Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsKeNa_11g0016250		OGI:11058120 \| 15/16			KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr11:20901961-20908570		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		gggcttcctgcttaatgggccggccttgttagtcgatgggtcttctccctcccccgtgactcgacgacggcgaagggaaacccaaccccatccatccctctccttgccgccgccgtcgacccgatctccatcgctggcgacggcgagcatcgcatcgcatcgcatcgcggcggtgcccaagcgaggcaatctccccgtccgtcttccctcccggcctcggatcccggaggaggtctctcctcctcgctaggagcggcggcgggtgccgtcgtcctgctgcttcccttccgcctccggtgagcgcgccctcgaactcgccttaaccttgtcttatcctccactcgatctggaatggaagctaggttcaatctggggagtataatatctgggggttggttcaattcaactgttaggtccacccctgcaggcggcgatggcgttcttccggggcctgaccgcggtttcgaggattcgatcccgcatggtgagtagtggtgatccatcatcgatcgtccatgtcaatttttttgtgcatttgtggtgtggcgctgaaattccgtttgctcgtgttgctgccaggcacaggaggccaccacgcttggtggtgtgagatggctgcagatgcagagtccatctgatcttgtaagacaataatagtttgtttgtttctttgtttgtttgttcgtgctataaatatttgcatggttgaaattgatagttaccctctctaccttctgtggctggctacgattgaaattaagttggaaatgtgctctgaaaaagatgtttgatttgtgttcctaaatattatgctttcaggatcttaagtcccagctgcaggaattgattcccgagcaacaggtatgttttgttactcgctagcacatctaataattcgacaaagttgaaatgtttctggcatccaattccttatctttactttttttgctttagcctataatgttgccatcttcttgcttcatgcaagttgctgttactgtgtgagggcatgcttacatccaacatccaaatgttgcggattacctctcttcttcttcttcttcctctctctctctctctctctctcttgtgtaaaagctgtgctggggcatagaagcaaatgttagatgaacactgtattgaacgcattgtttcagcaccttaagaaatcccccatcactagcttggttctctgggctattgaaaatgcactacaagattgacctatcaggttattgttttcttcacaagtttagttttgcatcaagcactaataacaacattcagaatctgtatcagagaaggacctacttgcagctagctcaccagttcacttttacctaaactctatatatgagctgatttcctgtcaaagatcaggatagaaaagcacaactcactttaccattctggtacaggatcgcttaaagaaacttaaatcagaacatgggaaggtccagcttggaaacataactgttgatatggtatgattctgctatcgattatttatggataaatctattgctattgctttttaagggtgtccttaattgattgggctaaagtcttgaattgtgtttctccaggtccttggcgggatgagaggaatgattggaatgctttgggaaacatcattgcttgacccggaggaggtatacttgtaactatgtatggttctatgataccataatataaaagcagaagtgcttattttgtctatatatatcttgtaatgtgcaatagatgaaaaattaaacaaatgaatcaccatattttcatgatctccaaacaagtttctgtactaacagttgagcatgatctgttcaattcacagtaacaacgatgtaattattattcatatttgtcaatgtgaatcaagttccacaatcaactttagcacattgatttaaaggaggtacacggacaaaatagtctagatttctcatttctgaagtcactatatagtaatgtgcttcattgaaagagtgtgatgcttttatgatttatcgtttagaggtggcggttttgcttcatattttgagttagagttgtaacttagttggaatttgtgaaatttaaacgtgtatcactccatgttttgctgttggatgtaaatctctctcttttctatccagggtattcgtttcaggggtctctcgattccagagtgccagaaagtgctgccaacagcaattaaaggtggagaacctttgccggagggtctcctttggcttcttttgactggaaaggtttggcttttgcctttcttatagaatccttgttgaaatagtttgatgatctgccaataaagttccttccagaaacagggcttgttgattcagtaggagcttctttgtttacctgttatacttgtaatctcgattttcctattcttatttttgtcagcatttagctattagtgtggactgatgcgtatttgtttgtttcaggtgccaaccaaagagcaagtcgatgctctatcaaaggaattggttacccgttcgagtgttccaggtctgctattgtctctgttggtttattacattattgcttagatgagtttcacatcattatcatattttctgtttcttaaaagttcaaatatagacagataaatacagagattatggaggttttgttcctatgaagttttattctgaaagtacacataaacacaccaagtttcttataaattagtttgaaaacaattgaagctacttcattctgaatttcttatagtaatctgttagctttaaggttaaccttttcaatttccttaagattattgttgttaacttaagaacttcttacgtgtagttaaaattttaaaggcaactgtagaaagtatttttgggccagttccatttattttctctattttgactcttcatgccctctgctgatagatagagtaacttgaatttttttaacctttcctttgatattgtcataatgatatagcttatttatgtattcatctttgataagttgatttgagttcattgtgcattcaatccttagtggtagggagtactgcatataaatttggacatctataaacaccattcctttgatattgtcataatgatatagcttatttatgtattcatttttcataagttgattttgagtttattgtgcatttaatctttagtggtagggagtactgcatataaatttggacttctataaactgatagtatgttcaccacttggctactgggctcccatttgattgacatatgatatggatgcaggccatgtgtataaggcaattgatgctctccctgtaactgctcatccaatgacacagtttaccacaggggtgatggcacttcaagtaaacacttcttcttttcttgtttttaatttgtagcatatcactcccctgaaataaaaacatactctgttgccatttatttgaaagcatatttaattctcaggtgatgtatgccaaaataaattaaccaaaaccatttaaaaaatcgttaataaaagccttgtatttctctgccttttgtaattcttatttagctcttctattttaactcttattttcaggttgagagtgagtttcaaaaagcttacgacaaaggaatgccaaaatcaaagtatgcttgggatttatactgcctcaagagttgcattaattgttcaatagatttgtccatgttattgactgctctgttgctattttaataggttctgggagcctacctatgaagattgcttaaatttgatagctcgccttccaccagtggcttcgtatgtttaccggaggtagctttttttaccaatgcatccaacatctttactttccaggcaatcctgtaaattttgtaactgcaatagtaaccctattttctggttcactgaaggatcttcaaggatgggaaaactatagcagctgataatgcactggactatgcagcaaacttttcacacatgcttgggtttgatgatcccaaaatgctcgagttgatgcgactatatgtgacaatccacacgtaatgtattccatccttgttttgacttatatatttgtttcttaaagacttggtttgatttattttccctcataccttcacctgggttcttccagtgatcatgaaggtggaaatgtcagtgctcatactggacatctggtaattattgtttctttgttttcaatgttgatttttcttgttagtgttgctaacattgttttaacctgccaccggatcactgctggctgctgcatcatccttgtgcctttttatgtattgcagttttggcatgcattattgcattggattccacttcaagcctttgatttgcttcactgcgattagtatgcgctgataaaacaaagcggtaataataaaccaaactagcaattagggatgatatctttaagaaataactaggaacataactaacagctgagattttcattagttgaactgttatcctgaaggacctagacccattgactgcccatggagtctttagtccttagaaatgcgtagtgagtacattttattgtctaatagcatcaaaactatgaaattgagactatcgatctatttctgctggacgagctattgtatggctagaaaaatcctggttgtttggggtgatcctgagagctgaatttctatatccaaggtagaagtggttgtggtgatagtataaggtagcatcataatttgccacagaaaaccttgcaatctcttagctttcaagtccgtatgtttataacttatgatatactttttttttacttttgttggccattgcctatctctcatgactcatctctgggcactaacctcttcatcccatacttgtgatattcaattacaggttggaagtgctctgtcagatccttatctttcttttgcagctgcactgaatggtttagctggaccattgcacggcctggctaatcaggtatatgctcagtttgttgcactggatcttgtttgccgcatcctgctaaaaaggactcattgcgctattcaacatatgctgcagatcatttttaaatcgatttttagtttgtgtgaactgaccatagtcaacatgtaatgcaggaagtgctgttgtggatcaaatctgtaataggtgagacaggtagtgatgttacaactgatcaactcaaagagtatgtgtggaagacactaaaaagtggaaaggtagcttatctcactgttatatctatttgatgaggaagtgcatatatgatcgtgttttaactgcaaatttattttctcgggaagtttgaaatgaaaactcagctttctaagagttaattgctaagcattttgtgttatattggatctctaatgatctgcatacagttttaccttattttttgttgaacatgaattgagaatttagaattactaaggtcacagcgcattcatttgtaggttgttcctggcttcggtcatggagttctacgtaagaccgatccacgatatacatgtcagagggagtttgctttgaagtacttgcctgaggatccacttttccaactggttagtctaaaatgtctgtccaactgcatggctctcttgcagtccaactatctcattgggattcttatcgatctatatcctttcaggtctccaagttgtatgaagttgtgcctccaatcctcactgagcttggcaaggtaatgccactagattgatcatgattgctaccgttttatgtccatcttattggctaaaaagtgacaacattgtccatatttccaggtcaaaaacccatggcctaatgttgatgctcacagtggagttctgctgaaccactttggattatctgaagctcggtatgtttacctgtcctggttaaataatttagtaaccaaatttaatcttgaacccatgatggaatagtaaatgtacttcagaacgagtacttaataaaagcggccatctaattacgcaggtattacaccgtccttttcggagtttcgaggagcataggcataggatcccaggtatatttcttcccttcaactgtctacctctttcttcagatcttgtatcaaccaattctgacttgtgatacattatgtatgacagctcatttgggaccgtgctcttggtctgccgctcgaaagaccgaagagtgtcaccatggagtggctggaaaaccactgcaagaaggctgctgcttgaagctacacacgcctacaccgctgctgttaattcttctaacaattatcatcttggatgttaataactgaggataaactcgaaacgttcagccacattttaatatttttttcccaggccaataactagaggaagatgctctcgatcggctggtacatttttgtagccatcgctgttaggatgctcatatagttaatctgccattgggcaacaatgtgattagtttaagttgcttagagctttatcctttgatgaataactttttcgagccttctaagttagctcgagttaacataccagttgtggattatggcacatttcttcatttcctttctgttgttaaatttacaagtacgattcattttctttcgcctgcgccctacccactggttcatgtccagctatcagcattgtgatgtcctagtggtgcctagttggcttat More
CDS seq		atggcgttcttccggggcctgaccgcggtttcgaggattcgatcccgcatggcacaggaggccaccacgcttggtggtgtgagatggctgcagatgcagagtccatctgatcttgatcttaagtcccagctgcaggaattgattcccgagcaacaggatcgcttaaagaaacttaaatcagaacatgggaaggtccagcttggaaacataactgttgatatggtccttggcgggatgagaggaatgattggaatgctttgggaaacatcattgcttgacccggaggagggtattcgtttcaggggtctctcgattccagagtgccagaaagtgctgccaacagcaattaaaggtggagaacctttgccggagggtctcctttggcttcttttgactggaaaggtgccaaccaaagagcaagtcgatgctctatcaaaggaattggttacccgttcgagtgttccaggccatgtgtataaggcaattgatgctctccctgtaactgctcatccaatgacacagtttaccacaggggtgatggcacttcaagttgagagtgagtttcaaaaagcttacgacaaaggaatgccaaaatcaaagttctgggagcctacctatgaagattgcttaaatttgatagctcgccttccaccagtggcttcgtatgtttaccggaggatcttcaaggatgggaaaactatagcagctgataatgcactggactatgcagcaaacttttcacacatgcttgggtttgatgatcccaaaatgctcgagttgatgcgactatatgtgacaatccacactgatcatgaaggtggaaatgtcagtgctcatactggacatctggaagtgctgttgtggatcaaatctgtaataggtgagacaggtagtgatgttacaactgatcaactcaaagagtatgtgtggaagacactaaaaagtggaaaggttgttcctggcttcggtcatggagttctacgtaagaccgatccacgatatacatgtcagagggagtttgctttgaagtacttgcctgaggatccacttttccaactggtctccaagttgtatgaagttgtgcctccaatcctcactgagcttggcaaggtcaaaaacccatggcctaatgttgatgctcacagtggagttctgctgaaccactttggattatctgaagctcggtattacaccgtccttttcggagtttcgaggagcataggcataggatcccagctcatttgggaccgtgctcttggtctgccgctcgaaagaccgaagagtgtcaccatggagtggctggaaaaccactgcaagaaggctgctgcttga More
Protein seq		MAFFRGLTAVSRIRSRMAQEATTLGGVRWLQMQSPSDLDLKSQLQELIPEQQDRLKKLKSEHGKVQLGNITVDMVLGGMRGMIGMLWETSLLDPEEGIRFRGLSIPECQKVLPTAIKGGEPLPEGLLWLLLTGKVPTKEQVDALSKELVTRSSVPGHVYKAIDALPVTAHPMTQFTTGVMALQVESEFQKAYDKGMPKSKFWEPTYEDCLNLIARLPPVASYVYRRIFKDGKTIAADNALDYAANFSHMLGFDDPKMLELMRLYVTIHTDHEGGNVSAHTGHLEVLLWIKSVIGETGSDVTTDQLKEYVWKTLKSGKVVPGFGHGVLRKTDPRYTCQREFALKYLPEDPLFQLVSKLYEVVPPILTELGKVKNPWPNVDAHSGVLLNHFGLSEARYYTVLFGVSRSIGIGSQLIWDRALGLPLERPKSVTMEWLENHCKKAAA
Function		Citrate synthase 4, mitochondrial [UniProtKB/Swiss-Prot:P20115]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKeNa_11g0016250	OsKeNa_11g0016250.01	Chr11	20901961	20908570	+	NAM
CDS seq	atggcgttcttccggggcctgaccgcggtttcgaggattcgatcccgcatggcacaggaggccaccacgcttggtggtgtgagatggctgcagatgcagagtccatctgatcttgatcttaagtcccagctgcaggaattgattcccgagcaacaggatcgcttaaagaaacttaaatcagaacatgggaaggtccagcttggaaacataactgttgatatggtccttggcgggatgagaggaatgattggaatgctttgggaaacatcattgcttgacccggaggagggtattcgtttcaggggtctctcgattccagagtgccagaaagtgctgccaacagcaattaaaggtggagaacctttgccggagggtctcctttggcttcttttgactggaaaggtgccaaccaaagagcaagtcgatgctctatcaaaggaattggttacccgttcgagtgttccaggccatgtgtataaggcaattgatgctctccctgtaactgctcatccaatgacacagtttaccacaggggtgatggcacttcaagttgagagtgagtttcaaaaagcttacgacaaaggaatgccaaaatcaaagttctgggagcctacctatgaagattgcttaaatttgatagctcgccttccaccagtggcttcgtatgtttaccggaggatcttcaaggatgggaaaactatagcagctgataatgcactggactatgcagcaaacttttcacacatgcttgggtttgatgatcccaaaatgctcgagttgatgcgactatatgtgacaatccacactgatcatgaaggtggaaatgtcagtgctcatactggacatctggaagtgctgttgtggatcaaatctgtaataggtgagacaggtagtgatgttacaactgatcaactcaaagagtatgtgtggaagacactaaaaagtggaaaggttgttcctggcttcggtcatggagttctacgtaagaccgatccacgatatacatgtcagagggagtttgctttgaagtacttgcctgaggatccacttttccaactggtctccaagttgtatgaagttgtgcctccaatcctcactgagcttggcaaggtcaaaaacccatggcctaatgttgatgctcacagtggagttctgctgaaccactttggattatctgaagctcggtattacaccgtccttttcggagtttcgaggagcataggcataggatcccagctcatttgggaccgtgctcttggtctgccgctcgaaagaccgaagagtgtcaccatggagtggctggaaaaccactgcaagaaggctgctgcttga More
