Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| Os05g0257100 | OGI:05025640 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Chr05:9585993-9593266 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| Os05g0257100 | Os05t0257100-01 | Chr05 | 9585993 | 9593266 | + | irgsp1_rep | ||
| CDS seq | ATGCGGCGTTGCAGTTGCTGGCAGCTATTGTGGCTGGTGCTTGTGTGCTCATGGCGGATCGCTGCAGCTCAGGCTCAGGCGGCACCAAGAACCGATCCAACCGAAGCGGCAGCTCTGAACACAATCCTGGGAAGATGGGGCAAGAAAGCATCATCAGAGTGGAACATCAGTGGCGAGCTTTGTAGTGGCCTGGCTTCCGACAAGACCAACTGGGATGACTACCCCAACATCAACCCATTTATCAAGTGTGACTGCTCCTACAATAACAACTCTGTCTGTCACATTATCAAATTGAGGGTATATAAGTTAAATGTTGTTGGTCAATTACCTTCAGAGCTTCAGAATTTCACCTATATGGAGGACCTGAACCTGGCTTATAATTACTTGAGTGGTGTGGTGCCATCCTTCATTGGAAAGTTTACTTCCATGGAATATTTGAACTTGGCTTTCAATCCATTATCCGGGCAACTTCCGAAGGAAATTGGGAATCTCACAAATCTTCTCATGTTGGGAGTTAGCTTTAACAATTTTACGGGTGAACTTCCTGAAGAACTGGGAAATTTGGTGAAACTTGAGCAGTTGTACATTGATAGTTCTGGATTCAGCGGTCCATTCCCTTTGACGTTTTCAAAGCTTCAGAGGCTGAAGATCTTGAGGGCACAAGATAATGATTTCACAGGCAAAATACCTGATAATTTTGGCAGCATGAGTAGTTTGGAAGATATGGCTTTCCAAGGAAATTCATTTGAAGGACCAATCCCAGCAAGTTTGTCAAAATTAACCAAATTAACAAACTTGCGAATTGGTGATATCGTAAATGGGAGCTCTTCACTGGCTTTTATAAGCAATCTCACCTCTTTGAGCAACATGATATTAAGGAACTGTAGAATATCTGGTAATCTTGGACTAGTAGATTTCTCGAAGTTTGCAAATCTAACATATCTGGACTTGAGTTTTAACAATTTCACTGGCCAAATTCCTCAATCCATCCTGAATCTGGGAAGTCTTGAATTCCTTTTTCTTGGGAACAACAGCCTTACAGGAAGTTTACCAGATCCAATAAGCTCTTCGTTAAAAACGTTAGATTTTTCCTACAACCAGCTCAGTGGAAGATTTCCTTCTTGGGTCAACCAGAACAATTTGCAATTGAATTTGGTGGCAAACAACTTTGTTCTTGTGGGCACTAACAGCAGTATTCTACCTTCAGGTCTAGGCTGCCTCCAACAAGACACTCCTTGTTTCCGAGGATCTCCAGAATATTACTCCTTCGCAGTTGACTGCGGCAGTAATAGTTCTACGAGTGCCTCAGATAATACTATTTTTGAAGCAGATCCCACGAGCCTTGGCACTGCAGCATATTATGTCACCAGTCAGACAAGATGGGGTGTCAGTAGTGTTGGGAACTTCTTCCAGGGCACAAATGGAATGGATAGAATATATAGCTCCTCCAAGCATTTTCAGAATACTGTTGATTCAAAACTGTTTGAGACTGCTAGGATGTCACCTTCATCACTGAGGTACTATGGTCTTGGACTTGAGAACGGAAACTACACAGTTCTGCTTCAATTTGCAGAGTTCTCTTTTACGGAAACACCGACTTGGCAAAGCTTAGGAAGGAGAGTTTTTGACATATATGTTCAGGGTGCACTGAAAGAAAAGAATTTC
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| Os05g0257100 | Os05t0257100-02 | Chr05 | 9585993 | 9588945 | + | irgsp1_rep | ||
| CDS seq | ATGCGGCGTTGCAGTTGCTGGCAGCTATTGTGGCTGGTGCTTGTGTGCTCATGGCGGATCGCTGCAGCTCAGGCTCAGGCGGCACCAAGAACCGATCCAACCGAAGCGGCAGCTCTGAACACAATCCTGGGAAGATGGGGCAAGAAAGCATCATCAGAGTGGAACATCAGTGGCGAGCTTTGTAGTGGCCTGGCTTCCGACAAGACCAACTGGGATGACTACCCCAACATCAACCCATTTATCAAGTGTGACTGCTCCTACAATAACAACTCTGTCTGTCACATTATCAAATTGTATGTACGCCCCTCGTCTTATTTTGATCAGCTGCACACCTGGTGCTTGTTTACTACTCCATACTTCCTCTGCTTTTTAATGCATGGCGATGTTGAATTTTGGACACACGTTTGA
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| Protein seq | MRRCSCWQLLWLVLVCSWRIAAAQAQAAPRTDPTEAAALNTILGRWGKKASSEWNISGELCSGLASDKTNWDDYPNINPFIKCDCSYNNNSVCHIIKLYVRPSSYFDQLHTWCLFTTPYFLCFLMHGDVEFWTHV |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | None | None | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_05g0257100 | RBH | 2.390790 | 2.446690 | 6.328241 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os05g16824 | RBH | 1.396188 | 1.701065 | 1.434122 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os05g0261700 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_05g0009170 | SBH | 0.188039 | 0.814950 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_05g0009330 | SBH | 0.040886 | 11.672658 | 2.362268 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_05g0009220 | SBH | 0.775595 | 37.370052 | 2.390502 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_05g0009320 | SBH | 0.000000 | 2.114618 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_05g0009250 | SBH | 0.0 | 2.592178 | 0.344113 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_05G0143100 | RBH | 4.8085535 | 8.330694 | 30.6009175 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_05g0009230 | SBH | 0.144259 | 3.050867 | 0.205589 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_05G0144700 | RBH | 6.95047 | 39.063507 | 12.587891 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_05g0009210 | SBH | 0.547659 | 0.253251 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_05g0009050 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_05g0009270 | SBH | 0.0 | 34.350403 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_05g0009320 | SBH | 0.236604 | 3.159368 | 0.417906 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_05g0009280 | SBH | 0.086092 | 24.981190 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_05G009090 | SBH | 0.119500 | 17.227184 | 1.284277 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_05g0009410 | SBH | 0.0 | 60.670998 | 0.0 |
