Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_11g0002410 | OGI:11005910 | 15/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:1694740-1712006 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Proteasome adapter and scaffold protein ECM29 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q5VYK3] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0002410 | OsNaBo_11g0002410.01 | Chr11 | 1694740 | 1712006 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggcggagacatcgtcggcggcggcggcggcgcagaccgacgcggagagggaggaggcgctggaccggatgctgacgcggctggccctcgccgaagacgcgcggctcgcgccgctgctcgcccgcgtcctcccctacgccatcacctcgctcgcctccgccaccgcatccgtccgcaagctcgttatggaaattctcagccacattaacaaacgggtgaagcacaggcctgagatttcactgcccatgctggatttatggaggatttatactgaatctacttcctccacaatagtccggaatttttgcattgtttatattgagatggcatttgaacgtctgctaagtgaggacaagggaagcatagcacctgatcttttaatcaacatatcaaatgttacagagcagcatcagggaatcatcttgagacttgtggtgaaggctattggtgaatgtaacacacataaggtgggtgacaatgttgcttcaaaatatcaatccataagtggatctaatgatggtctagtcttcgctgacttctgttttcacacactaggaatcttgaacgtcattgaagctatgcagttggcaccagagattgtttaccctctttatttagctgctgcttcggatagtcaagagtcagttactaagagaggagaggagttattaaagcgcaaagcttcagctgtgaacctagaagattccaaccttatgaagaaactgttcacactattcaatggtactgcaagtccagaaaatatagctgcagagctgaaagtcgcccCagcacatagttcactgcgagtccgccttatgggtgttttctgccgatcgattgctgcagcaaacgcattcccgtacacacttcagtgcatctttggctgcatctatggaaacgggactacttcaaggctgaagcagttagggatggagttcactgtctgggttttcaaacatgcagcaaatgaccagctaaagttaattggtccagtcattctcagtggaatattacgttcacttgatggttcttccactactgaagcagattcttccagtagggatattaaaAtatttgcctaccaggcaattggtttgcttgccactcgcatgcctaatttattcagcaacaaaactgacatggctatacgactctttactgctttaagattagaggagcaatctcttcgttTgacaattcaggaggcagctactgcccttgctacagcatacaagggtgcttcggttgtaatattgaaggatcttgaggcacttcttttggaaaattctcaaatggagcaaagtgaggtccgattttctgctgtaagatgggcaacaacactatacgatatgaagcactgcccaagccgatacatttgcatgcttggtgcttcagatgtaaaactggacataagggaaatggctttaactggtctgaatctgttaaatgatgaaagggagtcatttgcaatagcaactgattccaactatcctgatattgcagacatggtaaattatgtatacagccaacagcctcagttgctacactgtgatgagcagaggaacggaaaattgcttttcccaacaaaaacatttcttgcaatgataaagtttctaatgaagtgctttcagaaaagtgatggctcggattttcttcaagaagatctatctaattgtccagtatcaaaattgtgtatcattttagaacatgccatgtcatatgaaggatctagtgaacttcatgcattggccttgaagtcattggtcgatatttcctctcgtcaaccaaagttggtgtcatcgcgctatgtgaaccgtttactttggctaagaactttactggccatgttgatgctgatgctcgtgaagcaacttcacgtctgcttgataactgaagaaatagtgcagaaatcaattgatgttcttgtaaaagttgtcgagtctgagggttcagcattggcatccactgcgatggaagctcttggtcatattggtctccattgtttattgccttctattaatcgaaattcctctcaagctgcacttttaacaatcctgaatgagaagctggctaagctgctttcagaaaatgatactaaagctatacaaaagattttgatatcgctgggacacctatcttggaacgagttgtcatttgcacacctgaataatgcattggacttaatttttagtctttcacgctctaaggtggaagaagttctttttgcagccggggaggccctatcttttatatggggggaagttcctgtgaccacagatgtaatactagaaacgaactttgtctccctttcccaggccacaaactatcttactggtgatgcacccgtacttgtctcgagtaactctaataaaggaagtgattgtgaagaagcacacgcaatggctcgagaagaaattataaaAcgtagaaaagaggaaaggtgcgcaggtactgtctggttggtctcacttacaatgtactgtggtcagcatccaaagatcctggaactacttccacaaattcaggaagcccttacccaccttcttggtgatcagaatgatcttacacaagatctggcatcccaaggcatgagtattgtatatgagcttggtgatgcatctatgaaggagcagctggttcatgctcttgtgaatacactgtctggcgcatcaaaaaagaaaagggccatcaagctgatggaggattcagaggtttttcaagaaggaactattggcaataatcctactggaggaaagcttagcacatacaaggaactttgtagccttgccaacgagatgggccaacctgacttaatatacaagtttatggatctagctaactatcaggctgctatcaattccaagaggggtgctgcttttgggttttccaagatagccaagcaagctggtgaggcacttcagcctcatctgcataccttaattcccaggcttgtccgttaccaatatgatcctgataagaacatccaggattctatggcacacatatggaaattaattgttgcagatccaaaaaaaacaatagatgaacattatgatctaatagtagaagatttattggttcaatctggatcgaggctttggcgttcacgtgaagcttcatgtcttgcacttgcagacattattcaaggtcgaagatatggtcaggtttctaagcatttgagaaaaAtatggattaccaccttccgagcaatggatgatattaaggaaactgtgcgaaatgctggtgacagtttgtgccgagctgtaagcttgttgacagttaggctctgtgatgtgtcacttactacttcatctgatgcaaatgaaacaatgaacattgtactgccatacttgctttctgaaggcatactcagtaaagtttcacgtgttcaaaaggcatctataagtttggttatgaagcttgctaagggggctggccctgcacttaagccacatctgtcagaacttgtcagctgtatgctcgaatgcttatcaagtctggaggatcaaagattgaactatgttgagatgcatgcaggaaatgctggcatccaaactgaaaagcttgagagcttgcgtatagctgtggctaaagattctccgatgtgggaaacccttgatatctgtttaaaagttgttgacaaagaatcactggatcttttagttcctcgtctggctcaaatggttaaatctgctgttggtcttaatacaagggttggtgttgctagcttcatcaccttgttagtacagaaggtcatggttgaaatcaagtcatatgcggcagcattgctgaggttactgtatagtgctgttctggaggaaaagagttctgcagctaaaagggcctttgcatcatcttgtgctgcagtcttaaaatatgccagcccttctcaggctcagaaacttattgaagataccacttctctgcatttaggtgaaaaaaatgctcagttgtctgctgcaattcttattaaatcttatttaagcaatgcagcagatattcttagtggatacaatgcagttgttctcccagtaatttttgcttcaagatttgatgatgacaaagacatcggtgcattgtatggagaactttgggaggatattcctagtagcgaaagagtaaccctacagttatacttaccagaaattatctctcttttgtgtgattccatgtcctcgtcgtcatgggctgggaagagaaagtcagccaaggctataaaaaaActatgtgatgctctaggagaatccctgtctgtgcaccacaataatattcttgaatcacttttgaaagaactacctggtcgattttgggagggaaaagatgctattctggatgcactcgctgcactttgttcgagctgccatactgctatgagtgcagaagactctggcatgcctagtgttattctaaatgctgtttgtgctgcatgcagtaggaagtcaaaattgtaccgtgaagcagctttctcgtgtttgcagcaagtgattacagcattcaaagatccaggattcttcaAtattgtttttcctatgctgtatgaggtttctaatcgatctgtcatttgtaaaacaaggaactcatcttcactcactgcatcctctagtgctgagcaagatgaaactgaaggtgtttctgtttctcttgataaggtgctcaactgtgtagcatctttaatcactgttgctttcctgcaagatattatcaaccaaaggaagaatatcctggaaattattttaaattctctatcccccgaggagagttggcagattaagttgtcatcgttcttgtgtatcaaagagttgtgctataaattccagaatccagatggtaataacacttggcctgaggaaacaacttacttggttgaggagttatttcattcaacagcaccaaaagttgtggatgtcatacgcttagttaagattgctcaggttcacaccgctgcttccgagtgtctccttgagttgagcaaattgtatagagactttccattggttga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| Protein seq | MAETSSAAAAAQTDAEREEALDRMLTRLALAEDARLAPLLARVLPYAITSLASATASVRKLVMEILSHINKRVKHRPEISLPMLDLWRIYTESTSSTIVRNFCIVYIEMAFERLLSEDKGSIAPDLLINISNVTEQHQGIILRLVVKAIGECNTHKVGDNVASKYQSISGSNDGLVFADFCFHTLGILNVIEAMQLAPEIVYPLYLAAASDSQESVTKRGEELLKRKASAVNLEDSNLMKKLFTLFNGTASPENIAAELKVAPAHSSLRVRLMGVFCRSIAAANAFPYTLQCIFGCIYGNGTTSRLKQLGMEFTVWVFKHAANDQLKLIGPVILSGILRSLDGSSTTEADSSSRDIKIFAYQAIGLLATRMPNLFSNKTDMAIRLFTALRLEEQSLRLTIQEAATALATAYKGASVVILKDLEALLLENSQMEQSEVRFSAVRWATTLYDMKHCPSRYICMLGASDVKLDIREMALTGLNLLNDERESFAIATDSNYPDIADMVNYVYSQQPQLLHCDEQRNGKLLFPTKTFLAMIKFLMKCFQKSDGSDFLQEDLSNCPVSKLCIILEHAMSYEGSSELHALALKSLVDISSRQPKLVSSRYVNRLLWLRTLLAMLMLMLVKQLHVCLITEEIVQKSIDVLVKVVESEGSALASTAMEALGHIGLHCLLPSINRNSSQAALLTILNEKLAKLLSENDTKAIQKILISLGHLSWNELSFAHLNNALDLIFSLSRSKVEEVLFAAGEALSFIWGEVPVTTDVILETNFVSLSQATNYLTGDAPVLVSSNSNKGSDCEEAHAMAREEIIKRRKEERCAGTVWLVSLTMYCGQHPKILELLPQIQEALTHLLGDQNDLTQDLASQGMSIVYELGDASMKEQLVHALVNTLSGASKKKRAIKLMEDSEVFQEGTIGNNPTGGKLSTYKELCSLANEMGQPDLIYKFMDLANYQAAINSKRGAAFGFSKIAKQAGEALQPHLHTLIPRLVRYQYDPDKNIQDSMAHIWKLIVADPKKTIDEHYDLIVEDLLVQSGSRLWRSREASCLALADIIQGRRYGQVSKHLRKIWITTFRAMDDIKETVRNAGDSLCRAVSLLTVRLCDVSLTTSSDANETMNIVLPYLLSEGILSKVSRVQKASISLVMKLAKGAGPALKPHLSELVSCMLECLSSLEDQRLNYVEMHAGNAGIQTEKLESLRIAVAKDSPMWETLDICLKVVDKESLDLLVPRLAQMVKSAVGLNTRVGVASFITLLVQKVMVEIKSYAAALLRLLYSAVLEEKSSAAKRAFASSCAAVLKYASPSQAQKLIEDTTSLHLGEKNAQLSAAILIKSYLSNAADILSGYNAVVLPVIFASRFDDDKDIGALYGELWEDIPSSERVTLQLYLPEIISLLCDSMSSSSWAGKRKSAKAIKKLCDALGESLSVHHNNILESLLKELPGRFWEGKDAILDALAALCSSCHTAMSAEDSGMPSVILNAVCAACSRKSKLYREAAFSCLQQVITAFKDPGFFNIVFPMLYEVSNRSVICKTRNSSSLTASSSAEQDETEGVSVSLDKVLNCVASLITVAFLQDIINQRKNILEIILNSLSPEESWQIKLSSFLCIKELCYKFQNPDGNNTWPEETTYLVEELFHSTAPKVVDVIRLVKIAQVHTAASECLLELSKLYRDFPLVDRKGPKFSGELAELCESEKSEQAKAFLKQCMDILKDFEDATGLAMEMD
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.801785 | 5.349185 | 2.043606 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_12g0134200 | SBH | 1.186653 | 1.807039 | 4.955636 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g04220 | RBH | 1.444070 | 0.900542 | 0.832768 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os12g0134200 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0002460 | RBH | 0.720515 | 12.044218 | 3.982791 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0002510 | RBH | 0.190039 | 1.852893 | 2.173998 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0002480 | RBH | 0.998922 | 8.329807 | 7.822483 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0002430 | RBH | 0.120744 | 0.236635 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0002410 | RBH | 5.133239 | 10.978662 | 11.061519 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0002470 | RBH | 0.266888 | 0.478890 | 0.730186 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0032200 | RBH | 5.570348 | 11.025582 | 13.717733 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0002350 | RBH | 0.182699 | 0.305534 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0002490 | RBH | 0.352705 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0002480 | RBH | 3.616476 | 6.963402 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0002400 | RBH | 0.622474 | 0.0 | 0.152158 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0002490 | RBH | 0.142169 | 2.466249 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G002430 | RBH | 0.387233 | 2.107204 | 1.988820 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_12g0002650 | RBH | 0.679871 | 12.303988 | 7.251406 |
