Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_08g0012010 | OGI:08043910 | 16/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:15854401-15861662 | ||||||||
| Gene Symbol | PPR, - | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atgccactcttgaatcctctaagccgcgcgccttccaCccacatccgcagcttagctcgtgtcctactctcatgcctccccaccggcggcgaccgcctccggcgtttgaacccggccatccatgcccgtgccaccgtcgcaggaggactcgacgacctcttcctcaccaacctgctcctgcgtggctactccaatcttggtcgcctccgtgacgcccgccacctgttcgatcgaatgccccaccggaaccttgtctcctggggctcggtcatctccatgtacacacagcacggccgcgacgattgtgcaatttccctcttcgcggccttccagaaggcctcttgtgaggtgcccaatgagttcttgcttgccagtgtcctacgtgcgtgtacacaatctaaggctgtttcgcttggcgagcaagtgcatgggattgccgtcaagttggacctggatgctaatgtttatgttgggactgcgcttatcaacttatatgcaaagcttggctgcatggatgaggcaatgttggtgtttcatgcactccctgtaagaaccccagttacttggaacacagttatcacaggatacgctcagattgggtgtgggggagtagccctagagttgtttgacaggatggggattgagggtgtccgtcctgataggtttgtactagcaagtgctgtcagtgcttgctctgcacttggctttctagagggtggtaggcaaatacatggttacgcgtatcgtagttccacagagacagatacatcagtgatcaatgtgttgattgatctatattgcaagtgctccagactgtcagcagctcggaaactgtttgattgcatggagtaccgtaatcttgtgtcttggacaaccatgatttctggttatatgcagaattcattcaatgctgaagcgataaccatgttctggaatatgactcaggctggctggcagccagatggttttgcttgtacaagtatcttgaactcatgtggctctttggcagcaatatggcaaggaaggcagatacatgcgcatgtcataaaggctgatctggaggctgatgagtatgtcaagaatgctctcatcgacatgtatgctaaatgtgagcatctaactgaagcaagagcagtatttgatgccttggctgaagatgatgcaatttcatacaatgctatgattgaaggatactcaaaaaatcgtgatcttgcagaagcagtgaacatattccatagaatgagatttttctcactaagaccaagtctattgacctttgtttcactccttggggtgtcatcatctcagttagccattgaattgagcaagcagattcatggccttattataaaatcaggaacttcattggacctttatgctgcgagtgctctaattgatgtgtactcaaagtgttcccttgtgaatgatgccaagactgtattcaatatgttgcactacaaggacatggtcatctggaattcaatgatttttggccatgcacagaatgagcaaggggaagaggccataaaactcttcaaccagcttcttttatcgggtatggcacctaatgagttcacgtttgtcgcactagtaactgtggcaagtgcactagcaagcatgttccacggccagcagtttcatgcttggatcatcaaagcaggtgttgacaatgatccgcatgtttcaaatgctcttattgacatgtatgctaagtgtggcttcattaaggaagggaggatgctgtttgaatcaacatgtggggaggatgtcatttgttggaactcaatgattacgacttatgcacagcacggtcatgctgaagaagctcttcaggttttccggctgatgggagaagctgaggtagaacctaactatgtgacctttgtcggtgtgttatcagcatgtgcgcatgcaggttttgtgggtgaaggattaaaccattttaactctatgaaatcaaattatgatattgaaccaggcattgagcattacgcttctgtagtcaatctttttggtcgttctGggaaactgcatgctgccaaggagtttattgaaaggatgccaatcaaaccagctgcagctgtttggagaagtttgctgagcgcttgccatctttttggcaacgctgaaattgggaggtatgccgctgaaatggcactcttggcagatccaacagacagtggcccttatgttttactgtcaaatatttatgcctctaaaggactctgggctgatgtgcacaacttaagacagcagatggatagttctggcacagtgaaggaaacaggatgtagctggattgaagtgacaaaggaagttcacacgttcattgtgagagggagagaacacccagaggcagaactgatatattcagtactggatgagctgacgagtctaattaaaaatttgggttatgttcctgatacttctgaccatactctgttgtgtgagactgttttcaacttgtgtcctgacaatgagatacacctgTtgggtgcccaacagatatcaacgatggttcttcaggaggacattgtggcttgtttcaacataaatatggcacaagtgctgtgctcaaggggagatgggaattggtacttctacctctggtgcctgggtggtgtcttctgttttggtaggttgggtcgtcttgctggcttgatcacactagaggcagaagacagcaatgctccccttgatgctcttaagagagttgggaaatctattgcaatgcatatcgttgcaacaaaaccattgtttttatcaaaagaactggtctccgcttcagctgttgaaaatgagaggggcatactccggactcaaagcgtcctgaatgatttgtcaaaggaagttggtgaaggagttcaaaggcctgatgagtacactgggtctgaagctacggctcgtgctgcatag
