Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsAzu_10g0016060 | OGI:10048420 | 16/16 | Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr10:20748753-20775985 | ||||||||
| Gene Symbol | PPR1, Rf4, Rf-4, PPR782a, PPR9, PPR3, PPR458, PPR7, PPR4, PPR794, PPR6, PPR6-794, PPR5, Rf5, Rf1a, RF1, Rf1 (Rf-1), rf-1, PPR791, PPR8-1, Rf-1, Rf1, Rf-1A, Rf5, Rf1a, RF5, Rf5(t)*(Rf(t)*), RF1A, PPR6, PPR11 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Protein Rf1, mitochondrial [UniProtKB/Swiss-Prot:Q76C99] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsAzu_10g0016060 | OsAzu_10g0016060.01 | Chr10 | 20748753 | 20775683 | + | NAM | ||
| CDS seq | ATGCCATTGCCGCGCACCTCGCCCGCCCGCTGCCGAGCCGCCACCGCGCACCTTGCTGAGCCGCCACCGCCGTCCCTAGCCGCCTCGTGCCGCCGCCACGCCAGATCCAGGCGCGGGATGGCCGGATCCGGCCTTGGGGGCGCCGGATCCGCCGCCTCCCCACACCGCCACGGCGTCACCACCTCCGACCGCAGTGAGGGCTTCGTCGTTTGCCCCATGCTTATCGCGTCGAGGAGGAAGACGCCAAGAAAAAAGGGCCTCGCCGCTGCCTTCCTTGCTCGCTGCAGGCTTCGCCGCCGGCGAGCTTCGGCGGCGGCGAGGTGGGGGAGAAGAAGTGGGGAGTGGGCAGCTAGGCTGGAGACTAGGACTTTTAACATTATGATTGGTGCCTTACTTAAATGTGGAAGAATGGATGAAGCTAAGGATTTGTTTGCAGCTCTCTCGGCTAACGGTTTAGTGCCAGATGTTAGGACCTACAGTTTAATGGCAGAAAATCTTATAGAGCAGGGGTTGCTAGAAGAATTGGATGATCTATTTCTTTCAATGGAGGAGAATGGCTGTACTGCCAACTCCCGCATGCTAAATTCCATTGTTAGGAAACTGTTACAGAGGGGTGATATAACCAGGGCTGGCACTTACCTGTTCATGATTGATGAGAAGCACTTCTCCCTCGAAGCATCCACTGCTTCCTTGTTTTTAGATCTTTTGTCTGGGGGAAAATATCAAGAATATCATAGTCGTATTAGAGGAGGGATCTTCTCTTTATGTGTAAATAGCGAGGTTCAAGAAAATCATTTGTTGGATTCAGAATCTGGTGTCCATTTTCTTCTTAAATTATTAAATCCTCCAGTGAATCTTGTTGATTCCAAAGCACCATCGATAGGTTCCAAACTTCTTGGAATCAGTAAAGTTCAAATGCTTAATGGATCAAATAAGGATTCTGACTGCATTTCAGAGGAAATCCTTTCAAAAGTTGAAGAGATTCTCTTAAGCTGTCAAGTGATCAAGTCGCTCGACAAAGATGACAAGAAAACAACAAGGCCAGAACTGTGTCCAAAGTGGCTTGCTTTGTTGACAATGGAAAATGCATGCTTGTCTGCTGTTTCAGTAGAGGAGACTTCTGACACAGTGTCCAGAGTTGGAGGAAATTTTAAAGAGACATTAAGGGAGATGGGAGGTCTTGATAGTATTTTTGACGTTATGGTGGATTTTCATTCAACATTGGAGAATCTCATAAAGGATACATCCACTTCAGCTTTGGACCGAAATGAAGGAACATCTTTGCAAAGTGCTGCTCTCCTCTTGAAATGTTTGAAAATATTGGAAAATGCCATATTTCTAAGCGATGATAACAAGACCCATTTGCTTAATATGAGTAGAAAATTGAACCCGAAACGCTCCTTGCTTTCTTTTGTTGGTGTCATTATCAATACTATTGAGTTATTATCAGCTCTTTCAATACTTCAGAATTCTTCTGTTGTTTCCAGCTCTACATATCCGAAATCGTCTAAAGTCTCTCAACAGAGTTACTCTGTGGTGATGGCGGGGGGCGACCGTGGCCGAGGCGTGGAGTGCCATCCGCATCGGGGTGTATCGGCCGCGCTGCTCCGCCCTGGTCCGCAGGCTTTGGCGGCGAGCTGGTGGCGGAGGGAGACTGTGGTGAGATCGGATTTCGCCGCTGGTGGTGTCGCTACCATGGGGGATTCGCCGCAGGCGCTCTCAGACATCGATGTGATTTCAAGGGTCAGAGGGGTTTGCTTCTACGCGGTGGCTGCAGTTGCAGCAATCTTTTTGTTTGTCGCCATGGTTGTGGTTCATCCACTTGTGCTCCTATTTGACCGATACCGGAGGAGAGTGTTTCAAGTTTATAAGCAAGACAAGTATATTTATGTTCCGAATTATTTGATGGGCAATGTATCTCTTAGGAGTAATTCCTTTGCGGCGTATGGACAGCAGGAGCCAGCTGCTAGGGCGGGCATGGCGCGCCGCGCCGCTTCCCGCGCTGTTGGCGCCCTTCGCTCGGACGGCTCGATCCAAGGGCGAGGAGGCCGCGCGGGGGGCAGTGGCGCCGAGGACGCACGCCACGTGTTCGACGAATTGCTCCGCCGTGGCAGGGGCGCCTCGATCTACGGCTTGAACCGCGCCCTCGCCGACGTCGCGCGTGACAGCCCCGCGGCCGCCGTGTCCCGCTACAACCGCATGGCCCGAGCCGGCGCCGACGAGGTAACTCCCGACTTGTGCACCTACGGCATTCTCATCGGTTGCTGCTGCCGCGCGGGCCGCTTGGACCTCGGTTTCGCGGCCTTGGGCAATGTCATTAAGAAGGGATTTAGAGTGGAAGCCATCACCTTCACTCCTCTGCTCAAGGGCCTCTGTGCCGACAAGAGGACGAGCGACGCAATGGACATAGTGCTCCGCAGAATGACCGAGCTCGGCTGCATACCAAATGTTTTCTCCTGCACCATTCTTCTCAAGGGTCTGTGTGATGAGAACAGAAGCCAAGAAGCTCTCGAGCTACTGCACATGATGGCTGATGATCGAGGAGGAGGTAGCCCACCTGATGTGGTGTCGTATACCACTGTCATCGATGGCTTCTTCAAGGAGGGGGATCTGGACAAAGCTTACGGTACATACCATGAAATGCTGGACCGGGGGATTTTACCAAATGTTGTTACCTACAGCTCTATTATTGCTGCGTTATGCAAGGCTCAAGCTATGGACAAAGCCATGGAGGTACTTACCAGCATGGTTAAGAATGGTGTCATGCCTAATTGCAGGACATATACTAGTATCATGCATGGATATTGCTCTTCAGGGCAGCCAAAAGAGGCTATTGGATTTCTCAAAAAGATGCGCAGTGATGGTGTCGAACCAGATGTTGTTACTTATAACTCGCTCATGGATTATCTTTGCAAGAACGGAAGATGCACCGAAGCTAGAAAGATGTTCGATTCTATGACCAAGAGGGGCCTAGAGCCTGATATTGCTACCTATTGTACCCTGCTTCAGGGGTATGCTACCAAAGGAGCCCTTGTTGAGATGCATGCTCTCTTGGATTTGATGGTACGAAACGGCATCCACCCTGATCATTATGTTTTCAGCATTCTAATATGTGCATACGCTAAACAAGAGAAAGTAGATGAGGCAATGCTTGTATTCAGCAAAATGAGGCAGCATGGATTGAATCCGAATGTAGTGACGTATGGAGCAGTTATAGGCATACTTTGCAAGTCAGGCAGTGTAGACGATGCTATGCTTTATTTTGAGCAGATGATCGATGAAGGACTAACCCCTAACATTATTGTGTATACCTCCCTAATTCATAGTCTCTGTATCTTTGACAAATGGGACAAGGCTGAAGAGTTAATTCTTGAAATGTTGGATCGAGGCATCTGTCTGAACACTATTTTCTTTAATTCAATAATTGACAGTCATTGCAAAGAAGGGAGGGTTATAGAATCTGAAAAACTCTTTGACCTGATGGTACGTATTGGTGTGAAGCCCGATATCATTACGTACAGTAAGATGGATGAAGCAATGAAGTTACTTTCTGGCATGGTCTCAGTTGGGTTGAAACCTAATACTGTTACTTATAGAACTTTGATTAATGGCTACTGCAAAATTAGTAGGATGGAAGACGCGTTAGTTCTTTTTAAGGAGATGGAGAGCAGTGGTGTTAGTCCTGATATTATTACGTATAACATAATTCTGCAAGGTTTATTTCAAACCAGAAGAACTGCTGCTGCAAAAGAACTCTATGTCAGGATTACCGAAAGTGGAACGCAGATTGAACTTAGCACATACAACATAATCCTTCATGGACTTTGCAAAAACAAACTCACTGATGATGCACTTCGGATGTTTCAGAACCTATGTTTGATGGATTTGAAGCTTGAGGCTAGGACTTTCAACATTATGATTGATGCATTGCTTAAAGTTGGCAGAAATGATGAAGCCAAGGATTTGTTTGTTGCTTTCTCGTCTAACGGTTTAGTGCCGAATTATTGGACGTACAGATTGATGGCTGAAAATATTATAGGACAGGGGTTGCTAGAAGAATTGGATCAACTCTTTCTTTCAATGGAGGACAATGGCTGTACTGTTGACTCTGGCATGCTAAATTTCATTGTTAGGGAACTGTTGCAGAGAGGTGAGATAACCAGGGCTGGCACTTACCTTTCCATGATTGATGAGAAGCACTTTTCCCTCGAAGCATCCACTGCTTCCTTGGGGCGGTGGCCGCGGCCGTGGCGTGGAGTGCCAGCTGCATCGGGTGCACCGCCGCCGGGGTCCGCAGGGCGAGGGGGCCGCGCGGGGGGCAGTGGCGCCGAGGACGCACGCCACATGTTCGACGAATTGCTCCGCCGTGGCAGGGGCGCCTCGATCTACGGCTTGAACCGCGCCCTCGCCGACGTCGCGCGTGACAGCCCCGCGGCCGCCGTGTCCCGCTACAACCGCATGGCCCGAGCCGGCGCCGACGAGGTAACTCCCGACTTGTGCACCTACGGCATTCTCATCGGTTGCTGCTGCCGCGCGGGCCGCTTGGACCTCGGTTTCGCGGCCTTGGGCAATGTCATTAAGAAGGGATTTAGAGTGGACGCCATCGCCTTCACTCCTCTGCTCAAGGGCCTCTGTGCCGACAAGAGGACGAGCGACGCAATGGACATAGTGCTCCGCAGAATGACCGAGCTCGGCTGCATACCAAATGTCTTCTCCTACAATATTCTTCTCAAGGGGCTGTGTGATGAGAACAGAAGCCAAGAAGCTCTCGAGCTGCTGCACATGATGGCTGATGATCGAGGAGGAGGTAGCCCACCTGATGTGGTGTCGTATACCACTGTCATCAATGGCTTCTTCAAAGAGGGGGATTCAGACAAAGCTTACAGTACATACCATGAAATGCTGGACCGGGGGATTTTACCTGATGTTGTGACCTACAGCTCTATTATTGCTGCGTTATGCAAGGCTCAAGCTATGGACAAAGCCATGGAGGTACTTAA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CACCATGGTTAAGAATGGTGTCATGCCTGATTGCATGACATATAATAGTATTCTGCATGGATATTGCTCTTCAGGGCAGCCGAAAGAGGCTATTGGATTTCTCAAAAAGATGCGCAGTGATGGTGTCGAACCAGATGTTGTTACTTATAGCTCGCTCATGGATTATCTTTGCAAGAACGGAAGATGCATGGAAGCTAGAAAGATTTTTGATTCTATGACCAAGAGGGGCCTAAAGCCTGAAATTACTACCTATGGTACCCTGCTTCAGGGGTATGCTACCAAAGGAGCCCTTTTTGACATGCATGCTCTCTTGGATTTGATGGTACGAAACGGCATCCACCCTGATCATTATGTTTACAACATTCTAATATGTGCATATGCTAAACAAGGGAAAGTAGATGAGGCAATGCTTGTGTTCAGCAAAATGAGGCAGCAAGGATTGAATCCGGATGCAGTGACGTATGGAGCAGTTATAGGCATACTTTGCAAGTCAGGCAGAGTAGAAGATGCTATGCTTTATTTTGAGCAGATGATCGATGAAGGACTAAGCCCTGGCAACATTGTTTATAACTCCCTAATTCATGGTTTGTGCACCTGTAACAAATGGGAGAGGGCTGAAGAGTTAATTCTTGAAATGTTGGATCGAGGCATCTGTCTGAACACTATTTTCTTTAATTCAATAATTGACAGTCATTGCAAAGAAGGGAGGGTTATAGAATCTGAAAAACTCTTTGACCTGATGGTACGTATTGGTGTGAAGCCCGATATCATTACGTACAGTAAGATGGATGAAGCAATGAAGTTACTTTCTGGCATGGTCTCAGTTGGGTTGAAACCTAATACTGTTACTTATAGCACTTTGATTAATGGCTACTGCAAAATTAGTAGGATGGAAGACGCGTTAGTTCTTTTTAAGGAGATGGAGAGCAGTGGTGTTAGTCCTGATATTATTACGTATAACATAATTCTGCAAGGTTTATTTCAAACCAGAAGAACTGCTGCTGCAAAAGAACTCTATGTTAGGATTACCGAAAGTGGAACGCAGATTGAACTTAGCACATACAACATAATCCTTCATGGACTTTGCAAAAACAAACTCACTGATGATGCACTTCAGATGTTTCAGAACCTATGTTTGATGGATTTGAAGCTTGAGGCTAGGACTTTCAACATTATGATTGATGCATTGCTTAAAGTTGGCAGAAATGATGAAGCCAAGGATTTGTTTGTTGCTTTCTCGTCTAACGGTTTAGTGCCGAATTATTGGACGTACAGGTTGATGGCTGAAAATATTATAGGACAGGGGTTGCTAGAAGAATTGGATCAACTCTTTCTTTCAATGGAGGACAATGGCTGTACTGTTGACTCTGGCATGCTAAATTTCATTGTTAGGGAACTGTTGCAGAGAGGTGAGATAACCAGGGCTGGCACTTACCTTTCCATGATTGATGAGAAGCACTTTTCCCTCGAAGCATCCACTGCTTCCTTAATCTTTGAGCTGCTGAAGCATTTTGCAGCTTTGAAATTCTGTGTTGGAATTCTTTTCTCCTACAGTCCTATTAGAGGAGGGATCTTCTCTGTATGTGTAAATAGCGAGGTGCAGACAGGTGCTTGCGGTCAGGTTAAAGAAGTTGGCAAAAATGCTTCTGAAGAAAGGTTAATTGTTGTTTCATCTCAGGAGATTCCAGATGATCCAGTGTCTCCAACAATTGAGGCGCTTATTTTGCTCCATAGTAAAGTAATTACTGAAATGAGAAGACGGACTGGGGCTGAAATCCGAGTCTACTCAAAAGCAGATAAACCTAAGTACCTGTCTTTTGATGAGGAGCTTGTGCAGGTTGCTGGGCTTCCAGCTATTGAAAGAGGAGCCCTGACAGAGATTGCTTCGAGGCTTTGA
More
|
|||||||
| Protein seq | MPLPRTSPARCRAATAHLAEPPPPSLAASCRRHARSRRGMAGSGLGGAGSAASPHRHGVTTSDRSEGFVVCPMLIASRRKTPRKKGLAAAFLARCRLRRRRASAAARWGRRSGEWAARLETRTFNIMIGALLKCGRMDEAKDLFAALSANGLVPDVRTYSLMAENLIEQGLLEELDDLFLSMEENGCTANSRMLNSIVRKLLQRGDITRAGTYLFMIDEKHFSLEASTASLFLDLLSGGKYQEYHSRIRGGIFSLCVNSEVQENHLLDSESGVHFLLKLLNPPVNLVDSKAPSIGSKLLGISKVQMLNGSNKDSDCISEEILSKVEEILLSCQVIKSLDKDDKKTTRPELCPKWLALLTMENACLSAVSVEETSDTVSRVGGNFKETLREMGGLDSIFDVMVDFHSTLENLIKDTSTSALDRNEGTSLQSAALLLKCLKILENAIFLSDDNKTHLLNMSRKLNPKRSLLSFVGVIINTIELLSALSILQNSSVVSSSTYPKSSKVSQQSYSVVMAGGDRGRGVECHPHRGVSAALLRPGPQALAASWWRRETVVRSDFAAGGVATMGDSPQALSDIDVISRVRGVCFYAVAAVAAIFLFVAMVVVHPLVLLFDRYRRRVFQVYKQDKYIYVPNYLMGNVSLRSNSFAAYGQQEPAARAGMARRAASRAVGALRSDGSIQGRGGRAGGSGAEDARHVFDELLRRGRGASIYGLNRALADVARDSPAAAVSRYNRMARAGADEVTPDLCTYGILIGCCCRAGRLDLGFAALGNVIKKGFRVEAITFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTELGCIPNVFSCTILLKGLCDENRSQEALELLHMMADDRGGGSPPDVVSYTTVIDGFFKEGDLDKAYGTYHEMLDRGILPNVVTYSSIIAALCKAQAMDKAMEVLTSMVKNGVMPNCRTYTSIMHGYCSSGQPKEAIGFLKKMRSDGVEPDVVTYNSLMDYLCKNGRCTEARKMFDSMTKRGLEPDIATYCTLLQGYATKGALVEMHALLDLMVRNGIHPDHYVFSILICAYAKQEKVDEAMLVFSKMRQHGLNPNVVTYGAVIGILCKSGSVDDAMLYFEQMIDEGLTPNIIVYTSLIHSLCIFDKWDKAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIDSHCKEGRVIESEKLFDLMVRIGVKPDIITYSKMDEAMKLLSGMVSVGLKPNTVTYRTLINGYCKISRMEDALVLFKEMESSGVSPDIITYNIILQGLFQTRRTAAAKELYVRITESGTQIELSTYNIILHGLCKNKLTDDALRMFQNLCLMDLKLEARTFNIMIDALLKVGRNDEAKDLFVAFSSNGLVPNYWTYRLMAENIIGQGLLEELDQLFLSMEDNGCTVDSGMLNFIVRELLQRGEITRAGTYLSMIDEKHFSLEASTASLGRWPRPWRGVPAASGAPPPGSAGRGGRAGGSGAEDARHMFDELLRRGRGASIYGLNRALADVARDSPAAAVSRYNRMARAGADEVTPDLCTYGILIGCCCRAGRLDLGFAALGNVIKKGFRVDAIAFTPLLKGLCADKRTSDAMDIVLRRMTELGCIPNVFSYNILLKGLCDENRSQEALELLHMMADDRGGGSPPDVVSYTTVINGFFKEGDSDKAYSTYHEMLDRGILPDVVTYSSIIAALCKAQAMDKAMEVLNTMVKNGVMPDCMTYNSILHGYCSSGQPKEAIGFLKKMRSDGVEPDVVTYSSLMDYLCKNGRCMEARKIFDSMTKRGLKPEITTYGTLLQGYATKGALFDMHALLDLMVRNGIHPDHYVYNILICAYAKQGKVDEAMLVFSKMRQQGLNPDAVTYGAVIGILCKSGRVEDAMLYFEQMIDEGLSPGNIVYNSLIHGLCTCNKWERAEELILEMLDRGICLNTIFFNSIIDSHCKEGRVIESEKLFDLMVRIGVKPDIITYSKMDEAMKLLSGMVSVGLKPNTVTYSTLINGYCKISRMEDALVLFKEMESSGVSPDIITYNIILQGLFQTRRTAAAKELYVRITESGTQIELSTYNIILHGLCKNKLTDDALQMFQNLCLMDLKLEARTFNIMIDALLKVGRNDEAKDLFVAFSSNGLVPNYWTYRLMAENIIGQGLLEELDQLFLSMEDNGCTVDSGMLNFIVRELLQRGEITRAGTYLSMIDEKHFSLEASTASLIFELLKHFAALKFCVGILFSYSPIRGGIFSVCVNSEVQTGACGQVKEVGKNASEERLIVVSSQEIPDDPVSPTIEALILLHSKVITEMRRRTGAEIRVYSKADKPKYLSFDEELVQVAGLPAIERGALTEIASRL
More
|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| RI | Chr10 | 20772944 | 20773189 | + | OsAzu_10g0016060.02,OsAzu_10g0016060.01 | OsAzu_10g0016060.02,OsAzu_10g0016060.01,OsAzu_10g0016060.03 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.176219 | 1.502282 | 1.657409 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_10g0499500 | RBH | 0.201772 | 0.204524 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os10g35240 | RBH | 0.445477 | 0.281845 | 0.158804 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os10g0493100 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_10g0015690 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 1.402703 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_10g0016610 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_10g0015990 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_10g0015970 | RBH | 0.0 | 0.051026 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_10g0016030 | RBH | 4.595193 | 3.447253 | 6.163387 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_10G0317500 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_10g0015780 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.216688 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_10G0336900 | RBH | 0.168846 | 0.2688145 | 0.650718 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_10g0015520 | RBH | 0.020425 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_10g0015420 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_10g0016360 | RBH | 1.725807 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_10g0015520 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.120465 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_10g0016250 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_10G016100 | SBH | 0.161260 | 0.0 | 0.258236 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_10g0015780 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
