Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_07g0003930 | OGI:07009930 | 16/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:3234385-3245737 | ||||||||
| Gene Symbol | OsM5, M5, OsM5a, OsUBP5-2, UBP5-2, OsUBP13, UBP13 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MPVVPSEPAATVENQQIEDPPISRFTWTIENLSRVSTKKLYSEIFVVGGYKWRILIFPRGNNVEYLSMYLDVADSAVLPYGWTRYAQFSLSVVNQMHNKFTIRKETQHQFSARESDWGFTSFMPLGDLYNPSRGYLVNDTCIVEAEVAVCKVVDYWSYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVFICPQLRMTCFGKHSISSAKSLYKLQYNDSNLQLDVKGCQDVYASFDKYVEVERWKEITSITQNNMDCRFFFLVSGCKERCSFIDFPPVLPLQLKRFEYDFMRDTMVKINDRYEFPIQLDLDRDDGKYLSPDADRNVRNLYTLHSVLVHSGWFMVGITMLSYGYSSDQWYDYFVGTNCINQLLLTGLQLVKFDDERVTKEDAKRALKSIYGGEEEIRLEKDREEKERRKKEKAEAHLYTIIKVARDDDLTTQIGKDIYFDLVDHDKVPSFRIQKQMPFTQFKVGQLKEAANKAHNAELKLFLEVELGLDLKPLLCLTRQRRYIAFSSNSMILKRNNCGMW |
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| Function | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FPT1] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_07g0003930 | OsLiXu_07g0003930.03 | Chr07 | 3235117 | 3245719 | + | NAM | ||
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_07g0003930 | OsLiXu_07g0003930.02 | Chr07 | 3235117 | 3245719 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggctggtttttcacaggatgaggaaattgaactttatgaggaaatcaagtttgagcccaatgtaatgtgtgaatatattgacaataggcttctatttcgagcttgccagcttgaagatggtgacatcgtttgttttcaaaaatctccaaagccagatactgctgaccaatatagataccctgatgtcccatccttttggtgtagtccattttcgttcattggagaagccaaagaggatgattttgtttag
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| Protein seq | MAGFSQDEEIELYEEIKFEPNVMCEYIDNRLLFRACQLEDGDIVCFQKSPKPDTADQYRYPDVPSFWCSPFSFIGEAKEDDFV |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| CDS seq | atgccagttgtgccttctgagccagccgccactgtggaaaaccagcagattgaagatccaccaatctctagatttacttggaccattgagaacctatcaagagtgagcacaaagaaactctactctgaaatttttgttgttggggGctacaagtggcggattttgattttcccaAggggaaataatgttgaatatctgtctatgtatttggatgtggctgattcagcagtcctgccttatgggTggactagatatgcgcagttcagcctctctgtggtcaatcaaAtgcacaacaagtttacaataagaaaagaaacacaacatcaattctctgctcgagaaagtgattggggttttacttcctttatgcctttgggtgatctctacaaccccagtagaggctatcttgtaaatgatacttgtatagtggaggccgaagttgctgtatgtaaggtggttgattattggagctatgactctaaaaaggaaactggttatgttggtctgaaaaAtcaaggtgctacttgctatatgaattctcttcttcagactctgtaccatattccatatttcagaaaggctgttttcatatgcccacaactgagaatgacatgcttcgggaagcattccattagctctgcaaagtctctttataagctgcagtataatgacagcaatcttcagcttgatgtcaaaggttgtcaggatgtctatgcttcttttgataagtatgtagaggtggagcgctggaaggagataacaagtatcacgcagaacaatatggactgcagattttttttcttggtttcaggatgcaaagaaaggtgttctttcatcgacttccctcctgttttgccacttcagctaaaacgctttgaatatgatttcatgcgtgatacaatggtaaagataaatgaccgctatgagttcccgattcagttggatcttgatagagatgatggaaagtacctctctccagatgcagataggaatgtgcggaatctttacactcttcacagtgttctcgtccatagtgggtggttcatggtgggcattactatgctttcatacggctactcttctgatcagtggtatgattattttgttggtactaactgtatcaaccagttgctgcttacaggcttacagctagttaagtttgatgatgagcgtgtaacaaaagaggatgcaaagagggcattgaagagcatatatggtggtgaggaggagattagattagaaaaggatcgtgaggaaaaggagcgtcgaaagaaggagaaagctgaggcccacctatatactatcattaaggttgcaagggatgatgacttgaccactcaaatagggaaggacatatattttgatcttgttgatcatgataaggtcccaagtttccgcatccagaagcagatgcctttcactcaattcaaggttggacagctaaaagaagcagcaaataaggctcataacgcagaactaaaattgttcttggaggtTgaacttggactggaccttaaacctcttctctgcctgacaagacagagaagatatattgctttttcttcaaactctatgatcctgaaaaggaacaactgcggtatgtggtag
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| Protein seq | MPVVPSEPAATVENQQIEDPPISRFTWTIENLSRVSTKKLYSEIFVVGGYKWRILIFPRGNNVEYLSMYLDVADSAVLPYGWTRYAQFSLSVVNQMHNKFTIRKETQHQFSARESDWGFTSFMPLGDLYNPSRGYLVNDTCIVEAEVAVCKVVDYWSYDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVFICPQLRMTCFGKHSISSAKSLYKLQYNDSNLQLDVKGCQDVYASFDKYVEVERWKEITSITQNNMDCRFFFLVSGCKERCSFIDFPPVLPLQLKRFEYDFMRDTMVKINDRYEFPIQLDLDRDDGKYLSPDADRNVRNLYTLHSVLVHSGWFMVGITMLSYGYSSDQWYDYFVGTNCINQLLLTGLQLVKFDDERVTKEDAKRALKSIYGGEEEIRLEKDREEKERRKKEKAEAHLYTIIKVARDDDLTTQIGKDIYFDLVDHDKVPSFRIQKQMPFTQFKVGQLKEAANKAHNAELKLFLEVELGLDLKPLLCLTRQRRYIAFSSNSMILKRNNCGMW
