Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsLima_12g0020860		OGI:12068270 \| 15/16			LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr12:25425924-25430871		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		tccccttgggtctaggtcacgcgattcctcttctcctctctcccccatccgctccgccgccattttagggatccctcgatgcgtggcctacggtgcggtgatgccgccgcatgaggacgccctcgatgccggcgccgttgacgtgctcacctttaggctccaccccctcgctgtcttgaaattatcccaccgcatccgcaagttcgtccatctccacgatgaccaataccagcaagcgaggatgtctgggtgcgttatcggggttcggcgtggtgggacggtggatatctccgataccttcgacatcttgcacgaccccgaccccggaaccttcgaccgcgccttactggagaaggatcaggagatctgtaaccccaagtcctctccccgtcaTttttagctaaggtttgattatccatctatccatcgatcgattttaatttgtttcttgcggttgtttttgtgcagacaagaaggccttccctgacttgtccgttctcgggtggtactccattgggaccaaTGtgcacaccaccgacacgggaatccaccatggggactacaccgacatgcaaatccaccagaccgtcagtatttataaccatttaaatcaactctatttgttcgagtgcttttagtgcttggcatggtactagttgggatgttcagtgtggacaacaattaatgattggaatgtctgctggaaatccctgttgcgagaacaccctttgttagacacgtgcttatatctacacccgtagagaaagcagctattcagttgtctagcatgaccatgcatagctttagcacagctttgtatgcatgaaggtgaagatgagttttcatgcattttttttctaccttatgaatatgtagtctgatatagaaagtcattgtgtaaaagttcttgatatgattgttttgattgctgaacacaattcatattggaagtcctttaaggcatgcatcacccaaagctaactggctacatgctgaaagtttcttttcatcctgctggaaatcacctaatggaaagtttcaccgttgaatgtctcctagtagaaagttttaccgttggaagtctcctaatagaatgtttcactgttgaaagtctcctaacagaaaatttccttctccatataaagtacaattttaactttgttggaaatctgcttctactcttttcagaaccctaagtgaaaccGattgattacacactaagcaaaagcaaaataaattattttccatgcaagccaagcagtgaatctgtgtattaaaaaaatcccagtggctactggtttgaatgcaaaccaaaaaaggtgtatcatggacttagcttgcaacaagaggaaaatgataagagttcctcgctcatgcaaacactcacatccacGTgccatatttttattcatttaattattttcgcatgtttatacttacaacataagttgataaagtagcttttagtgcttgcggaaggttggggactccctcattatagtattgatggtcgttaacctcttgccataacctaatcattgtaaacacattttgcttctaataaggttgtattcaaagtttaacatttgaggatacaatgttcactcctgagaatgaaaactgaaatttttgatgaggtaacatgacattgggatatagttttagcattagtttaagttcttggagagtctgagtttaactagtatgcgaaatgattacagctgatgaaatagtcaagaatagtagttatgctgggatgtacactgttcttaaactttatgtagagctctagcttgtttttatggatggatggaatggtggaaaattgattttggctgagaatatatgattgagagaatacttgtcaaaatggatgtttgtttgatctaattttactccctgcataacctttcccttgtactaTtttatgcagttgatggatgctaatggaacagccttttatcttctattaaatcctgcaatcaacttttcccataaggatattcctgtgactatttatgaaagaggtaagaatcattgaatgtattgcaatctccctgcaaaaaagaatgtattgatttctcttgatccttggttacaacctgaatctgttatgttacttgaggggtttatatgtgctgcattgactgtcaaggtttgatttttgcgtatgtatcaaattcgcgtgacttttgtgattctttccttgtgtgtaaactaccaagtctagcactcaatatctcattgaattgcatgttgattaactttattgtttagagcagcaaatgatagttatttagcgagctgaagattaactttcttttgcttctacaatttcaagtgttgtgcaattccgatgggagtcccccggtcagctttgtccaaggaaactatacagttgaggtttgtattctccccatgtgtttgtttagttatAaatactagttaaaaacgctacaagcatgttttattgaagattgtaggagcagagaggatatctttagaccatgctgattttctctatccaagtccatgcgtagtcttcgatgttcttgcaccacctcttggagaaaagtaagtacaaattttctttccttcctatgagatatgacttcactttacaattAaatgtgggatataaaacttcacaaacaaaacaagtttaatactgtaaggctgtttggtaggttaagcagtgttttgaacaaaatctgttgctggcaactactttgtgttggctacagcctctttaagctatgtacttacagatttttttttcctttttgtcacatatgccttgattctaatatatataattgcaaaacaggctaaattattaaattactttggtcttatacctgcagaaaaaatgcatttaggacgatgctatttgaaaccccttcgggatttgcaatgttccgtgtttcggatgttttatttagatatccggaggtatatatagcttttcattcaccctaatgtgatgcataattcattttcttctattacatttaggccctacatcttatctgattttcctttccttttgtaggacatatggtcgagttttactgatccacatactgtacaccaggtatatttaactcctaaatttcctttcatgctttttgtttgtttatgtctatttatcgctttattgttttttgcacctttattgtctatgcacatcatacgcattactgttcttttttttcatctttactgtaaaagtacatccaaagccaactaattattttagtttattatttttttgcatcttaactgtacatgtaaatcctaagcctttaaatgtgttttatacaattctatttgtatttgtacccttggttttattaagatcataagcctttaaatgcgttccgtaccattctatttgtaggtcgttcgtaccattggttttattgaggttggtgacaaatctgttgtatgggataatgatattggtcctggcgaggatatagagcactttatcctaaaaTttccaattaaatcattggttgttccagatgcacagcttaaatttattattgagaaaaaccttgtaagtttacatctaccctaatgtattttaatgttgatatttatttaatttgttgtattagtgtggaattattaatgtttccctgttatatatttctttttccagaacattagctgttggtttaatgggcgtattgttcctgagttgatttggggactaaattatgccctggacgaatttgtgcctcgagagaagggcaacctatcagatgaacgccattttccactgagcaagcaactgcatgagcagttaaaagcatatggatttagtatctcaccacaattggtatgttttctcctttgctaaaattgttattattgtctgctgaccttatccttttattgtttaatcccttaaaatattttctactgtactgtctgttgtgttaccttacccttttgtttaatcccttgctattatattgcttactattgttgtgttgccttattattttatccttctcattttagattaacagagagtttataaccagttttggttacttaaattatctggaacgtacttcaaattgcatttccggagatttacaccagaaatttgatcgtttcttttgtggacttgagatgtctgagggagagtttgtaagaggagttgcacaccgtctccattccatggaggtcagtagatttgctaaaagcaaatagtactaataattaagtggtggctagtggctactgataaacaatttagagtaaatttcacaaaactacagatactatgaccaaactatcacaaaactacagatttaaggagttgtatcacaaaactacacatttagcaccaaatttatcacaaaactacatatttaagatgaagtgtcacaaaactacatgtttagtaactaaattataataaaactacaggtttagaaccaatttaatcacaaagtaataatgtttatagctccaccataacaatagtgctagggatttaaactctaaaagttatagttttgtgataagttcaatattaaatatgcatttttgtgatacttaacctaaaatctgtagttttatgataaatttgatgctaaatgtgtagttttatgatacaattccttaaatctgtagttttgtgataatttggtcaaaatacctgtagttttgtgaaatttactcaacaatttattttctttgttttatgtaggaagtggcatctacaccaggcagacgagaggcattgagcaatgctgaatttcttttgGCggttcctaagAAGAagtgtaacacaataTctcgtcttgagcgtatggaggcagaggataggggtacagggcttgggcatccttgggtttgcgctgctgctgttgcggtgggcttcggggttatggcaggattgtgcattgcgatgaagcgagcaaattag More
