Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsPr106_03g0011840		OGI:03023730 \| 15/16			PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr03:9054393-9060262		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		OsBAK1-10
DNA seq		gtagacgaggcgggggtgattagctgttcgtcccgtgtcccgttgctcgcccacgccacgccgcacgcggacaaaaccgcattctctctctctcactacactcctcccccacactctcctctactctctccctctcgcagccacagcacagcgcagcactggccgcctaatctctccgcactctctcccctcgccgctccctccactgccgcttcgtctcggccgacgacctcgtcgtcgtcgtcgtcctcgtgttcgccggtcgccgcgccgacgcggatcgccgtgccgctgtccagtgcgagagcgcaggcaggcaggcaggcgcaggtaaaaaccttgcccccgctccccgtcctcgcgccggatctgccgccgattcgtgcggccgcggtgagcccgtgcgtcgcgtcagcttgtgtgttgctgagtggtgaactggtgatgccgcggcagcgggcgctcaaaactggtgtgctcggtttcgtgtcggtagcgtcgcgggggcttgtgggttgggttgtggctgtaccctactttttgcttagtggcgtcggcggcggcagttgcgacggctttaactctggatgactggatgcgtgcttgcgttttggcggttgcgagctggaattagtaactgctttgttgtttcttcggctaactaagttggtccttttttttttctttttaagaagtaactgaaagatgttgatttacagtaattggggtgactaaattgttttcgaaattaaccgctgtctaaattgtttttgttagaatttttggggaaatttcaaattgcaggttctaggtaattcaaataccattaaacaattttgtggaagcacataattttttttattaataaattgtcatgttttggttcttatggtcgtccattttgctaaagaggagctatgagtgtgtcacaatgtactgcatttgatctgcatatctgattgttgctctgtttatttgataactttgcatgattgctgatatgttcctgttttcacttacagtgccagcaatttgcctccctcaccaggggcacatctacatgtggagttcattcccataaaagaggatgcacatggtatacctcacccatgacctctgtaataagctgcggtgatctttatatgcttcaccaactggtgaaaaatgggctcttttctgagaaaacagcccagtttcctcttaattttgttaattctgcaccttggtgctcgtgaagcaagagcactaagttcagatggtatgtgacatttcatagttatggttggtatttgtgtgctacatttgacaatctgtgctcatttactatgattcttttgacggtttcctacaggtgaagcacttcttgccttcaagaaggcagttacaacttctgatgggatatttctcaactggcgtgaacaagatgtggatccttgcaattggaagggtgttggatgtgactctcacaccaagagagtagtttgtctgtaagaccaaaataaaccctacataaatattgtgaaatgcttagaatttcaacctggctattattttgcttcagtaatatggttttcgtttttaagatggcattttctaataggaagggaatgataacttcatagcttccattgttataaatatatctgaccaccaatatcttttgtttaggattcttgcatatcacaagttagttgggcccatacctccagaaattggaaggttaaatcagttgcaagctctgtaagtgtgtgttgatagcgttctttgcttaacctctttcttttcagcatctgaaattactattttatgtcattagatcactgcaagggaatagcttgtatggctcactccctccagaattgggaaattgtaccaagttacaacaactgtaagtttctaagtattactgtttttccagcatttgtaacaccatgtcttgcaaaaaactattcataacattcatactgttatgcaattttaattgatgcaactttttacgttttgtgttctgacttgtgagatgacctgcaggtatctacaaggaaattatttaagtgggcatatcccttcagagtttggtgatctggtggaacttggtacactgtaagttttgggtggagtttctggttgctttttttaatcatttattacctcaatcaaccaatgtctttcctggctgtccatttcacatcagactgatctcccctgtctgattagttcaatctatgcatcagaaacgtaccatttcactgaaacaatcaacacaaaagttctgatataaaaattaagtgcactggattgcaaatgaattcgtttgtcaatttagaggattactcatatttctggaatatgtttttccccttcagggacttatccagcaatacgttgagcggatcgattccaccctctcttgataagctggccaagcttacatcattgtgagtgtttttttatcttgataaatccattgaatttttatgctaactttgtgcggcaaattaaataagaaatttcacctgtgcagcaatgtttccatgaatttcctgacaggagcaataccatctgatggttcacttgtgaattttaatgaaacttcgtgagttatcttctctatgttgtttattcttgtctaattcaatatgtatatttgagcaagtagagtgggggatgtcatgtgatagagtgcttttgtttacctcttcatgatgcgctacactacatcacacttgtaatatatcatatgattttgcatgttgcaatgcagcttcatcgggaaccgtggtttatgtgggaagcagattaactcggtgtgcaaagatgcacttcagtcaccatcaaatggccctctgccaccttccgcaggtaccagatgtttctaaaactgtctacatacctttttttcatgcttcaaacattttttgtaaatagttaaatggttagcaagatttcaatgtttgtatttaatatttatccatcaatatcaatcatcagtatcagttgcttttatatttgactaggaaatatacttctggcagttttgggttctgtaaagtgtaaattgatccctttcttttcagttcctttcatgaacctatgacttatgttcttctgattatcatatggcagacgacttcatcaatagaagaaacgggaagaattctaccagacttgttataagtgcagtagcaacagtaggagctcttctgttggtcgctttgatgtgtttctggggttgctttctgtacaaaaattttggaaagaaagatattcatggtttcagggtggagctatgtggaggtaaccatgtcattgaatatgctatgcgaatcatcttcaatttatgcggtccttataatcttgcttgttttcttttaggctcttccattgtgatgttccacggggacctcccttactccactaaagaaatcctcaagaaactagagaccatggatgatgagaatatcattggagtagggggcttcgggacggtttataaacttgcaatggatgacggtaatgtttttgcattgaaaaggataatgaaaacaaatgaagggcttggtcagttctttgatagagaacttgagatactgggaagtgttaagcatcgttatttggtcaatctccgtggctattgcaattctccctcatcaaagctattgatatatgactatcttccaggtggaaacctagatgaggtgctacatggtgagcatgttcagttttctacttcctatttattttatttgtattgcattcttccaattgttaacagttttagtttgtcttcctcagtaaggagttaagtatgtgttcaaagcccaacattaaattaaggtttgaggtgattcagttaatggatatgaaagaacctagtggtgatggtggagtctgccattccaccaccacctctagggttggtgttatcttctaagggtgcatagatacttttatatgtgtggcttggctatcagtgtggattgatgctctcttgcaaattacatattcttccatgaggagtatacatataatttgaattttagaacataggatagtatagtactatagttacattcaatctacctattggaaagaggtacaagtacaacaatatcttaaggggcatactagctaatgtcagctagacacagaatgcaatagccaagtgggagatgaagacttaagtatgtgaaaattgtgccactgtgggggcaacaaagttgttcatttttaagttcttgatcgtcccatttggctattttgtggcatgttcagacctccatgtgaattagcagctacagattccacgatggatattatttctgcctcttgtaacaaaaatggaatgctacttagtagtcgatgggcatgggacttcagctattatgtagtacgagtagagggttgtatataacatactaggacacaaggacagaagatgctgtctactcatggtgattccaattttacattggcagcgagtctgagaattatactttattactttaaatacagacctctgttcattcttcaattacatctggatctaaacaatcgagataagagtgaaaaccttaaccatgatattaccatttatattccatatgcttgtggaatatatgcattgaattttataacaacgtataattaggtcttacattagcagacttcactattttattttttaacatcaagtcctaatatctcatctatcttcaatcttgacagaaaaatctgaacagttggactgggatgcacgtattaacataatacttggagctgcaaaaggcctggcttatttgcatcatgattgttcacctcgaataatacatcgtgatattaaatcgagcaacatcttactagacggcaattttgaggctcgtgtatcagactttggactcgcaaagctattagaggacgacaaatcccatattactacaatagttgcaggaacatttggctatcttgcaccaggtatgttaaaactgttctgtttcattcattgtgggaaaataacagcatataacaaatgcttaccaccttattgcatctctggattttatttatcaatatataatttcatatgctctgagctaatttgcaaaattcaaaatccagagtatatgcaaagtggcagagccaccgaaaagactgacgtctacagttttggagttttgctacttgaaatactaagcggaaaacgacctactgatgcatcatttattgagaagggattgaacattgttggatgggtatgtatgacctttatgtccttccatttcatatccacagttttctgatatgaattacgtatgccttcaattgatttaatgtattcttgaaataatctacttgctctgtggcagttgaatttcctggtcggtgagaatcgggagagggaaattgtcgatccatattgtgagggagtgcagattgagaccttggatgctctactttctcttgctaaacaatgtgtaagttctttgccagaggagcggcctacaatgcacagggtggtacagatgttggagtcggatgtaattacaccatgccccagtgatttctacgattcagaataggcttcgacttacggctgctcttgaaaacgccacactgccgctggttttcctgtggaggcacattccatttattctttgcagattatgtaaattcattcctgcggtgttcggctccaatcggctagctcaatggggaggacatttttgtgtctatgtatctatgctacgtacaaattattactactacatgtcaagttaataagaaacttaccaggagattactgtacttgtattgaactgtcaatctcggaagaatggaaatggtagggattagggatgccaagtttcctg More
CDS seq		atgggctcttttctgagaaaacagcccagtttcctcttaattttgttaattctgcaccttggtgctcgtgaagcaagagcactaagttcagatggtgaagcacttcttgccttcaagaaggcagttacaacttctgatgggatatttctcaactggcgtgaacaagatgtggatccttgcaattggaagggtgttggatgtgactctcacaccaagagagtagtttgtctgattcttgcatatcacaagttagttgggcccatacctccagaaattggaaggttaaatcagttgcaagctctatcactgcaagggaatagcttgtatggctcactccctccagaattgggaaattgtaccaagttacaacaactgtatctacaaggaaattatttaagtgggcatatcccttcagagtttggtgatctggtggaacttggtacactggacttatccagcaatacgttgagcggatcgattccaccctctcttgataagctggccaagcttacatcattcaatgtttccatgaatttcctgacaggagcaataccatctgatggttcacttgtgaattttaatgaaacttccttcatcgggaaccgtggtttatgtgggaagcagattaactcggtgtgcaaagatgcacttcagtcaccatcaaatggccctctgccaccttccgcagacgacttcatcaatagaagaaacgggaagaattctaccagacttgttataagtgcagtagcaacagtaggagctcttctgttggtcgctttgatgtgtttctggggttgctttctgtacaaaaattttggaaagaaagatattcatggtttcagggtggagctatgtggaggctcttccattgtgatgttccacggggacctcccttactccactaaagaaatcctcaagaaactagagaccatggatgatgagaatatcattggagtagggggcttcgggacggtttataaacttgcaatggatgacggtaatgtttttgcattgaaaaggataatgaaaacaaatgaagggcttggtcagttctttgatagagaacttgagatactgggaagtgttaagcatcgttatttggtcaatctccgtggctattgcaattctccctcatcaaagctattgatatatgactatcttccaggtggaaacctagatgaggtgctacatggtgagcatgttcagttttctacttcctatttattttatttgtattgcattcttccaattgttaacagttttagtttgtcttcctcactaatttgcaaaattcaaaatccagagtatatgcaaagtggcagagccaccgaaaagactgacgtctacagttttggagttttgctacttgaaatactaagcggaaaacgacctactgatgcatcatttattgagaagggattgaacattgttggatggttgaatttcctggtcggtgagaatcgggagagggaaattgtcgatccatattgtgagggagtgcagattgagaccttggatgctctactttctcttgctaaacaatgtgtaagttctttgccagaggagcggcctacaatgcacagggtggtacagatgttggagtcggatgtaattacaccatgccccagtgatttctacgattcagaatag More
Protein seq		MGSFLRKQPSFLLILLILHLGAREARALSSDGEALLAFKKAVTTSDGIFLNWREQDVDPCNWKGVGCDSHTKRVVCLILAYHKLVGPIPPEIGRLNQLQALSLQGNSLYGSLPPELGNCTKLQQLYLQGNYLSGHIPSEFGDLVELGTLDLSSNTLSGSIPPSLDKLAKLTSFNVSMNFLTGAIPSDGSLVNFNETSFIGNRGLCGKQINSVCKDALQSPSNGPLPPSADDFINRRNGKNSTRLVISAVATVGALLLVALMCFWGCFLYKNFGKKDIHGFRVELCGGSSIVMFHGDLPYSTKEILKKLETMDDENIIGVGGFGTVYKLAMDDGNVFALKRIMKTNEGLGQFFDRELEILGSVKHRYLVNLRGYCNSPSSKLLIYDYLPGGNLDEVLHGEHVQFSTSYLFYLYCILPIVNSFSLSSSLICKIQNPEYMQSGRATEKTDVYSFGVLLLEILSGKRPTDASFIEKGLNIVGWLNFLVGENREREIVDPYCEGVQIETLDALLSLAKQCVSSLPEERPTMHRVVQMLESDVITPCPSDFYDSE
