Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_12g0007590 | OGI:12019950 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr12:6951325-6956165 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | tgaattaaaagctttgggtgcacattgccttcaaagttcaaacggtgcaagggcagggcaggtacgtagctctctggcctgtgggctgctggtttcttcctccacacctctaaaaagtactactttttttctattgtattgcttaggccatttcttgtaagcacttaggttgtgttattccccttctttcccaactcaactatctttttcttccatgtaagcttttcaaactgctaatggtacgttcttggtaaaagttttctgaagttgTtttaaaaaatcatattaatttttttttttttgctaatacttaattaatacgtgttaatctcagccttagtatttgttaacaggttgtagcatgtaggatttaattctttcataattaaataaataatctatcagtttccatttagaatgctggctaattctttaattcttatgtttctcttgatccatgcttcattactactagctgttgttatttgggttcatctgttgctcggtcgaggctactctcagtggtcagaaatctaagcttcattgaggaagcaccggtggtaagtgtacaactaacccaacacaagtcggttactaattattatattaaccgcctaaatttctcctaaaaaataagcaccattttaaaactctaataaataaacaccttaatttggctatttgcaggaccaaagagaggcatgtcgacgatggtggtgagcgcatacaagggggtgattgactctgttcttgcaaagctcagagagctgatgggaggggacaTGtgtgccaacctcataggcgtgtccagcagggacattttgttcctcaGggatgagctgcctgccatgagtgctctcctggagaagctggatgatgccgaagaactcgattcggagacgaaaaattggaggaaccaagtgagggagatgacctacgacatcgaggactgcatcgatgatttcagtaacaacatcacaagcgtagacgctaagacggggttcctctacaaggcttcccaatttctcaagacttgcagggctcatcttgaggctgcctggcaaatcaaagagctcaagactcgtctacaggagataaacgagcggcgtaagaggtataaggttggacattacatctctaatactacctcagtgacagttgaccctcgcatctcggcattctataaggagacagccggccttgtaggcattgacagcccaaagagagagctcaccaaattggtgatggacgaagagacgcaattgaaggttatgtcaatagttggatttggaggcctaggcaagaccaccctagctagtcaggtgtatcgtgaagttggagtgcagttcaactgtaaggcatttgtatctatttctcaaaaaccagacatggtaaggctactcacaagtttgctgttacaactcaagcaacatccctctcatgcttgtggggtgcaagaactcatcgacaatctcagggaatatctaatggataaaaggtagatattcacattatttattcagtttctaggaataaattaacgtcttatcatagtagttctttctttaactaaataataaaacttctaggaaattaatttcTtttcctcctaagtattaggtcaaaatatgcgtgcacacctttagatttccacaaaagcttggatttcttgtttcaaaaaatttaagacccgttaacacatacttaatttgactagttttaggaacagaggacacaaatgaaattaaattttacttactaaggatcatctataaatggtgcacattcatgctactacctccatccaaaaaaactagcaaatttcagatagattagtactcaacacaaattaccgttgtacccctgtttaatgttgtttctaatgactcaacatcactctcaattcaccatgcatgcaaataaaaagaaaaggttcagccaattagcccacctaattagcattctcaaattaactagttgggtcctaccttgctagaaacacaaatttttggtgcacattttgaatggtagaaatacatttaaagatattaattgatgattttagtgtctatgtatttatatggtcacatttgactttgatggtttttctgtccatcaataaggtaaagctcgaattaattaattgctcaattatttcctacatactgtacatttgtatatttgaaaaatagttgcatatttaatacaagtattcgcttcaaatataaagatgaatataatgtactcctctccatccaaaaaaaataaggatttctaggttgtttagcaaatattaaagtaaaggataatagagtttagtattcctcttaaatgagggatggattggagtgggagggtgtttgaggttaaagaTGgtgaaaattgattgagatgattgatgggatacatagtagaatgcttatatttgtagataaatttcaaaatctgggaatttttatatttatggacagaggaaatagaatctagtttccaattgcacgagctttgattttgctaaatctatttaaaagcgagtgtttaattattccttgcaatttaatatgtaccgcacgtgaaatgtttttgtaggtacttcattgtagttgatgatttgtgggatgttccttcatggaatattattacatgtgcttttccacaaaataatcaacatagcagagttataataactacgagacacggggatgtggctaggacatgttccagtgaccatggaagcattaacaatatgaagCccctaagtgcccaaaactcaagagaactattcttcaacagaatatttgggtctaaagattattgtccctcttacttggaagaagtctcatgtaaaatactgaagaagtgtggtggcctaccgcttgcaattgttactgtagctagtattttagcttgccaacccacaagactgaaggaggaatgggagtacattcaaagttctctagccactaacaaatttgcaaggaagtccaccttggaagacatgatgcaaatcttggagctcagctacaagagtctgccacatcatctcaaagcatgctttctttatcttggtgcttacccagaggattgtgtgattagcaaggttgatcttattaaaaggtgggtagcagaaggttttgtgagtcactctcctgggcaagatgcatgggttgttgcagagagctatttcaatgagctggtgaatagaagcatgattcaacttccatatcagggctactacaatgaagtatctcattgcaaggttcatgatatgatgctagacatgattctaatgaggtgcaaggaagataatttcatcagtgtgatacaagatccacgagcggcgatagaagttcaagacaagattcgtcggctcaccattgacttgaatggtgccatgggtgacacaatggatatgaacattactaggaaagtgtcacaagttcgttctcttggtgtatttggaggatcaaagtggatacctcctttgttggagtttaagtttctgcgggtgttattccttgaattctttctacgagagatgataattgacctcactagtatcaaccaactgtcccagctgagatatttaaaggttgaatgcaaggaatgcctaatggatggtgacataccatcacaagtttccatagtgttaccaagtcaaatccggaggctacaacatttggaaaccttggagttaccctgggtatcagaatgcagcatcccatcaatatcaggcatcattgatttgccgcgcttgacccatctagtgttgcgacagcataaggggggattaccggatgggattagaaaattgaagtcattgcgcactttgcatggctttaatctaccagtaagctcattggaaaatattgatgccttgggtgagctcactagtctagcagatttgtcactccattgtggcaaacaagacacaaaatctactactccaggatggatgactgctctgagttgttccatcgagaaactcggtaatctcaaaggtctttatgtgaggtctaatagtcctagctgctgcgccgatgcgatgagcagctggttttcacctccatttctcaaccttgagaagcttgatctgctagattggacattctccaaagttcctagatggattggccaactccatagcctccgtgagttggcacttgggggcaagaagatactccaggaagatgttagtatgatcggcacaatgctacccttcctcacccatctaagcctacgtattgttacatgcaatatcgcggtgaaggaaagcaggatcatgatagaaggctccataggattcgcggctctccggtttttctgttttgactctaataggatgtcacacctagagtttggggtaggtgctatgccccagctcaagaggctgctattagcacttgatccatgggaatgggatgaggccacacctgttggacttaaacacctcttgtacctcgaggaaatacgagtattgacagcatcaacagctgttgcttctgcaggatctgaatcaatgaatggcaagtctgcactagtcaagggtgtgttccatgatgccgctaatgctctccagagtcgcccagcatttaccgtgctcccaaggatccgttctctctctgatcacgtaaattgttgtaaaattaatatggaaacagttgcatgtaagtaggatttttagggaatgtatctgtaattgttgtagcaagatttgttcttgttccaactgaacatggttgttaatgttcttacttgtaattgtaagttctaatcttacatcaaaaggatgcttagcctaacacatgatcaccaagataatctaatgtggaatttggtgc
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| Protein seq | MSTMVVSAYKGVIDSVLAKLRELMGGDMCANLIGVSSRDILFLRDELPAMSALLEKLDDAEELDSETKNWRNQVREMTYDIEDCIDDFSNNITSVDAKTGFLYKASQFLKTCRAHLEAAWQIKELKTRLQEINERRKRYKVGHYISNTTSVTVDPRISAFYKETAGLVGIDSPKRELTKLVMDEETQLKVMSIVGFGGLGKTTLASQVYREVGVQFNCKAFVSISQKPDMVRLLTSLLLQLKQHPSHACGVQELIDNLREYLMDKRYFIVVDDLWDVPSWNIITCAFPQNNQHSRVIITTRHGDVARTCSSDHGSINNMKPLSAQNSRELFFNRIFGSKDYCPSYLEEVSCKILKKCGGLPLAIVTVASILACQPTRLKEEWEYIQSSLATNKFARKSTLEDMMQILELSYKSLPHHLKACFLYLGAYPEDCVISKVDLIKRWVAEGFVSHSPGQDAWVVAESYFNELVNRSMIQLPYQGYYNEVSHCKVHDMMLDMILMRCKEDNFISVIQDPRAAIEVQDKIRRLTIDLNGAMGDTMDMNITRKVSQVRSLGVFGGSKWIPPLLEFKFLRVLFLEFFLREMIIDLTSINQLSQLRYLKVECKECLMDGDIPSQVSIVLPSQIRRLQHLETLELPWVSECSIPSISGIIDLPRLTHLVLRQHKGGLPDGIRKLKSLRTLHGFNLPVSSLENIDALGELTSLADLSLHCGKQDTKSTTPGWMTALSCSIEKLGNLKGLYVRSNSPSCCADAMSSWFSPPFLNLEKLDLLDWTFSKVPRWIGQLHSLRELALGGKKILQEDVSMIGTMLPFLTHLSLRIVTCNIAVKESRIMIEGSIGFAALRFFCFDSNRMSHLEFGVGAMPQLKRLLLALDPWEWDEATPVGLKHLLYLEEIRVLTASTAVASAGSESMNGKSALVKGVFHDAANALQSRPAFTVLPRIRSLSDHVNCCKINMETVACK |
