Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsGoSa_10g0012170 OGI:10050380 | 16/16 GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr10:17581062-17588955
Gene Symbol SSIIC, OsSSIIc, SSII-1, SSII1
DNA seq

gccgccgccTccgccgcgggaggagggctcgccgattccactacttcactccagtaggtggccaacgcgcggggtgggagcagcagcgacgacctccaatggcggcggcggtcgtctcctccctcctcgccccttcgggatcctgctactcccccggatgccacagctgctggggtcccgggcccggaggcgggcggcgcctaccttccccgcgccggcgcccgattaccgccgcggctcgccctgtgagctcccccctctctcgtacacacactctctcacacacactcgcccactcactctcgaatcgcgtggatgttcgttgattgggaggtcgcgcagcctagatgagaaccggcacttgcgaaatagctactttagttggtgtattagagagagatatatatcctaattgttgatctaattgctttgtataattgtatttgcgccaaatgacttcaaactcgctctcgaatgcgcagtagaaaactagaaatcatggcctaaggctaagagcgcattaagctccaatgcacgtcagaaaactggaaatcatatggcctaaggttaagagcacattcggcaggtgcataatagttttttttttcctaatctgaatgttgtacacttttttaacctgggcagacttgggcagtgccgaggaggagcaggttggagtgggggcgtgtggaggctcagaattcgggcgctcgcaccagctgccgagcagcactgcaatggctatcatccacggtgagccatcaggagtattattttgtttaccctgtacactcgtcctggaaattctaggtctgccacgtcgcaattcgatcgagtcaaaccagctgaatgcctgcagatttcagtttctgatgcaatgtattgtctcacctaggcaaggtcccatgtgaatgttggttatgggtcgccgctggtgttcccaggtttgaccaaaccggggtcaagcaggtgtctatgcgttgttggaatggtcggcaatgcagggaatcaagttggtgacgatagtgatgatggaatcaaggttaccaatgagaagcttcgtgctgttatccgcaagagcaaagaggtgctggagatccatcggaatctacttgagaaggtagctgttctataagttgttgctggaacaaatgtgtttctcaatcttaaaataagttgtctgtttaaagttatgatttagcaggttgtcacaagcccacaaaaatgatgaagctaaaaaggttgtagcattatttgtgtgacctttcatttatgtagacaatttttgggtgcaggtacataaattgaaaatacaagattactatgaacttcccaaagtatgatatagtttaagttgttggatcacctataaagctctcttatacaaacaaccggtagacattcatgtaagtcagattcgttctatccacatacatgctgttagagcatttccttccactgttgaagtaataaacattgtagtctccattgttgaaagatataccttttagtcttggattttacattctataccatcacgagacagtttaagttctagcttctgaggaacaaggcggtgtaaaggtaatggaggctctgttaacatctaccagtgaggtcctttgcaccatgtttgatggaagcaattaggtattctactgaagggctgatgcactgagtttactgaaaatgtgtcctttttcatgttcttgctggaatgtgaaatgttactaaatgtagcatgctaatttcttaaatggttatTAtatagtggtgatgagaaaggcaccctgcgaacgaccttgaattacaacctttttttgggccattttgcagttacatttatgcatgttgctggctgttcacattaaaacattactatatgaaacagttctggtcctcctcttttattgtttactgaaaatggtggttttgagttatgatatgtggccaacttattcagatatcggcatcagaaaggaagaagatcacttcaattatagaggacagttccatttataatgagcaagatccatttggtcaaagagatagttctttttatcatcttgatgaagttccagacgatgatgaatttagctatgacctacagatgtaccttgatagacatccagatcaatctgaagttgttgcaactcaggattatgaggcacaactaagtcaaataagtgaaatgggacagtcagttgctgagggcacaagtgatgatccatctgcttcagcttctgtagatcttatcaatatcaTATtggtagcggcggagtgtgctccttggtccaaaacaggcaagatcataatagccacataccttctaaTtttttcagtttccatgaaaggacattgtgggtttaacctagtacctgtaagttggcggactggagggtgtgtgggctaacactcaaaattccaaatacaacattacatggttacatttcctgtgtgagctgatttaatttaaggacgtgttgtttgtgttcctatattaaacgttcttgttccgtcagcccgttatgtttctcgtgacaaatgttgatgtagtctgtcttcatgccttttttcatttcttgatagtttccatccagttactcacaattggcaactttataacctatgtcctgatgaagcctcacttgagtcgaaggcaaaagtaggctaatttcatttctgtagcttctgtagagctcacactcaatgattgaaacattggggttcgatgggtgttactttaggtgtcagggagaacatagatgtagatatattcattcctgcctgttgtagaagagcatgcatgctgtgtcttacatcatgaaTttttcgtgcaatgaagtcggcccaactagtcaatatccctaaacttgatctagtaaagtacaaatgcatcgatgccccaaaaaactactcctatatagtctatctatggcatgttgaattaattttccaagacttcagacatatacaccagcaactcctcaagcctaaccatactatatttgagaattataagctaccaaattaattctatatctttgcaaatattactgagcatattggacctgctatatgctatagaacattcattctatacactacacaatcacaggttagtctattgtttcaaccagacctgctcataaacccccaagaaaatattgccttggccttggaaggccatgccagagcttggcttgacacttccatgcctgaagcccccaaaagaacagagaagttccagtttatttaatgtacgaatgtcttttatttgtcccccctcacaggtgctggtagaagcgtgtgctgcccgcatgaggttgagagcgtccggtcacgcgccgtgttcagggggTtttgggttttccgtgggccgtcttaacccaccagttgagtttttattgtttttagtggcctttttagggcatgagctggaccaacgtaccaaaagtagccttgagttcaccccagtgttgggcctaagcatgcatgagtctaaacatgaacaactctagatttacactcaattacccaaacatgaggtccatttactagctttcgagttgataaaggagggggaagggaagatggttgatataaattcagggacttaggcagttacccaattactatagctaaggagaggatggtctatatgagggacggagggaggcaatggtggtggcatggtcacttgtccacctttttgggtggctgcaatacacagtaactcgactgttgctatataacaaaactcattgccgtgtatatttgcaagtataaatacaccagtcgcattcatctctcttccccctcctttgacatctcttaatctcctgcaggtgggcttggagatgttgctggagctttgccaaaggctttggctaggagaggtcaccgtgtcatggtatgttttaatttttaaataagacttcctgaaccaataTttttggatagactcagtaagctaatcacatctaataagttctacaagtcaacacgtgatacaagcagagcaagatggcattcgagtctacaagaacttcagttcgcatacgctgcatatagtttaatcattacttagattgacttgattggagtaacaaacctcaatagacaggaaactcacaagtaatcagctgtggcataattagttatacaaccttctcatatagaaccagttactacaaaataatatgatatatttggaataattgggacatgtcagcagaacttgccatatgccctattgcatgaattggtgtgaaatatttaagcaaatttctcgacacaagttgttggctaaggcacatctattatgcactagagattaaaggacctaaattctgaacagtacacctttgcatgttgggtttcagtataataattgtaaatatagagtagtttcctgggcttgaaatagctctggtactatgtccagagttctaacctaaacattttatcttgagagaaaatcttgccatcttgcaatagacaaatagttgaaactgagtgatgcagtagtacaggtatatgacctttctgcaaattggcacattttcaggtccttaggttgatctcttctatgtgttgctgccccctaattgacaatataaactaatattttggtggttacatttgtagaagtgcttgaataggaaatatgtcttgttccctttttccttgaatagtagtaacttgcaatgggtacatatattttataggtagtagtgccaatgtataaaaactacgcagaacctcaacagctaggagagccaaggagataccaggttgcagggcaggtatattattctgtcatgtcatgagaaccttgtaacttattgactatattctcgtttgagactatgtgtacactgtacaggatatggaggtaatttattatcatgcatacatagatggtgtggattttgttttcattgacaatcctatcttccaccacgttgagaatgacatttatggcggagaccgaacag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Protein seq

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Function Soluble starch synthase 2-1, chloroplastic/amyloplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XE48]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsGoSa_10g0012170 OsGoSa_10g0012170.01 Chr10 17581062 17588955 + NAM
CDS seq

atggcggcggcggtcgtctcctccctcctcgccccttcgggatcctgctactcccccggatgccacagctgctggggtcccgggcccggaggcgggcggcgcctaccttccccgcgccggcgcccgattaccgccgcggctcgccctacttgggcagtgccgaggaggagcaggttggagtgggggcgtgtggaggctcagaattcgggcgctcgcaccagctgccgagcagcactgcaatggctatcatccacggcaaggtcccatgtgaatgttggttatgggtcgccgctggtgttcccaggtttgaccaaaccggggtcaagcaggtgtctatgcgttgttggaatggtcggcaatgcagggaatcaagttggtgacgatagtgatgatggaatcaaggttaccaatgagaagcttcgtgctgttatccgcaagagcaaagaggtgctggagatccatcggaatctacttgagaagatatcggcatcagaaaggaagaagatcacttcaattatagaggacagttccatttataatgagcaagatccatttggtcaaagagatagttctttttatcatcttgatgaagttccagacgatgatgaatttagctatgacctacagatgtaccttgatagacatccagatcaatctgaagttgttgcaactcaggattatgaggcacaactaagtcaaataagtgaaatgggacagtcagttgctgagggcacaagtgatgatccatctgcttcagcttctgtagatcttatcaatatcaTATtggtagcggcggagtgtgctccttggtccaaaacaggtgggcttggagatgttgctggagctttgccaaaggctttggctaggagaggtcaccgtgtcatggtagtagtgccaatgtataaaaactacgcagaacctcaacagctaggagagccaaggagataccaggttgcagggcaggatatggaggtaatttattatcatgcatacatagatggtgtggattttgttttcattgacaatcctatcttccaccacgttgagaatgacatttatggcggagaccgaacagacatcttaaaacggatggttttgttgtgcaaagcggctatagaggttccatggtatgttccttgtggtggctactgctacggtgatggaaatcttgtgttccttgcaaatgattggcatactgcactactgcctgtttatttgaaggcatactatcatgacaatggtttcatgatatatgcccgttctgttcttgtcatacacaatatagcacatcagggtcgtggcccattagatgacttcagttatctggatttgccagttgattacatggatcttttcaaactttatgacccatttgggggtgatcacctaaacatatttgcagctggtattaaagctgctgaccgtttgcttactgtaagccatggttatgcatgggagctcaaaacagctgaaggtggttggggtcttcatgggatcatcaatgaaagcgattggaaatttcagggcattgtaaatggcattgatacaactgattggaatcctaggtgtgatatccacctaaaatctgatgggtacaccaattattctctagaaacagttcaggcaggtaaacagcaatgtaaggcagcattgcagaaggaacttggtctcccagttcgtggcgatgttcctgtcattgctttcattggacggctagaccatcaaaaaggtgtagaccttatagcagaagcaatgccatggattgctggccaagatgtacagttaataatgttgggcactggacggcaagaccttgaagatacattgaggaggcttgagagccaacattacgatagagttagggggtgggttggtttttccatcaggttggctcatcgaatgacagcaggggctgatatactattgatgccatcaaggtttgagccatgtggattgaatcagctctatgccatgatgtatgggactgtcccagtagtccatgcggtcggtggtcttcgagacaccgttgagcactacaatccctacgaggagtccGgaattggttggacttttgaaaaggcagaggcaaacagactgattgatgctctagggcactgcttgaacacgtacaggaactacaggactagttgggagggactccaaaagagagggatgatgcaagatctaagttgggataatgctgctaagctgtatgaggaagtcctcctagctgccaagtatcaatggtga

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 2.365684 6.531566 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_10g0437600 RBH 0.398273 0.384001 3.887985
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os10g30156 RBH 0.268982 0.257936 0.999538
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os10g0437600 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_10g0012070 RBH 0.128106 2.600004 4.872945
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_10g0012290 RBH 0.000000 1.528690 1.246281
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_10g0011990 RBH 0.526286 5.696423 4.181130
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_10g0012260 RBH 0.122820 0.225349 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_10g0012000 RBH 5.264939 5.337046 12.708202
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_10G0261600 RBH 6.6425615 6.920019 49.067028
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_10g0012030 RBH 0.120752 0.611542 0.960493
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_10G0281800 RBH 13.841348 13.702333 26.2151165
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_10g0011780 RBH 0.083750 0.121615 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_10g0011750 RBH 0.079236 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_10g0011760 RBH 0.603987 0.0 1.099883
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_10g0012250 RBH 0.102577 3.560000 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_10G012130 RBH 0.105899 2.773604 2.518078
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_10g0012070 RBH 1.343133 2.485409 6.525827
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