Basic Info |
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Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsZS97_07G0414600 | OsZS97_07T0414600.1 | Chr07 | 25807013 | 25821642 | - | makerRMon | ||
| CDS seq | GTCTTGTTGCCGATAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGTAGTGGCTTCCTTTTTCTCGTTTTCTTCTTCCTGTGTGAGAGAGAGAGAGGCGACGCTGGCGATTTCGGGAGGAGACGCGGCGGCGATTCCGGGAGGAGACACGGCGGCGATTCCGGGAGGAGACGCGACGGCTTCGCCGGTGATCTCCTCCGCTCTTTCTCCGATGGTGAAACAGAAGCGTGTAAAGTTGGATATTCTAGAAGAAATTATGTCTTCCCAATCTGATTCTGCCCTAAATGACACTGATTCTGGTTCCCAATCTAAAGACATTCCAGATAATAATATTCAGATTACGATGGAATTGATGAGAAATTTCGATAAAGATGCCAAAACTGATTATGTTTTCACTAGGTTCTCTGTGAACTGGATTGCCAATCATGTCGATGTCAAAACTTGTGATATCATTGTCAATGACAAAGTAATTCCAATGTCAAAAGAATCAGTCAACATTATTCTTGGACTACCAGTTGGTGGAACAGAAATTAGTTCTAATTTTGAAGCTGGGAAGAAGAAGTTTCTTGAAGTTTTTGGTTTAACAACTATGCCTCCTGTTAAGTTCTTTGGAGACAAGTTAAGTCAACAAGAAGATATGATTGACGATCAGATTCTATTCTGCTTCATCATTGTTTCTCTCAACTGCTTTCTTTGTCCCAACTCTTGCTCAGTACCAAGTAGAAAATATCTTAGTGTTTTTGAGGATATTGAGGCCATTGATAACTTTGATTGGAGCAAGCTAATATTTGATTGGTTGATGGATCATCTGAAAAAACTAAACAGATCTAAAAGCCTTGATGGTTGCTTCTTTTGCCTTGCGAGTGTTGTGTTGAACTTTGGTTTAAGGAAGTTGCCATGTGATATTCCACGGATAAATGTTTGGAAAGGAAATATGATTAAAGAATTTTCAAGTTTTGATAAAAAATCTAAAGGAATATATGGCAGAAGACCAGTCTTAGATTTTTCTGATACTTGTTACAAAAAGATTGGTTCAAATTGTTCAAAAGTTGAAGAGAAGAAGAGTCATTCATCTTTTAAAGAAATGCTTGAATCATCAGTTGGCTCTATGTTATCTTCTGAGATAAAAGAGAACATATGCAATTTGCTTATACAACATTTTTTCGATGTGCTGGACATATGTAATGAAGAGGACATATGTAATGAAGAGGACATGGTTGACGATAGGCCAAAAAAGTTTGTTATCGATGTGCTGGTTTTGTTAGCAAATGAAAGTACCAAAGTTTCAACTGACAATGATAACAGTACATCAGCTGTCAATGATAAATTAGGCAATGGTGACCAATCTACACAGCTAGATAAATGTGATCATAATCAATGTAACTTAGCTGAAGAACAGGGTAACAGTGTTGCTGTTTCAGTGAAGGAAAATTTGGACAGAAATCTTGAAAACAACAGTGATGTAATTCAGGATGAACAACCATGTGATCACCGTAACTCTCACAACAAAAGTCACCACCACATAAAACCAATTTTATCTCATGATGATATGCCAAAATTTCAAATCTGGGATTCTGAAGATGATGTTGATGCTTTGGATAATGAAGAATTCACACCTATTTGTTATGTCAAAAAGTCTTCAATTGTTCCTAATTCCTTCTCTCCAAATTCTAATGAAGTTGTTGTCAAACAGAAGATTGGTCCAATAAAATTGTCACAAAGTTTGCTGAATAATAATGTAATTGATGTGGATTGCTCAAAAAGTCAGGATGAGCTTGTAATGCTTACTTTGGAGAGTACAGAAACACAACAACAAAAAAAATCATGCAGAATGCATTTTTCTGATGAAAAGGAGAACATTAATATTTCTCAAGCAAATTCCCAATTTTTTGATCATAATGATGTGGAAAATGACCATCAGCTTGCTAGGAATTTTTGCACAAATAAGGATTCTCCAGATTGTGTCATTCTTGGAGAAAGGAAGTTTTCTGATAAAATTTCAAATTTGACAAACCAAACAAACTTTATGTATAACAACCTCAACAAATTCCACAATCAAGATCATACTGTGAGAATTCTTTGCAATGTGGACAACTCAGTTGGATCTTCTTATGATTGTGAACCTCGGAAAGCCCTCAGAAGGATTCTCATTCTAGCGAAATACTGTACAGACCCATATACACCACAAAGGCATTCATTTCCAGTCTCTCAATATTATAGACACATTTTTAATGCAGTTTGCAAGCTTTCTTCAAGTGCATGGCAAGTGTATGTTCTTTCAAATCTTTTTATGCTATTTTTGCTCATGAAAGTTGCTGTTGATATTGACCATGTCCATTGCAAGTTTACAACTTTTGGAGGATCTTTTAAACATGGAGCAGAATTATCAAATTTTGTACTTTCTGTATTCTGTCGGTACTTGTTCAAACAATCTCATCCCTCAAAATCCAAAAGGCACTACTTCTTCTCTTCTATTGGGGATGAACTTCTGAAACATCATTCAACAACAGACTTTAAAAATATGAAAAAGTGCTTTGATGGAGCAGGATATGCTAGGCCAGTACATACTTGTGACATGCTCTTCTTTCCTATCTTACATCAGAAGCATTGGTTCCTCTTCATAGCTGATTTGAAAGACAAGAACTTTGTTTTCATTGATTCATTATTTGATGAAGATCATGAATACCAAGAGAATGCAAGCTCTAGATTGATAGCAAACTTTAGAACAGTTTGGAATAAATTTGTTCCAAATCACCCAATCAATTTTCAACAGTTCAAAACCATTTACCCACCTCGTCCCAAGCAGACAAACCGTGTTAACTGTGGTATTTTCATGCTGAAATGCATGGAACTGTGGGCTCCAAGAATTCTCCTTCCAAACATGTTCTCACAAAAGGACATTCCCAACATAAGAATCCAATATGTCAATCAACTATTCTTTCATCCAAACAATTCAGTCCTGAATACACCAACCAATACTTTGGTAACTGAATATTCTGAGTTTGCAAATTTATTATTTGTGCTATTGATTGAGTGTATATGTCAAGATTACATTCGACCAACATCATACAAGTCAAGCAATTCTCAACAATGCAGATTTGATAGAAAGTTCAACACAAGTTTTGAATACAAAACAAAGAAGCAAACTCATGTAGTTGATCTGGGAAAACAATTTCCTGTAGTCTCACAAGTGTTCCATTTGCAAATCAAAACTGGAAAAGAGTTGATCTAG
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| Protein seq | VLLPIERERERVVASFFSFSSSCVREREATLAISGGDAAAIPGGDTAAIPGGDATASPVISSALSPMVKQKRVKLDILEEIMSSQSDSALNDTDSGSQSKDIPDNNIQITMELMRNFDKDAKTDYVFTRFSVNWIANHVDVKTCDIIVNDKVIPMSKESVNIILGLPVGGTEISSNFEAGKKKFLEVFGLTTMPPVKFFGDKLSQQEDMIDDQILFCFIIVSLNCFLCPNSCSVPSRKYLSVFEDIEAIDNFDWSKLIFDWLMDHLKKLNRSKSLDGCFFCLASVVLNFGLRKLPCDIPRINVWKGNMIKEFSSFDKKSKGIYGRRPVLDFSDTCYKKIGSNCSKVEEKKSHSSFKEMLESSVGSMLSSEIKENICNLLIQHFFDVLDICNEEDICNEEDMVDDRPKKFVIDVLVLLANESTKVSTDNDNSTSAVNDKLGNGDQSTQLDKCDHNQCNLAEEQGNSVAVSVKENLDRNLENNSDVIQDEQPCDHRNSHNKSHHHIKPILSHDDMPKFQIWDSEDDVDALDNEEFTPICYVKKSSIVPNSFSPNSNEVVVKQKIGPIKLSQSLLNNNVIDVDCSKSQDELVMLTLESTETQQQKKSCRMHFSDEKENINISQANSQFFDHNDVENDHQLARNFCTNKDSPDCVILGERKFSDKISNLTNQTNFMYNNLNKFHNQDHTVRILCNVDNSVGSSYDCEPRKALRRILILAKYCTDPYTPQRHSFPVSQYYRHIFNAVCKLSSSAWQVYVLSNLFMLFLLMKVAVDIDHVHCKFTTFGGSFKHGAELSNFVLSVFCRYLFKQSHPSKSKRHYFFSSIGDELLKHHSTTDFKNMKKCFDGAGYARPVHTCDMLFFPILHQKHWFLFIADLKDKNFVFIDSLFDEDHEYQENASSRLIANFRTVWNKFVPNHPINFQQFKTIYPPRPKQTNRVNCGIFMLKCMELWAPRILLPNMFSQKDIPNIRIQYVNQLFFHPNNSVLNTPTNTLVTEYSEFANLLFVLLIECICQDYIRPTSYKSSNSQQCRFDRKFNTSFEYKTKKQTHVVDLGKQFPVVSQVFHLQIKTGKELI
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0 | 0 | 0.0030425 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g32090 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0017730 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0017170 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.059640 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0022050 | RBH | 0.0 | 0.241084 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0022200 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0340600 | SBH | 0.0073285 | 0.0057685 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0022650 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.018533 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0021920 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0022090 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0022020 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0021930 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G021840 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0021880 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