CDS seq		atgccgccgcatgaggacgccctcgatgccggcgccgttgacgtgctcacctttaggctccaccccctcgctgtcttgaaattatcccaccgcatccgcaagttcgtccatctccacgatgaccaataccagcaagcgaggatgtctgggtgcgttatcggggttcggcgtggtgggacggtggatatctccgataccttcgacatcttgcacgaccccgaccccggaaccttcgaccgcgccttactggagaaggatcaggagatctacaagaaggccttccctgacttgtccgttctcgggtggtactccattgggaccaaTGtgcacaccaccgacacgggaatccaccatggggactacaccgacatgcaaatccaccagaccttgatggatgctaatggaacagccttttatcttctattaaatcctgcaatcaacttttcccataaggatattcctgtgactatttatgaaagagtgttgtgcaattccgatgggagtcccccggtcagctttgtccaaggaaactatacagttgagattgtaggagcagagaggatatctttagaccatgctgattttctctatccaagtccatgcgtagtcttcgatgttcttgcaccacctcttggagaaaaaaaaaatgcatttaggacgatgctatttgaaaccccttcgggatttgcaatgttccgtgtttcggatgttttatttagatatccggaggacatatggtcgagttttactgatccacatactgtacaccaggtcgttcgtaccattggttttattgaggttggtgacaaatctgttgtatgggataatgatattggtcctggcgaggatatagagcactttatcctaaaaTttccaattaaatcattggttgttccagatgcacagcttaaatttattattgagaaaaaccttaacattagctgttggtttaatgggcgtattgttcctgagttgatttggggactaaattatgccctggacgaatttgtgcctcgagagaagggcaacctatcagatgaacgccattttccactgagcaagcaactgcatgagcagttaaaagcatatggatttagtatctcaccacaattgattaacagagagtttataaccagttttggttacttaaattatctggaacgtacttcaaattgcatttccggagatttacaccagaaatttgatcgtttcttttgtggacttgagatgtctgagggagagtttgtaagaggagttgcacaccgtctccattccatggaggtcaaggataggggtacagggcttgggcatccttgggtttgcgctgctgctgttgcggtgggcttcggggttatggcaggattgtgcattgcgatgaagcgagcaaattag More
Protein seq		MPPHEDALDAGAVDVLTFRLHPLAVLKLSHRIRKFVHLHDDQYQQARMSGCVIGVRRGGTVDISDTFDILHDPDPGTFDRALLEKDQEIYKKAFPDLSVLGWYSIGTNVHTTDTGIHHGDYTDMQIHQTLMDANGTAFYLLLNPAINFSHKDIPVTIYERVLCNSDGSPPVSFVQGNYTVEIVGAERISLDHADFLYPSPCVVFDVLAPPLGEKKNAFRTMLFETPSGFAMFRVSDVLFRYPEDIWSSFTDPHTVHQVVRTIGFIEVGDKSVVWDNDIGPGEDIEHFILKFPIKSLVVPDAQLKFIIEKNLNISCWFNGRIVPELIWGLNYALDEFVPREKGNLSDERHFPLSKQLHEQLKAYGFSISPQLINREFITSFGYLNYLERTSNCISGDLHQKFDRFFCGLEMSEGEFVRGVAHRLHSMEVKDRGTGLGHPWVCAAAVAVGFGVMAGLCIAMKRAN
Function		COP9 signalosome complex subunit 6 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6ZKM2]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLima_12g0020860	OsLima_12g0020860.01	Chr12	25425924	25430871	+	NAM
CDS seq	atgccgccgcatgaggacgccctcgatgccggcgccgttgacgtgctcacctttaggctccaccccctcgctgtcttgaaattatcccaccgcatccgcaagttcgtccatctccacgatgaccaataccagcaagcgaggatgtctgggtgcgttatcggggttcggcgtggtgggacggtggatatctccgataccttcgacatcttgcacgaccccgaccccggaaccttcgaccgcgccttactggagaaggatcaggagatctacaagaaggccttccctgacttgtccgttctcgggtggtactccattgggaccaaTGtgcacaccaccgacacgggaatccaccatggggactacaccgacatgcaaatccaccagaccttgatggatgctaatggaacagccttttatcttctattaaatcctgcaatcaacttttcccataaggatattcctgtgactatttatgaaagagtgttgtgcaattccgatgggagtcccccggtcagctttgtccaaggaaactatacagttgagattgtaggagcagagaggatatctttagaccatgctgattttctctatccaagtccatgcgtagtcttcgatgttcttgcaccacctcttggagaaaaaaaaaatgcatttaggacgatgctatttgaaaccccttcgggatttgcaatgttccgtgtttcggatgttttatttagatatccggaggacatatggtcgagttttactgatccacatactgtacaccaggtcgttcgtaccattggttttattgaggttggtgacaaatctgttgtatgggataatgatattggtcctggcgaggatatagagcactttatcctaaaaTttccaattaaatcattggttgttccagatgcacagcttaaatttattattgagaaaaaccttaacattagctgttggtttaatgggcgtattgttcctgagttgatttggggactaaattatgccctggacgaatttgtgcctcgagagaagggcaacctatcagatgaacgccattttccactgagcaagcaactgcatgagcagttaaaagcatatggatttagtatctcaccacaattgattaacagagagtttataaccagttttggttacttaaattatctggaacgtacttcaaattgcatttccggagatttacaccagaaatttgatcgtttcttttgtggacttgagatgtctgagggagagtttgtaagaggagttgcacaccgtctccattccatggaggtcaaggataggggtacagggcttgggcatccttgggtttgcgctgctgctgttgcggtgggcttcggggttatggcaggattgtgcattgcgatgaagcgagcaaattag More
Protein seq	MPPHEDALDAGAVDVLTFRLHPLAVLKLSHRIRKFVHLHDDQYQQARMSGCVIGVRRGGTVDISDTFDILHDPDPGTFDRALLEKDQEIYKKAFPDLSVLGWYSIGTNVHTTDTGIHHGDYTDMQIHQTLMDANGTAFYLLLNPAINFSHKDIPVTIYERVLCNSDGSPPVSFVQGNYTVEIVGAERISLDHADFLYPSPCVVFDVLAPPLGEKKNAFRTMLFETPSGFAMFRVSDVLFRYPEDIWSSFTDPHTVHQVVRTIGFIEVGDKSVVWDNDIGPGEDIEHFILKFPIKSLVVPDAQLKFIIEKNLNISCWFNGRIVPELIWGLNYALDEFVPREKGNLSDERHFPLSKQLHEQLKAYGFSISPQLINREFITSFGYLNYLERTSNCISGDLHQKFDRFFCGLEMSEGEFVRGVAHRLHSMEVKDRGTGLGHPWVCAAAVAVGFGVMAGLCIAMKRAN More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.0	0.0	None

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_12g0622900	RBH	0.223030	0.432705	0.000000
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os12g42810	RBH	0.143402	0.276706	0.000000
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os12g0622900	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_12g0021330	RBH	0.000000	0.0	0.000000
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_12g0021400	RBH	0.000000	0.621264	0.642645
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_12g0021760	RBH	0.000000	0.0	1.062476
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_12g0021070	RBH	0.093720	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_12g0020740	RBH	0.0	0.0	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_12G0356500	RBH	0	0	0
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_12g0020480	SBH	0.202294	0.947392	1.167453
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_12G0387800	RBH	0.401364	0.504983	0.865494
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_12g0020820	RBH	0.065683	0.000000	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_12g0021090	RBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_12g0021000	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_12g0021060	RBH	0.0	0.0	0.000000
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_12g0021290	RBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_12G020750	RBH	0.0	0.0	0.0
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_12g0020520	RBH	0.0	0.0	0.0

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