Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLaMu_08g0006930 | OGI:08021430 | 15/16 | LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:7424380-7436431 | ||||||||
| Gene Symbol | OsOSC12 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Putative disease resistance protein RGA1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA42] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_08g0006930 | OsLaMu_08g0006930.01 | Chr08 | 7424380 | 7436431 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggctgaggtgcatctatcgacttttgcaatctccgttcttggaaaAgcggccttttgtgctgccagcgagattaaatcagcgtggaatttcaagaaagaagtgaggaagttggaaagatctctgaagtccatctgtggtgttcttaaagatgcagagcgcaagcagtctacttcttgtgctctTaaagtgtggctggaagatttaaaggatgtcgtctacgacattgatgaTgttctggatgatgtggccaccaaagatttggagcaaaaggttcataatggtttctatgctggggtcagtcggcagcttgtttacccattcgaattgagccataagataacagtagttcgtcaaaagcttgatgagatagcagctaacagaagggagtttgcattaacagaggagatcatagatacgcaatttttcagtagcaataccagggaaacacattccttcatcaatgagttagacattgttggtagagacgaagcgaaaaacaagattgttgaaatcatactgagtgctgcggatgcatatgctttttctgtgcttcctattgttggtttaggaggcatagggaaaactgcactggccaaactagtgtacaatgatatgaggataaagaaaatgtttgagaagaacttatgggcttgcgtatctaatgtatttgatctaaagaagatactggatgacataatccagtcagatacaggtgaaagcaacaaacaactgagcctgcaaacgctacaaaacaagcttcgtgggtttttacaggaaaacaaatatttactagttctcgatgacatatggagtgataatgttaatgactgggaacaacttaaaaacctcctatctagtggTgGAagaggaagtgttGttgtagttaccacacgtaatatgaatgttgcgtcggtggtgaagacgttggagccatactatgtgccagagctttcatttgatgaAtatatgcaggtatttattcgctatgcatTcagagatgaggaaaaaaAggacacactcttgttagaaattggcaaatgtattgtggagaaatgccacggtgttccCttggcagctaagacAttggggtctgtactgtttggtaaacaggatgttaaggagtggttgcgtattaaggatgcaaatctgtggaatattgagcaaaataaatgcgatatattgccagcctTaaaattgagttatgatgcacttccacctcatcttaaggcatgcttctcttgcctatctgtttttccaaaagactacgtgattttgagagagcttttaattatgttctggatggcactagggttattgcataaaacCagagaaggagatgaaatagaaactattggaggacaatactttaatgaactggatcaaagatctcttttccaagaccattatgttatttataatggctcaattcaaagttgtaaaatgcatgatcttgttcataatcttgcgatgttTgtgtgccataaggagcatgctatcgttaatTgtgaaagtaaagatttatctgaaaaggtTaggcaccttgtgtgggatcgcaaggacttctcaacagagattgaatttcctaagcacctgagaaaggcaaacaagacaaggacatttgcaagcattgataacaatgggaccatgactaaagctttTcttgacaacttcttgtcaacctttacactcctgcgtgttcttattttttctgacgttgattttgatgaGCtaccgagttcaattggaaatcttaagcacttaaggtacctggatctacaatggaatggGaaaattaagttcttaccgaattccctatgtaagttggtgaacttgcaaacactgcaacttagtcggtgcgaccaattagagaagatgccaaaggacgtgcatagacttataagccttagattcttgtgcctcacactgaagaataagtatttatcagaacatgATggATtttgtagtttgacttcactgacatttctgttcttaaattcatgtgctgagttatcatcattgacaaatggatttggtagtctaacttccctccgaaagctctacatcttcaactgtccaaagttggctactctaccctcgaccatgaatcaactctccacacttcaaacattatcgattaataattgccatgagctggatttgttggaaccttcagaagccatgggtggcctggcttgccttgatgtgctccagcttgttgggcttccgaagctagtctgttttccagggagctttATttctgctgctacctctcttcaatattttggtattggaaattgcaatggattaatgaaactgccagatttcattcaaagtttcacttctctcaagaaaattgtgatcaatggctgtcctgagttgagcagaagatgtgctgttaaatcaggggaagacttccatctcatttcccatgttccccaaataacaattgacaagaaaacatatcggaaaattactccatcacatccagaatgttcttcaggtacttctcccgGaacaatgccaatgcttggatga
