Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_04g0330900 | OGI:04049370 | 3/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:15380815-15398873 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Protein seq | MNFFRGMSAPVKEAIKLSDYERTLKKASSGKSKPVPQLGEQPNQEIEPLVTGKDMTIEEFIIDTGLTTDQLLGVEPIEKAELKYMYELGKSLVKPKLVQSLPTQMYRFHQLYVEMSATGREMIGARIRDLDFLQGDDILWINFKGIYEVYQLDALDVSIMSCWTLMEIQRARWRRVFDTGFIDPRRVNVAMLDQYPQETGNRGQSRPSPEGAALQDVHTVTVQHRIPLGAFILRPVGLHRQCI |
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| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_04g0330900 | OsNip_04t0330900-01 | Chr04 | 15380815 | 15398873 | - | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGAACTTCTTCAGGGGTATGTCTGCACCTGTCAAGGAGGCCATCAAGCTATCGGACTATGAGCGAACGCTGAAGAAAGCATCTTCTGGAAAGTCTAAACCAGTCCCTCAGCTTGGAGAGCAACCAAACCAGGAGATCGAGCCGTTGGTGACCGGGAAAGACATGACGATAGAAGAATTTATTATTGACACCGGTCTAACTACGGATCAATTGCTAGGAGTTGAACCAATAGAAAAGGCGGAATTGAAATACATGTACGAACTCGGTAAATCGCTTGTCAAGCCCAAGCTGGTGCAGTCCCTACCCACACAAATGTACAGGTTCCATCAGCTGTACGTGGAGATGAGCGCCACCGGTAGAGAGATGATCGGAGCGAGGATCAGGGACTTGGACTTCTTGCAAGGAGATGATATTCTCTGGATCAATTTCAAGGGAATCTACGAAGTATACCAGCTGGACGCCCTCGACGTCTCTATTATGAGTTGCTGGACTTTAATGGAGATTCAAAGGGCCCGATGGCGGAGGGTTTTCGATACTGGATTCATCGACCCTCGGAGAGTAAACGTTGCAATGCTCGACCAATATCCGCAGGAAACAGGAAACAGAGGACAATCTCGTCCATCTCCTGAAGGCGCAGCATTACAAGACGTTCATACTGTTACCGTACAACACAGAATTCCACTGGGTGCTTTTATTCTTCGACCTGTCGGCCTGCACCGTCAATGTATATGA
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| Protein seq | MNFFRGMSAPVKEAIKLSDYERTLKKASSGKSKPVPQLGEQPNQEIEPLVTGKDMTIEEFIIDTGLTTDQLLGVEPIEKAELKYMYELGKSLVKPKLVQSLPTQMYRFHQLYVEMSATGREMIGARIRDLDFLQGDDILWINFKGIYEVYQLDALDVSIMSCWTLMEIQRARWRRVFDTGFIDPRRVNVAMLDQYPQETGNRGQSRPSPEGAALQDVHTVTVQHRIPLGAFILRPVGLHRQCI
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|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_04g0330900 | OsNip_04t0330900-02 | Chr04 | 15388088 | 15398864 | - | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGGCTCCTTTGTTTCTATCAGCAATCCTTTCGGCCCTATTGGTAGCATCCTCTACTCGTGGTACCGTGGCCATTGGGTTATTCCAGGTGCGCCGCAAATTCTCTATCATGGGCGGTGGGTGTAAGGGGAGTGACATAGGTGCATTACAAACCCACGATAGGAACCGCCATCTTAGTCGCCTTGTGGCTGCGGACTTCTCACTTGGTGGCCTTGGTGGCATCAGCACATCCAGCACAGGGTATATGCTTCAATGTTCCTTTGGTTCTATCCATTTCTTCTTGGTAGGTTGGCTTATTACGATCTGA
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| Protein seq | MAPLFLSAILSALLVASSTRGTVAIGLFQVRRKFSIMGGGCKGSDIGALQTHDRNRHLSRLVAADFSLGGLGGISTSSTGYMLQCSFGSIHFFLVGWLITI |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_04g0330900 | OsNip_04t0330900-03 | Chr04 | 15388167 | 15388555 | - | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | AAAGTGGTGAAATGTGATGATATGTTCTGCACTTCGCCCGATAGGGATGTGCAGCCAGAATGCAACACAAGCTTACTTTGTCCATTCATCGCGACCTATGCTGATGGTGGATCAACAATAGGCGCCTTTGTCACTGATCTTGTGCACTATAATCAACTCTCTGGGAATGGGCTGACTCAATCAACTAACACCAGCCTCACATTCGGGTGA
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| Protein seq | KVVKCDDMFCTSPDRDVQPECNTSLLCPFIATYADGGSTIGAFVTDLVHYNQLSGNGLTQSTNTSLTFG |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A5 | Chr04 | 15390135 | 15397146 | - | OsNip_04t0330900-02 | OsNip_04t0330900-01,OsNip_04t0330900-02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 5.625983 | 5.417450 | 2.791560 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g26070 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0330900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0239300 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0243200 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