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| Function | Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2R8L1] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_12g0007590 | OsLima_12g0007590.01 | Chr12 | 6951325 | 6956165 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgtcgacgatggtggtgagcgcatacaagggggtgattgactctgttcttgcaaagctcagagagctgatgggaggggacaTGtgtgccaacctcataggcgtgtccagcagggacattttgttcctcaGggatgagctgcctgccatgagtgctctcctggagaagctggatgatgccgaagaactcgattcggagacgaaaaattggaggaaccaagtgagggagatgacctacgacatcgaggactgcatcgatgatttcagtaacaacatcacaagcgtagacgctaagacggggttcctctacaaggcttcccaatttctcaagacttgcagggctcatcttgaggctgcctggcaaatcaaagagctcaagactcgtctacaggagataaacgagcggcgtaagaggtataaggttggacattacatctctaatactacctcagtgacagttgaccctcgcatctcggcattctataaggagacagccggccttgtaggcattgacagcccaaagagagagctcaccaaattggtgatggacgaagagacgcaattgaaggttatgtcaatagttggatttggaggcctaggcaagaccaccctagctagtcaggtgtatcgtgaagttggagtgcagttcaactgtaaggcatttgtatctatttctcaaaaaccagacatggtaaggctactcacaagtttgctgttacaactcaagcaacatccctctcatgcttgtggggtgcaagaactcatcgacaatctcagggaatatctaatggataaaaggtacttcattgtagttgatgatttgtgggatgttccttcatggaatattattacatgtgcttttccacaaaataatcaacatagcagagttataataactacgagacacggggatgtggctaggacatgttccagtgaccatggaagcattaacaatatgaagCccctaagtgcccaaaactcaagagaactattcttcaacagaatatttgggtctaaagattattgtccctcttacttggaagaagtctcatgtaaaatactgaagaagtgtggtggcctaccgcttgcaattgttactgtagctagtattttagcttgccaacccacaagactgaaggaggaatgggagtacattcaaagttctctagccactaacaaatttgcaaggaagtccaccttggaagacatgatgcaaatcttggagctcagctacaagagtctgccacatcatctcaaagcatgctttctttatcttggtgcttacccagaggattgtgtgattagcaaggttgatcttattaaaaggtgggtagcagaaggttttgtgagtcactctcctgggcaagatgcatgggttgttgcagagagctatttcaatgagctggtgaatagaagcatgattcaacttccatatcagggctactacaatgaagtatctcattgcaaggttcatgatatgatgctagacatgattctaatgaggtgcaaggaagataatttcatcagtgtgatacaagatccacgagcggcgatagaagttcaagacaagattcgtcggctcaccattgacttgaatggtgccatgggtgacacaatggatatgaacattactaggaaagtgtcacaagttcgttctcttggtgtatttggaggatcaaagtggatacctcctttgttggagtttaagtttctgcgggtgttattccttgaattctttctacgagagatgataattgacctcactagtatcaaccaactgtcccagctgagatatttaaaggttgaatgcaaggaatgcctaatggatggtgacataccatcacaagtttccatagtgttaccaagtcaaatccggaggctacaacatttggaaaccttggagttaccctgggtatcagaatgcagcatcccatcaatatcaggcatcattgatttgccgcgcttgacccatctagtgttgcgacagcataaggggggattaccggatgggattagaaaattgaagtcattgcgcactttgcatggctttaatctaccagtaagctcattggaaaatattgatgccttgggtgagctcactagtctagcagatttgtcactccattgtggcaaacaagacacaaaatctactactccaggatggatgactgctctgagttgttccatcgagaaactcggtaatctcaaaggtctttatgtgaggtctaatagtcctagctgctgcgccgatgcgatgagcagctggttttcacctccatttctcaaccttgagaagcttgatctgctagattggacattctccaaagttcctagatggattggccaactccatagcctccgtgagttggcacttgggggcaagaagatactccaggaagatgttagtatgatcggcacaatgctacccttcctcacccatctaagcctacgtattgttacatgcaatatcgcggtgaaggaaagcaggatcatgatagaaggctccataggattcgcggctctccggtttttctgttttgactctaataggatgtcacacctagagtttggggtaggtgctatgccccagctcaagaggctgctattagcacttgatccatgggaatgggatgaggccacacctgttggacttaaacacctcttgtacctcgaggaaatacgagtattgacagcatcaacagctgttgcttctgcaggatctgaatcaatgaatggcaagtctgcactagtcaagggtgtgttccatgatgccgctaatgctctccagagtcgcccagcatttaccgtgctcccaaggatccgttctctctctgatcacgtaaattgttgtaaaattaatatggaaacagttgcatgtaagtag