Function		LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FEI 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGF4]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_03g0011840	OsPr106_03g0011840.01	Chr03	9055557	9060262	+	NAM
CDS seq	atgggctcttttctgagaaaacagcccagtttcctcttaattttgttaattctgcaccttggtgctcgtgaagcaagagcactaagttcagatggtgaagcacttcttgccttcaagaaggcagttacaacttctgatgggatatttctcaactggcgtgaacaagatgtggatccttgcaattggaagggtgttggatgtgactctcacaccaagagagtagtttgtctgattcttgcatatcacaagttagttgggcccatacctccagaaattggaaggttaaatcagttgcaagctctatcactgcaagggaatagcttgtatggctcactccctccagaattgggaaattgtaccaagttacaacaactgtatctacaaggaaattatttaagtgggcatatcccttcagagtttggtgatctggtggaacttggtacactggacttatccagcaatacgttgagcggatcgattccaccctctcttgataagctggccaagcttacatcattcaatgtttccatgaatttcctgacaggagcaataccatctgatggttcacttgtgaattttaatgaaacttccttcatcgggaaccgtggtttatgtgggaagcagattaactcggtgtgcaaagatgcacttcagtcaccatcaaatggccctctgccaccttccgcagacgacttcatcaatagaagaaacgggaagaattctaccagacttgttataagtgcagtagcaacagtaggagctcttctgttggtcgctttgatgtgtttctggggttgctttctgtacaaaaattttggaaagaaagatattcatggtttcagggtggagctatgtggaggctcttccattgtgatgttccacggggacctcccttactccactaaagaaatcctcaagaaactagagaccatggatgatgagaatatcattggagtagggggcttcgggacggtttataaacttgcaatggatgacggtaatgtttttgcattgaaaaggataatgaaaacaaatgaagggcttggtcagttctttgatagagaacttgagatactgggaagtgttaagcatcgttatttggtcaatctccgtggctattgcaattctccctcatcaaagctattgatatatgactatcttccaggtggaaacctagatgaggtgctacatggtgagcatgttcagttttctacttcctatttattttatttgtattgcattcttccaattgttaacagttttagtttgtcttcctcactaatttgcaaaattcaaaatccagagtatatgcaaagtggcagagccaccgaaaagactgacgtctacagttttggagttttgctacttgaaatactaagcggaaaacgacctactgatgcatcatttattgagaagggattgaacattgttggatggttgaatttcctggtcggtgagaatcgggagagggaaattgtcgatccatattgtgagggagtgcagattgagaccttggatgctctactttctcttgctaaacaatgtgtaagttctttgccagaggagcggcctacaatgcacagggtggtacagatgttggagtcggatgtaattacaccatgccccagtgatttctacgattcagaatag More
Protein seq	MGSFLRKQPSFLLILLILHLGAREARALSSDGEALLAFKKAVTTSDGIFLNWREQDVDPCNWKGVGCDSHTKRVVCLILAYHKLVGPIPPEIGRLNQLQALSLQGNSLYGSLPPELGNCTKLQQLYLQGNYLSGHIPSEFGDLVELGTLDLSSNTLSGSIPPSLDKLAKLTSFNVSMNFLTGAIPSDGSLVNFNETSFIGNRGLCGKQINSVCKDALQSPSNGPLPPSADDFINRRNGKNSTRLVISAVATVGALLLVALMCFWGCFLYKNFGKKDIHGFRVELCGGSSIVMFHGDLPYSTKEILKKLETMDDENIIGVGGFGTVYKLAMDDGNVFALKRIMKTNEGLGQFFDRELEILGSVKHRYLVNLRGYCNSPSSKLLIYDYLPGGNLDEVLHGEHVQFSTSYLFYLYCILPIVNSFSLSSSLICKIQNPEYMQSGRATEKTDVYSFGVLLLEILSGKRPTDASFIEKGLNIVGWLNFLVGENREREIVDPYCEGVQIETLDALLSLAKQCVSSLPEERPTMHRVVQMLESDVITPCPSDFYDSE More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_03g0011840	OsPr106_03g0011840.02	Chr03	9054393	9060196	+	IsoSeq
