Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsZS97_07G0214900 | OGI:07035370 | 3/16 | Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | Chr07:12815158-12824103 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon 17.6 [UniProtKB/Swiss-Prot:P04323] | ||||||||||
Transcripts
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| Protein seq | SFEFLSPPHIATFINFAVITTVTTVALRHHKFAATIGDGPEDKDEEGASHSPRTKGIIQYFTRQVKQHTEGLDTDLQVTNEKIGQLESTQISTNTKLTGLETAVARIDTSLAALVRHFDALNAGGNGGGNDDDIDGEYVEDNLEDEYIADTEQDDRDARDRRRLHNNRRGMGGRRRRKVRNNDDAFSKIKFKIPPFDGKYDPDAYLSWEIAVDQKFACHEFPESTRVRAATSEFTDFASVWWIEHGKKNPNNMPQTWDALKRVMRARFVPSYYARDLLNRLQQLRQGAKSVEEYYQELQMGLLRCNLEETEDAAMARFLGGLNREIYDIVDYKDYTNMTRLFHLACKAEREVQGRRASAKANFSAGKTSLWQTRTTPPAGRTASPSSTPTTSRAAPPPSSDKSATKAAQPAPSASSMASTGRMRDVQCHRCKGFGHVQRDCPSKRVLVVKNDGEYSSASDFDDDTLALLAANHADNEPPEEHIGAAFADHYESLIVQRVLSAQMEKAEQNQRHTLFQTKCVVKERCCRMIIDGGSCNNLASSEMVEKLALSTKPHPHPYYIQWLNNSGKAKVTKLVHINFAIGNYHDVVECDVVPMQACNILLGRPWQFDRDSMHHSRSNQYSFLYHDKKIVLHPMSPEDILRDDVAKAAKSKCESDKKAQSDGKKPETINLKPKCLLATKSDINELIASPSVAYALEYSDVFPKEVPPGLPPVRGIEHQIDLIPGASLPNRAPYRINPEETKKIQRQVHELLDKGYVRESLSPCAVPVILVPKKDGSWRMCVDCRAINNITIRYRHPIPRLDDMLDELSGSIVFSKVDLRSGYHQIRMKLGDEWKTAFKTKFGLYEWLVMPFGLTNAPSTFMRLINEVLRPFIGKFVVVYFDDILIYSKSMGEHFNHLRAVFNALRDARLFGNLEKCTFCTDRVSFLGYVVTPQGIEVDQAKVEAIQRLAGFYRRFVQDFSTIAAPLNALTKKGVPFTWGTSQENAFHMLKDKLTHAPLLQLPDFNRTFELECDASRIGLGGVLLQEGKPVAYFSEKLSGPVLNYSTYDKELYALVRTLETWQHYLWPKEFVIHSDHESLKHIRSQGKLNRRHAKWVEFIESFPYVIKHKKGKENIIADALSRRYTLLTQLDYKIFGLETIKDQYAHDADFNDVLLHCEDGRTWNKFVINDGFVFRPNKLCIPASSVRLLLLQEAHGGGLMGHFGAKKTHDILASHFFWPQMRRDVGRAVLKKNIKMWEECLPDIEFAYNRSLHSTTKMCPFQIVYGLLPRAPIDLMPLPSSEKLNFDAKQRAELMLKLHETTKENIERMNAKYKFAGDKGRRELNFEPGDLVWLHLRKERFPDLRKSKLMPRADGPFKVLAKINENAYKIDLPADFRVSPTFNVADLKPYLGEEDELKSRTTQMQEGEDDEDINTIDTSTMMVLLPALVHDECPRGWVDAHHKFAATIGDGVSVAKAQRLWTVDIPSNDTTTPIAQQGPMTRARARELNYQVQGCSWHGKNSNNVESVYRLLRRSTPVVVVVGPPTSYPSPNRSLSSSHRKIGNPRCCIKWYQSSSCSVRDFITSLFLPTAQKKNH
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsZS97_07G0214900 | OsZS97_07T0214900-mRNA-4 | Chr07 | 12815158 | 12824103 | - | makerRMon | ||
