Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsNip_08g0129700		OGI:08004270 \| 16/16			Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr08:1666969-1672005		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		CCAAGAGACCACATACCCCCAACGACCCTCCTCCCCTCCCCCCTCCTCTCCCCCTCGCCGAGATATATTTTCCCCTCGGCGGCGACTCCTCCTCCACCTCGTGAGCTCGCCTTCGGCCGCCGCCTCTGCGCCTCGCAGATCCCCACCCGCGACCGAGCGAGCTGGTGCCGCATCGGTATCGCATCCCGGTGAGCAGCGTCCACCTGACACGATTTTCCTCCAGTTTTGCTCGCGTTAATTTCTCTTCTAGACCTTGGATGGGAGCCCTTTTTCTCTTAATTTGTGACAGCCTTGTTCCACCCCCAAAAGGCGCTTGGCATGTTAGATCCGTCGTCCCTGGCTGACTATATGATTCTTTCTGTGATTCTTGATTGGAACTGTGATTAGTGTAAAATATGCCATTCTTGGCTTGTTTGAATTGCCTGTTCTTTGCATTGAATGATGATTCTAATCATTGTGATTGATTGATGCATGATGGTTCATTGATTCTGCTGCAGTTCATCTTCTGGCTGGACGAATTCAATTCACGGACGGTGGTGGTGGTGGTGTTGACTAGGGATTTATTTTTTTACCATTGGCGGCTCGGCTGCATCCCCAAGTGAAGAAGAGAATTCGTACATGATTCCGCTAAACAGGAGGGCGAGTCAGACTAGGGGTGGTAGATCTCGATGCCCTTTCTTTCTCTTTGGTTATTTACTGTTGCTTTAGATATATGTATATGCGTCTAAATAATGTTGTTGCCTTTTTGATCCCCTTTGGCCCTTGAGCATGTGTACCAACCAATAGTGGCATTTTTTTTAATGTTTAGTTTGTCCATCTAATCTATGTGCCCCATGAAGGAAACTGTTTTTTTTTTAAGAATTGCTCCACCTGAAAAAGCTGTCCTTTTTTCTTTGCCATGGGATTCACTTGGTGTACAAGCACATGAACACCTTTCAGAGGTCATTTCACATGCATATGTATGGGCTAGATATTTCATATGGCAAGCAGTAGTGTGTCTTTTGATGGTATGCACTATTGCCAGCAGTGAAGAATTTCTTAGCAAAAATTCCTTTTCAGTAGATGATCCCAGCCCATTTCTTCTGCCTTAAGTAATGCTTGTTATGTGCACATTAAGATTTCAGTCACTACACAGATAGGCAAGTTGAACTAAAGCTATTAGGTGCAATATTTCAACTGAAGTCAACTAAGACATGCAACCATATCGATCTTGTTTTTGGTAGATAAATCTTTAAGCAAGCAGTTGCCACTTTGCTGATATCGCATTTCAAGTCAAAGCCAGAGTTTGCTTGCTGTGTAGTTTCATTATCAATGAGGACTGGTTCATTTGTTTGTGCGGAACAGGGGATCCATATATCTGACATTAATTAGGTTGCTCTTTTGTTTGACCATGGGTATGCTTTAATTTATTCAACTGTTGTAATGGTTAAATGTTTGGTCATTCCCTTTATGTTGTAAGTTCATCATGTTGATAGGGATGGAGTACTTCGATGCTAGGCGGAAGCCTCATAATGTTGGGAAAGTTATTGCAGCTCTGGTCCTCACAACACTATGTATATTTATTTTGAAGCAATCTCCTGGTTTTGGTGGCAGTAGTGTGGTAAGATGTCTATATTTCTTTTTTTCTCTTCTTCTTCTTTCATCCTTATTCCTTTAAATCTGCTTTTAAGATCAGCCTTTCCTCACGTTTTCATGTTTTGATTTGTAAGTCACTTTCTGCTACCTATAGGTTTAACTTTTGGACTTTTCTCAACTTACTTTCTCTTATGTTTTTCTTGTTACACAAAAAGCAATTTTAATTTTGAGTATCACCTGTATTATAGAATATGTCCTTGTATAACTAGCATAAAACAAAATGATGACTGCTATTGTAGTTGTTTCAATACACATATCTTCATTTCTGCTCTCAGTGCTAACAAGCAGGTGAGGAAAGTGACATCTCTCCATCCAATTGCCTTTGTTATTGCAATGTCTATTACATTAGTTCATGTTCCAACTTGATATTTCAATACACATATCTTCATTAGTTGTTTGCCACTTCTCGTTGCGGCAAGTTGATGCCTAAATGGCATCCTAACAAACTGTAGCTTTCAGCCACGAGACCTTCTGACAGCTAATCAATCTGCATAATAATTTTGACATGTTCCTGTTCAAGAAAACTACGATATGATTTGCAGATGTAAATATATCACATCTCTAAAACTACAGGCTAACTATCCAGTTCTTTAGAATAAAATGTTAAGAGACTGTTGCAGAGTGAAGGTCAAACATAGCACATTACTTTTGTTGTCTAGAAACATGTATAAGCTGCGATGCAGACCTAGTATGTGTATGGCTAAACTTGGATATGTTCCATCTGTTTTGACTTCTGTTGCTTAATCTTTCAACTCTTCATGCAAATCCGCCTGTTATGTTTCTTATGCTGCAATTATTATTATGCCATTCTTATATTTCCCCTATTTTTAATTCAACTGTATAACTGATTGTGGGGTTATGTATCTTGCAGTTTTCTCGCCATGAACCTGGTGTTACTCATGTCTTAGTAACAGGAGGAGCTGGCTATATTGGGTCACATGCTTCATTACGCCTGTTAAAGGACAATTATCGAGTTACCATTGTGGTAATTAAGTTTTCCTTTGTACTGAATTTCTGAACTGGTTTGTTCTTCAAATGCCACCCTTGATGGTTAATTGTGATTTTTAGGACAATCTTTCTAGAGGAAACATGGGAGCAGTAAAGGTTCTCCAAGAGTTGTTCCCCCAGCCAGGAAGACTTCAGTTTATCTATGCTGATCTTGGAGATCAAAAAACTGTATCCTCATTTTGTACTTCTAAATTACCTCCTCGTAATTTTTAAAATGTTCAAATGCCAGTTTTTCACTTAACTGGCTCCCAGGTCAACAAGATCTTTGCCGAAAATGCGTTTGATGCTGTTATGCACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGGTAAGTCATTACCTTATTGACAGTTTGTCAGTTCCATGAGCTTGGGGGACCTCTTATTCTACTAACCCCTACAGACGTTACCATTGTACACACCCTTGTCTAATGGCCTAATTGTAGTGCTAGGGGAAAAGGTCCTTATGATAAAAAACAGTTTTCACTATTAATCCATGGTACTTGGTATGCTACAATGTTAACTCCATAATCAAGTGCTTTCTGATTTTTAGTTCTCAGATATTTATATTATCTGCTATCACAGATATGATGAACTGTATAATATATCTGAAACATGTCTAGTATATCTCTGATAATCTTAAGTATTTAACAGGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGCGTCTCATGGAGTCAAGACCCTTATTTACTCTAGTACATGTGCCACCTATGGAGAACCAGAGAAGATGCCTATTGTAGAAACCACACGTCAGGTAATTAATTTATGATGGCCTCAAAACTGCAGTGTTTGGATTGTGCTGTGCTATTTCATCTTGTTGCTGGAAAGGCAAACTCAAGGCTGATGTGTAAATATTATGTACCTAATTGGTTAATAATTTACTCTGTTACAGTTACCAATTAATCCCTATGGAAAAGCTAAGAAAATGGCGGAGGACATCATACTAGATTTCACGAAGGGGAGAAAGGACATGGCTGTGATGATTTTAAGGTATGTTGTTTTTCCATGGATATAGGCTTGCAATTTCTGAACACAAAATTGGTATGTACTAACATGTCACCTTTTGCATTAGATATTTCAATGTTATTGGATCAGACCCAGAGGGAAGACTAGGTGAAGCTCCTAGACCTGAACTACGAGAGCATGGAAGGATATCCGGGGCATGCTTTGATGCTGCGTTAGGAATCATTCCAGGGCTGAAGGTATTTTCTCTTATACTTTGACTGTACAGTACCCCTGGTGTAAAGCATAATTTAGTGTATTACTACCATATATCAGCTTTGGATGTTGATAATAGCAATATGATATACCCATCTAGAAGATACTTGTTTTTTGAAGTATTATACCTGTATCCAGAGACTGAAACTACAGAAGATAATTTAGATTTGAAGCTGATACTTCATGAATCAATTGCAGGTTAAAGGAACAGATTATCCTACAACTGATGGAACCTGCATAAGAGACTACATTGATGTCACAGATCTTGTTGATGCTCATGTGAAAGCACTCAACAAGGCAGAGCCAAGTAAAGTTGGCATTTACAATGTTGGCACTGGAAGAGGTTTGACAATATGAGCTTTCTTTATTTACTTTGATTAAATGCAGTTCGCTCATGCTAGGACAGAATCAGATTTTAATTAAATGCTGCATTTGTTGGTTATTTTACATCAAATTTTTACGCTGGAATACACACAGATGGTTATTCTGGTAGAATAATTTTTTATTGTATGCTTATGAAAAATTGACTTCTCTTGTCAAATTATCTCCATTCTGCATTTTTACTCATGCATTTCTTGTGCTGTCAATAGTATATTCTAATATATGTATGATTGCTTTCAGGTCGTTCAGTCAAGGAGTTTGTGGATGCCTGCAAAAAGGCAACTGGAGTCAACATTAAAATTGAGTACCTCAGCAGGAGGCCAGGGGACTATGCTGAAGTATACAGTGACCCAACAAAGATCAACACGGAGCTCAACTGGACTGCTCAATATACCGACCTCAAGGAGAGCCTGTCAGTCGCTTGGAGATGGCAAAAGTCACATCCACGCGGATATGGGTCAAACTAAATATAGCTTGCTGATCAATAATTCTGCTGAATCGTCGATATATTGATTTTTTTAGTTAGTGGTATAGGATCTTGGTGCGATACCGCTTCCACAGTCACTCATTTGTTATTTTTTTCTCTTTTTATTTTCAAAGGTTTGTTGTTATTTTCTAGCAAAACCATAAGCAGTGATCTTGATATGCTGGAAATCCTGGAAGCCTTCCTGTAAGGGCAAATTTCATTGTTTTTTGACACAAATTGCTGATAAAAAGAAGTGTACATTGTCTCTTACC More
CDS seq		ATGATTCCGCTAAACAGGAGGGCGAGTCAGACTAGGGGTGGGATGGAGTACTTCGATGCTAGGCGGAAGCCTCATAATGTTGGGAAAGTTATTGCAGCTCTGGTCCTCACAACACTATGTATATTTATTTTGAAGCAATCTCCTGGTTTTGGTGGCAGTAGTGTGTTTTCTCGCCATGAACCTGGTGTTACTCATGTCTTAGTAACAGGAGGAGCTGGCTATATTGGGTCACATGCTTCATTACGCCTGTTAAAGGACAATTATCGAGTTACCATTGTGGACAATCTTTCTAGAGGAAACATGGGAGCAGTAAAGGTTCTCCAAGAGTTGTTCCCCCAGCCAGGAAGACTTCAGTTTATCTATGCTGATCTTGGAGATCAAAAAACTGTCAACAAGATCTTTGCCGAAAATGCGTTTGATGCTGTTATGCACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGCGTCTCATGGAGTCAAGACCCTTATTTACTCTAGTACATGTGCCACCTATGGAGAACCAGAGAAGATGCCTATTGTAGAAACCACACGTCAGTTACCAATTAATCCCTATGGAAAAGCTAAGAAAATGGCGGAGGACATCATACTAGATTTCACGAAGGGGAGAAAGGACATGGCTGTGATGATTTTAAGATATTTCAATGTTATTGGATCAGACCCAGAGGGAAGACTAGGTGAAGCTCCTAGACCTGAACTACGAGAGCATGGAAGGATATCCGGGGCATGCTTTGATGCTGCGTTAGGAATCATTCCAGGGCTGAAGGTTAAAGGAACAGATTATCCTACAACTGATGGAACCTGCATAAGAGACTACATTGATGTCACAGATCTTGTTGATGCTCATGTGAAAGCACTCAACAAGGCAGAGCCAAGTAAAGTTGGCATTTACAATGTTGGCACTGGAAGAGGTCGTTCAGTCAAGGAGTTTGTGGATGCCTGCAAAAAGGCAACTGGAGTCAACATTAAAATTGAGTACCTCAGCAGGAGGCCAGGGGACTATGCTGAAGTATACAGTGACCCAACAAAGATCAACACGGAGCTCAACTGGACTGCTCAATATACCGACCTCAAGGAGAGCCTGTCAGTCGCTTGGAGATGGCAAAAGTCACATCCACGCGGATATGGGTCAAACTAA More
Protein seq		MIPLNRRASQTRGGMEYFDARRKPHNVGKVIAALVLTTLCIFILKQSPGFGGSSVFSRHEPGVTHVLVTGGAGYIGSHASLRLLKDNYRVTIVDNLSRGNMGAVKVLQELFPQPGRLQFIYADLGDQKTVNKIFAENAFDAVMHFAAVAYVGESTLEPLRYYHNITSNTLLILEAMASHGVKTLIYSSTCATYGEPEKMPIVETTRQLPINPYGKAKKMAEDIILDFTKGRKDMAVMILRYFNVIGSDPEGRLGEAPRPELREHGRISGACFDAALGIIPGLKVKGTDYPTTDGTCIRDYIDVTDLVDAHVKALNKAEPSKVGIYNVGTGRGRSVKEFVDACKKATGVNIKIEYLSRRPGDYAEVYSDPTKINTELNWTAQYTDLKESLSVAWRWQKSHPRGYGSN
