Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsGoSa_02g0004560 | OGI:02001240 | 16/16 | GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:3168885-3182675 | ||||||||
| Gene Symbol | LRK3, OsLRK3, OsPSKR7, PSKR7 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9C7S5] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsGoSa_02g0004560 | OsGoSa_02g0004560.01 | Chr02 | 3168885 | 3182675 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgtctggggagttgccatcagctctaggcaactgtactagtctcaaaatcatcggcatcaagcataacaacttcatcggtgatattccgggttccataggtcagcttaagagattggaggagctccagttggataacaacaggatgtccagagtgtttccatcatctctaagaaactttacaagtctcaagatcatcaacctcaagcacaacaacttcacaggagagctttcgaaggttaacttctccagactgcccaatctgaaacttttggatcttatgtcgaacaagttcactggagaaattctagatagcatctacagatgcagcaatctaaccacattacagctatcttcaaacaaattctatggccagttgtcaccaagaatagacaacctgaagtccctcgtttttgccggggtatttgaacttcctgtttatgctgattatgaagagccatcacttacatatggtatgaccaatgctctccctgcaatgctaaatcttggaaacaataagcttactggtgcaattccttcagaggtcggccagctgaaatcactcacagtgctcatcttgagcttcaacagctcttcagggcatattccaccgaaacttttcaacctgacaaatctgcaagtgttagaattgtctaacctccatctcacaggttcaatcccaccaggactgaacaatgtgcactcactttcaatatttgatgtttctaacaacgacttagaggggtcagttccaattggatatgagtattggggttttgatgggaacccaaagctgtgtggtcatacgctcattcgcacctgtgcatcggcaaaaacacctccagttttcagactccagagaacaaagcactcaaaagaccatctttgcgattgcttttgtcgcattcttctgtgtagcagaagcagcagcaaattacccacagatttacttgggtttgctctgctgacggtgctgtgtttagcttcttccaccgactcctgcatagaccaggagaagagtgtcctcctccagttccttgctggcctctcaggagacggtggcctctccgcatcatggcggaacggcacaaattgctgcacatgggaaggcatcacctgtaatgcagacatgaggatcgctgatattttgctcgcttctaaggcccttgaagggcagatctcaccgtctcttggcagcctcaccggcctgctgcagctcaatctttcacacaattcgctgtctggtgaacttccattggaggggttggtgtcatcgagcagcatcgtcgttcttgattggagctttgcaagagctcttcattcaatcaactatctggcctcttcagacataggcaactgctccatgcttagagtgctcaagggtggccgcaacaacttcaagggtccactcccagatgaactattcaatgcttcatcattggagcacctttctttcccaaacaatgatctaaatggagtacttgatgatgccaacattataaagctcagcaaattgtctatccttgatctccaacagaatatattcagtggaaacatacccaagtccataggtcagctcaagagattgaaggagctccatttgggtgagaactacttgtatggggagctgccatcaactttaggcaactgcacaaatctcaaaatcctcgacctcaagatcaactacctcagtggagaccttggcaagatcaacttttccagcctatctaatctaatgataattgatcttctcgtgaacaacttcaatggtacaattccagaaagcatttatgattgcacaaatttgattgcactgagactttcgtggaacaaattccatggtgagttctcacacagaatggacagactgaggtctctttccttcctgtcagttggttggaatgattttacgaatatcacgaaggcactttacatcctcaagagctttagcaacttaaaagctctacttcttggagggaacttcaaccatgagacattgctagcagatgaaacaatggatggttttgaaaatcttcagtacctagaaataagtggttcttctttacatggaaaaatttctctttggctatcaaagctcacaaaattgaaggtgctgcagttatccaataatcaattaagcggatcagtgcctgcctggatcaacagcctcaacttcctcttctatctagacatatccaataacaaccttacaggtgaatttccaacaatattaacgcagattccaatgctgaagtcagacaagagaaccaatctggatgtaagtgtcccaaacatgagattttacggcattccattcatcaaaaaccgacaataccaatatatccacacagcaataaacatagccaaaaatggttttacaggtgcgatcccgccagagattagtcagctgaaggcactcgatatgctcaacttgagcttcaatagcttctctggggagatcccacaagcaatctgcaacctcaccaagctggtcatgctagacttgtctaacaacaatctaacaggcacaatccctttagaactgaacaagctaaacttcctttctgcattcaatgtttccaacaacgacctggaaggggctattccaactggaggccagtttgatacatttgacaactcaagcttcactggtaatccaaagctatgtggtggtatgctcagtcaccactgtaattcagcaagagcacttcctagccctacttcatccacagatcaattcggtgacaaggttatctttggcatcacatttggcctgttctttgcttatggtgtgctattagatcagatgtttccatgcagcagaagcagcagcaaatttcccatggatttacttgggtttgctgttgtgctattactgagtttagcctcttccaccagctcctgcaaagatcatgagaagagcttcctcctccagttccttgccggcctctcggaggacggtggcctcgccgtgtcatggcagaatgacacggattgctgcacatgggaagggatcacctgcggcacagatgcaacgatcaccgaaatttcgctggtttctaagggccttgaagggcacatctcaccataccttggcaacctcaccggcctgatgcgcctcaacctgtcccacaatttgctctccggtgaacttccattggaggagttggtgtcgtcaaccagcctcgtcatccttgacatcagcttcaatcacttaagtggagctctgcaggagttctcagctcaaataagtgaaacaactatccggcctctgcaggtactcaacatctcgagcaacttatttacagcacaatttccaacaaacacatggaaggtgatgaacaatctggtggctctgaatgccagtaacaacagctttacgggacaggcaccaagttctttctgcatcagtgcaccatccatcactgagcttgacctctctttcaatcgatttggcggtagcgtaccccaggacataggcaattgctcgatgcttagagttctcaagggtggccacaacaacttccatggtgctctcccagatgaactattcaatgcttcatcgttggagtacctttctttcccagacaatgttctaaatggagtacttgatgatgccaatatcataaaactcagaaaattgtcagtcctagatctcgaaaggaatatgtttattggcaaaatacccaactcgataggtcagctcaagagattggaggaactccatttgggccacaacaatatgtatggagagctgccatcaactttaggcaactgcacaaatctcaaaatcctcgacctcaagatcaactacctcagtggagaccttggcaagatcaacttttccagcctatctaatctaatgataattgatcttctcgtgaacaacttcaatggtacaattccagaaagcatttatgactgcacaaatttgattgcactgagactttcatggaacaaattccatggtgagttctcacagagaatggacagactgaggtctctttccttcctatcagttggtggtaatgcttttgctaatatcagaaatgcgcttcacatcttcaagagctttagaaacttaacggtgctatctattgaacagaacttcatgcatgagatcttgccagaggatgaaacaattgatggttttgaaagcctacaacatcttgaaatatatgggtcctcgttatctggaaaaatgcctgtctggctatcgaagctcaaaaatttggagaagttgtttttatatgacaatcgattaacaggaacggtacctgtatggatcaacaaactcaactttctcatctgtctagatatatcaaataatagctttacaggggaaatattgatgacattaatacagatgccaatgcttaaatcagagaagacagtggccgatattgatgcaagggtcttaatattaccgacatatatgtcctcaaaaaaggacttacctgcacttaaagattggaaatatgaatatcacatcctccgagcagaagtaaatgtagctagaaatggctttacaagtgtgatccctccagagattggtcggctgaaggtactcgatatgcttgatttgagcttcaatagcttctctggagagatcccacaagcaatttgcaacctcaccaacctggagatgctagacttgtctagcaacaatctaatgggtgcaatccctttggaactgaacaagctgcacttcctttctgccttcaatgtttctaacaatgacctggaaggacctattccaactggaggccagtttgatacatttgacaactcaagcttcattggtaatccaaagctatgtggtggtatgctcagtcaccactgtaattcagcaaaagcagttcatgctcctgcctccactctttccacagatcaattcagtgacaaggttatctttggcgtcgcatttggcctgttctttgcacttggtgtgcttagcagcagcaataaaaacaaattatccatgtctattctctgcctcgt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| Protein seq | MSGELPSALGNCTSLKIIGIKHNNFIGDIPGSIGQLKRLEELQLDNNRMSRVFPSSLRNFTSLKIINLKHNNFTGELSKVNFSRLPNLKLLDLMSNKFTGEILDSIYRCSNLTTLQLSSNKFYGQLSPRIDNLKSLVFAGVFELPVYADYEEPSLTYGMTNALPAMLNLGNNKLTGAIPSEVGQLKSLTVLILSFNSSSGHIPPKLFNLTNLQVLELSNLHLTGSIPPGLNNVHSLSIFDVSNNDLEGSVPIGYEYWGFDGNPKLCGHTLIRTCASAKTPPVFRLQRTKHSKDHLCDCFCRILLCSRSSSKLPTDLLGFALLTVLCLASSTDSCIDQEKSVLLQFLAGLSGDGGLSASWRNGTNCCTWEGITCNADMRIADILLASKALEGQISPSLGSLTGLLQLNLSHNSLSGELPLEGLVSSSSIVVLDWSFARALHSINYLASSDIGNCSMLRVLKGGRNNFKGPLPDELFNASSLEHLSFPNNDLNGVLDDANIIKLSKLSILDLQQNIFSGNIPKSIGQLKRLKELHLGENYLYGELPSTLGNCTNLKILDLKINYLSGDLGKINFSSLSNLMIIDLLVNNFNGTIPESIYDCTNLIALRLSWNKFHGEFSHRMDRLRSLSFLSVGWNDFTNITKALYILKSFSNLKALLLGGNFNHETLLADETMDGFENLQYLEISGSSLHGKISLWLSKLTKLKVLQLSNNQLSGSVPAWINSLNFLFYLDISNNNLTGEFPTILTQIPMLKSDKRTNLDVSVPNMRFYGIPFIKNRQYQYIHTAINIAKNGFTGAIPPEISQLKALDMLNLSFNSFSGEIPQAICNLTKLVMLDLSNNNLTGTIPLELNKLNFLSAFNVSNNDLEGAIPTGGQFDTFDNSSFTGNPKLCGGMLSHHCNSARALPSPTSSTDQFGDKVIFGITFGLFFAYGVLLDQMFPCSRSSSKFPMDLLGFAVVLLLSLASSTSSCKDHEKSFLLQFLAGLSEDGGLAVSWQNDTDCCTWEGITCGTDATITEISLVSKGLEGHISPYLGNLTGLMRLNLSHNLLSGELPLEELVSSTSLVILDISFNHLSGALQEFSAQISETTIRPLQVLNISSNLFTAQFPTNTWKVMNNLVALNASNNSFTGQAPSSFCISAPSITELDLSFNRFGGSVPQDIGNCSMLRVLKGGHNNFHGALPDELFNASSLEYLSFPDNVLNGVLDDANIIKLRKLSVLDLERNMFIGKIPNSIGQLKRLEELHLGHNNMYGELPSTLGNCTNLKILDLKINYLSGDLGKINFSSLSNLMIIDLLVNNFNGTIPESIYDCTNLIALRLSWNKFHGEFSQRMDRLRSLSFLSVGGNAFANIRNALHIFKSFRNLTVLSIEQNFMHEILPEDETIDGFESLQHLEIYGSSLSGKMPVWLSKLKNLEKLFLYDNRLTGTVPVWINKLNFLICLDISNNSFTGEILMTLIQMPMLKSEKTVADIDARVLILPTYMSSKKDLPALKDWKYEYHILRAEVNVARNGFTSVIPPEIGRLKVLDMLDLSFNSFSGEIPQAICNLTNLEMLDLSSNNLMGAIPLELNKLHFLSAFNVSNNDLEGPIPTGGQFDTFDNSSFIGNPKLCGGMLSHHCNSAKAVHAPASTLSTDQFSDKVIFGVAFGLFFALGVLSSSNKNKLSMSILCLVLVLMLSSASSTSCCTEHENNCLLQFLAGLSQDGGLAASWRLGTDCCSWEGITCSSMVSKDAMVTDVLLASKRLEGSISPALGRLPGLLRLNLSHNSLSGGLPSEVMSSGSIIILDVRFNSLGRILPLSPPLTTGLKLPLQVLNISSNKFSTELPSLDGMAHLITLSASNNRFSGHIPTNFCTNLPSLAVLELSYNQFSGSIPPGLGNCSRLRVLKTNSSMLSTSIECLSFPNNNLHGTLEGENVIKLGKLATLDLGENNFSGNIPESIGQLNRLEELLLNNNKMYGGIPSTLSNCTSLITINLRSNNFSGELVNVNFSNLPNLKALDLLWNNFSGKIPETIYSCSNLTALRLSSNKFQGQLSKGLGNLKSLSFLSLSYNNLTNITNALQILRSSSSLTTLLIGRNFMNERIPDDDNIDGFDNLQMLILNRNQLTGQIPDWISSLNFLFYLDISNNNLTGEIPTALVQMPMLRSEKSAVQVQLHPRAFQLPIYSLTSLLQYRKANAFPIMLDLGSNKFTGLIPPEIGQLKGLLELNLSANKLYGDIPQSICNLTNLLTLDLSSNKLSGTIPAALKNLNFLTRFNISYNDLEGPIPTEGQLSTFTDCFIGNPKLCGPMLSHRCSSAKAVPAPASTLSTGEFSDKVIFGITVGLFFALGVLLDQMVFSRMNIPDDGHYSNPSKFRVNLPLLELVCTL
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsGoSa_02g0004560 | OsGoSa_02g0004560.02 | Chr02 | 3177421 | 3179785 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | atgtttccaacaacgacctggaaggggctattccaactggaggccagtttgatacatttgacaactcaagcttcactggtaatccaaagctatgtggtggtatgctcagtcaccactgtaattcagcaagagcacttcctagccctacttcatccacagatcaattcggtgacaaggttatctttggcatcacatttggcctgttctttgcttatggtgtgc
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| Protein seq | MFPTTTWKGLFQLEASLIHLTTQASLVIQSYVVVCSVTTVIQQEHFLALLHPQINSVTRLSLASHLACSLLMVC |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 8.232897 | 0.000000 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0157200 | RBH | 0.112812 | 0.464303 | 0.031146 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g06240 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0157400 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0004380 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004580 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.195595 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0004360 | RBH | 0.038443 | 0.407024 | 0.900679 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0004310 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0024780 | SBH | 8.651113 | 0.0 | 4.050574 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0052900 | RBH | 0.41005 | 3.5079145 | 1.390456 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0004310 | RBH | 0.073082 | 0.0 | 0.090631 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0059600 | RBH | 0 | 0 | 0.0230675 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0004720 | SBH | 0.038440 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0003980 | RBH | 0.070042 | 4.234505 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_01g0012120 | SBH | 5.845068 | 31.972692 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0004490 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.033774 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0004320 | RBH | 0.082449 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G025060 | RBH | 0.363832 | 0.0 | 1.463381 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0024730 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.990536 |