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_07g0003930 | OsLiXu_07g0003930.04 | Chr07 | 3234385 | 3245737 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | gacccaaaaacctcctcccccccttctcattctctctcttctctctcCtccACctccccacctcctcgcgatctccacccccacaccccacccccaaccccgcgacccactcccaggtgggccccacatcgcCgccggcgaccgcgactcatctcctcggctcccgcgccgccgcgtccgcgcggccatgacgacctctcccccgccaccgccGcccgccgagagttgtgccttctgagccagccgccactgtggaaaaccagcagattgaagatccaccaatctctagatttacttggaccattgagaacctatcaa
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| Protein seq | DPKTSSPPSHSLSSLSSTSPPPRDLHPHTPPPTPRPTPRWAPHRRRRPRLISSAPAPPRPRGHDDLSPATAARRELCLLSQPPLWKTSRLKIHQSLDLLGPLRTYQ |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr07 | 3236569 | 3237106 | + | OsLiXu_07g0003930.01 | OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01 | All |
| SE | Chr07 | 3238586 | 3238885 | + | OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03 | OsLiXu_07g0003930.01,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.02 | All |
| SE | Chr07 | 3239193 | 3240449 | + | OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03 | OsLiXu_07g0003930.01,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.02 | All |
| SE | Chr07 | 3242119 | 3242389 | + | OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01,OsLiXu_07g0003930.02 | OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01 | All |
| SE | Chr07 | 3242454 | 3242708 | + | OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01,OsLiXu_07g0003930.02 | OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01 | All |
| SE | Chr07 | 3242791 | 3244833 | + | OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01,OsLiXu_07g0003930.02 | OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01 | All |
| A5 | Chr07 | 3241270 | 3241610 | + | OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01,OsLiXu_07g0003930.03 | OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.01 | All |
| A5 | Chr07 | 3236174 | 3236270 | + | OsLiXu_07g0003930.02,OsLiXu_07g0003930.03 | OsLiXu_07g0003930.03,OsLiXu_07g0003930.04,OsLiXu_07g0003930.02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.396331 | 0.575848 | 0.368239 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g06950 | SBH | 4.143023 | 4.709767 | 3.029177 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0003940 | SBH | 2.985229 | 36.390793 | 25.399063 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0003920 | SBH | 1.633658 | 7.453974 | 11.641411 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0003810 | SBH | 3.907116 | 34.002201 | 42.146313 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0003760 | SBH | 0.575645 | 1.238830 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0003850 | SBH | 25.045122 | 39.424454 | 67.906631 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0056000 | RBH | 23.032632 | 45.6545065 | 53.866255 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0004380 | SBH | 1.241711 | 4.131053 | 7.214599 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0059900 | RBH | 20.4208555 | 38.365713 | 57.488754 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0003860 | SBH | 1.695340 | 0.810984 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0003860 | SBH | 1.972273 | 27.002979 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0003900 | SBH | 17.778093 | 58.622223 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0038620 | RBH | 3.495373 | 0.0 | 6.661911 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0003840 | SBH | 1.021731 | 15.884046 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G004020 | SBH | 1.865377 | 12.724216 | 11.740918 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0003820 | SBH | 6.511714 | 61.209553 | 34.196362 |