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| Protein seq | MAEVHLSTFAISVLGKAAFCAASEIKSAWNFKKEVRKLERSLKSICGVLKDAERKQSTSCALKVWLEDLKDVVYDIDDVLDDVATKDLEQKVHNGFYAGVSRQLVYPFELSHKITVVRQKLDEIAANRREFALTEEIIDTQFFSSNTRETHSFINELDIVGRDEAKNKIVEIILSAADAYAFSVLPIVGLGGIGKTALAKLVYNDMRIKKMFEKNLWACVSNVFDLKKILDDIIQSDTGESNKQLSLQTLQNKLRGFLQENKYLLVLDDIWSDNVNDWEQLKNLLSSGGRGSVVVVTTRNMNVASVVKTLEPYYVPELSFDEYMQVFIRYAFRDEEKKDTLLLEIGKCIVEKCHGVPLAAKTLGSVLFGKQDVKEWLRIKDANLWNIEQNKCDILPALKLSYDALPPHLKACFSCLSVFPKDYVILRELLIMFWMALGLLHKTREGDEIETIGGQYFNELDQRSLFQDHYVIYNGSIQSCKMHDLVHNLAMFVCHKEHAIVNCESKDLSEKVRHLVWDRKDFSTEIEFPKHLRKANKTRTFASIDNNGTMTKAFLDNFLSTFTLLRVLIFSDVDFDELPSSIGNLKHLRYLDLQWNGKIKFLPNSLCKLVNLQTLQLSRCDQLEKMPKDVHRLISLRFLCLTLKNKYLSEHDGFCSLTSLTFLFLNSCAELSSLTNGFGSLTSLRKLYIFNCPKLATLPSTMNQLSTLQTLSINNCHELDLLEPSEAMGGLACLDVLQLVGLPKLVCFPGSFISAATSLQYFGIGNCNGLMKLPDFIQSFTSLKKIVINGCPELSRRCAVKSGEDFHLISHVPQITIDKKTYRKITPSHPECSSGTSPGTMPMLG
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_08g0006930 | OsLaMu_08g0006930.02 | Chr08 | 7430023 | 7435771 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggctgaggtgcatctatcgacttttgcaatctccgttcttggaaaAgcggccttttgtgctgccagcgagattaaatcagcgtggaatttcaagaaagaagtgaggaagttggaaagatctctgaagtccatctgtggtgttcttaaagatgcagagcgcaagcagtctacttcttgtgctctTaaagtgtggctggaagatttaaaggatgtcgtctacgacattgatgaTgttctggatgatgtggccaccaaagatttggagcaaaaggttcataatggtttctatgctggggtcagtcggcagcttgtttacccattcgaattgagccataagataacagtagttcgtcaaaagcttgatgagatagcagctaacagaagggagtttgcattaacagaggagatcatagatacgcaatttttcagtagcaataccagggaaacacattccttcatcaatgagttagacattgttggtagagacgaagcgaaaaacaagattgttgaaatcatactgagtgctgcggatgcatatgctttttctgtgcttcctattgttggtttaggaggcatagggaaaactgcactggccaaactagtgtacaatgatatgaggataaagaaaatgtttgagaagaacttatgggcttgcgtatctaatgtatttgatctaaagaagatactggatgacataatccagtcagatacaggtgaaagcaacaaacaactgagcctgcaaacgctacaaaacaagcttcgtgggtttttacaggaaaacaaatatttactagttctcgatgacatatggagtgataatgttaatgactgggaacaacttaaaaacctcctatctagtggTgGAagaggaagtgttGttgtagttaccacacgtaatatgaatgttgcgtcggtggtgaagacgttggagccatactatgtgccagagctttcatttgatgaAtatatgcaggtatttattcgctatgcatTcagagatgaggaaaaaaAggacacactcttgttagaaattggcaaatgtattgtggagaaatgccacggtgttccCttggcagctaagacAttggggtctgtactgtttggtaaacaggatgttaaggagtggttgcgtattaaggatgcaaatctgtggaatattgagcaaaataaatgcgatatattgccagcctTaaaattgagttatgatgcacttccacctcatcttaaggcatgcttctcttgcctatctgtttttccaaaagactacgtgattttgagagagcttttaattatgttctggatggcactagggttattgcataaaacCagagaaggagatgaaatagaaactattggaggacaatactttaatgaactggatcaaagatctcttttccaagaccattatgttatttataatggctcaattcaaagttgtaaaatgcatgatcttgttcataatcttgcgatgttTgtgtgccataaggagcatgctatcgttaatTgtgaaagtaaagatttatctgaaaaggtTaggcaccttgtgtgggatcgcaaggacttctcaacagagattgaatttcctaagcacctgagaaaggcaaacaagacaaggacatttgcaagcattgataacaatgggaccatgactaaagctttTcttgacaacttcttgtcaacctttacactcctgcgtgttcttattttttctgacgttgattttgatgaGCtaccgagttcaattggaaatcttaagcacttaaggtacctggatctacaatggaatggGaaaattaagttcttaccgaattccctatgtaagttggtgaacttgcaaacactgcaacttagtcggtgcgaccaattagagaagatgccaaaggacgtgcatagacttataagccttagattcttgtgcctcacactgaagaataagtatttatcagaacatgATggATtttgtagtttgacttcactgacatttctgttcttaaattcatgtgctgagttatcatcattgacaaatggatttggtagtctaacttccctccgaaagctctacatcttcaactgtccaaagttggctactctaccctcgaccatgaatcaactctccacacttcaaacattatcgattaataattgccatgagctggatttgttggaaccttcagaagccatgggtggcctggcttgccttgatgtgctccagcttgttgggcttccgaagctagtctgttttccagggagctttATttctgctgctacctctcttcaatattttggtattggaaattgcaatggattaatgaaactgccagatttcattcaaagtttcacttctctcaagaaaattgtgatcaatggctgtcctgagttgagcagaagatgtgctgttaaatcaggggaagacttccatctcatttcccatgttccccaaataacaattgacaagaaaacatatcggaaaattactccatcacatccagaatgttcttcaggtacttctcccgGaacaatgccaatgcttggatga
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| Protein seq | MAEVHLSTFAISVLGKAAFCAASEIKSAWNFKKEVRKLERSLKSICGVLKDAERKQSTSCALKVWLEDLKDVVYDIDDVLDDVATKDLEQKVHNGFYAGVSRQLVYPFELSHKITVVRQKLDEIAANRREFALTEEIIDTQFFSSNTRETHSFINELDIVGRDEAKNKIVEIILSAADAYAFSVLPIVGLGGIGKTALAKLVYNDMRIKKMFEKNLWACVSNVFDLKKILDDIIQSDTGESNKQLSLQTLQNKLRGFLQENKYLLVLDDIWSDNVNDWEQLKNLLSSGGRGSVVVVTTRNMNVASVVKTLEPYYVPELSFDEYMQVFIRYAFRDEEKKDTLLLEIGKCIVEKCHGVPLAAKTLGSVLFGKQDVKEWLRIKDANLWNIEQNKCDILPALKLSYDALPPHLKACFSCLSVFPKDYVILRELLIMFWMALGLLHKTREGDEIETIGGQYFNELDQRSLFQDHYVIYNGSIQSCKMHDLVHNLAMFVCHKEHAIVNCESKDLSEKVRHLVWDRKDFSTEIEFPKHLRKANKTRTFASIDNNGTMTKAFLDNFLSTFTLLRVLIFSDVDFDELPSSIGNLKHLRYLDLQWNGKIKFLPNSLCKLVNLQTLQLSRCDQLEKMPKDVHRLISLRFLCLTLKNKYLSEHDGFCSLTSLTFLFLNSCAELSSLTNGFGSLTSLRKLYIFNCPKLATLPSTMNQLSTLQTLSINNCHELDLLEPSEAMGGLACLDVLQLVGLPKLVCFPGSFISAATSLQYFGIGNCNGLMKLPDFIQSFTSLKKIVINGCPELSRRCAVKSGEDFHLISHVPQITIDKKTYRKITPSHPECSSGTSPGTMPMLG
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.232088 | 2.112314 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0224000 | RBH | 1.568999 | 0.896996 | 4.062720 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g12740 | RBH | 1.046281 | 0.603305 | 1.050995 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0224000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0007290 | RBH | 0.604686 | 3.999997 | 2.658848 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0007360 | RBH | 0.157657 | 1.146066 | 1.108736 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0007460 | RBH | 0.780219 | 2.720512 | 4.877185 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0007460 | RBH | 0.127573 | 0.052761 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0007280 | RBH | 3.192461 | 3.379998 | 9.190255 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0122100 | RBH | 3.3299225 | 6.1343555 | 6.492716 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0007230 | RBH | 0.266484 | 0.145174 | 0.839006 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0153000 | SBH | 0.010395 | 0.0150085 | 0.0501675 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0006920 | RBH | 0.101008 | 0.074136 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0007000 | RBH | 0.406517 | 4.995327 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0006840 | RBH | 1.437300 | 1.275666 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0007470 | RBH | 0.453395 | 0.396243 | 0.501042 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G007230 | RBH | 0.477941 | 0.772447 | 1.438232 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0007080 | RBH | 1.304348 | 6.017695 | 4.012760 |
