Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsPr106_01g0009370		OGI:01023660 \| 16/16			PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr01:7666208-7671490		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		NLP3, OsNLP3, OsNIN-like3
DNA seq		atcggcggcgggggtggggatttgtggccgttcgactcgctcaccacgtcgctgctgttctcgtcggtgtcggcctcgccgcagccgctgccggcctcgtcgtcgtcgtggctcacgccgccctcgccgctgtggctgttcgacgagcgccagctgctcccgctcgacatgggcgcccccgctgcccccgccaccgctccgcccgccgaggccgccgccgtggtcgaggaagtccatcggacccgctccggtgagcctcgttgcttcgtattggtcgtgcgtttcttttcttgttgctggatcatacaatttggaacgaataagggagaaaaaagaaagatcgaaattgaccttcactgggattttgttctcatctttggctcgggtttgtagatttgttcgttccttgggaatctttctggctgctccaaagttgaagcagaggggcagctggaatcttgctgttattcctgtcgttgggacgctaaccttttacctccactgcatgatccatgaagtttccgagctttatgtttgacttccttgccttctttttggcatatttcttggctgtataaagatttgccctgttgatttatggaacaagacagaatctttgcactcgctcttgtaacagaatggataaaatgttgtaaagttagttggtatgtgttttgttgcaatgatatgctcgttttgtttaatttgtgtgctttctttctatctactagtttttatgtgttaatttttatgtttctttctgtctgacttcgtggtggtagtgcgcgtttttttaatgcaaatgattgccaagatcggttgatggttaattggattccactataggaggtagggggagtatttgctgtactaaattaactgtgcatacaaaaaaAGatgacccttttgaagtgctattgttgcctgactcattttactttatagcaatgcatagcactgctttcctgtgtgtctctaatggtgtggtgcctctaaagcgtggattaagtggtggattatgacgccatggacagtactagctagattgtatagttgaagcagttggataacgctttgcttgtctcattatattatactagtatttaataccaggacaatttaggactactccatttcattaattggtgactcaagaaatggttttggatcggtgatgggatttgcagcattgttgattcgcttcacttcattgaaaaataacatgaagcaattacagttatcaaacttgataagaaacatagtgtatcattactgaaacatggatttgtttgtcgcaatagctctaggtttggaacgaatggtcaggcgtagtgaagcttattatccattcaattagcaatgttattatcccttcttcttttatatactttttgccttcttttcctgatagtattgcatgcttttctgttatttagggaattctgacacgactagtaagagggttgatcagattaatagcaaatggcagtttcacctatctattgatgataacacggacagctcatgcttgtttaaggagaggcttacacaggctcttagatacttcaaggagtccacagatcagcatctgctggttcaagtttgggcaccggttaagagtggagaccggtatgtgcttactacttcaggacagccctttgtacttgaccagcagagtattgggcttcttcagtacagggctgtatccatgatgtacatgttctcggtggatggagaaaatgctggagagctggggctacctgggcgtgtgtacaaacaaaaggttcctgagtggacaccgaatgtgcagtattatagcagtactgagtacccacgccttaaccatgcaatcagttacaatgttcatggtactgtagccttgcctgtttttgatccttctgttcaaaattgtattgcggttgttgaacttataatgacatcaaagaagatcaactatgctggtgaggttgataaagtctgcaaagctcttgaggttagtcttttgtttgcctgctgtatacatttttgcttggatactggttgtctggttggatatgtggacattatatcgttaactagcagctgtattaaccatctgtagcataagttttttctaatctagttatatcttacattttcttgtgctacctgcaggcagtaaatctcaaaagcactgagatattggaccatccgaatgtccaggtgtgcattcaatcaatctagacaaataagttttcctgtttccactgtggggatgggttatgctcattttttaatcttctttcttgctcagatatgcaatgaaggccgccaatctgctttggtggagatactggagatcttgacggtcgtatgtgaagagcacaagcttcctttggctcaaacctgggttccttgcaagtatcgaagtgtactggcacatggcggtggtgttaagaagagttgtttgagctttgatggaagttgcatgggggatgtttgcatgtcaaccagtgatgtggcatttcatgttatcgatgctcatatgtggggatttagagatgcatgtgtagaacatcacctacagaagggacaaggagtttctgggaaggcttttatctatcgtcgaccttgcttttctaaagatatcagtcaattctgcaagttggagtatccccttgtacactatgctcgaatgtttggtctagctggctgctttgcaatatgtttgcaaagtatgtatactggagatgatgattatatattagagttcttcctgccaccaaattgcaggaacgaagatgatcaaaatgccttgttggagtccatattagctcgaatgaagaagtgccttcgtaccctaaaggtagttggcaacggagacaccaatgaagtttgtctgcaaataagtaatgtgctaataattgagactgaagatttgaagacacatgtgcactttgagaattctgaaggttgctttcgtgaatcgcctgaaagtaatggaagccaaagagcccatgaggttgataatgatggcaacaaagtttcaatcatgtcagagagacatttgctagctgatgacaactctcaaaacaatggggcatctgttggcaggccaaatggtagtggtgcttctgattcgcttcacaaaagtaataaaccccctgaaaggagacgaggaaaagctgaaaaaacaatcagcttagacgttcttcagcaatatttctcaggaagcctaaaaaatgcagcaaaaagccttggtggtatgactagtatttgagctcatatttctcttccttttatgtcccactctttctgacatatttcccactctactattgccacattaaacgcatgaattaatgtttgcttccaatacatgacaatttagtcctggctagtgcaggaacatagttactaagaacacggtttgattaggtcaaggaatgggtttgtggcacaccactgttttctcaattttgtaggagcgatgcatgacatgctgcaaatagtactggctcacgcatatgtgcatgggtcaatgaatctgtttatgtggtatgcgtggggttgtatacttgtatctagtgaaccagtgaagtatgcacatggaaatgaaaagagaaaattccctgtgtacccttgaaaggagaatgttattttgctatctacctgtatttattcattttagactgaaatgtagcttgcagatatgcgcttctattttgtatgcataatgcatctgcttttttgttctatttattatggaactatgtttttgatatagttgacattcgggatcttatttttgtttttattttgttaataaccttgatgccatcactaggtgcttttatggttgtatattcactgagctctgcaaactttcttttccttgtatggttgtatattccttgtccctttttttaatctaagagagtgaatagatgcgtagaatattgaatcttccaatgataacaacatttttggtagttcgactattggatacagttagcattaactaattctatttttctatttgacagtatgtcccacaaccatgaaacgcatctgcaggcaacatgggatttctcgttggccatctcgaaaaattaacaaggtcaaccggtctctctcaaaactaaagcaggtaattgagtctgttcaaggctcagatgcggcatttaatctcacgtctatcacaggtcctctccctattcctgttggaccttcatcagattctcagaatctagagaaagcaagtccaaataaagttgcagaactttcaaatctggctgttgagggggacagagattcatccttgcaaaagccaatagaaaatgacaacttagctatattgatgtcacagcaagggtttatagatgcaaacaataacttgcaacttgaagcagacaaagcttctcactcgagaagctcatctggagaaggcagtataaactcacgtacctcagaggcctcatgccagggaagtcctgcaaaccagacatttgtttgcaagccaattgcatcgacgttcgctgaaccacaattaattccagaggcgtttactaaagagccctttcaagaaccagcactaccgctttccaggatgctcattgaggattctggaagttccaaagatttgaagaatctcttcacttcagcagttgatcaaccatttttagcacgttcaagcaatttggcgctgatgcaaaattcagggacggtgaccataaaggctagctttaaggaagacattgtcaggttccgcttcccatgttccggtagcgttactgcattgaaagatgaagtagccaaaaggctaaggatggatgttggcatgtttgatatcaagtatctcgacgatgatcatgagtgggtgaagttagcatgcaacgcggacttggaagaatgcatggagatctctggtagccatgtcatcaggctgttggttagcgatgttgcggcacaccttggtagttcctgtggaagctcaggttgataattcaggtcagcattttcgttccatgggtgcatacatgttctgcgaggtcagtctcacctgttgttaatctagttctcttgctagatagcagtagctacttcattgtgtttgattattgtatcaatttttggttcgaatacatgtacttgtgcaaaacggcacttgtagtcaatactgtacatattaagcccttggtgctggaaaattctgatgttcaagttacaaaggttaattggtgtaatactaatatcttcgctgtccagaagtcgattagtttggaggcacattatttctttttc More
CDS seq		atgggcgcccccgctgcccccgccaccgctccgcccgccgaggccgccgccgtggtcgaggaagtccatcggacccgctccgggaattctgacacgactagtaagagggttgatcagattaatagcaaatggcagtttcacctatctattgatgataacacggacagctcatgcttgtttaaggagaggcttacacaggctcttagatacttcaaggagtccacagatcagcatctgctggttcaagtttgggcaccggttaagagtggagaccggtatgtgcttactacttcaggacagccctttgtacttgaccagcagagtattgggcttcttcagtacagggctgtatccatgatgtacatgttctcggtggatggagaaaatgctggagagctggggctacctgggcgtgtgtacaaacaaaaggttcctgagtggacaccgaatgtgcagtattatagcagtactgagtacccacgccttaaccatgcaatcagttacaatgttcatggtactgtagccttgcctgtttttgatccttctgttcaaaattgtattgcggttgttgaacttataatgacatcaaagaagatcaactatgctggtgaggttgataaagtctgcaaagctcttgaggcagtaaatctcaaaagcactgagatattggaccatccgaatgtccagatatgcaatgaaggccgccaatctgctttggtggagatactggagatcttgacggtcgtatgtgaagagcacaagcttcctttggctcaaacctgggttccttgcaagtatcgaagtgtactggcacatggcggtggtgttaagaagagttgtttgagctttgatggaagttgcatgggggatgtttgcatgtcaaccagtgatgtggcatttcatgttatcgatgctcatatgtggggatttagagatgcatgtgtagaacatcacctacagaagggacaaggagtttctgggaaggcttttatctatcgtcgaccttgcttttctaaagatatcagtcaattctgcaagttggagtatccccttgtacactatgctcgaatgtttggtctagctggctgctttgcaatatgtttgcaaagtatgtatactggagatgatgattatatattagagttcttcctgccaccaaattgcaggaacgaagatgatcaaaatgccttgttggagtccatattagctcgaatgaagaagtgccttcgtaccctaaaggtagttggcaacggagacaccaatgaagtttgtctgcaaataagtaatgtgctaataattgagactgaagatttgaagacacatgtgcactttgagaattctgaaggttgctttcgtgaatcgcctgaaagtaatggaagccaaagagcccatgaggttgataatgatggcaacaaagtttcaatcatgtcagagagacatttgctagctgatgacaactctcaaaacaatggggcatctgttggcaggccaaatggtagtggtgcttctgattcgcttcacaaaagtaataaaccccctgaaaggagacgaggaaaagctgaaaaaacaatcagcttagacgttcttcagcaatatttctcaggaagcctaaaaaatgcagcaaaaagccttggtgtatgtcccacaaccatgaaacgcatctgcaggcaacatgggatttctcgttggccatctcgaaaaattaacaaggtcaaccggtctctctcaaaactaaagcaggtaattgagtctgttcaaggctcagatgcggcatttaatctcacgtctatcacaggtcctctccctattcctgttggaccttcatcagattctcagaatctagagaaagcaagtccaaataaagttgcagaactttcaaatctggctgttgagggggacagagattcatccttgcaaaagccaatagaaaatgacaacttagctatattgatgtcacagcaagggtttatagatgcaaacaataacttgcaacttgaagcagacaaagcttctcactcgagaagctcatctggagaaggcagtataaactcacgtacctcagaggcctcatgccagggaagtcctgcaaaccagacatttgtttgcaagccaattgcatcgacgttcgctgaaccacaattaattccagaggcgtttactaaagagccctttcaagaaccagcactaccgctttccaggatgctcattgaggattctggaagttccaaagatttgaagaatctcttcacttcagcagttgatcaaccatttttagcacgttcaagcaatttggcgctgatgcaaaattcagggacggtgaccataaaggctagctttaaggaagacattgtcaggttccgcttcccatgttccggtagcgttactgcattgaaagatgaagtagccaaaaggctaaggatggatgttggcatgtttgatatcaagtatctcgacgatgatcatgagtgggtgaagttagcatgcaacgcggacttggaagaatgcatggagatctctggtagccatgtcatcaggctgttggttagcgatgttgcggcacaccttggtagttcctgtggaagctcaggttga More
Protein seq		MGAPAAPATAPPAEAAAVVEEVHRTRSGNSDTTSKRVDQINSKWQFHLSIDDNTDSSCLFKERLTQALRYFKESTDQHLLVQVWAPVKSGDRYVLTTSGQPFVLDQQSIGLLQYRAVSMMYMFSVDGENAGELGLPGRVYKQKVPEWTPNVQYYSSTEYPRLNHAISYNVHGTVALPVFDPSVQNCIAVVELIMTSKKINYAGEVDKVCKALEAVNLKSTEILDHPNVQICNEGRQSALVEILEILTVVCEEHKLPLAQTWVPCKYRSVLAHGGGVKKSCLSFDGSCMGDVCMSTSDVAFHVIDAHMWGFRDACVEHHLQKGQGVSGKAFIYRRPCFSKDISQFCKLEYPLVHYARMFGLAGCFAICLQSMYTGDDDYILEFFLPPNCRNEDDQNALLESILARMKKCLRTLKVVGNGDTNEVCLQISNVLIIETEDLKTHVHFENSEGCFRESPESNGSQRAHEVDNDGNKVSIMSERHLLADDNSQNNGASVGRPNGSGASDSLHKSNKPPERRRGKAEKTISLDVLQQYFSGSLKNAAKSLGVCPTTMKRICRQHGISRWPSRKINKVNRSLSKLKQVIESVQGSDAAFNLTSITGPLPIPVGPSSDSQNLEKASPNKVAELSNLAVEGDRDSSLQKPIENDNLAILMSQQGFIDANNNLQLEADKASHSRSSSGEGSINSRTSEASCQGSPANQTFVCKPIASTFAEPQLIPEAFTKEPFQEPALPLSRMLIEDSGSSKDLKNLFTSAVDQPFLARSSNLALMQNSGTVTIKASFKEDIVRFRFPCSGSVTALKDEVAKRLRMDVGMFDIKYLDDDHEWVKLACNADLEECMEISGSHVIRLLVSDVAAHLGSSCGSSG