| CDS seq | AGTTTCGAGTTCTTGTCACCACCGCACATCGCCACCTTCATCAATTTTGCCGTCATCACCACCGTCACCACCGTCGCACTTCGCCACCACAAGTTCGCGGCGACCATTGGAGACGGTCCAGAGGATAAAGATGAGGAGGGTGCATCTCATTCCCCACGCACCAAAGGCATCATCCAATACTTTACAAGGCAAGTGAAGCAGCACACAGAAGGACTTGATACAGATTTGCAGGTGACAAATGAGAAGATTGGACAATTGGAGTCCACGCAGATCTCCACCAACACTAAGCTTACAGGGCTGGAGACAGCGGTCGCCCGCATTGACACTAGCCTTGCTGCTCTTGTGAGGCATTTTGATGCTCTCAATGCTGGAGGCAATGGTGGGGGTAATGACGATGACATTGACGGAGAGTACGTCGAGGATAATTTGGAGGATGAATATATTGCTGACACTGAACAAGATGATCGAGATGCTCGAGATCGTCGACGGCTACACAACAATCGACGAGGTATGGGTGGTCGCCGCCGACGCAAGGTACGCAACAATGATGATGCTTTTTCTAAAATTAAATTTAAGATTCCTCCTTTTGATGGAAAATATGATCCTGATGCGTACCTCTCTTGGGAGATTGCTGTTGACCAAAAATTTGCATGCCATGAGTTTCCTGAGAGCACTAGAGTTAGAGCTGCTACGAGTGAGTTCACCGATTTTGCTTCGGTTTGGTGGATAGAACATGGCAAGAAAAATCCAAATAACATGCCACAAACTTGGGATGCTTTGAAACGGGTCATGCGGGCTAGATTTGTTCCTTCTTACTATGCACGTGACTTGCTGAATAGGTTGCAACAATTGAGACAGGGTGCGAAAAGTGTAGAGGAATATTATCAGGAGTTACAAATGGGCTTGCTTCGTTGTAATTTAGAGGAAACTGAGGACGCTGCCATGGCTAGATTTTTGGGTGGGTTAAACCGCGAGATTTATGACATCGTAGACTATAAAGATTACACTAATATGACCCGATTGTTTCATCTTGCTTGTAAGGCTGAAAGGGAAGTGCAGGGACGACGTGCTAGTGCCAAGGCTAATTTTTCTGCAGGTAAAACTTCATTATGGCAGACACGCACCACTCCTCCGGCCGGCCGTACTGCTTCTCCATCTTCCACACCCACAACCAGTCGAGCAGCACCTCCTCCATCTAGTGACAAGTCAGCGACAAAGGCTGCTCAGCCAGCACCGAGTGCTTCTTCAATGGCATCCACAGGCCGAATGAGAGATGTTCAGTGCCACCGTTGCAAGGGCTTTGGGCATGTGCAGCGTGACTGCCCTAGCAAGCGAGTTTTGGTAGTCAAAAACGATGGTGAGTACTCCTCTGCTAGTGATTTCGATGATGATACACTTGCTTTGCTTGCGGCTAACCATGCAGATAATGAGCCACCGGAAGAGCACATTGGGGCTGCATTTGCGGATCACTATGAGAGCCTCATTGTGCAGCGTGTCCTTAGCGCACAAATGGAGAAGGCGGAGCAAAATCAGCGACACACGTTGTTCCAAACAAAGTGTGTCGTCAAAGAGCGTTGTTGCCGCATGATCATTGATGGAGGTAGCTGCAACAACTTGGCTAGCAGCGAGATGGTGGAGAAGCTTGCACTTAGCACAAAACCGCACCCACATCCATACTACATCCAATGGCTGAACAACAGTGGTAAGGCGAAGGTAACAAAACTGGTGCACATTAATTTTGCAATTGGAAATTACCATGATGTTGTTGAATGTGATGTTGTGCCCATGCAAGCATGTAATATTCTGCTAGGTAGACCATGGCAATTTGATAGGGATTCTATGCATCATAGTAGGTCCAACCAGTACTCTTTTCTGTACCATGATAAGAAAATTGTGTTGCATCCCATGTCTCCTGAAGATATTTTGCGTGATGATGTTGCTAAGGCTGCCAAATCCAAATGTGAGAGTGATAAAAAAGCCCAATCTGATGGCAAGAAACCTGAGACAATCAATTTGAAACCCAAATGCTTACTTGCTACTAAATCTGATATTAATGAGTTGATTGCATCACCTTCAGTTGCCTATGCTTTGGAGTACTCTGATGTGTTTCCCAAGGAAGTGCCACCGGGGCTGCCACCGGTGCGCGGCATTGAGCATCAAATCGACTTGATCCCAGGTGCTTCCCTACCGAACCGTGCGCCATACCGAATCAACCCTGAGGAAACCAAGAAGATTCAGCGTCAAGTCCATGAGTTGCTTGATAAAGGGTATGTACGCGAGTCTCTTAGTCCATGTGCGGTTCCGGTAATTTTGGTACCAAAGAAAGATGGTTCATGGCGTATGTGTGTTGATTGTAGAGCTATTAATAACATTACCATTCGATATCGTCATCCTATTCCTAGGTTAGATGATATGCTTGATGAATTGAGTGGCTCTATTGTGTTCTCCAAAGTTGATTTGCGTAGTGGTTACCACCAGATTCGTATGAAGTTGGGTGATGAATGGAAAACAGCATTTAAAACGAAGTTTGGGTTGTATGAGTGGTTAGTGATGCCTTTTGGTTTAACTAATGCACCCAGCACTTTCATGAGGTTGATAAATGAGGTTTTGCGTCCTTTCATTGGAAAATTTGTGGTGGTCTACTTTGATGATATCTTGATTTACAGCAAGTCTATGGGTGAACATTTTAATCATTTACGTGCTGTTTTTAATGCTCTTCGTGATGCACGTTTATTTGGTAACCTTGAGAAGTGCACCTTTTGCACAGATCGAGTTTCTTTTCTTGGCTATGTTGTAACTCCGCAGGGGATTGAGGTTGATCAAGCCAAGGTTGAGGCAATTCAGAGACTCGCGGGGTTCTATCGCCGCTTTGTGCAGGATTTCAGCACCATTGCTGCACCATTGAATGCGCTTACAAAGAAGGGAGTGCCTTTCACTTGGGGCACATCACAAGAGAACGCCTTCCACATGTTGAAAGATAAGTTGACCCATGCACCTCTCCTCCAACTTCCCGATTTTAATAGGACTTTTGAACTTGAATGTGATGCTAGTAGGATTGGATTGGGTGGTGTTTTGCTACAAGAAGGAAAACCTGTTGCATATTTTAGTGAAAAGTTGAGTGGGCCTGTTCTGAATTATTCTACTTATGATAAGGAATTGTATGCTCTTGTGCGAACTTTAGAAACATGGCAGCATTATTTGTGGCCCAAGGAATTTGTCATACATTCTGATCATGAGTCTTTGAAGCATATTCGTAGTCAAGGGAAGCTGAACCGTAGACATGCTAAATGGGTTGAATTTATTGAATCTTTTCCTTATGTTATCAAACACAAGAAAGGGAAGGAGAACATCATTGCTGATGCTTTGTCTAGGAGATACACTTTGTTGACACAACTTGACTACAAGATTTTTGGCCTGGAAACAATCAAAGACCAATATGCGCATGATGCTGATTTTAATGATGTGTTGCTGCATTGTGAGGATGGAAGAACATGGAACAAATTCGTCATCAATGATGGGTTTGTTTTCAGACCTAACAAGCTATGCATTCCAGCTAGCTCCGTTCGCTTGTTGTTGTTGCAGGAAGCGCATGGAGGCGGTTTGATGGGACATTTTGGTGCCAAGAAGACACATGACATCCTTGCTAGTCATTTCTTTTGGCCACAGATGCGAAGAGATGTTGGCAGGGCTGTTTTGAAGAAAAATATCAAGATGTGGGAAGAATGCTTGCCTGATATTGAATTTGCTTATAATCGTTCCTTGCATTCTACTACAAAAATGTGCCCATTTCAGATTGTGTATGGTTTGTTGCCTCGTGCTCCAATTGATTTGATGCCTTTACCATCTTCTGAAAAATTGAATTTTGATGCTAAGCAACGTGCTGAGTTGATGTTAAAACTGCATGAGACAACTAAAGAAAACATAGAGCGCATGAATGCTAAGTATAAGTTTGCTGGTGACAAAGGTAGAAGGGAATTGAATTTTGAACCTGGAGATTTGGTTTGGTTGCATTTGCGAAAAGAACGATTTCCTGATTTGAGAAAGTCTAAATTGATGCCTAGAGCTGATGGACCATTTAAAGTGTTAGCAAAGATTAATGAGAATGCATATAAGATTGATTTGCCTGCAGATTTCAGGGACGAGTGCCCTCGTGGCTGGGTTGACGCGCACCACAAGTTCGCGGCGACCATTGGAGACGGTGTATCGGTTGCTAAGGCGCAGCGTCTTTGGACAGTTGACATCCCTTCCAACGATACAACCACGCCTATTGCACAGCAAGGACCAATGACTAGAGCTCGAGCTCGTGAACTTAATTATCAGGTTCAAGGTTGTTCTTGGCACGGCAAGAACAGCAACAACGTGGAGTCGGTGTACCGGTTGCTAAGGCGCAGCACCCCTGTGGTAGTTGTAGTCGGACCGCCAACGTCGTATCCTTCCCCAAATCGAAGTTTATCCTCCTCTCATCGAAAGATCGGGAACCCCCGTTGCTGCATCAAGTGGTATCAGAGCTCAAGTTGCTCGGTGAGAGATTTTATCACTTCTTTGTTTTTACCTACAGCCCAAAAGAAAAACCACTAA
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More
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0 | 0.006305 | 0 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g20560 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0213300 | RBH | 0.0042465 | 0.222775 | 0.0304745 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0010881 | RBH | 0.073078 | 0.121146 | 0.113497 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0188000 | SBH | 0.0098275 | 0.0081355 | 0.01234 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
