Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: Basmati1_MH63RS3_INS1208950

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

INS

Os cB: Basmati1 | Basmati1

Os XI-adm: Minghui 63 | MH63RS3

Chr12

6087312

6091384

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

4300 bp

5550039

5554338

10

Gene_id	Chromosome	Start	End
OsMH63_12G0088600	Chr12	5551163	5553128
OsMH63_12G0088700	Chr12	5553188	5554259

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
Basmati1_02428_INS1205100	Chr12	6087312	6088965	7809726	7811379	1654
Basmati1_FH838_INS1208900	Chr12	6087312	6091384	5546474	5550773	4300
Basmati1_Kosh_INS1205160	Chr12	6087312	6088965	7755375	7757028	1654
Basmati1_Nipponbare_INS1205400	Chr12	6087312	6087312	6277815	6277996	182
Basmati1_Nipponbare_INS1205400_1	Chr12	6087312	6088965	8367228	8368881	1654
Basmati1_R498_INS1209020	Chr12	6087312	6091384	5561433	5565732	4300
Basmati1_XL628S_INS1209220	Chr12	6087312	6091384	5591390	5595689	4300
Basmati1_Y3551_INS1208880	Chr12	6087312	6091384	5546797	5551096	4300
Basmati1_ZS97RS3_INS1208970	Chr12	6087312	6091384	5568706	5573005	4300
Basmati1_MH63RS3_INS1208950	Chr12	6087312	6091384	5550039	5554338	4300