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| Protein seq | MPLLNPLSRAPSTHIRSLARVLLSCLPTGGDRLRRLNPAIHARATVAGGLDDLFLTNLLLRGYSNLGRLRDARHLFDRMPHRNLVSWGSVISMYTQHGRDDCAISLFAAFQKASCEVPNEFLLASVLRACTQSKAVSLGEQVHGIAVKLDLDANVYVGTALINLYAKLGCMDEAMLVFHALPVRTPVTWNTVITGYAQIGCGGVALELFDRMGIEGVRPDRFVLASAVSACSALGFLEGGRQIHGYAYRSSTETDTSVINVLIDLYCKCSRLSAARKLFDCMEYRNLVSWTTMISGYMQNSFNAEAITMFWNMTQAGWQPDGFACTSILNSCGSLAAIWQGRQIHAHVIKADLEADEYVKNALIDMYAKCEHLTEARAVFDALAEDDAISYNAMIEGYSKNRDLAEAVNIFHRMRFFSLRPSLLTFVSLLGVSSSQLAIELSKQIHGLIIKSGTSLDLYAASALIDVYSKCSLVNDAKTVFNMLHYKDMVIWNSMIFGHAQNEQGEEAIKLFNQLLLSGMAPNEFTFVALVTVASALASMFHGQQFHAWIIKAGVDNDPHVSNALIDMYAKCGFIKEGRMLFESTCGEDVICWNSMITTYAQHGHAEEALQVFRLMGEAEVEPNYVTFVGVLSACAHAGFVGEGLNHFNSMKSNYDIEPGIEHYASVVNLFGRSGKLHAAKEFIERMPIKPAAAVWRSLLSACHLFGNAEIGRYAAEMALLADPTDSGPYVLLSNIYASKGLWADVHNLRQQMDSSGTVKETGCSWIEVTKEVHTFIVRGREHPEAELIYSVLDELTSLIKNLGYVPDTSDHTLLCETVFNLCPDNEIHLLGAQQISTMVLQEDIVACFNINMAQVLCSRGDGNWYFYLWCLGGVFCFGRLGRLAGLITLEAEDSNAPLDALKRVGKSIAMHIVATKPLFLSKELVSASAVENERGILRTQSVLNDLSKEVGEGVQRPDEYTGSEATARAA |
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| Function | Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9SVA5] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_08g0012010 | OsNaBo_08g0012010.01 | Chr08 | 15854401 | 15861662 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgccactcttgaatcctctaagccgcgcgccttccaCccacatccgcagcttagctcgtgtcctactctcatgcctccccaccggcggcgaccgcctccggcgtttgaacccggccatccatgcccgtgccaccgtcgcaggaggactcgacgacctcttcctcaccaacctgctcctgcgtggctactccaatcttggtcgcctccgtgacgcccgccacctgttcgatcgaatgccccaccggaaccttgtctcctggggctcggtcatctccatgtacacacagcacggccgcgacgattgtgcaatttccctcttcgcggccttccagaaggcctcttgtgaggtgcccaatgagttcttgcttgccagtgtcctacgtgcgtgtacacaatctaaggctgtttcgcttggcgagcaagtgcatgggattgccgtcaagttggacctggatgctaatgtttatgttgggactgcgcttatcaacttatatgcaaagcttggctgcatggatgaggcaatgttggtgtttcatgcactccctgtaagaaccccagttacttggaacacagttatcacaggatacgctcagattgggtgtgggggagtagccctagagttgtttgacaggatggggattgagggtgtccgtcctgataggtttgtactagcaagtgctgtcagtgcttgctctgcacttggctttctagagggtggtaggcaaatacatggttacgcgtatcgtagttccacagagacagatacatcagtgatcaatgtgttgattgatctatattgcaagtgctccagactgtcagcagctcggaaactgtttgattgcatggagtaccgtaatcttgtgtcttggacaaccatgatttctggttatatgcagaattcattcaatgctgaagcgataaccatgttctggaatatgactcaggctggctggcagccagatggttttgcttgtacaagtatcttgaactcatgtggctctttggcagcaatatggcaaggaaggcagatacatgcgcatgtcataaaggctgatctggaggctgatgagtatgtcaagaatgctctcatcgacatgtatgctaaatgtgagcatctaactgaagcaagagcagtatttgatgccttggctgaagatgatgcaatttcatacaatgctatgattgaaggatactcaaaaaatcgtgatcttgcagaagcagtgaacatattccatagaatgagatttttctcactaagaccaagtctattgacctttgtttcactccttggggtgtcatcatctcagttagccattgaattgagcaagcagattcatggccttattataaaatcaggaacttcattggacctttatgctgcgagtgctctaattgatgtgtactcaaagtgttcccttgtgaatgatgccaagactgtattcaatatgttgcactacaaggacatggtcatctggaattcaatgatttttggccatgcacagaatgagcaaggggaagaggccataaaactcttcaaccagcttcttttatcgggtatggcacctaatgagttcacgtttgtcgcactagtaactgtggcaagtgcactagcaagcatgttccacggccagcagtttcatgcttggatcatcaaagcaggtgttgacaatgatccgcatgtttcaaatgctcttattgacatgtatgctaagtgtggcttcattaaggaagggaggatgctgtttgaatcaacatgtggggaggatgtcatttgttggaactcaatgattacgacttatgcacagcacggtcatgctgaagaagctcttcaggttttccggctgatgggagaagctgaggtagaacctaactatgtgacctttgtcggtgtgttatcagcatgtgcgcatgcaggttttgtgggtgaaggattaaaccattttaactctatgaaatcaaattatgatattgaaccaggcattgagcattacgcttctgtagtcaatctttttggtcgttctGggaaactgcatgctgccaaggagtttattgaaaggatgccaatcaaaccagctgcagctgtttggagaagtttgctgagcgcttgccatctttttggcaacgctgaaattgggaggtatgccgctgaaatggcactcttggcagatccaacagacagtggcccttatgttttactgtcaaatatttatgcctctaaaggactctgggctgatgtgcacaacttaagacagcagatggatagttctggcacagtgaaggaaacaggatgtagctggattgaagtgacaaaggaagttcacacgttcattgtgagagggagagaacacccagaggcagaactgatatattcagtactggatgagctgacgagtctaattaaaaatttgggttatgttcctgatacttctgaccatactctgttgtgtgagactgttttcaacttgtgtcctgacaatgagatacacctgTtgggtgcccaacagatatcaacgatggttcttcaggaggacattgtggcttgtttcaacataaatatggcacaagtgctgtgctcaaggggagatgggaattggtacttctacctctggtgcctgggtggtgtcttctgttttggtaggttgggtcgtcttgctggcttgatcacactagaggcagaagacagcaatgctccccttgatgctcttaagagagttgggaaatctattgcaatgcatatcgttgcaacaaaaccattgtttttatcaaaagaactggtctccgcttcagctgttgaaaatgagaggggcatactccggactcaaagcgtcctgaatgatttgtcaaaggaagttggtgaaggagttcaaaggcctgatgagtacactgggtctgaagctacggctcgtgctgcatag
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| Protein seq | MPLLNPLSRAPSTHIRSLARVLLSCLPTGGDRLRRLNPAIHARATVAGGLDDLFLTNLLLRGYSNLGRLRDARHLFDRMPHRNLVSWGSVISMYTQHGRDDCAISLFAAFQKASCEVPNEFLLASVLRACTQSKAVSLGEQVHGIAVKLDLDANVYVGTALINLYAKLGCMDEAMLVFHALPVRTPVTWNTVITGYAQIGCGGVALELFDRMGIEGVRPDRFVLASAVSACSALGFLEGGRQIHGYAYRSSTETDTSVINVLIDLYCKCSRLSAARKLFDCMEYRNLVSWTTMISGYMQNSFNAEAITMFWNMTQAGWQPDGFACTSILNSCGSLAAIWQGRQIHAHVIKADLEADEYVKNALIDMYAKCEHLTEARAVFDALAEDDAISYNAMIEGYSKNRDLAEAVNIFHRMRFFSLRPSLLTFVSLLGVSSSQLAIELSKQIHGLIIKSGTSLDLYAASALIDVYSKCSLVNDAKTVFNMLHYKDMVIWNSMIFGHAQNEQGEEAIKLFNQLLLSGMAPNEFTFVALVTVASALASMFHGQQFHAWIIKAGVDNDPHVSNALIDMYAKCGFIKEGRMLFESTCGEDVICWNSMITTYAQHGHAEEALQVFRLMGEAEVEPNYVTFVGVLSACAHAGFVGEGLNHFNSMKSNYDIEPGIEHYASVVNLFGRSGKLHAAKEFIERMPIKPAAAVWRSLLSACHLFGNAEIGRYAAEMALLADPTDSGPYVLLSNIYASKGLWADVHNLRQQMDSSGTVKETGCSWIEVTKEVHTFIVRGREHPEAELIYSVLDELTSLIKNLGYVPDTSDHTLLCETVFNLCPDNEIHLLGAQQISTMVLQEDIVACFNINMAQVLCSRGDGNWYFYLWCLGGVFCFGRLGRLAGLITLEAEDSNAPLDALKRVGKSIAMHIVATKPLFLSKELVSASAVENERGILRTQSVLNDLSKEVGEGVQRPDEYTGSEATARAA
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.309306 | 1.286378 | 1.913981 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0340900 | RBH | 0.151920 | 0.266194 | 0.111912 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g25280 | RBH | 0.255753 | 0.237293 | 0.024969 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0340900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0012280 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.810183 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0012400 | RBH | 0.083203 | 0.000000 | 0.394318 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0012470 | RBH | 0.273640 | 1.451003 | 0.337128 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0012380 | RBH | 0.0 | 0.038204 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0012220 | RBH | 0.000000 | 2.243655 | 0.617742 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0236500 | RBH | 1.148489 | 3.039986 | 1.352096 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0012320 | RBH | 0.000000 | 0.089355 | 0.152297 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0250900 | RBH | 1.2062495 | 2.950403 | 5.274059 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0011810 | RBH | 0.035957 | 0.052738 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0011990 | RBH | 0.172069 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0011870 | RBH | 1.531685 | 6.158231 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0012650 | RBH | 0.000000 | 0.232027 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0011870 | RBH | 0.000000 | 0.902487 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G012070 | RBH | 0.204079 | 0.0 | 0.692063 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
