Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_07g0017360 | OGI:01024340 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:21632517-21639171 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MVEPGSASEIGGRAPGVLREAIALMGSGNCQKAPELGRGINMSKRKVLEQGTSNVFDRPQYPFANPEISDGSDENFREDDTESDDDFDMDYVMLELYRKTIVQSMKRKMKKNSNVLLENQKMKKQTCLTKANSSFSRFLAKYFSEVIADLSGPQRFIIEKYGFANLLLFDVKSAPKKLASWIAKRFDLSSSEIILRDKVIPVTKHSVTVVLGLPTGRRDFGKNFDIGKEIILSRFVPGVKYLTIFEDIKALDSYNWSKFVYEWLLIHIKKFQKSKNLGGCLHIWAILYLDFVDFGQRSVPKGIPRISAWNDDLIATFSDLDKIDDTTYGLRPLKDISCTSYFEEQMLSFRHKLDSAIGNFLSDSLKDNICDKLTSHCSINHVSDSLSCEDVILSILQMLHDPSSSETVQLDSRNIAHTAAANASFQTDKLHVGFNNHSFQFNEKRTPHSKSYAEHSVGNHPLSTEDFAPHFWCGQASASLSAQASAATAAIDAVKDVAKKIRSRMAHLKSKEKMNRIFNGTRSFLEILDSEDSRDCDSDDCLPHIVDSEADFNENESPIDARPLSSQIALNSNSFHPNVRTYNNLKTLSNNKDKGKFDAEFVKKRAFQDLTHIYNKSNQFDSNYKVFGSGFNNSGASSSGGRLPSHGPRRPLKPSRHASDPFVPVRRRFPVSEQENKYFTAICCLAHTRWQSLFTVNIDNVRITFSNFGNSLRIGGDVSNYVISAFCRLMFHNNHPSKSKKNYFFSSIGVSISAYI |
||||||||||
| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_07g0017360 | OsLima_07g0017360.01 | Chr07 | 21632517 | 21639171 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggtggagcctgggagtgcttcggagatcggcggaagagctccgggagtgctccgggaggccatagcactcatgggctccggtaactgccagaaggctccggagctcgggaggggcatcaatatgtctaagaggaaagtacttgaacagggaactagcaatgtctttgaccgtcctcagtatccatttgctaatcctgaaatttctgatggttcagatgaaaattttagagaagatgacacagaatcagatgatgattttgacatggattatgtcatgcttgagttgtacaggaagacaattgtgcaaagcatgaaaagaaagatgaagaagaattctaatgttcttctagagaatcaaaagatgaagaaacaaacttgtcttactaaggccaactcttcattctcaagatttttagcaaagtatttttctgaagttattgcagatttatctggtcctcagaggtttatcattgagaaatatgggtttgcaaatttgcttctgtttgatgttaaatctgcacctaagaagcttgcgtcatggattgccaagagatttgatttgagctcatctgaaatcattcttagagacaaagttattccagtcacaaagcatagtgttactgtcgtgcttggtttgccaactggacgaagagattttgggaagaatttcgatattgggaaagaaataattctctcaagatttgtcccaggtgtgaagtatcttaccatctttgaagatattaaagctttggattcttataattggtcaaagtttgtgtatgagtggctcttgattcatatcaaaaagttccaaaagtcaaagaacttgggtggttgcttacatatttgggctattttgtacctcgattttgttgattttggtcagagaagtgttcctaaaggaatccctcgtatctcagcctggaacgatgatttgattgctacgttttctgatttagacaaaattgatgacaccacttatggacttaggccactgaaggatattagttgcactagttactttgaggaacaaatgctttcattccgtcacaaacttgattcagctattgggaattttttgtctgatagtttgaaagataacatttgtgataagcttaccagtcactgttctataaatcatgtctctgatagtctgtcatgtgaagatgttattctcagtattttacagatgttgcatgaccctagttcatctgaaacagttcaacttgacagtcgtaatattgcacacacagctgcagccaatgcttcatttcaaactgataagctacatgttggatttaacaatcactcatttcaatttaatgaaaagcgaactcctcacagtaaatcttatgctgaacattctgttggaaaccacccattgtcaactgaagattttgctcctcacttttggtgcggacaagctagtgctagtctaagtgctcaagcttcagctgctacagcagctattgatgctgttaaagatgttgcaaagaaaattaggtcaagaatggctcatcttaaatctaaagagaagatgaataggatttttaatggcactagatctttccttgagattcttgattccgaagattctagagattgtgacagtgatgattgcttgcctcatattgtggattctgaggcagatttcaatgaaaatgagtcacctattgatgcaaggcccttgtcctcccaaattgctctcaattctaactctttccacccaaatgtgagaacatataacaatttgaagactctgagcaataacaaggataaaggaaaatttgatgctgaatttgtcaagaaaagggcattccaagatctcacacatatttacaacaagagcaatcaatttgattccaattacaaagtatttggctctggtttcaataattctggagcaagctcttcaggtggcagattgccctcacatggtccaagaagacctcttaagccatctagacatgcaagtgatccttttgtaccagttagacggcgctttccagtttctgaacaagaaaacaagtacttcactgcaatttgttgtctcgctcatactagatggcaaagcttgtttacagtaaatattgacaatgttcgtatcacattttccaattttggaaattctttgaggattggtggtgatgtttcaaactatgtgatatctgccttttgtcgactgatgttccacaacaaccatccatctaaatcaaagaagaattatttcttttcttccattggggtaagtatttctgcatacatatag
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| Protein seq | MVEPGSASEIGGRAPGVLREAIALMGSGNCQKAPELGRGINMSKRKVLEQGTSNVFDRPQYPFANPEISDGSDENFREDDTESDDDFDMDYVMLELYRKTIVQSMKRKMKKNSNVLLENQKMKKQTCLTKANSSFSRFLAKYFSEVIADLSGPQRFIIEKYGFANLLLFDVKSAPKKLASWIAKRFDLSSSEIILRDKVIPVTKHSVTVVLGLPTGRRDFGKNFDIGKEIILSRFVPGVKYLTIFEDIKALDSYNWSKFVYEWLLIHIKKFQKSKNLGGCLHIWAILYLDFVDFGQRSVPKGIPRISAWNDDLIATFSDLDKIDDTTYGLRPLKDISCTSYFEEQMLSFRHKLDSAIGNFLSDSLKDNICDKLTSHCSINHVSDSLSCEDVILSILQMLHDPSSSETVQLDSRNIAHTAAANASFQTDKLHVGFNNHSFQFNEKRTPHSKSYAEHSVGNHPLSTEDFAPHFWCGQASASLSAQASAATAAIDAVKDVAKKIRSRMAHLKSKEKMNRIFNGTRSFLEILDSEDSRDCDSDDCLPHIVDSEADFNENESPIDARPLSSQIALNSNSFHPNVRTYNNLKTLSNNKDKGKFDAEFVKKRAFQDLTHIYNKSNQFDSNYKVFGSGFNNSGASSSGGRLPSHGPRRPLKPSRHASDPFVPVRRRFPVSEQENKYFTAICCLAHTRWQSLFTVNIDNVRITFSNFGNSLRIGGDVSNYVISAFCRLMFHNNHPSKSKKNYFFSSIGVSISAYI
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.0 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0017730 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0000490 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0008060 | SBH | 2.259145 | 2.574327 | 1.763532 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0017490 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0017640 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0340600 | RBH | 0.0073285 | 0.0057685 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0018140 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0355100 | RBH | 0 | 0 | 0.0027905 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0017550 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0017490 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_07g0017750 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0017530 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G000240 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0021880 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
