Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| LOC_Os01g44200 | OGI:01078350 | 3/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | Chr01:25336576-25346419 | ||||||||
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| Function | ATP-dependent DNA helicase pif1 [UniProtKB/Swiss-Prot:A5WFR0] | ||||||||||
Transcripts
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| LOC_Os01g44200 | LOC_Os01g44200.1 | Chr01 | 25336576 | 25346419 | + | MSU_osa1r7 | ||
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|||||||
| Protein seq | MVVQNGWAYATGVDATRPQTEERIAFGDITNRLDVLQTTPLTPSNEVLHKREAANRRQRECRARKKAAAITPCSGTLMQPTTASLSMGSEVVNARLAETTKDAREERNRKQREYRQKKKLGLTNLDGSVSSLTPVQPANEERNRKQREYRARKKAESNIVSGSNSESTNHNVSPYGTTYSTVLQATSVLDKEAVDLDDPVDWLHRNDTYQRQCRKRKVVSIEHDQHSPILDGVTQDESIPVQAVHQDVPSSDYIEFDSRLFEPLLNNYDDEGNVELTQTCDVVDSDDEELQNKDDSYESYRLDIKGVNSVDTEDPYDYVYHNLPKKHHVLKKVANCKYCGAIRFQYEPPGFCCRQGKITVATPLVPLELVRLFTSQVDNDANYFRKHIRYFNSHFSFTSLGVTLDHNVSTAAGTGVYTFQVHGALYHRLDNLVPGSHGPRHMQLYFYDTEEDTDLAHRANRSPDLDINLVRIILRILADNPYVETFNRVGSMPNLDDYKIEINTNVTPDQRRYNAPTTSQVAAIWLEGDDPVRTFDRHVMVHAKGEKPSYIKAYNGCYDLLAYPLFNPNGETGWNVKMPYETPNNIPDGMNIDAPSAAPMGGNVHVSEENTFGEPPENDDVGNTLYDEDTNEVDNRSCKRKKDRFVTAREYYCFRLQGVVNVINSGETRGKEVGKRIVLPRSFPGGDRDMQRWFLNAMALVQRFGRPYYFITMTCNPNWEEITENLYPGQQPQDRPDLVARVFRAKLRDMLDLFTKKKYYGEVQAYAHVTEFQKRGLPHEHILLIMKPGSKLTNLDGYDKVICAEIPDKEKYPVLHRLVIKHMLHGPCENDDVGNTLYDEDTNEVDNRSCKRKKDRFVTAREYYCFRLQGVVNVINSGETRGKEVGKRIVLPRSFPGGDRDMQRWFLNAMALVQRFGRPYYFITMTCNPNWEEITENLYPGQQPQDRPDLVARVFRAKLRDMLDLFTKKKYYGEVQAYAHVTEFQKRGLPHEHILLIMKPGSKLTNLDGYDKVICAEIPDKEKYPVLHRLVIKHMLHGPCENDDVGNTLYDEDTNEVDNRSCKRKKDRFVTAREYYCFRLQGVVNVINSGETRGKEVGKRIVLPRSFPGGDRDMQRWFLNAMALVQRFGRPYYFITMTCNPNWEEITENLYPGQQPQDRPDLVARVFRAKLRDMLDLFTKKKYYGEVQAYAHVTEFQKRGLPHEHILLIMKPGSKLTNLDGYDKVICAEIPDKEKYPVLHRLVIKHMLHGPCATQQGKDSYPSYRRRDDGWHVKIRGAVLDNRWVVPYNPGLLMRYNCHINVEACASIKSVKYLYKYVYKGHDCASFSVDPSGEINEIRQYRDARYVSPPEAIYRILGFPLFGIYPAVLQLQLHLPNMQYVAYDESGNLEDVVNKPSNKKTTLTEFFEMNRKDPKARKLLYKEFLEHYRWVAGKNVWQKRKTKTCQVGRIVYAHPAEGERYYLRVLLNHVRGPTSHEHLRTVCGITYSTCREACEKSGLVETDMSHDDCLSEAATFQMPYALRRLFVTILAYCEVTDICALWHKHKESMSEDYARDNPNPMSVEQMVLRDIRDTLHSMGKDISDYGLPELTDTYVFSNDTPIKVREEQSVPIDPEHLDIYKSLNDEQRAGFDDIIQHVIKKKSQVFFVDGPGGTGKTFLYKALLARVRSDGLIAIATATSGIAASILLGGRTAHSRFKIPIKLAHNSMCNFTKQSGTADLLRRASLIIWDEAAMTKRQAVETLDRSLQDIMDNTLPFGGKVIVFGGDFRQVLPVVTRGTRAQITDATLQRSYLWKNIRKISLSHNMRAQSDPWFSDYLLRIGNGTKNTIVDDYVRLPDEIVIGYLDNEDSVNTLIEYVFPSLDDERNTTSVEYMSTRAILSTKNDFVDKLNMKMIDRFPGKEKIYHSFDSIDDDTQNSYPLDFLNTITPNGLPPHELKVKVNCPVILLRNLDPNNGLCNRTRLMVRTFQDNVIDAEIVGGQRANKRVFIPRIPLSPSDDISLPFKFKRKQFPIRLSFAMTINKSQGQTIPNVGIYLPEPIFSHGQLYIAFSRGVSRQTTRILAKPKKEVDLAGKSTRNIVYKDILDW
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.000000 | 0.022979 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_01g0646700 | SBH | 2.131787 | 1.586235 | 5.235670 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os12g17690 | RBH | 0.000000 | 0.005921 | 0.002635 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os01g0646700 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0426200 | RBH | 0.0200475 | 0.1169615 | 0.046945 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_01G0415500 | RBH | 0 | 0 | 0.028087 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
