Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsZS97_04G0024500		OGI:04005190 \| 16/16			Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU			Chr04:1613986-1625848		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		OsSLPP1, SLPP1
DNA seq		ACCTGGCTCTCCCTGAATACATATAGCTGTCTATCTCGATGAGTCGATGATGAATATTATAAATAGCAGATGCTCAGATGATAGACAGGTATACCGGTCGGCCTATAGCACTCCAGTTAAGAACACAACTAATTGGCATCGGACTCATGGCTGATGCTAGTAATGGAGGTAGAGGCCATTTCCGACTCGTCATCGTCGTCCTCCTCGCTCTCCTTCTTCCATTGCAGAGATCCTACGTGGTCTGCCAGCAGACTGCAACAAAAAAGGTAGGATTTAGTTCCAGTGATGATGAAGTAAAAAGGCCTGCTTCTCTCTTAATTATATCCATTTTGTATACAGTTTGCAAAACTTAATTAGTTCCATTTCGATGGATGCATATATATGCAGCTGTACGTAGTGTACCTAGGGGAGAAGCAGCATAAAGATCCAGAACAAACAACGGCTTCGCATCATGACATGCTCACTGCCATCCTTGGAAGGCAAGAACACCAGTTAACAAATTAACAAGGATGAATCAGCTACTGTACCTAAGATATACCATAAATGTCTCACATCCACTCAGAATATCTTATATTATGAGACGAAGGGAGTAGTAACTTATAAGGTCCATGTTAGTAATATCGTTTTTTTAGATAAAGACACAGTCTTAAAATAAAATTTTTTAGAGGTTTCCATGTGTTTTAGAAATTTATAGTGAAATATTTTAAATTTGGATAAAAGTCTGGTCTAAAAGGTATTTTCGACCCAAGGAGTAATTAGTATTAGACGACGGATATCTCATCTGAAGCTAGGCCAATTAATTTAATTTGCAGCAAAGAAGAAGCGCAGGATTCAATGATCTACAACTACAAACATGGCTTCTCTGGATTTGCTGCCAAGCTTACTGAATCTCAAGCGCAGGACATTGCTGGTAATTATATACTCATCCCTCCGTTTTAAAATATAGGGTCTTTTTAATTGGTGAAATGAAAATTTTTGGGTGTCACATCGGACATTTAACTGGCCTATTAGAAGAAGTTTTCGAACACGAATGAAAAAACTAATTTCATAACTCGCCTGGAAACTGCAAGACAAATCTTTTGAGACTAATTAAGCCGTTATTAGCATATGTGGGTTACTGTAGCACTTATGGCTAATCATGGACTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCCCGCGATTTACATACAAACTGTGCAATTAGTTTTTCTTTTTATCTATATTTAATGTTCCATACATGTGTCCAAAGATTCGATGTGATGTTTTTGCGAAAAGTTTTTTAACTAAACAGGGCCATAATAATGTCTAGCATTTAAAATTTATCTTAAAATATAACAGCTTATTCACGTACATTATTTTTTAATCAATCACAACCTTCAATAATTCAAAATCTCCACCTGTTTTTGACCTATCTCACCGATCACAACATTCTCCAAGTAGAAGGTACAAAGCGGTATATAATGTTAGTCGTCAGGAGGTATATACCTCTACCCTCAAAGCATATACCTCTTAATAATACAAATACATGTATCTCTCTAGAAAAACAGAACAAAATACATACAATATATACAAACATGAGTTAATATTAGTTTTTTACCTCCTTTATGAGAAAAAAATCCCAAATATGAAGACGTATATATACCTTTTTAAGGATGGACAAAAACTATTGTTGGTGATATGGGCCCGGGGGTACACACGCCGAAGGGAAAGAACCCTTTCATCCAGCCATGAGGCCGCGCAAGTGTCAGGTGGCCGAGGGGCCTCGGGGTATTCCGTTGCGCCCCTCGGGCCCAAGGGGTCATGCCACCCCGAGGCCCTCACTTGGCTGCCACGTTGCAACCGGGCGGGCAGAGGAAGGGGCGCCGCCAGGTGCATTGATGAGCGGTGCCCTCGACCACCCCCACCGCATTTAATGCGGCATGGACAGTCTTGCGACGCCCAGTCGATTGACGTGCGTCAATCGACCTTGACCGGGCTGCGACCGGTCGCAGGCGGATGGGACGGGCGGCAGCGCACCCACGTCCCGCCCTGTGTCAGGCGGCATGGGGGCAAGTATGCCCCGTCCCATCAGCGCTTAGCAACTGGCATATAACCAGTTGCCCCCTATGCATGAACCCACAAAAGTCTCCAAGTATTTATGGGGGAATGACAGGGATGTCCTCGTGTCAGATGAAGGACGGTGCTGGGACCCACCTGAGGGTAAGCAACCACCTTGCTTCCGGCCTAAGGCATGGTCGGCGGCTTGACCCGGGTAGTGGTGGGCCCCCCTCCAAGGGTAAGATGTGTAGAGGCGGTGCATGTGGTATCCCTTTGAACTATAAAAGGAGGACTTTGCCCGCTGAGAAAGAGGACGACTGGGAAAGGCTTGAATCTTAGGAGAGAACTAGCGAACTGGTTCCCTAGGATTTGAGCTCTCTTATAACAACGCAAACTTAATTCTATGCACAGGAGTAGGGTATTATACTTTCCAGCGGCCCGAACCTGTATAATCCCCGGTCTCTTGTTCGATTGCCATCCACCTCACTAGCCCAACCTACAGCTAGGTTACGCTCCTGATCGTTGCACCCAGTACCCCGGCCGAACTCACAAAGTGGGGGTCTGACGACGTCCCGTTGGAGAGGATTATCCCTCGACAACTATCCTCTCTACCAACAACAACATTTATTACTATAATTTTTTATCATAAAATTAACTACATATTTTAGAGTTATGTTGGATCTATAAACGTGGTAGTTTTATGATTAAAATGGTACTAAACCTGTAGTTTTGTGATAAATTTTCTGCTCAATCTTTTTTTTTTTAAAATTTTTGGTATTCCACCTTAATTCTGTAGTCTTGTGAGAAATTATATGTTAAAATGTGTGTCAGCGTCAAGGATAAGATATACCTCCTATACATGAGTTCGTGGAATACGAGAATACCATATACCCAATAGTATATGGGGAGGTATCATTCGATTAAGCAAATACGACGGATAAAGAAGGAAATTATCTTTCTAGAATAGAAGGTGTCAGACTCCTAGTCGGAGGAGATAAGTTCTCCTTAGCCTGTTTCGGTACAGTCTCCCAGTTTTACTTAGAGAAACAGATGATTATCGCTATATATACAAGGCCATCTTCTCCAGGGAGGTGATCGAGTTACAAGCCATAGCCAAATTCACATCTAGAAGCAATCCAAAAGAAGCTAGAGCCATATTCGTCTAGTAGATCTAGTCGGACCATTTTTTTTATGGGATCTAGTCAGTGGGTTAGATTAGCTATCATACTTTCCCATAGTAACTCTTGTGGTATTTTTATTCATATATACATGTAAACCAAAGTAGGGTAATTACTCATCTTGAGGGCCTGAACCAGTATAAATCATTGTCCTTTGTCTTACATATCCAATCTCGCGCATACCCTAGTTCCAGCGATTCTCATACTTTACAAATACCATCTACGGACATAGCCCGTCAACAGTATGGTTTTACGATTTTTGCTATAGTTTATTTAAAGTAGTTTTGTAAATTTACTTTAAAGAAATATGATTAATAGGGTCTTGTATAGGGCAGGGCCGTCTGGTCCTGTCTGCCGGCGACGACGCCCCGCCCACCAACCCCTCCGTCGGCAGCTCGCCACCTCTTCCCTGCCAACCTCCTTGCTATAGCACTACCTATGTTTCCAATTCCTCATTTTGCACGCACGGCCCCGGTCTTCTGGTCCATGCACACCAACTGCTCGACGCATTGCCCACATAGGTATTGACTGATTCTGGCCATTAATCTAGCTATCTACATCTAGTGAAAGCTGTCAATCCTACAACGTGTTTTTCTAACTCCAGTATATATAGAGTCTTCATGTCCCAATCATGCCACAAAATGCTTCTGAACAAGTATAATATACAGTAGTACTTGAGTATAGCCCAGAAGCATTTGTATATGTTTATATATAGTCGAACTTGTTTTCATTTCTAGTGTTTCATTTCAATGCATGTACAGAGATACCAGAGGTACTCAGCATAAAACCGAGCATTGTGCACCCATTGCATACAGTGGCGGAGCTAGGATTTGAAACTAGGGTGGTCCATTGTCTAAATTTTTTTTTAACCGCTACAAATTTAACATGTTGGTACGCAAGTATATGAACATCAAAACTCAATTAAAGACAAAAAAAAAAAGAATTTACAAAATAGACGAGTATAGCTTTGGTAACACAAACTTGAAATATATTACATACCTATAATAGTTGAACAATGTTTTACTAGTTCTTCTTCTTCTGTCTGTCAGGCCTGCGCCTTCTAATAGACATGAAAGTTTTGATGATCTCTTCTTCACTCAATTTTAAGAAGATATCCCGCTCAATAAAAGTCATCAGACAATCATCCAGTAGGCTATCACCCATCTTATTTCTCAACTTATTTTTGATAAAGGTCATTGCAGAAAATATTCTTTCAACACTAGCGGTAGCCACCGGAAGGAGCAATACCAATTGGATAAGTACATAGACCCAATTGTAAACTTTATCCCTCTTTGTTTCAACAAGTTTTACTGAAAGGTCAACAAGACTGTTTAGGCCTTTGAACATTTGATCTTTTCTCATGTCATCAATAAATCTTTCAAGTTGCAAATCGAGTCTTACCAAGTCAGAGCTTGAAAATTCATCGGGGTAAAATTCAGCAAGTCTATGTACCTTGTTTGCATCAAAAGAAGCAAAGGAATCTGCTGGATTCAAAGCAGCCATACAGGTAAGCAACTCCATATTTACTTCATCAAATCGATTGTCAAGCTCTTGACTAATTTTGTCAATGACCCCAATATATACTTCTCTTCTGAAGTGATCATCATTTGTTTGGTCCGGAGCAAAACGTGCTGATCTTCCATACGGCACATAATTTTGTTCCATTGCAGGAACTTGAATGCCATATTTGTTGCAAAATACTGTAACCCTTTGAAGAAATGAATCCCACCTTTCAGACCTCATTTGCTGCATTTTACTCTTTGCCAAACGGACTTGTGACATTGCAT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Function		Subtilisin-like protease SBT3.8 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9SZY3]

Transcripts

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Protein seq	MDWSTGPRCLTAGSSAALRRETAAAAETTEPIDQDFLGLDYTQSAGLLHRANYGDGVIIGIIDSGIWPESASFRDDNLGPLPSKWKGKCLAGQAFAGHMRL

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Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	3.4636695	0	0.0505775

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
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Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os04g03796	SBH	2.413355	0.741397	0.523150
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os04g0127600	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_04g0001090	RBH	0.075929	0.0	0.253479
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_04g0001140	SBH	0.0	0.0	0.144493
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_04g0001130	RBH	0.996061	0.0	1.086428
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_04g0001210	RBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_04g0001160	SBH	1.832482	1.355214	3.115292
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_04G0027900	RBH	1.427744	0.0559445	0.1931925
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_04g0001330	RBH	0.0	0.0	0.000000
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_04G0025200	RBH	1.143466	0.515139	7.02709
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_04g0001100	RBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_04g0001330	SBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_04g0001200	RBH	0.775168	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_04g0001040	RBH	1.123384	0.0	1.277411
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_04g0001300	RBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_04G001200	RBH	0.000000	0.0	0.0
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_04g0001210	RBH	0.000000	0.0	0.000000

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