Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsNip_05g0311600 OGI:05036810 | 1/16 Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) Chr05:14251996-14260914
Gene Symbol -
DNA seq

AAGGTCATCCGCCCCGTCGGCCGCAGCGGCGGACCGACAGCAGATGGCAGCGTTAGTGGAGCAGGAGGCGAGGATAGGACCTTCTCGTCGTCCGACATGGCCGGCGACGGTGCACTCGACCATTGCCGGTAGCAGTGTCGAAGCTATAGGGGGTGCCGAACTGGGCCTGGCACCCCCCAATGGCCCATGAACGATTCCCCACCCCCGACAAAGCCCATCTGGCCATCTGCGCAGCTGCCCAGCCCATTAGCACTTGGAGTCTCGATATACGGGAGAGAGTCAAGCGATACCTCGGCTTCGTCGTGAAGTCCCATCGCTTGCGAGATGGCTAACGGGCGATCGCTAGGGGCCGGCCTTCAGTTTCTCAAGCACGCAGCACCGACGCATCGTTTCCGGTCTCCCTCGTCCCGTCCGGCGCTAATCGGCGATCAGCCGATTGCAGTCTCGTGGCGACGCGGCCAGCCGCCGATAGAGTGGCTGCTCGAGGCACCAAGCAGGAGCTAGGAGCAAGCAATCCAACAGAGGTGGTCTGCAGAACATGCGCACATCTTCTGAGCTCACGGACCAGGTTCCACCTATCTGTTGGCTGCTGCTTTTTGGTAAGTTATCCCCAAATCGAACACTGTAAATACCCTGTAAATCCACTCTATATTCTCTAGTTTTACTAACCTTGATCCGGTAAAGCAGAATCAATAATCAATTTTGTGATTTTCCTTTATTTATATTTTCAGCTACATCAAAATTGCTAGGTGTTTAGCTAAGATGAAGAGGAAGATAACAACGATTGATTGCTTTTACAAGCCAGTGGCTCCAAGGGCAGGCTCTGTTGAAAAATCCTAACCCAACTAATGTGGAAGCTGTTGATCCGGTTAATCTGCAATCTCCTAATCAGAACAGTGCTGAACCTTTAGAGCTGAACAAGGAATTGTAACTACGGCATTTGAAAGGGACCCAGGTAAACATGTTCAAATCTCCGCACTCCCTATTAGTGATATGCCTTAGAGGTAATCATTGAGAAGATTGTATCACATAATATGTTTACATATTTATCCAATATTATTTCTTGAAATAGATAACTCATTATTGGTTAATGAATATGTGATTCTTTCATGAGACTCTTTATGTTGATTGTTACTATTTCTAAAGAATCCCTGATCAAATATCGTATGTGGAACAAATATGTTTAAATGATCAGCACATGTATTAATTGATGATCATGTCTCATGGATCATGATATAGAGATACCAAATTAATAATGTAGACACATGTTGGGGAACATGTTGTTGGATAGACCCAACATGAGACACTGCAAGGGCTATATGTGTTGTGTCATCAGTGATCTCATTTAGTGTTGGTGTTTAATTATTAGACCTGTGATTATCATGGTTCTCAACATGTGTAGTAGCTTACTTAGGGATTGCTAAACGCTACTCCGTAATTGGGTAGTTATAAAAGTATTTTTCGGGTATGCTACGAAACATGTAGTGGGATATGAATAATCAAGATGGGATTTGCCCCTCCTATGGAGAGATATCTCTGGGCTCCTCGATGCTATAGATTATGGAAGCGTATGGCCATGCCAAAGGTGATTGAGGAGTCAATCACAAGTTATATAATCTATCACAGGTTCAAGTGAATTATTGAGTTATTAGAGGATGACACATATCTAGCCTTGAGCTTAACCGATATCGTGAGGCAAAGGGGTTCATACAAGTATACACTAGAGGTTTAGCCGATATGATCTTTATGTATGCCTGGTGGGTCAATACGTTCTGCTAGGGGCCGCTGTTGACACGTGGATCGAAAAGGAGTTTTCGGGTTACAGCCGAGTGTACATGAACCTACAGGGTCGCACGCTTAATGGGCCGGAATAAGGGGATTGGATGGAGATCCAAAATGAGCTTAATTCGGTTAGGGATCCGAATAGGAGTCCTACGGGTCTTGGAGACCTGAGTCATGGATCCTATATATTCGTGAGGGGTGTGACCGGCGAAGGTATTGCATCACGTGAGAAACCCTAGCCGCCACTCCCCTCCCCGAGCAAAACCCTAGCCGCGCGCGGGTGCTAGCACATCTGCGCGTGGCGTTCCATCCCTGTACATGTGGATACCGGTAGAGGGGCCGCTGGTTTGCGGTGCTGATCGGCGTAGGAGTACGGCGAGGAGAACGCACGAGGAGGAGAAGGTCGAGCCAGTGAGATCGACTATTTCCTCTACATCGACGTACGCTACATCGCGAGGTTCCTTCGCCTTCTTAGCGCTTTCTTTCGCTGCGCAGCGCGTCGAGTGGTAACGATCTATCTAATACTTGCATGGTTCCTAGTTTACGTGGTAGAAAATTTTGATTTATGCTATCGTAGCTTATGCGTATCCCAACACTCCCTGCTGACCAACGAGATGATGGTAGGAGATTTTATATATCTGAGGGGCCATACCAATTTATCTTGGAAGAGTACCCACTGAATGGTGCATTCCATGCTCGTCGATTCCAAAGTAATTGGTTTAAACAATTTAGTTGGCTAGAGTATTCACCACACACAGACCGTGCTTATTGCCTGCCATGTTTTCTCTTTTCAAAGAACCAGTTGGCAAGTTCGGCTTAGTTACTTTCACAGTGAAGGAGTTTCAAAATGGAAGAAAGTTAATGATGGAAAAGAATGTGCTTTTGTGAAACACATGGGGAATGCCACTTCTGCTCATAACTTTTGAGTTGGTTGTTACAATAATATAAAAAACTTTATGGCTCACATTGACGAGGTGATGGTTAAGCAGAATGATATATTGGTGGAAGGAGCAAGACTAAGGCTTACGACTACCATTGAATCCATTAGATAATTATATGAGTTGTTCTTTTTTTTTTTTGCACATTATTTACATCTAAACTCTACAGGCTATACTATTATAATATCTAATAGCCTTGTGTTTGTGTGCTGATTATGTCCTTGTAGGTGGTTAACATTTCAAGGGTGTCCATTTAGAGGCCATAATGAATCTCTAAATTCGTTAAATCGAGATAATTTTCTCGAAATGGTTAAGCTTTTGGCTTCATATAGCAAAGATGTGCGAGAAGTTGTGCTAGAAAATTCTCCAAGAAATGAAAAGTATACATCATCCGATGTCCAAAAAGAAATCCTAAGCATAATTGCTCAAAAAGTGCAAAAATCAGTTAGAGAAGAAATTGGTAATAGCAAGTATTGCATAATGGTTGATGAAGCTCGAGATAAATCTAAAAAAGAGCAGATGGCAATAGTTCTTCGGTTTGTCAACAAAGGACTTATAAGGACACTTCTTCACTGACTCTTAAGAACTCAATTTGTGCTGTCTTGTCTGACATTAACTTTTTACAAGACATAAGAGGGCAAGGTTATGACGGGGCAAGTAACATGAGAGGGGAGTAGAATGGGTTGAAGGCACTAATTCTCAATGAGTAAATGCATATAGAACACATAATAAAAAATGTGTACCCTGTGCTGTAACGCCCCGATTTTCGTTCGGGAATAAAAATCAATTAATAATACATTTTCTAGAAATTAAATAAAAGATAAATCAATTTAATCAAGTAAAATAATGGGAGAATTTGAAATTTTCCCTTAAAAATCAATGGCCGGGAATATTTTGTAATATTCTTTGTGCCCTAATGTACTCTCCGGAATTTTCCGTGAATTTTCGGAGCTCGAGAAATAGTTTTAAAGTCACGAAGATCATTTAACCAATTAAAATAAAAAGAAAACAAATAAAATCCTCCCTCCTCTCTTTGGGCCCCTTTCGGCCCAATTCCCCCCCCCCTCTCTCCCTCTCGGGCCGGCCTTCTCCCTTGGCCCGCTCGCAAAAGTCTGCTTTGCGTCCCTCCTTCTCTCCCTTCGCCGACAGGTGGGACCGGCGGTCCCACCCGTCAGCTCCTCCTCCTACCTCTCGCCGGCCGACCCCAACCGCCATTGCCGTCCACGTCGCCGCAAAATACGGCGCCCTCCCGCACCCGAGCTCGCATCCAACGACGTGGGCACGATCCCCTCCACCTCCTCCACCAAATCCCCCACTTTTCCCCAATTTTTGGCGCCAAATCGAGCCCTACTTCGCCCACGATGTCGCCCACGTCGCCGGCCGTTGTCGCTTCAAATCCGCCACGTCCGGCCTCGATCCCGCCTTCCCGAGCCCATAAAAAGCATCCCCGTGCTCCCCTCGTCCGTTTCCCCTTTTTTCCCGAGCCCGGCATACTCTCCCTCGCTCTCCCCACGCCGCACCCACGCGCTGCCACACTTCGGCAAACTCCGGTCGCCGTTTCCCGCCGCGTTAGTCGCCGCCGCGCCGCGCCGCTTGCACCGTCGGCTCCGCCGCTCTTTGCCGCACACCGGCCACCGCTCCGTTTCCACAAAACTCCGCCGAAACACCACATCCACCGTGCACCCGAGCCACAGCTGCCTCTCGTCACCTCCAGTCGCGCGCCACCACCGCTCCCGTCGCTGCCGCGCTGCGCTACCACCGCCATCGGCATCGCCGTTCCTCGCCGCACCCCGGCCCCTACTCCGTTTCCCCTCCCTGCCCCTGGAACGCCGCCGCCGCGTTCACCATCTCTCTCCGCCGCCACCGCCGAGTCTAGCCGCGTCGCGCCGCCTCTCCGGTCGACGCCGACTTGTGCCGCCACCTCCTCCGGCTTCGTCATCTCGAGGGCCCCGCCGGCCCTCGGCCGCGTCTCCGCCATGGTCGGGTGTCGCCGGAACGCCGTTCCCGCCGCCTCTCGTGCCAGTCGCCGCCATCCTTTCCGCCGCCAGCCGCCTCCCTGTGGTCGTCTCACCGTCGCCGTCCTCGGTGAGAATCCCCACCGTCCCTTCTCCTTTTTCCCTCCTCCGCCGCTCCCCGTGCCCGCTGCCGCGACGCGCCGCTGTCGCCGGCGGTCGTCTGGCCGCACGCCGCCGCGCGCTATCGCTCGACCAGGCCGGCCTTGTGCCGTGCTGTGCCCCTGGCCGCCGCTCCCCTCGGCCGCCCGATCGGCTCGGGCCGATC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CDS seq

