Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_02g0232500 | OGI:02022000 | 15/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:7501363-7513592 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGG9] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_02g0232500 | OsNip_02t0232500-02 | Chr02 | 7501415 | 7512040 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGGTGGGAGGCAGCCGTCTGTTCCTCCTCCTCCTCCTACCTTTGCTGCTGCTGCTGCTGGGCGCCGGCTGCAGAGATGGCCGCCGGTGCGCCGCCGCGGCCGCGCAGACTCAGAGGCTGCCGCAGCAAGAAGTTGAAGCACTTAAGGGAATAGCACGCAAGCTTAACAAGATGGATTGGGACTTCAGTGTGGATCCATGCACTGGGTCTAAAACTTGGGTTAATGCCAGTGATTCCAATAGTTACCCAAAATCTAGTTATCCTAATTTTCCAGTCAGCAATCTGACATGTGATTGTTCATTCAAGAACAACACAGAGTGTCATGTTATCAGCTTGGAACTTATGCGTCAGAATCTTAGTGGAGTTCTACCTGAAGAAGTTGTCAACCTCACTTATTTGACAAATCTTGACTTATCACGCAATTTCATCCAAGGACCAATTCCAGCATCATGGGCTAGCCTACCTGTTTTTAATCTGTCTCTCCAGGGAAATCGCATATCTGGAACAGTACCTAAGGAGCTTGGACGCATGCCCTTCTTGAAATCTATAAATCTAGAAGGCAATCAGCTTGAGGGTCATATTCCACCAGAATTCGGTAACATCATCAGTTTGGAGAGATTTTTCATTTCTGCAAATGACATCACAGGAGAGTTGCCTTCAACCTTTTCCAGGCTCACAAATATGACAGATTTCCGAATTGACGGGACCAATATCTCAGGAAGAATACCCAGTTTCATAAAAAATTGGCAACGGGTCAACAGAATAGACATGCAGGGTACCTTGATGAGTGGGCCTATTCCTCCAGAAATTTCTTTGTTGAACAACTTAACAGAACTGAGAGTGACTGATTTGAGTGGACCGAGCATGAAATTTCCTCCCTTACAAAATGCACAGCACCTTACAAAAGTGGTCCTAAGAAACTGCTCCATATATGGTGAAATACCACCTTACCTTGGACAGATGCAGTATCTAATACTCATGGATCTAAGCTTCAACAAGTTGACTGGTCAAATTCCACAAAATTTTGACAGAATGGTGGCACTACAACTACAATATTTGTACTTAAGTGACAACATGCTGACTGGAGATTTGCCTGGTTGGATGTTGAAAAACAAGGCAAGCAACAAAGTAAACATGGATGTGTCGTTTAATAACTTCACGGGTAACCCTCCAAATGAATGTCAACAAGCAAACGTAAATATGGTTTCAAGTTTTTCATCCTCAAATGACAATCTTTTGCAACCATGTTTACGAAAGAATCTTCCCTGCATGGACAAACCACGCTATTCCTCCCTATTTATTAACTGTGGTGGCAAAAGTGTTGAGGTCAATGGGAATATTTATGAGGATGACTCATCTCGAATAGGAACATCAACTTTTGTTTTATCAAATGACAGAAAATGGGCCTATAGTAGTACAGGAGATTTTGTGGGTAATCCAGATGCTGATTACATTGCTAGAAACACATCAGAACTCACACTGGATCACCCTGAGTTATACACTGAAGCTCGCCTCTCACCCCTCTCACTGAAATACTATGGAGTCTGCATGGAAAATGGTGAATATTCTGTAGAACTTCATTTTGCTGAGATTGTGTTTACAGAAGATCATACTTTTTCCAGCAATGGCAAGCGCATTTTTGATGTTTTTATCCAGGGTACTAAAGTTTTGAAGGATTTTAACATTCAAGATGAGGCTGGTGGTGTCCATCGTGTAATTACAAAAACTTTCACAACCAACATCACAGATAATACATTGGAAATTCACTTCTACTGGGCAGGCAAAGGTACCACAGGTGTTCCTGACCGGGGTGTGTATGGTCCATTGATCTCAGCTATATCTGTGATACAATTAAACAGGAACCATCATGGAATCTCTACTGGATTGATGATTACTATAATAGTAGCAGCATGTTTGATTGTCATACTTGCGCTAATTCTTTGCTATATCAAATTCTTCCGGAAAAAGAATCTGAAAGGAAATGGTTTACAATTCTTTTACCATGGAAGGAAGACCGATACTTCAGATCTTCAGACACGGACACAGTACTTCTTTAGCTTAAAAGAAATTGAATCTGCAACGAAAAATTTTGATCCTGCAAATAAAATTGGTGAGGGTGGCTTTGGACCTGTTTACAAGGACGTGGAGATCATCAATTGA
