Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsZS97_12G0280900 OGI:12051130 | 1/16 Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU Chr12:19052487-19055486
Gene Symbol -
DNA seq

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Protein seq

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Function Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.6 [UniProtKB/Swiss-Prot:P04323]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsZS97_12G0280900 OsZS97_12T0280900.1 Chr12 19052487 19055486 + makerRMon
CDS seq

ATGGAGAAACAAGCGGGAGGATTCGAGAAGATGCTCGAGGGAATCCAGAACGCCATCGGCGCTGTTGCAGTGAAGCAGGATGAAACACAAGCGGTGGTGCTCCAGATGGATAAAGCGATGGCTAGCTGGCGACCTCAAGTGGATGCAGCAGTCAAGGGACTTCAATCTGAGATGGGTGAGCTGAAGAAACAAGTGGAGATTCTGGAGAAGCTTCGTGGCGAGTTGGGCAATTCGCCGAACATGTTGCAGGCAGGCGCCATCTCCACACGGAAGCAACGCGACGACAACGATCAACGTCCACCGCTACTTCCCACGCCGGAGTCGTTCGTTGCTTCGACGTCGGCGGGAGATTCTGGCTCAAATGGCCACCGCGTTGCAATCAACAACCGGGGGAAGGCAACAGGAGTGATTATTCCTCCTGTGCCACCTCCGGTCACGGGTACGACTAATTCTCCATTTTCCCATCGCTTTGCTTGTGATTCATTGCATCGGGATGAAGTTGGGGGTTCTAAGGATCGAGGCTATAATCATCGGGTTCCGAAATTGGATTTTCCACAGTTTGATGGGGTAGATCCACAAAATTGGCGCATGAGATGTGAGCATTACTTTGGGGTTTATGGTACTCATCCAATACTTTGGGTCAGGGTGGCTACCATTTACTTTACTGGAAGAGCAGCCTCATGGTTACGCTCGTCGAAGGCTCATTTGCGGTTTTCTGAGTGGTCGGATTTTTGCTTAGCAGTGGATAGGAAATTTGATCGAGATAGGCATCAGATGTTGATTCGTCAGATAGAGCAGATTAAGCAAACCGGGACGGTGGAGGAGTTTTATGAGCGCTTTGATGATGTTACGAATCAATTGCTTGCTTTTGATCCTATGTACAATCAGCTCACGATTGTGCATAGGTTCACTGAAGGGTTGCGTTTTGACATTCGTCATGCTGTTATGATGCAACGTCCTCGCGACCTAGAGACCGCTCTGGCTATTGCTTGTTTACAGGAGGAATGGACGGAGACTCAGAAGCCCAAGGAATTTCGTAAATTGGGTGATCATGTTCCGCGGATTAAAGGAGCTTATCCTCTTCCACTTCCTCCTAGCAAGGTGTCGGAATCTAGTGCAGGGGCTGGCAAGTCTTCATCTGAACCTGTCAAGACTACTGCTATTGCTGACAGAATACGAGCTCTCAAGGCTCATCGTGATTCTGGTGATTCTTCTGGAGAGGATACTGAGCCTCATTCTCTGTTCTCCTTGTCAGTCCATGCTATTCAGGGTACAACTACTGCTCAAACTATGCGTTTGCAACGGATTATTCAGGGCTATGATATTCTAATTCTAGTAGACTCTGGCAGTTCCTGCAGTTTCATCAGTTCGTCAGTGATGCCTCAGTTGTCGAACTTGATACAGTTGCCTGTTTCTTTTCAAGTTAAGGTGGCTAATGGACAAATGTTGTCTTGTGAAACTGAATTGGCTAATGTTTCTTGGTCAATTCAGGGACATCATTTTTGTTCTGCCTTGAAGGTGTTACCACTTCAGAGTTATGATATGATTTTAGGAATGGATTGGTTGGAGCGATACAGCCCTATGGATATTGACTGGCAGCAGAAGACAATTCGGTTTACATTGGATGGCCAGTTGATTACTTTATGTGGGGTGGTTCCATCAGTATCTGCTAATCCTGTCTTATCGAGCTTTGCGGATGTGTTTCAAGAACCACAAGGACTTCCTCCTGTTCGGGAATATGATCACACTATTCCGTTAATTCCTGGTGCGCAACCAGTTAATGTTCGCCCTTATCGTTATACACCGTTGCAGAAGGATGAAATTGAACGCCAAGTTGCTGATATATTGGACAGAGGTATCATCAAACCCAGTTCAAGTCCTTTCTCTTCTCCGGTTCTTTTGGTCAAAAAGAAAGATGGTTCTTGGCGGTTTTGCGTTGATTATCGCCATCTTAATGCGATTACTGTCAAAAACAAATATCCTTTGCCTATAATTGATGAACTCTTGGATGAATTAGCGGGCGCTTGTTGGTTCTCTAAATTGGATTTGCGTTCCGGCTATCACCAAATTCGCATGCATCTGGATGATGAGCATAAGACTGCCTTTAAGACGCATCATGGGCATTTTGAGTTTCGTGTGCTTCCTTTTGGGTTGACTAGTGCTCCAGCAACATTTCAGAGTATTATGAACTCGGTTTTAGCTCCATATCTGCGACGCAGTGTATTGGTGTTTGTCGATGACATCCTTGTTTATAGTCACTCTTTGGCAGAGCATGAAGTGCATTTGCGCCAAGTTTTGCAAATCTTATCTGATAATCACTTGAAGGTTAAGCAATCGAAATGTTCTTTTGCTCAGCCCCAGTTGGCTTATTTGGGTCATGTGATTAGTGCCAATGGGGTAGCTACTGATGAGGACAAAATTGTGGCTGTTCGGAATTGGATTACTCCTACATCAGTCAAAGAATTGCGCAGTTTTCTCGGGTTATCAGGCTATTACCGCAAGTTTGTGCGCAATTATGGGATTATTTGTAAACCTTTGACTAACTTGTTAAGGAAGGGACAGTTGTTTGTCTGGACATCTGTTCATGAGGAGGCTTTTGTTACTCTGAAATATGCCTTGATCTCAGCTCCTGCTTTGGCCATGCCAGACTTTCAGAAACAATTTGTTGTCGAAACAGATGCATCTGACAAAGGAATTGGTGCTGTCTTAATACAGTCAGATCACCCTATTGCTTCACCCTATTGCTTTTCTCAGTAA

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.8181125 2.8267145 3.897385

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os12g31470 SBH 0.524899 0.543281 0.321447
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_12G0366200 SBH 0.002792 0 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0325000 RBH 0.003674 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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