Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsGoSa_04g0004060		OGI:04021560 \| 4/16			GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr04:6987161-7074689		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		OsFbox185, Os_F0197
DNA seq		tcatagcggaaagccgtaggggaagggatcaacctgatgaatgattcagccactgggtcaaagacgacgaccttcttgtcgtagacgtcaccaggatcccagtgcaggcaaccgtgaagaatgactggtgggtgctcttcgatacaaataaccccgcgactcaagaccggcttcatctcatctgacgccattggcagtccaatgcaccttggcttcttggaggagcccagagtgccgacatagtacacagcaccctgatctctctttccggtcttccagaataagacgcggtactcaccggacaggaggtgtgcatacatcgcagcaacctggccgccatagagccccggaagtagagcccactggcgcgtggccgggttgcagatgcagagacggcggttggcgagggacaggaggagaagtccatcgcatgaggcatggatcgtgaagtccttgcgacggctgtaatcgttgaaggcaaggactggccggcgctgggcgggggttcgcccaaggtcgaatgtttcgatggaggcgtcaccaacttCcctgctGTCgtcgtcccaaccggcatcacgacggaaggagacgagtgggagcgacggctggaggcggtggtgggcgaggaggaagtcggcggaggtggtgaggcgccgccagctgcggcagaccgcgcggcagtggaggaggtccttcgccggcaggcggacgaggatctCccacagcagctcctccgggacgccaggagcagcggcgcgccgcgagccaggcccgggcccgtcatccttttctggacttaggcatgctatcgcggcggcgcgcgtgtcggtggttggccggtgacggcgacctggggctggggctttacgagacgatttggggattccacaatttggcgattttcgacgggaaatggaagaacagtacactgaacagtccactcggttcccgcaccaatggtggcgtccaactacatcaacaccacattaaatgacggcaggttggcaacttcaccatccttatccctattcattaagcatgtgtttagtttggggatgggatgggatgggttggttccatccctgttttttggaatgggatggttctgttttttttggttgaagggatagaacgaaccctgtttgtagtttggtttgagggatatgatgggttggaatgatcctatcttttatttggatggagggatgaacatgggatgctcggatacaattacctccacacattagttggtgaggttacctctcatagtctataaactacaaaataatatttctacatgatgaccacactatataaaaaattaaaataccctccatatcactatttttgaaaataagctccagcaacttcatttcagcatattggacaagctacagaataatgacaagctacccaataatgaacaatactagcagttccataatcaacccctcaaaaaacaatcacacataattagctcacatAtgatcccatttcaacccatacatagagtccaagccaaacataataagaagtttcaagtcgtgcacataatagcaaattaaggtcttacacataatagcaaatttaagtcttgcacctaagaattctcggccttaaacatattggcagtacaaagtcatacatgatcatgggcccaccggcaacacataataccaaaagaactacccaactcatctaacaacgctacattgatccaggaaacttctcattaatgaacaagtggacccaatgtatcttgttttcgaaaggaagtccatcaaaagctctagcaatgtgagggttggcaaccaaatgagcatagtaaacagatacatggatctcctcaaacccaggaaggcttttcaaggtttgaaataaaccatctggcagtttattgtctggctcagcgacctttagtatagcagaagctaacttgtcaccaacactggtgaatgcaccaatcagcccatcatcttcaatttcttgtgttctggctttctttggcttgcttgcagatgatgcctccgcACGatcatcagtagtggcagggccatcattttcctcttcatcattttcagtttggacatcctctgttcctaggactgaacttgagtcctttgcatactttcccgtagccatggtgctaccaaatattgtaagcatctcaccataGTgtgcaagaggtttgttaaaataatcagcatcagccttgtgatccttcgatgaaacaaaatttttttttaagtaaatgcaataaaacaaatgaatggaataaagcactaggtcaagacatttacctcaatatagccattgtagtgctcatcatcaagagtaatgatgaaatttttctcatcccaaccagcggcactcactttcctaagcctatttatctttgtaaactttctttgccatgtcttcaaatgattcttaatttgctcacccgtgagagtgctgttaaacctttcattcacagccctagcacatgcattgagatgcactgccttgaagccagatgaggtccttgtgcctccggccacaagattggcaaggtgtttgagcatgaaagatgacatagctgaggtctatgaagcatgggtgcttcctcccttgccactattgttgtccattttctacctgctgtcaaatgaaccagaaaatatccatttagcaatatgtaaacctagaaagtgtccattcagcaatatagtaaacagaaattgaccattcagcaatatagtaaacagaaattgtccattcagcaatatagtAaacagaaattgtccattcagcaatatgttaacccagaaattcaccattcagcaataaatcaacccaaaaaaattcagcattcaactatcaaccaatgaaatgaccattcaacaatatgtcaaccaactcagcattcatcaaaccataattcagcatacaacaatagatttatccatacaaatgcaatttagcaaatggactacaacaagctgtccatacaaatgaaatacataaaaatgttcattgactaatgaaatattgtaaataaggtagaaatacaagtagcccagctacatattattccatgatggctattacggtcagcccacatctgatcagctaagccctgcctgaactgaaccatcaatgcatggtcatttgcttggccggttaacgattcatcaatgtcctcacttgaccaatcaggcggagctataagctcatcaattccgtcatttacgacccaattatgaataatacaacaagctacaacaatatctacttgagttcgaaatgggaagaatggagtggcatcatcaagcactttgaacctcctctttagtgacccaaatgcacgttcaaccgtcacacggagggatgagtgtctaaggttgaacaactccttctcattttgtaccggattattcccccattcatttagatggtaccgaacagcacgaaaaggaggcaagaatccttgtttggctccatatccagcatcaactagatagtatttgcctattatatgatcgacaagttggtcacattcctaaatatcaacatttgtcatggataatttgataaactatagtaatctattaccttgtgggacacggaggccattttcacgttccaaagcatctcttaaaactacagcatcatgtgctgtcccctcccaaccagccaagacataagtaaaccgaagatcaaaatctacggctgccattacattttgagtggcatgggacttcctaccacgaaaagaagactccacattcttacgaaccgaggctctaatatgtgtgccatcaatagctccaatacaatcctattttgtgttcaacaacattaaaaattagggaccatatatcaatgttcacataaagataaatttagatagggatgaatctcagaccttaaagtaaggatcccatctagggtttcctgctattttagttggagtgtccaatgaggggggcctgattagttcatctcgtagctcaccgattgcatgaaggactttgttgaaataacggctaactgtttctccagacctatcaaaattagtacgaactaatctatttctaaggttatgccccactgtatgcaaaaacatagccacttgttcctcaatacacatgtgaatggtatcttcaagtaaaccacgatccctaaaaagcttacaaaaacgaaagaaacttgcccttctaagtctaagcatgttgatacaagttgtatcgttccaccaaattttcgtttctaggtactcaattctttttctatccctttcagccattgggccatacctaataccttctctccttgaacacctctttctttttctagacctaataatcatggccatcatcgacaacaataaatttgtagctgcaatacaaactaaaagcttggtcctcttgtccatctacaatacaacaaaaaaaaaacacatggacaacatctactgtcaagcaattgataaagggatttcacacattcttcaacaaaaacagatatgcacagatctgaaaacgaaatcctcatccaaggtttagggtctttttaccgtggagattgggaaccccgatctgcagttggtggctacgaacacttcgaatcgaaggtgatgaggtccagcgccgccgtgtcctgctcgcgcgccggcttgagctcccgagagcatcgccgtgcccctgctcgcgcgagcgccgctgcagccgcgcgcgcctccgcagcccacgcccgcggcgctgctgcagccgcgcgccgcgccgcctcaccgcagtccgacccgcgccgcctaaccgcagcccctgctcgcgcgccggctcgagctcccgctagcgccgctgcagccgcgcgcgcctccgtagcccacgcccgcgccgccacagccgcgacccgccgccgccttgcccctgtgcgccggctcacccaggccaagcacgcgccgccgccacccttgaaaaccctaggaaggaatagacagagaagagataagaa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Function		-