Function		Protein NLP3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q5NB82]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsPr106_01g0009370	OsPr106_01g0009370.01	Chr01	7666208	7671490	+	NAM
CDS seq	atgggcgcccccgctgcccccgccaccgctccgcccgccgaggccgccgccgtggtcgaggaagtccatcggacccgctccgggaattctgacacgactagtaagagggttgatcagattaatagcaaatggcagtttcacctatctattgatgataacacggacagctcatgcttgtttaaggagaggcttacacaggctcttagatacttcaaggagtccacagatcagcatctgctggttcaagtttgggcaccggttaagagtggagaccggtatgtgcttactacttcaggacagccctttgtacttgaccagcagagtattgggcttcttcagtacagggctgtatccatgatgtacatgttctcggtggatggagaaaatgctggagagctggggctacctgggcgtgtgtacaaacaaaaggttcctgagtggacaccgaatgtgcagtattatagcagtactgagtacccacgccttaaccatgcaatcagttacaatgttcatggtactgtagccttgcctgtttttgatccttctgttcaaaattgtattgcggttgttgaacttataatgacatcaaagaagatcaactatgctggtgaggttgataaagtctgcaaagctcttgaggcagtaaatctcaaaagcactgagatattggaccatccgaatgtccagatatgcaatgaaggccgccaatctgctttggtggagatactggagatcttgacggtcgtatgtgaagagcacaagcttcctttggctcaaacctgggttccttgcaagtatcgaagtgtactggcacatggcggtggtgttaagaagagttgtttgagctttgatggaagttgcatgggggatgtttgcatgtcaaccagtgatgtggcatttcatgttatcgatgctcatatgtggggatttagagatgcatgtgtagaacatcacctacagaagggacaaggagtttctgggaaggcttttatctatcgtcgaccttgcttttctaaagatatcagtcaattctgcaagttggagtatccccttgtacactatgctcgaatgtttggtctagctggctgctttgcaatatgtttgcaaagtatgtatactggagatgatgattatatattagagttcttcctgccaccaaattgcaggaacgaagatgatcaaaatgccttgttggagtccatattagctcgaatgaagaagtgccttcgtaccctaaaggtagttggcaacggagacaccaatgaagtttgtctgcaaataagtaatgtgctaataattgagactgaagatttgaagacacatgtgcactttgagaattctgaaggttgctttcgtgaatcgcctgaaagtaatggaagccaaagagcccatgaggttgataatgatggcaacaaagtttcaatcatgtcagagagacatttgctagctgatgacaactctcaaaacaatggggcatctgttggcaggccaaatggtagtggtgcttctgattcgcttcacaaaagtaataaaccccctgaaaggagacgaggaaaagctgaaaaaacaatcagcttagacgttcttcagcaatatttctcaggaagcctaaaaaatgcagcaaaaagccttggtgtatgtcccacaaccatgaaacgcatctgcaggcaacatgggatttctcgttggccatctcgaaaaattaacaaggtcaaccggtctctctcaaaactaaagcaggtaattgagtctgttcaaggctcagatgcggcatttaatctcacgtctatcacaggtcctctccctattcctgttggaccttcatcagattctcagaatctagagaaagcaagtccaaataaagttgcagaactttcaaatctggctgttgagggggacagagattcatccttgcaaaagccaatagaaaatgacaacttagctatattgatgtcacagcaagggtttatagatgcaaacaataacttgcaacttgaagcagacaaagcttctcactcgagaagctcatctggagaaggcagtataaactcacgtacctcagaggcctcatgccagggaagtcctgcaaaccagacatttgtttgcaagccaattgcatcgacgttcgctgaaccacaattaattccagaggcgtttactaaagagccctttcaagaaccagcactaccgctttccaggatgctcattgaggattctggaagttccaaagatttgaagaatctcttcacttcagcagttgatcaaccatttttagcacgttcaagcaatttggcgctgatgcaaaattcagggacggtgaccataaaggctagctttaaggaagacattgtcaggttccgcttcccatgttccggtagcgttactgcattgaaagatgaagtagccaaaaggctaaggatggatgttggcatgtttgatatcaagtatctcgacgatgatcatgagtgggtgaagttagcatgcaacgcggacttggaagaatgcatggagatctctggtagccatgtcatcaggctgttggttagcgatgttgcggcacaccttggtagttcctgtggaagctcaggttga More
