Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_12g0020480 | OGI:12068110 | 16/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr12:24644552-24651996 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MYGCVIGVQRGRTVEVVDTSDILLDTDPGTLDRDLLKKKLETYKKAFPGLAILGWYSIDTHVTNTDMETNQALMDASGTTFYLLFNPAMNLSLKDLPVTIYEKVHSTNRSPTPLIFVQGKYKTETVEAERISLDHTCPVVSDVSVPPLVGKGQHANIMQTSGFKLMLFEIPSGFAMFEVSQELIARPKDIWARFAYQDDITNVIVTLGSIQIHNKSVARDIIVGPGDELKEFILSFCTHNYLIVQDVELKDVIEKKLNIYCYCNPTVVGELTWGLNYVLHKLLPQEQSLTHEPYLPLSKAMSKQIKEYGFKISPREGIVPRDERYTRAEIMEFIDFINAAPENRSRTLSFLRRIEAASIDDSPPPPSPPGGMGVSLLKRLRLDWITVCCLGCAVALYPFFFLPQSMNDFVIKFTMF |
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| Function | COP9 signalosome complex subunit 6 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6ZKM2] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_12g0020480 | OsNaBo_12g0020480.01 | Chr12 | 24647477 | 24651996 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgtatgggtgcgtgatcggggtgcagcgcggtcggacggtggaggtcgtcgacacctccgacatcttgctcgacaccgaCcccggaaccctcgaccgcgacttgttgaagaagaagctcgagacctacaagaaggcgttccctggcttggccattcttgggtggtactccattgacactcatgtgacgaacaccgatatggaaaccaaccaggctttgatggatgctagtggaacaaccttttatcttctattcaatcctgcaatgaacctttccctgaaggatctcccagtgactatttatgaaaaagtgcactctaccaataggagtcccactccgttaatctttgtccaaggcaaatataaaactgagactgtagaggcagagaggatatctttagaccatacgtgtcctgtagtttctgatgttagtgtgccacctcttgttggaaaagggcaacatgcaaatattatgcagacttctggatttaagctgatgctgtttgaaattccttctggtttcgcgatgtttgaagtttcacaggaactgattgcacgccctaaggacatatgggcacgatttgcttatcaggatgacattacaaatGTTATTGTTACCCTGGGTTCTATTCAGATCCATAACAAATCTGTTGCTAGGGATATTATTGTTGGTCCTGGTGACGAACTGAAAGAATTTATCCTAAGCTTTTGCACTCACAACTACTTAATTGTTCAAGATGTAGAGCTTAAAGATGTTATCGAGAAGAAACTTaatatctattgttactgtaatccaactgttgtcggtgaattgacatggggactgaactatgtcctacataagttgttacctcaagagcaaagtttaactcatgagccttatcttccactaagcaaggcaatgtctaagcagataaaagaatatggattcaaaatctcgccacgagagggaattgtaccaagagatgagagatacactagagcagagattatggagttcattgacttcataaatgccgctcctgaaaacagaagccggacgctatcgttcctgcggcgcatcgaggcagcttctattgatgattctcctccaccgccttcaccgccaggagggatgggtgtttcgttgttgaagcgtcttcgtttggattggataactgtttgttgtctaggatgtgcagttgctctttaccctttcttttttttaccgcagagtatgaatgactttgttataaaattcactatgttttga
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| Protein seq | MYGCVIGVQRGRTVEVVDTSDILLDTDPGTLDRDLLKKKLETYKKAFPGLAILGWYSIDTHVTNTDMETNQALMDASGTTFYLLFNPAMNLSLKDLPVTIYEKVHSTNRSPTPLIFVQGKYKTETVEAERISLDHTCPVVSDVSVPPLVGKGQHANIMQTSGFKLMLFEIPSGFAMFEVSQELIARPKDIWARFAYQDDITNVIVTLGSIQIHNKSVARDIIVGPGDELKEFILSFCTHNYLIVQDVELKDVIEKKLNIYCYCNPTVVGELTWGLNYVLHKLLPQEQSLTHEPYLPLSKAMSKQIKEYGFKISPREGIVPRDERYTRAEIMEFIDFINAAPENRSRTLSFLRRIEAASIDDSPPPPSPPGGMGVSLLKRLRLDWITVCCLGCAVALYPFFFLPQSMNDFVIKFTMF
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_12g0020480 | OsNaBo_12g0020480.02 | Chr12 | 24644552 | 24651928 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atttccacaccgaggaagccgagggagagagcttcagctctccctctccacctcttgctcgtcgtcgaccgccaagaaggaggagctcgcattcatcgtcgagccatcgtcatcaccaactctttctcgttccatattcctcacttcatgcctaccactttaccctttgacaccatctcatttcatccattgcagcgacggaaacgccgccgtggCccccggagctctgcgcaccgccgcagccgacatcgtcgtcgttccgaccgctgtagaccaagccgagccgagccatcacgccaacgtcttctccttgaagtcctcttcaaaacccct
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|||||||
| Protein seq | ISTPRKPRERASALPLHLLLVVDRQEGGARIHRRAIVITNSFSFHIPHFMPTTLPFDTISFHPLQRRKRRRGPRSSAHRRSRHRRRSDRCRPSRAEPSRQRLLLEVLFKTP |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| SE | Chr12 | 24650886 | 24651624 | + | OsNaBo_12g0020480.02 | OsNaBo_12g0020480.02,OsNaBo_12g0020480.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 3.953711 | 14.366199 | 9.134995 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_12g0621900 | RBH | 2.236981 | 1.981232 | 6.902393 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os12g42730 | RBH | 1.554422 | 1.274625 | 1.645011 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os12g0621900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0021300 | RBH | 1.101975 | 9.800220 | 11.105244 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_12g0021370 | RBH | 0.278608 | 7.742332 | 4.900890 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0021720 | RBH | 1.564036 | 22.390121 | 11.993999 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_12g0021040 | RBH | 0.244996 | 0.520276 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_12g0020700 | RBH | 1.277854 | 13.887622 | 15.580920 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_12G0355600 | RBH | 5.4460015 | 8.645019 | 10.750427 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_12g0020480 | RBH | 0.202294 | 0.947392 | 1.167453 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_12G0386800 | RBH | 9.1665335 | 59.6320975 | 20.5370845 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_12g0020820 | RBH | 0.065683 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_12g0021050 | RBH | 0.097510 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_12g0020960 | RBH | 2.824615 | 7.545965 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_12g0021030 | RBH | 0.311568 | 0.0 | 1.840638 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_12g0021250 | RBH | 0.063954 | 8.704107 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_12G020720 | RBH | 1.763802 | 3.426379 | 2.470740 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
