCTCTGCCCCCCGTGTGGTTCTAGAGCTTATTTACTGTCATCGATGATTGCGGGAATGCCTGAGTTAGAGAGGGTTTTCCATTCCCGTTCTGTCAGTGTGGTCGCCTTGGGGCTAACTAGTTTAGCGGTGTAGAGGGGATGTAAAAGGTCCGTAGTGAGAGGCGCATCGGAACGCTGTTTAGCTGTTTTGATGAAACGTGTTTTGGGTATGGGGGGTCTGATCGTTGGCGCACTACCCGTCTTTGTGGAATATGGGGGCCTGAAACTTTTAGTTAGTTTCTTCGGTCGGGAGAATGAGCTGTTCAACTGTACCTGATGGGCGCTATTTAAATGCCTCGGAGTCATGCTAGCATCACATAGTCCTTTTCTTTTTACCGAGGTGCGGCAGGGCGCGGCGATGCTGTGGGTGGCGGTAGCATGGCCAGGCGAGACCTCTCTCGGTGGCGGGGAGCGGCTGGAGGCGGTGGAAGAGGCGCGTGGCTCGGCTTCGTGGTGGATGTGGTGGCTTAGGGGTGGATCGGAAGGGTAGAGCGGCGGCCGGTGTGCGGTGCGGAGCGGCGGAGCCGATGGTGGTGGTGATGGCGCGGCACGGCAGCCGGAGCTCACCGGTGAGCGGTGGAGGTCGGGAGCGGCGTGGGGAGCACGGGAGAGGACGCGGGAGCTCGGGCAACTTGGAAAAATGAGAGAGGGAGGTGCGGGAAGCGTTTTTATAGGCTCGGGAGACCAGAATCGTGGTCGAGAGGGGCGGCAACCGGTGGTGGAGTGGGGAAACAACGTGGGCGGAGTGGCGGCGGCTGGGCGCCGATTTTTGCGGGGAGAAGTGGGGGAAGTGGTGGAGGACGAGGAGGGGACCGGGCCACGATCTTTGGGTGCGGGCACGTGTGCGGGAGGGCGCCGGATTCGGCGGGATGTGGGAAGGGGGGAGGTGGTTGCCAGCGGGCTAGAGGTAGGGGAAGGACATGAGGGAGAGAGAGGGGGCCGGGAGAGGGATGCAAGATAGACTTTTGCAAGGGGCGGGCCGAGGGAGAGAGGCAAGGAGGCCGCCCTAGATGGAGAGAGGAGGGGAAGGAGGTGCGCAGGCCGTGAGGGGGGAAAGAGACTTGGGCCAAAAGCGGCCCAAGGACAAGGAATGAGAATTTTAATTGATTTTCTTTTTATTTAATTAATTAAATGAACTTTGTGCTATTAAAATTACTTTCTTGATGATGTGACCATGGCTACCACGGATGCAACCATTGCTCACATCATGGATGAACAAGAAGATATCGAGATCACATAGTCCAAGTGCTGGAATCCGATTCGGCCACCTGCTACACTGCTGACTTCAAACGGCTGCCGAATCTGCATACGACCTCCGTTTTTGGCCCGTGAGTACTTGATGGAAAGCTCTCGAATCCCTCTTTCCAACGGATCCAGCCTCATCTCCGATATCCATCTCGTGTGGCCGGAATCACAGGCACAAGGTGCTGCGTCACCTATAATGGGCCTATGGGCTTGTAACTTCATTTGGGACCCCGGCCCAGGTGGGGCCCATGTGGGGTGCGCCCAAACCAGGTGGAGCACGACCCTAGGCACCCCTAAGTCGTCCTCCCACCCCTATATATAGCTAGGTACCCCTTCAGGGTTTCTTGGGTTTTGTTAGATTAAAGTTTAGCCATTGCTACTTGCTTGCAGCGCGCGTGTCGGCTAGACCGTCCGTCTGCTTGTTCTTCGGAACCCCAACTTATCATTTGTATTAAATTCCTATTTGCAATATAAGATTGCTTTTATCTTGTTCTTGCTTGTTTCTTCGATTTGCTTGCAGGAATAGGGTTGATCTGCACCGGCAAGATCAACAACCCACGGAGAGGTGTATCGATCGCTAAGGCGCAACACAACGTCTCGTACGGTTGTAGTCGGATCGTCAACGTTTCTCCCAAATCGTAGTTATCACAACTCACCGAAAGATCGGGCCAACAACAGCCTTGAGTGTCGAGAGGAACTCAGGGTTCATCAGGTGGTATCAGAGCTTTCGTTGCTCGGTGTGTTTTTATCTTCCTATAACCAGAAAATAGCCATACAAAAAAATTCGTATCATTTACCTAGCCATATTGTGCCATTGCATTGTTCTTTTCAGTTTTTGCTTTGTTGAATTTTGTGTTGCATCGTCACGTCGTGTTGCTGGTCTTAGCGTCTAGCTCGTTTAGAGTTTCGAGTTCTGGTCACGTTTTGTACCACAGTCGTCGCTGCCACCGTGTCTCTGTTGTTGTCGGGACCTACAAAAACGGAATCGGCTCGCTGCCACGATTCTATTTTCGTAGTATTCAGAAGTTTTTGTCGGTTAGTTTTTGAGTTCTTGAGTTGCATAGCTTCTGTTCGGTGGCTGTGCCGTGCATGTGTGCGAGGAAGAATAGAGGAATATAGCAGATCAGTTTGGATTCGGTGGGGTGGAAGGAAAGAAAAAAAAAGGAAAGAAAAGAAAAGGAAAGTTTTTTTTGATTGGATTTGGTTTCCACTTGTGGAGGGCCAGGCCGAACCCTCCCACCTACCGTACCCACCACCACCGTGACAGTCCGACTCGCTCCTCTCTCTCCAAATCACGTACATCACAAAGTGTGAGTCGCGTCAAACACCTTGGTGAATTTTTGTTTGGTGTCAGTTTCGAGATCTGTTTGGAAAAACGGAACCGACATAAATTCAGCATTCCATTTTTGTATAATTTTTAATTTTGGTTTGGACTTTTACAGTTGAGTCCTTGTAATTTTCATATTTACATTTGAGTCCCGGTAATCTTGCATTGAGGTCCTTGAGTTGTTTTTGCAGAAAAAAATAAAAAAAAAGAAAGTAAGGAAAAGGCAGGAAGGTGCATTAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAAGCTGCACCAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAGAAGAAGAAAGAAGGAAGAAGAAAGAAAGAAAAAAAAATCAGTTGTATCTTTGAGCTGAACTTGATCTATCAGAGTGTGCCTAAGTTGTTTCTAGTGCTATCCTGTGGTATCGTTTGTGTCTAGGCTCGCGTCTCTAGTACGTTCTAGCCTAGGACCAGCACGGTACTTGACTTTGAACCATTATTCAACTTTGCATTCTCTGATTTAAGCATTTGCTATCCCTTTGCTACATATTTAAGCCTACCCAGAGCTCCACAGATCTGATTGCAGCCGTACAGCAAGTGTTTGCCAAGGCATCGATACATCCAAACTCCATTGGGGTGCTTGGTTAAGTCGGTGTACATCACCATTCCGCTTGCTTTGGTAAGAACTTGTAAGAGCTTGGTTAAAAGCTTGAGTGTGTGTGATATTTGAGCTGCCACTACCTAGTAGTTGATAGGAGCGTGCATATTTTTGTGTACTTCTTGTTTCCTACTAACCATGGCAGGATTGCGTAAGGGAATACGAGAACATCGACTTCTACACCTTCGACGAGATATGACGACTTCTCCACGTGATGCATATGAGGTACATGACTATAATTTTGAACAAGTTGCATCTAAGTTACCATTCTATGATGGGAAGTATGATTCTGTTGCATACATTGATTGGGAGCTAGCAATAGACAATGAATTTGATATATATGATTTTTCTGATGCTCAAATGATTAAGGCTGCTAGTAATAAGTTTACCTCTTCTGCATTATTTTGGTGGACTTATGTTAGTAATAAACCTGAAACTTGGGATGAATTGAAAACCATGATGAGAAAACGCTTTGTGACATCTTATTACAAATGTACTCTTCGGGAGAAATTAGAACATCTGAAACAAGGTGATAGAACTGTTAGGGAGTACATTCATGAATTTAAGGTCTGTATCATCTACAGTGGTCTCAAAGAGTGCAATGAAAATACAATGCGTAGATTTTTCAATGGGCTTAATTCTGAAATTCAGGTTTTGCTTGATAATGTGACATATAATCATATTGGGCACCTATTCATGCTTGCTCGTAGCATTGAGAGTCAG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CDS seq		ATGAAGCTTAAGACATCGCAGAGCACAGATCCCTTTGTGAGAAAATTTAAGACTGAGAAAAAGGAAATGCGTACTCAAGTTGCATTTGGACAGGGGAACTCGTCGTATGCAAGATCATTTCCCATGCAAAGTTCAGCAGATGGATCAGCTTCAAAATTACCAAAAGAATATGTTGAACCATGGGACTATACCCACGGTGACTATCCTGTTACTCTCCCACTGAGGAGACCGTATTCTGGAGATCCTGAAATTCTTAATGAAGAGGAGTTTGGAGAGTCTTCTGCCACCGGAGCCCAAGATGGTGAATTAACCACAGCAGAAGAACTTGGACTAATGGTGTGTCCTGCATCGGTCAGACAAAGCACAGTTGCTTTCTTCCAGATGCCTGCATCTCTTCCATTACCAAAGCAGCCAGACTCAGTCGCAGAGACAGATAAAGGCGATGGGGTGGATGCTGAACCTACAAGCACAAGCTCTAAGGAGATGCATGCAGGAACAAGGCCACCAAAAGTCCTTGGCTCTAAGCTCAAAGACCTTCCAGAAGGTTTCATGGGGAAGATACTTGTATATAGGAGCGGTAAAGTGAAGATGAAGATCGGAGATTCACTCTTTGATGTCTCTCCGGGTTCAAATTGCATGTTTGTCCAGGAGGTTGCGGCAATTAATGCCAGAGAAAAGCACTGCTGCACCTTGGGAGAGATCAGCAAGCGCGCGATTGTAACCCCGGACATCGAGCATCTACTGGATTCTTTCGACAAGATGGAAGCGTAA More
Protein seq		MKLKTSQSTDPFVRKFKTEKKEMRTQVAFGQGNSSYARSFPMQSSADGSASKLPKEYVEPWDYTHGDYPVTLPLRRPYSGDPEILNEEEFGESSATGAQDGELTTAEELGLMVCPASVRQSTVAFFQMPASLPLPKQPDSVAETDKGDGVDAEPTSTSSKEMHAGTRPPKVLGSKLKDLPEGFMGKILVYRSGKVKMKIGDSLFDVSPGSNCMFVQEVAAINAREKHCCTLGEISKRAIVTPDIEHLLDSFDKMEA
Function		-

Transcripts

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CDS seq	ATGAAGCTTAAGACATCGCAGAGCACAGATCCCTTTGTGAGAAAATTTAAGACTGAGAAAAAGGAAATGCGTACTCAAGTTGCATTTGGACAGGGGAACTCGTCGTATGCAAGATCATTTCCCATGCAAAGTTCAGCAGATGGATCAGCTTCAAAATTACCAAAAGAATATGTTGAACCATGGGACTATACCCACGGTGACTATCCTGTTACTCTCCCACTGAGGAGACCGTATTCTGGAGATCCTGAAATTCTTAATGAAGAGGAGTTTGGAGAGTCTTCTGCCACCGGAGCCCAAGATGGTGAATTAACCACAGCAGAAGAACTTGGACTAATGGTGTGTCCTGCATCGGTCAGACAAAGCACAGTTGCTTTCTTCCAGATGCCTGCATCTCTTCCATTACCAAAGCAGCCAGACTCAGTCGCAGAGACAGATAAAGGCGATGGGGTGGATGCTGAACCTACAAGCACAAGCTCTAAGGAGATGCATGCAGGAACAAGGCCACCAAAAGTCCTTGGCTCTAAGCTCAAAGACCTTCCAGAAGGTTTCATGGGGAAGATACTTGTATATAGGAGCGGTAAAGTGAAGATGAAGATCGGAGATTCACTCTTTGATGTCTCTCCGGGTTCAAATTGCATGTTTGTCCAGGAGGTTGCGGCAATTAATGCCAGAGAAAAGCACTGCTGCACCTTGGGAGAGATCAGCAAGCGCGCGATTGTAACCCCGGACATCGAGCATCTACTGGATTCTTTCGACAAGATGGAAGCGTAA More
Protein seq	MKLKTSQSTDPFVRKFKTEKKEMRTQVAFGQGNSSYARSFPMQSSADGSASKLPKEYVEPWDYTHGDYPVTLPLRRPYSGDPEILNEEEFGESSATGAQDGELTTAEELGLMVCPASVRQSTVAFFQMPASLPLPKQPDSVAETDKGDGVDAEPTSTSSKEMHAGTRPPKVLGSKLKDLPEGFMGKILVYRSGKVKMKIGDSLFDVSPGSNCMFVQEVAAINAREKHCCTLGEISKRAIVTPDIEHLLDSFDKMEA More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKYG_04g0005730	OsKYG_04g0005730.02	Chr04	11146021	11146389	+	IsoSeq
CDS seq	GCGGCAGCGGCGGCGGCTGCCGGCTGCGCCCGGAGACGGCAGCGGCGGCTGCGGCTGCGCGTGACGGCGGCTGCAGCTGCGGCCTCGCTTGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCAGCTGCGACCGGAGGCTGCAACGGCGGAAGTTGCTCCCGGAGGCTACGGCGGCGGCAGCCCATTTCTCCTCTCCCCCAAGTGTCCCTGTTCCTGATCTCCCCCAAGCACCATGTCCCAGCCAGATACAAGTAAGCTTCGTTTTATGT More
Protein seq	AAAAAAAGCARRRQRRLRLRVTAAAAAASLGGGGGGGGGSCDRRLQRRKLLPEATAAAAHFSSPPSVPVPDLPQAPCPSQIQVSFVLC

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

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Homologues

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Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
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Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os04g32350	SBH	2.381084	2.348512	1.920179
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os04g0394500	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_04g0011630	SBH	0.000000	0.000000	0.000000
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_04g0012430	SBH	0.000000	4.125924	3.994825
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_04g0012120	SBH	1.241509	11.390977	7.177646
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_04g0011790	SBH	0.000000	0.000000	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_04g0005570	SBH	0.0	0.0	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_04G0155600	SBH	0	0	0
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_04g0005760	SBH	0.0	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_04G0166700	SBH	0	0.0037315	0
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_04g0005540	SBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_04g0005710	SBH	0.000000	0.000000	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_04g0005570	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_04g0005370	SBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_04g0005670	SBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_04G005650	SBH	0.000000	0.000000	0.000000
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_04g0005510	SBH	0.0	0.0	0.0

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