Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_08g0016840 | OGI:08061380 | 12/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:22323216-22336651 | ||||||||
| Gene Symbol | MADS23, OsMADS23, MADS-23 | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atggggagagggaagatagagataaagaggatcgacaacgcgacgagccgacaggtgacattctcgaagcggcggagcgggctgttcaagaaggcgagggagctctcCatcctctgcgatgccgaggtcggcCtcctcgtcttctccagcaccggccgtctctatgactttgccagctccagcatgaaatccataattgagagatacaatgagacgaaagaagatccccatcaaaccatgaatgcaagttctgaggcaaaggacaatgtcatgatggatcaaattcaagaattaagcaggaaggttgttaccacttag |
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| Protein seq | MGRGKIEIKRIDNATSRQVTFSKRRSGLFKKARELSILCDAEVGLLVFSSTGRLYDFASSSMKSIIERYNETKEDPHQTMNASSEAKDNVMMDQIQELSRKVVTT |
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| Function | MADS-box transcription factor 23 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6VAM4] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_08g0016840 | OsNaBo_08g0016840.01 | Chr08 | 22323216 | 22333076 | - | NAM | ||
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| Protein seq | MGRGKIEIKRIDNATSRQVTFSKRRSGLFKKARELSILCDAEVGLLVFSSTGRLYDFASSSMKSIIERYNETKEDPHQTMNASSEAKDNVMMDQIQELSRKVVTT |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_08g0016840 | OsNaBo_08g0016840.02 | Chr08 | 22330437 | 22333076 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggggagagggaagatagagataaagaggatcgacaacgcgacgagccgacaggtgacattctcgaagcggcggagcgggctgttcaagaaggcgagggagctctcCatcctctgcgatgccgaggtcggcCtcctcgtcttctccagcaccggccgtctctatgactttgccagctccagcatgaaatccataattgagagatacaatgagacgaaagaagatccccatcaaaccatgaatgcaagttctgaggcaaaggtatga
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| Protein seq | MGRGKIEIKRIDNATSRQVTFSKRRSGLFKKARELSILCDAEVGLLVFSSTGRLYDFASSSMKSIIERYNETKEDPHQTMNASSEAKV |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_08g0016840 | OsNaBo_08g0016840.03 | Chr08 | 22327201 | 22336651 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | ctctttccttttcttccttcttattttTcccctctcatgtccagtgaagcccaggcctccactggagctcctcctcctcctcctccgatggcaagtggacgacggcgactacgcgagcaggatggacgggctcccgccggcagctcgaggatggagagcgga |
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| Protein seq | LFPFLPSYFSPLMSSEAQASTGAPPPPPPMASGRRRLREQDGRAPAGSSRMESG |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| AF | Chr08 | 22330567 | 22336651 | - | OsNaBo_08g0016840.01,OsNaBo_08g0016840.02 | OsNaBo_08g0016840.02,OsNaBo_08g0016840.01,OsNaBo_08g0016840.03 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 1.141813 | 6.521932 | 3.321668 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0431900 | RBH | 0.000000 | 0.125962 | 0.000000 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g33488 | RBH | 0.000000 | 0.084720 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0431900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0017010 | RBH | 0.221738 | 0.000000 | 5.507960 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0016880 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.383352 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0000920 | SBH | 0.000000 | 11.346786 | 6.972692 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0017160 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0023050 | SBH | 0.0 | 0.0 | 136.466461 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0332800 | RBH | 0.856856 | 3.292415 | 4.041164 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0000840 | SBH | 0.375819 | 1.871708 | 0.870516 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0353700 | RBH | 0.7264655 | 4.20156 | 3.75742 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0016270 | RBH | 0.000000 | 0.072951 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0000870 | SBH | 0.681845 | 22.571938 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0016350 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0017170 | RBH | 0.000000 | 1.360686 | 0.293169 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0016560 | RBH | 0.124872 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G016720 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.627041 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