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsGoSa_04g0004060	OsGoSa_04g0004060.01	Chr04	6987161	7074689	-	NAM
CDS seq	atgcctacaaggacagggagagaggaagagaacgtgggaaggctgggtggtgacctgggctttcctactggctggttagcggggccaaggaaggctggacccagtggaaccccaggtcgccgtcaccggccaaccaccgacacgcgcgccgccgcgatagcatgcctaagtccagaaaaggatgacgggcccgggcctggctcgcggcgcgccgctgctcctggcgtcccggaggagctgctgtggGagatcctcgtccgcctgccggcgaaggacctcctccactgccgcgcggtctgccgcagctggcggcgcctcaccacctccgccgacttcctcctcgcccaccaccgcctccagccgtcgctcccactcgtctccttccgtcgtgatgccggttgggacgacGACagcaggGaagttggtgacgcctccatcgaaacattcgaccttgggcgaacccccgcccagcgccggccagtccttgccttcaacgattacagccgtcgcaaggacttcacgatccatgcctcatgcgatggacttctcctcctgtccctcgccaaccgccgtctctgcatctgcaacccggccacgcgccagtgggctctacttccggggctctatggcggccaggttgctgcgatgtatgcacacctcctgtccggtgagtaccgcgtcttattctggaagaccggaaagagagatcagggtgctgtgtactatgtcggcactctgggctcctccaagaagccaaggtgcattggactgccaatggcgtcagatgagatgaagccggtcttgagtcgcggggttatttgtatcgaagagcacccaccagtcattcttcacggttgcctgcactgggatcctggtgacgtctacgacaagaaggtcgtcgtctttgacccagttgatcccttcccctacggctttccgctatga More
Protein seq	MPTRTGREEENVGRLGGDLGFPTGWLAGPRKAGPSGTPGRRHRPTTDTRAAAIACLSPEKDDGPGPGSRRAAAPGVPEELLWEILVRLPAKDLLHCRAVCRSWRRLTTSADFLLAHHRLQPSLPLVSFRRDAGWDDDSREVGDASIETFDLGRTPAQRRPVLAFNDYSRRKDFTIHASCDGLLLLSLANRRLCICNPATRQWALLPGLYGGQVAAMYAHLLSGEYRVLFWKTGKRDQGAVYYVGTLGSSKKPRCIGLPMASDEMKPVLSRGVICIEEHPPVILHGCLHWDPGDVYDKKVVVFDPVDPFPYGFPL More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.0	0.0	None

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_04g0195100	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os04g11890	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os04g0195100	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_04g0003830	SBH	0.0	0.0	0.0
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_04g0004350	SBH	0.0	0.0	0.204074
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_04g0003870	SBH	0.0	0.0	1.247947
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_04g0003980	SBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_04g0004020	RBH	0.0	0.0	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_04G0093300	SBH	0.0316575	0.4331095	0.3024605
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_04g0003980	SBH	0.0	0.180231	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	NA	NA	NA	NA	NA
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_04g0003810	SBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_04g0004050	SBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_04g0004030	RBH	0.0	0.000000	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_04g0003740	SBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_04g0003910	SBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_04G004300	RBH	0.0	0.0	0.000000
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_04g0004030	RBH	0.0	0.0	0.0

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