>Basmati1_MH63RS3_INS1208950
CGTCGGCGTCGAGAGAGAGACAGAGAGCTACATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGCGGGGGCTCTCACCCAAGAGACGTGGCGGCGGCGTCTGCGGCGGAGGCGGCGAGGACTGCCAGGCGACGGTGAGAGACGACGGCGGCGTCGACGCGGGGTTGCCCTAGGCAATGGCGGCGAAGGAGAAGCCGATGCTCAATCTCGATGGAAAAACGTCTAAGTGTTGGTGGAGAAGACGAGGGCGCACCGGGAATATATATACCCCCGGATCTTTACTCCCGGTTGGTGAGAAGAACCGGGAGTAAAGATATCTTTACTCCCGGTTCTTCTCTCTTTACTCCCGGTTCCTAACAACAACCGGGATTAAAGAGTAAAGATATCTTTACTCCCGGTTCTTCTCACCAACCGGGAGTAAAGATATTTTCCCGCTATTTCCAAATTCTTTTTTAAACCCGATTAGGGTTAAGAACCGGGACTAAAGTTAATAGCACTGAATATTGAATTTCGTTGCATATATGCTTCTAAAATAGTAAATAATGCTTTAAAAATTCTAATTAACATATGTAAATCCCACATGTATGGTTTAAAACTTTTAAAAATTCTAGTAATCATATATAATTAGCATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGCATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGTATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAATTAATCATATGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAACATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTATAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGTATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAATTAATCATATATAACTAGCATATTCAATACATCTAAAATAGTTTACAACAATTACGGCAATAGATCGGCGGTGACGGTTGTCCGCACGTACTTTCTCCTCACTGTTGTTCCTTCCTTGTGATCGCTACATGAGTAAGGGGTGTCTTCGTTTGATAGGAGGATGCTAGGGTCAACCGTCACCGTGAAAGGGGGTTGCCCATCAAACTGATCGTAATCCTCGTCAGTCTTGTCCTCTACTCCGATGATTTTTCTTTTGCCTGGGAGAACCACGTGGCGCTTCGGCTCGTCAGGCCCTTTGCCCTTCTTTCCTTTGCTAGACATGTCCTTCACATAAAAAACTTGCGTTACATCATTGGCAAGGACAAAAGGTTCGTCCGAGTATCTAACCTTGTTAAGGTCAACCGTTGTCATCCCACTATCATCAATCGTTACGCCTCCACCAGTCAACCTAACCCATTGGCACTGGAACAGAGGGACCTTGAGAGGTCCATATTCAAGTTTCCATATCTCCTCGATGGCACCGTAATACGTGCCAGTTGTACCATCGTGTCCCATGGCATCGATACGAACAGCACTGTTCTGGTTCGTGCTCTTCATGTCTTGGGCTCTTGTGTAGAATGTGTACCCATTGATCTCATATCCCTGGAATGTCGCGATCGAGCCAGATGGACCCCTCGCCAGGAAGGCCAATTGCTGGTTAATCGTCTCGTTACCCATGAGATGTTGTCGTAGCCATGCGGGGAAAGTATCAATGTGATGCCGTGTAATCCATGCATCGGACTTACCGATGTTTCTGGCGCGAACTAGAGCCAAGTGCTCCTCGATGTAAGGAGCCACCAATGAAGATTGTTGTAAAACCGTGAAATGGGCTTTACGGAATAAATTGTTGTCTACCGTCATTATTGCTTTCCTTCCGAGAGTCCCCTTTCCCCGTAGTCTCCCTTCATGGCGTGATTCAGGTACCCTGATTGGGCGAAGGTCTTCAATAAATTCTATGCAGAATTCAATGACCTCCTCTGTTCCATACCCCTTGGCGATGCTTGCCTCTGGACGAGCACGGTTACGAACATACTTCTTCAGAACGCCCATGTACCTCTCGAAAGGAAACATGTTGTGTAGAAACACAGGCCCGAGAATACCGATCTCTTTCACTAGGTGACAAAGCAGATGCGTCATTATATTGAAAAATGAAGGTGGAAATATCAACTCAAAGCTGACAAGACATTGCACCACATCATTCTGAAGAGCTTCTAACCTATCCAGATCGATGATCTTCTGCGAAATTGCGTTCATGAAAGAACATAGCTTTGTTATTGTTGCCCGGACATTGTCTGGGAGGATACCCCTTATTATAACTGGTAGCAGTTGTGTCATCAACACGTGACAGTCATGAGACTTTAGGTTTGTGAACTTCTTCTCCTTCGTGCTTATTATTCGCTTTATATTCGTGGAGTATCCAGATGGTACCTTGATGCTCTCCAAGCATTGAAACATACTTTCCTCCTCTCCCTTGCTAAGAGTGTAACTGGCTGGACTCAAGTAATGGATGCCTTTCTCCTTTGGTTCCGGGTGAAGGTCACCACGTTGTTCCATATGCTTCAGATCATTACGTGCTTCCAGTGTATCTTTCGACTTTCCATATACACCTAGGAAGCCAAGAAGGTTTACGCAAAGGTTCTTAGTGAGGTGCATTACGTCGATTGCGTGGTGGACGTCCAAGAATTCCCAATAGGGTAACTTCCAAAATATGGAGTTTTTTTTCCACATCGCCGCGTGACCATCTTCGCTCTCTATAGGCTGGCTGCCAGGCCCCTTTCCAAACACTACTTTAAGATCTTTAACCATAGCAAACATTGTTTTCCCGCTGCGATGTTTAGGCTTCGTACGGTGGTCCGCCATATGTTCAAAGTGCTTGCCTTTCTTCCGTACTGGGTGGTTTGCTACAAGGAATCGACGATGACCCATGTACACAACCTTCCTACAGTGCTTAAGATACGTACTTTCTGTTTCATCCATACAGCGAGTGCAAGCCTTGTACCCCTTGTTGGACTGCCCGGATAGGTTGTTAAGTGCAGGCTAATCGTTGATGGTTACGAACAGTAGCGCTCGTAGGTTAAACTCCTCCTGTTTGTCCTCATCCCACACGGGGACACCTTCCTTCTTCCACAACAGTTTAAGATCTTCGACCAGTGGTCTTAGGAATACATCGATGTCGTTACCAGGTTGCTTGGGGCCTTGAATAATAATCGGCATCATTATGTACTTCCTCTTCATGCATAGCCAAGGGGGGAGGTTGTAGATACACATCGTAACGGGCCAAGTGCTATGGCCGCTGCTCATCTCTCCAAAAGGATTCATGCCATCCGTACTTAAACCAAACCGTATGTTTCGTGCGTCCTTTCCAAAGTCTTTAAATTTTCTGTCGATGTTTCGCCACTGCGAACCATCTGCGGGGTGTCTCAGCATCCCGTCCTGTTGACGTTCTTCAGCATGCCAACGCATCATTCTAGCATTCCCCTTGTTCCTGAACAAACGCCTTAGCCGTGGTATTATAGGGAAATACCACATCACCTTAGCAGGAATTCTCTTCTTCGTTAGCTGCCCGTCAACCTCACCTGGATCATCTCGTCTAATCTTGTATCGTAGTGCTTTACAAACAGCGCATGCTTCTAGGTTCTCGTACTCCTCACCACGATATAGGATACAATCATTCGGACATGCGTGAATCTTCTGAACTTCCAGTCCTAGAGGGCAGACTATCTTCTTAGCCTCGTACGTTGTCTCGGGCAATTTGTTTCCCTCCGGAAGAATGTTCTTGACGAGTTTCAATAAATCGCCAAATGCCTTGTCACTACCACCATTTTTTGCCTTCCATTGCAAGAACTCCAGAGTGGTATCCAACTTTTTGTGCCCCTGCTCGCAACCTGGGAAAAACGACGTTCTGTGATCCTCTAACATCTTGTCCAATTTATGGGCCCCCTTTTCACTTTCGCAGTCCTCCTTGGCATCCTGCAACATCTGACCAAGATCATCTGCAACGTCGTTATAATCAGCATCTCTATCCTCCTCGCCCGTTTGATTTCCTTCAGATCCAGCGTACTGAGCAAAGTCTAGAATATTGTCGTCTTCCACTTCATCTTTTTCCATTTCAACCCCTTGCTCTCCGTGGGATGTCCAACAATTATAGCTTGGCATGAACCCCGACTCAAACAAGTGGAAATGAATA