Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsARC_01g0004130 | OGI:01011260 | 16/16 | ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr01:3096366-3126264 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Receptor-like protein 6 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9C637] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| CDS seq | 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| Protein seq | MAAFDSWKAGEDCCMWEGVSCGDADGRVTWLDLGYCGLKSGQLDPVLFKLTSLEYLNLGGNNFTRSEIPSTGFERLSKLTHLNLSSSNFKGQVPVHSIGQLNSLVSLDISFSSGLMELFDLGDFMNPWQMFVTNLTALVAHFSRLEEIRLGHLGIFSNPEDEWCNALAKYTPNLRVLSLPFCWLSSPICISLSSLRSLSVIDLQYNYLTGPIPEFFANFSLSVLQLGHNHLEGWISHSILQNKKLVTIDLHKNPDLSGTIPNFSVGSSLESLLVGQTNFSGAIPSSISNLKSLKKLGLGASGFAGELPSSIGKLKSLNLLQVSGLEVIGFFPPWTTNLTSLEVLEFSHCGLSGSIPSSIGDLKKLRTLAIYSCNFWGEIPRHILNLTQLDTILLYSNNFVGTVELASFWILRNLFNLNLSYNKITVIDGENNSSLVSYPDIEYLSLASCNVTRFPNILRHIEINGLDLSHNQIQGAIPLWAREKWTDYYGLLFLNLSHNKFTSVGYDGVSLPFYIDVLDLSFNMFEGPIPLPRYSGTVLDYSNNHFSSIPPNISTQLRGTSYFKASRNNLSGNIPTSFCTTKLQILDFSYNFFSGSIPPCLIEDANALQVLNLKQNRFHGEFPLYINENCTLEALDFSDNRIEGNLPRSLVSCQKLEVLDIRNNQINDSFPCWMSALPRLQVLVLQSNKFFGQVTPTVAEESICEFPSLRILDLASNNFSGILKEQWFTKLKSMMIEFDNDTSVMEYRDNQSQVYRVNIVLTNKGSTIRMEKILRTSVFLDVSNNAFHGSIPKSMGELVLLHTLNMSHNSLTGTIPTQLGCLKQMEALDLSSNELSGVIPQELASLDFLGMLNLSYNKLEGKIPESLHFSLFANSSFLGNDALCGPPLSKVCSNMTMLNVIPSQKKSVDVMLFLFSGIGFGLGFAIAIVVAWGIPIRRRSPHDTTVHCHPDQASSLLRLKASFTGTSLLPSWRAGSDCCHWEGVTCDMASGRVISLDLSELNLISNRLDPALFNLTSLRNLSLAYNDFGKAPLPASGFERLTDMIHLNLSGYSLSGQIPIGIGSLKKLVTLDFSRNYGLYFVKPSFQTVMANLSNLRELHLDDVNILSGRSSWSVILADNTPQLEILSLCQCGISGSIHSSFSRLRSLKIIDLSFNWELTGKVPEFFAELSSLSILDISCNSFEGQFPTKIFQLKSLRTLDLSMNRDLSINLPEFLDGNNLETLSLTWTNLPYHTPSSFANLKSLKSLAISTTGTSKKLLPSLIGELPSLKELEMWGPEWSLEKPVVLSWVGNLKQLTDLTLGSYDFSQSTPSWIGNLTSLATLYMWGCNLSTSIPHQIGNLANLTSLRLEDCDFFGQKIPSWISNFTKLRNLEMNSCGLSGPIPSTIGNLTQLEYVIIRSNDQLNGKIPQSLFTLPGLKYVDLSENQLSGSLQDIPSPLTSSLSSIDLSDNQLSGPVPKSFSQFTNINHLSLASNKLTGTVNQISGAMPSWIWENWKDHLLRLNLSHNMFSILEKTPSLVNMTYLNYLDLSFNRLQGSIPIPVTTSSEVALDYSNNHFSSIVPNFGIYLENASYINLSNNKLSGHVPSSICKASKVIVMETYLATTIVDQYHHVLQKLRDNQFNGVLPESSREGCNLQSLDVNGNQIEGKLPRSLSYCQHLELLDVGNNQVVDSFPFWLGTLPNLRVLVLRSNKLNGTIWGPKDGHQNSSFTRLQIIDLASNHFSGNIYSEWFEHLQSMMNSGSEDEQILQFRTNVSVLGSYQDIATITYKGNTLIFTKILTTFKAIDLSDNSFGGPIPKSLGKLVSLRGLNLSHNAFTGHITSQLSSLTQLESLDLSWNKLSGEIPPELASLTSLAWLNVSYNNLTGRIPQGNQFGSFSNSSFEGNVNLCGRPLSKQCDTPCSTSPSASAPSDTNSFWQDRLGVILLFVLSGLGFTKQRRTGEQRSSRINSLLQRIHDDRMITETRPDLQVATLQVQPVAFFLSGELRVAVDLTGEWGLGCTDGWWSGGGNRSGVSRRRAQHDTTVHCHPDQASSLLRLKASFTGTSLLPSWRAGSDCCHWEGVTCDMASGRVISLDLSELNFISNRLDPALFNLTSLRNLSLAYNDFWNAPLPASGFERLTDMIHLNLSDSSLTGQIPIGIGSLKKLVTLDFSRNYGLYFVKPSFQTVMANLSNLRELHLDDVNILSSRSSWSVILADNTPQLEILSLSQCGLSGSIHSSFSRLRSSKMIDLSTNRKLSGKVPELFAELSSLSILDISGNSFEGQFPTKIFQLKSLRTLDLSMNPNLFVNLSEFPNGNNLETLSLAGTNLSYHIPSFSFADLKSLKSLSISTTGISKELLPSLIGELPSLKELKMRGSEWSMEKPVLSWVGNLKQLTDLTLGSYDFSQSTPSWIGNLTSLATLEMGGCNLSTSIPHQIGNLANLTSLRLKDCDFFGQKIPSWIGNFTKLRDLQIDNCGLSGPIPSTIGNLTQLEYLIIMSNDQLNGKIPQSLFTLAGLKHIDLSANQLFLFSGRHCFPFNFTFAGYPVKL
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|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_01g0004130 | OsARC_01g0004130.02 | Chr01 | 3096366 | 3099555 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | CCAACTGTAACTCTGCAATTAGCCAGTGAAACTAATCTGCTACTTGTAGTATTATGGTGGCCTCCCCAAGAAAAACGTTGTTCTTGCTGTCGCTCCTCCTCCACCTACTCAACGCTTCATCAGCAGCTACGTACACCAATCACACCGGAGCCCTCTCACCAGCGGTTTCATGCTTGCCTGATCAGGCAGCGGCTCTGCTCC
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|
|||||||
| Protein seq | PTVTLQLASETNLLLVVLWWPPQEKRCSCCRSSSTYSTLHQQLRTPITPEPSHQRFHACLIRQRLCS |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.134132 | 0.0 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_01g0162200 | RBH | 0.592470 | 0.637590 | 0.270753 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os01g06870 | RBH | 0.412629 | 0.366241 | 0.200309 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os01g0162200 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_01g0004500 | RBH | 0.047433 | 0.0 | 0.753554 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_01g0004200 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0004490 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.000000 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_01g0004170 | RBH | 0.048750 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_01g0012200 | SBH | 16.795937 | 24.858669 | 37.170464 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0057100 | RBH | 0 | 0.0605585 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_01g0004230 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_01G0058300 | RBH | 0.1414535 | 0.116168 | 0.609636 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0004150 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_01g0004210 | RBH | 0.186108 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_01g0004290 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_01g0004280 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_01g0004210 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_01G012280 | SBH | 2.352120 | 10.527529 | 8.430974 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0012130 | SBH | 6.591588 | 14.994800 | 19.610842 |