Function		Probable UDP-arabinose 4-epimerase 3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q8H0B2]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsNip_08g0129700	OsNip_08t0129700-01	Chr08	1666969	1671976	+	RAP2018-11-26
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Protein seq	MIPLNRRASQTRGGMEYFDARRKPHNVGKVIAALVLTTLCIFILKQSPGFGGSSVFSRHEPGVTHVLVTGGAGYIGSHASLRLLKDNYRVTIVDNLSRGNMGAVKVLQELFPQPGRLQFIYADLGDQKTVNKIFAENAFDAVMHFAAVAYVGESTLEPLRYYHNITSNTLLILEAMASHGVKTLIYSSTCATYGEPEKMPIVETTRQLPINPYGKAKKMAEDIILDFTKGRKDMAVMILRYFNVIGSDPEGRLGEAPRPELREHGRISGACFDAALGIIPGLKVKGTDYPTTDGTCIRDYIDVTDLVDAHVKALNKAEPSKVGIYNVGTGRGRSVKEFVDACKKATGVNIKIEYLSRRPGDYAEVYSDPTKINTELNWTAQYTDLKESLSVAWRWQKSHPRGYGSN More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsNip_08g0129700	OsNip_08t0129700-02	Chr08	1667028	1672005	+	RAP2018-11-26
CDS seq	ATGATTCCGCTAAACAGGAGGGCGAGTCAGACTAGGGGTGGGATGGAGTACTTCGATGCTAGGCGGAAGCCTCATAATGTTGGGAAAGTTATTGCAGCTCTGGTCCTCACAACACTATGTATATTTATTTTGAAGCAATCTCCTGGTTTTGGTGGCAGTAGTGTGTTTTCTCGCCATGAACCTGGTGTTACTCATGTCTTAGTAACAGGAGGAGCTGGCTATATTGGGTCACATGCTTCATTACGCCTGTTAAAGGACAATTATCGAGTTACCATTGTGGACAATCTTTCTAGAGGAAACATGGGAGCAGTAAAGGTTCTCCAAGAGTTGTTCCCCCAGCCAGGAAGACTTCAGTTTATCTATGCTGATCTTGGAGATCAAAAAACTGTCAACAAGATCTTTGCCGAAAATGCGTTTGATGCTGTTATGCACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGCGTCTCATGGAGTCAAGACCCTTATTTACTCTAGTACATGTGCCACCTATGGAGAACCAGAGAAGATGCCTATTGTAGAAACCACACGTCAGTTACCAATTAATCCCTATGGAAAAGCTAAGAAAATGGCGGAGGACATCATACTAGATTTCACGAAGGGGAGAAAGGACATGGCTGTGATGATTTTAAGATATTTCAATGTTATTGGATCAGACCCAGAGGGAAGACTAGGTGAAGCTCCTAGACCTGAACTACGAGAGCATGGAAGGATATCCGGGGCATGCTTTGATGCTGCGTTAGGAATCATTCCAGGGCTGAAGGTTAAAGGAACAGATTATCCTACAACTGATGGAACCTGCATAAGAGACTACATTGATGTCACAGATCTTGTTGATGCTCATGTGAAAGCACTCAACAAGGCAGAGCCAAGTAAAGTTGGCATTTACAATGTTGGCACTGGAAGAGGTCGTTCAGTCAAGGAGTTTGTGGATGCCTGCAAAAAGGCAACTGGAGTCAACATTAAAATTGAGTACCTCAGCAGGAGGCCAGGGGACTATGCTGAAGTATACAGTGACCCAACAAAGATCAACACGGAGCTCAACTGGACTGCTCAATATACCGACCTCAAGGAGAGCCTGTCAGTCGCTTGGAGATGGCAAAAGTCACATCCACGCGGATATGGGTCAAACTAA More