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| Protein seq | MVGGSRLFLLLLLPLLLLLLGAGCRDGRRCAAAAAQTQRLPQQEVEALKGIARKLNKMDWDFSVDPCTGSKTWVNASDSNSYPKSSYPNFPVSNLTCDCSFKNNTECHVISLELMRQNLSGVLPEEVVNLTYLTNLDLSRNFIQGPIPASWASLPVFNLSLQGNRISGTVPKELGRMPFLKSINLEGNQLEGHIPPEFGNIISLERFFISANDITGELPSTFSRLTNMTDFRIDGTNISGRIPSFIKNWQRVNRIDMQGTLMSGPIPPEISLLNNLTELRVTDLSGPSMKFPPLQNAQHLTKVVLRNCSIYGEIPPYLGQMQYLILMDLSFNKLTGQIPQNFDRMVALQLQYLYLSDNMLTGDLPGWMLKNKASNKVNMDVSFNNFTGNPPNECQQANVNMVSSFSSSNDNLLQPCLRKNLPCMDKPRYSSLFINCGGKSVEVNGNIYEDDSSRIGTSTFVLSNDRKWAYSSTGDFVGNPDADYIARNTSELTLDHPELYTEARLSPLSLKYYGVCMENGEYSVELHFAEIVFTEDHTFSSNGKRIFDVFIQGTKVLKDFNIQDEAGGVHRVITKTFTTNITDNTLEIHFYWAGKGTTGVPDRGVYGPLISAISVIQLNRNHHGISTGLMITIIVAACLIVILALILCYIKFFRKKNLKGNGLQFFYHGRKTDTSDLQTRTQYFFSLKEIESATKNFDPANKIGEGGFGPVYKDVEIIN
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_02g0232500 | OsNip_02t0232500-03 | Chr02 | 7501441 | 7513564 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | ATGTTTGATTGTCATACTTGCGCTAATTCTTTGCTATATCAAATTCTTCCGGAAAAAGAATCTGAAAGGAAATGGTTTACAATTCTTTTACCATGGAAGGAAGACCGATACTTCAGATCTTCAGACACGGACACAGTACTT |
|||||||
| Protein seq | MFDCHTCANSLLYQILPEKESERKWFTILLPWKEDRYFRSSDTDTVL |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| SE | Chr02 | 7510748 | 7511548 | + | OsNip_02t0232500-03 | OsNip_02t0232500-01,OsNip_02t0232500-02,OsNip_02t0232500-03 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 2.393331 | 1.885519 | 4.814137 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_06g0557400 | SBH | 0.100366 | 0.170135 | 0.338275 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g13850 | RBH | 1.357451 | 1.104195 | 1.126398 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0232500 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0009900 | RBH | 1.649592 | 10.615194 | 9.273288 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0009980 | RBH | 0.340607 | 1.737187 | 4.333036 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0009850 | RBH | 2.614239 | 1.410245 | 16.860044 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0009700 | RBH | 0.442745 | 0.030801 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0009810 | RBH | 7.164682 | 6.451161 | 16.212040 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0056900 | SBH | 0.077009 | 0.213037 | 0.6367415 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0009610 | RBH | 0.686556 | 0.314196 | 1.418021 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0128200 | RBH | 11.1752145 | 53.6687295 | 25.642895 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0010080 | RBH | 0.393878 | 0.133088 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0009760 | RBH | 0.769994 | 6.431970 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0010070 | RBH | 10.000452 | 22.682844 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0010090 | RBH | 2.211191 | 1.129648 | 1.507790 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0009780 | RBH | 0.683097 | 5.234562 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G009970 | RBH | 0.751235 | 1.587593 | 2.633970 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0009800 | RBH | 1.953070 | 25.527754 | 6.706729 |