Protein seq	MGAPAAPATAPPAEAAAVVEEVHRTRSGNSDTTSKRVDQINSKWQFHLSIDDNTDSSCLFKERLTQALRYFKESTDQHLLVQVWAPVKSGDRYVLTTSGQPFVLDQQSIGLLQYRAVSMMYMFSVDGENAGELGLPGRVYKQKVPEWTPNVQYYSSTEYPRLNHAISYNVHGTVALPVFDPSVQNCIAVVELIMTSKKINYAGEVDKVCKALEAVNLKSTEILDHPNVQICNEGRQSALVEILEILTVVCEEHKLPLAQTWVPCKYRSVLAHGGGVKKSCLSFDGSCMGDVCMSTSDVAFHVIDAHMWGFRDACVEHHLQKGQGVSGKAFIYRRPCFSKDISQFCKLEYPLVHYARMFGLAGCFAICLQSMYTGDDDYILEFFLPPNCRNEDDQNALLESILARMKKCLRTLKVVGNGDTNEVCLQISNVLIIETEDLKTHVHFENSEGCFRESPESNGSQRAHEVDNDGNKVSIMSERHLLADDNSQNNGASVGRPNGSGASDSLHKSNKPPERRRGKAEKTISLDVLQQYFSGSLKNAAKSLGVCPTTMKRICRQHGISRWPSRKINKVNRSLSKLKQVIESVQGSDAAFNLTSITGPLPIPVGPSSDSQNLEKASPNKVAELSNLAVEGDRDSSLQKPIENDNLAILMSQQGFIDANNNLQLEADKASHSRSSSGEGSINSRTSEASCQGSPANQTFVCKPIASTFAEPQLIPEAFTKEPFQEPALPLSRMLIEDSGSSKDLKNLFTSAVDQPFLARSSNLALMQNSGTVTIKASFKEDIVRFRFPCSGSVTALKDEVAKRLRMDVGMFDIKYLDDDHEWVKLACNADLEECMEISGSHVIRLLVSDVAAHLGSSCGSSG More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	40.279549	44.853237	17.308237

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_01g0236700	RBH	12.563909	9.738335	10.583531
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os01g13540	RBH	4.566227	3.977622	1.331220
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os01g0236700	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_01g0009810	RBH	3.987525	27.196323	5.905515
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_01g0009450	RBH	2.872878	9.332595	2.392307
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_01g0009790	RBH	5.564020	23.008135	9.923021
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_01g0009340	RBH	1.016436	0.948431	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	NA	NA	NA	NA	NA
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_01G0123700	RBH	26.2087155	25.8580425	10.1569175
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_01g0009380	RBH	1.818937	2.115136	1.480305
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_01G0123200	RBH	39.6031065	12.5630545	14.8496395
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_01g0007930	RBH	2.347562	0.552984	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_01g0009400	RBH	5.451746	40.217758	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_01g0009370	RBH	39.664204	49.926922	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_01g0009490	RBH	6.590407	2.833010	2.206016
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_01g0009300	RBH	2.136061	11.401522	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_01G009440	RBH	4.152809	7.210025	4.808507
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_01g0009330	RBH	9.847730	38.418716	10.396140

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