CDS seq	gtagacgaggcgggggtgattagctgttcgtcccgtgtcccgttgctcgcccacgccacgccgcacgcggacaaaaccgcattctctctctctcactacactcctcccccacactctcctctactctctccctctcgcagccacagcacagcgcagcactggccgcctaatctctccgcactctctcccctcgccgctccctccactgccgcttcgtctcggccgacgacctcgtcgtcgtcgtcgtcctcgtgttcgccggtcgccgcgccgacgcggatcgccgtgccgctgtccagtgcgagagcgcaggcaggcaggcaggcgcagtgccagcaatttgcctccctcaccaggggcacatctacatgtggagttcattcccataaaagaggatgcacatggtatacctcacccatgacctctgtaataagctgcggtgatctttatatgcttcaccaactggtgaaaaatgggctcttttctgagaaaacagcccagtttcctcttaattttgttaattctgcaccttggtgc More
Protein seq	VDEAGVISCSSRVPLLAHATPHADKTAFSLSHYTPPPHSPLLSPSRSHSTAQHWPPNLSALSPLAAPSTAASSRPTTSSSSSSSCSPVAAPTRIAVPLSSARAQAGRQAQCQQFASLTRGTSTCGVHSHKRGCTWYTSPMTSVISCGDLYMLHQLVKNGLFSEKTAQFPLNFVNSAPWC

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	6.577065	38.593311	48.350948

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_03g0266800	RBH	6.346891	2.673302	24.880722
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os03g16010	RBH	2.684301	1.676003	4.314248
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os03g0266800	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_03g0012160	RBH	0.931479	34.759045	45.491844
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_03g0011980	RBH	0.143970	10.118300	9.127409
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_03g0012010	RBH	2.019270	33.076569	46.621746
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_03g0011960	RBH	0.133299	1.480447	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	NA	NA	NA	NA	NA
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_03G0149200	RBH	9.049395	12.6954665	31.1897365
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_03g0011740	RBH	0.283807	3.740010	3.844299
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_03G0150500	SBH	10.4465275	12.8938275	34.446829
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_03g0011870	RBH	0.148241	0.429225	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_03g0011950	RBH	0.758224	27.008392	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_03g0011940	RBH	2.068675	50.593616	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_03g0011890	RBH	1.270138	3.449620	5.064230
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_03g0011830	RBH	0.420401	26.100880	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_03G011800	RBH	0.201576	11.632548	19.794197
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_03g0011680	RBH	0.541176	38.904198	27.226484

Custom TreePlot

Powered by

© 2021- Rice Gene Index @Zhang Lab. All Rights Reserved.

National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement

Huazhong Agricultural University

Any comments and suggestions, please contact us.