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| Protein seq | MSTMVVSAYKGVIDSVLAKLRELMGGDMCANLIGVSSRDILFLRDELPAMSALLEKLDDAEELDSETKNWRNQVREMTYDIEDCIDDFSNNITSVDAKTGFLYKASQFLKTCRAHLEAAWQIKELKTRLQEINERRKRYKVGHYISNTTSVTVDPRISAFYKETAGLVGIDSPKRELTKLVMDEETQLKVMSIVGFGGLGKTTLASQVYREVGVQFNCKAFVSISQKPDMVRLLTSLLLQLKQHPSHACGVQELIDNLREYLMDKRYFIVVDDLWDVPSWNIITCAFPQNNQHSRVIITTRHGDVARTCSSDHGSINNMKPLSAQNSRELFFNRIFGSKDYCPSYLEEVSCKILKKCGGLPLAIVTVASILACQPTRLKEEWEYIQSSLATNKFARKSTLEDMMQILELSYKSLPHHLKACFLYLGAYPEDCVISKVDLIKRWVAEGFVSHSPGQDAWVVAESYFNELVNRSMIQLPYQGYYNEVSHCKVHDMMLDMILMRCKEDNFISVIQDPRAAIEVQDKIRRLTIDLNGAMGDTMDMNITRKVSQVRSLGVFGGSKWIPPLLEFKFLRVLFLEFFLREMIIDLTSINQLSQLRYLKVECKECLMDGDIPSQVSIVLPSQIRRLQHLETLELPWVSECSIPSISGIIDLPRLTHLVLRQHKGGLPDGIRKLKSLRTLHGFNLPVSSLENIDALGELTSLADLSLHCGKQDTKSTTPGWMTALSCSIEKLGNLKGLYVRSNSPSCCADAMSSWFSPPFLNLEKLDLLDWTFSKVPRWIGQLHSLRELALGGKKILQEDVSMIGTMLPFLTHLSLRIVTCNIAVKESRIMIEGSIGFAALRFFCFDSNRMSHLEFGVGAMPQLKRLLLALDPWEWDEATPVGLKHLLYLEEIRVLTASTAVASAGSESMNGKSALVKGVFHDAANALQSRPAFTVLPRIRSLSDHVNCCKINMETVACK
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.0 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_12g0237900 | RBH | 0.226269 | 0.541436 | 0.184342 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os12g13550 | RBH | 0.152967 | 0.364048 | 0.047438 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os12g0237900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0007760 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.293886 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_12g0007850 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0007930 | RBH | 0.0 | 1.088162 | 0.293943 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_12g0007940 | RBH | 0.044446 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_12g0007750 | RBH | 0.000000 | 1.076063 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_12G0108100 | RBH | 0.2252775 | 0.093166 | 0.017607 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_12g0007730 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_12G0113800 | RBH | 0.34675 | 0.0990065 | 0.020711 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_12g0007870 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_12g0007710 | RBH | 0.734099 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_12g0007710 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_12g0007730 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_12G007640 | RBH | 0.048857 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_12g0007690 | RBH | 0.148098 | 0.0 | 0.731364 |