Protein seq	MIPLNRRASQTRGGMEYFDARRKPHNVGKVIAALVLTTLCIFILKQSPGFGGSSVFSRHEPGVTHVLVTGGAGYIGSHASLRLLKDNYRVTIVDNLSRGNMGAVKVLQELFPQPGRLQFIYADLGDQKTVNKIFAENAFDAVMHFAAVAYVGESTLEPLRYYHNITSNTLLILEAMASHGVKTLIYSSTCATYGEPEKMPIVETTRQLPINPYGKAKKMAEDIILDFTKGRKDMAVMILRYFNVIGSDPEGRLGEAPRPELREHGRISGACFDAALGIIPGLKVKGTDYPTTDGTCIRDYIDVTDLVDAHVKALNKAEPSKVGIYNVGTGRGRSVKEFVDACKKATGVNIKIEYLSRRPGDYAEVYSDPTKINTELNWTAQYTDLKESLSVAWRWQKSHPRGYGSN More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	3.279511	3.874599	7.149264

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_04g0618200	RBH	3.334786	2.647196	14.101160
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os08g03570	RBH	2.092701	2.430430	1.797959
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os08g0129700	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_08g0002020	RBH	1.747821	39.639297	15.973461
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_08g0002070	RBH	1.438626	6.563374	5.939479
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_08g0002070	RBH	4.515440	36.260334	21.913574
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_08g0002040	RBH	0.507199	0.840902	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_08g0001880	RBH	6.979733	27.583469	48.388557
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_08G0025000	RBH	14.382391	23.883765	19.635208
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_08g0001760	RBH	0.264130	3.150390	2.907138
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_08G0026700	RBH	19.4410445	20.9570605	19.5874415
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_08g0001960	RBH	0.434001	0.816304	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_08g0001950	RBH	1.195725	18.858580	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_08g0001850	RBH	12.072575	59.756340	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_08g0001940	RBH	2.321756	3.520578	3.979287
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_08g0001870	RBH	1.062614	17.208136	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_08G001980	RBH	0.899990	15.326876	5.719909
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_08g0001840	RBH	1.143636	65.482513	18.841433

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