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Protein seq

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Function -

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNip_05g0311600 OsNip_05t0311600-01 Chr05 14251996 14255507 + RAP2018-11-26
CDS seq

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Protein seq

KGPRWLTFQGCPFRGHNESLNSLNRDNFLEMVKLLASYSKDVREVVLENSPRNEKYTSSDVQKEILSIIAQKVQKSVREEIGNSKYCIMVDEARDKSKKEQMAIVLRFVNKGLIRTLLH

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNip_05g0311600 OsNip_05t0311600-02 Chr05 14251998 14260914 + RAP2018-11-26
CDS seq

ATTTGGTGTCCATGTCATGATTGCAAAAAAGACAGACAACTTTCGGCTCAACAGGTCCATGCACATCTTCTTACAAGGGGTTTTGTGGGCAACTTCCTTGGCGAGGAGGAGCAAGGTGAGGGAAGTGCCGGCAACTATCACGGGCATGATGCAAATGACGGCTGCGAGGAGGAGGAGGACCAAACGTGTGTCGATCATGGTGAACCTATTCTAGATCAGATGCTGCGCGATGGGGAGAGGTTTGGCACTGATAATAGGGAATATCGCAAGATCACAACCATGGTGAAGGACTCCAAAACTCTAGTTTACAATGGATGTAAGTAG

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Protein seq

IWCPCHDCKKDRQLSAQQVHAHLLTRGFVGNFLGEEEQGEGSAGNYHGHDANDGCEEEEDQTCVDHGEPILDQMLRDGERFGTDNREYRKITTMVKDSKTLVYNGCK

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.0 0.0 0.859823

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os05g24654 RBH 0.0 0.0 0.221335
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os05g0311600 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU NA NA NA NA NA
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0072700 RBH 0.0060555 0.3101755 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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