Protein seq	MAFFRGLTAVSRIRSRMAQEATTLGGVRWLQMQSPSDLDLKSQLQELIPEQQDRLKKLKSEHGKVQLGNITVDMVLGGMRGMIGMLWETSLLDPEEGIRFRGLSIPECQKVLPTAIKGGEPLPEGLLWLLLTGKVPTKEQVDALSKELVTRSSVPGHVYKAIDALPVTAHPMTQFTTGVMALQVESEFQKAYDKGMPKSKFWEPTYEDCLNLIARLPPVASYVYRRIFKDGKTIAADNALDYAANFSHMLGFDDPKMLELMRLYVTIHTDHEGGNVSAHTGHLEVLLWIKSVIGETGSDVTTDQLKEYVWKTLKSGKVVPGFGHGVLRKTDPRYTCQREFALKYLPEDPLFQLVSKLYEVVPPILTELGKVKNPWPNVDAHSGVLLNHFGLSEARYYTVLFGVSRSIGIGSQLIWDRALGLPLERPKSVTMEWLENHCKKAAA More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKeNa_11g0016250	OsKeNa_11g0016250.02	Chr11	20901961	20908570	+	NAM
CDS seq	atgcagagtccatctgatcttgatcttaagtcccagctgcaggaattgattcccgagcaacaggatcgcttaaagaaacttaaatcagaacatgggaaggtccagcttggaaacataactgttgatatggtccttggcgggatgagaggaatgattggaatgctttgggaaacatcattgcttgacccggaggagggtattcgtttcaggggtctctcgattccagagtgccagaaagtgctgccaacagcaattaaaggtggagaacctttgccggagggtctcctttggcttcttttgactggaaaggtgccaaccaaagagcaagtcgatgctctatcaaaggaattggttacccgttcgagtgttccaggccatgtgtataaggcaattgatgctctccctgtaactgctcatccaatgacacagtttaccacaggggtgatggcacttcaagttgagagtgagtttcaaaaagcttacgacaaaggaatgccaaaatcaaagttctgggagcctacctatgaagattgcttaaatttgatagctcgccttccaccagtggcttcgtatgtttaccggaggatcttcaaggatgggaaaactatagcagctgataatgcactggactatgcagcaaacttttcacacatgcttgggtttgatgatcccaaaatgctcgagttgatgcgactatatgtgacaatccacactgatcatgaaggtggaaatgtcagtgctcatactggacatctggaagtgctgttgtggatcaaatctgtaataggtgagacaggtagtgatgttacaactgatcaactcaaagagtatgtgtggaagacactaaaaagtggaaaggttgttcctggcttcggtcatggagttctacgtaagaccgatccacgatatacatgtcagagggagtttgctttgaagtacttgcctgaggatccacttttccaactggtctccaagttgtatgaagttgtgcctccaatcctcactgagcttggcaaggtcaaaaacccatggcctaatgttgatgctcacagtggagttctgctgaaccactttggattatctgaagctcggtattacaccgtccttttcggagtttcgaggagcataggcataggatcccagctcatttgggaccgtgctcttggtctgccgctcgaaagaccgaagagtgtcaccatggagtggctggaaaaccactgcaagaaggctgctgcttga More
Protein seq	MQSPSDLDLKSQLQELIPEQQDRLKKLKSEHGKVQLGNITVDMVLGGMRGMIGMLWETSLLDPEEGIRFRGLSIPECQKVLPTAIKGGEPLPEGLLWLLLTGKVPTKEQVDALSKELVTRSSVPGHVYKAIDALPVTAHPMTQFTTGVMALQVESEFQKAYDKGMPKSKFWEPTYEDCLNLIARLPPVASYVYRRIFKDGKTIAADNALDYAANFSHMLGFDDPKMLELMRLYVTIHTDHEGGNVSAHTGHLEVLLWIKSVIGETGSDVTTDQLKEYVWKTLKSGKVVPGFGHGVLRKTDPRYTCQREFALKYLPEDPLFQLVSKLYEVVPPILTELGKVKNPWPNVDAHSGVLLNHFGLSEARYYTVLFGVSRSIGIGSQLIWDRALGLPLERPKSVTMEWLENHCKKAAA More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKeNa_11g0016250	OsKeNa_11g0016250.03	Chr11	20901978	20908494	+	IsoSeq
CDS seq	gccggccttgttagtcgatgggtcttctccctcccccgtgactcgacgacggcgaagggaaacccaaccccatccatccctctccttgccgccgccgtcgacccgatctccatcgctggcgacggcgagcatcgcatcgcatcgcatcgcggcggtgcccaagcgaggcaatctccccgtccgtcttccctcccggcctcggatcccggaggaggtctctcctcctcgctaggagcggcggcgggtgccgtcgtcctgctgcttcccttccgcctccggtccacccctgcaggcggcgatggcgttcttccggggcctgaccgcggtttcgaggattcgatcccgcatggcacaggaggccaccacgcttggtggtgtgagatggctgcagatgcagagtcc More
Protein seq	AGLVSRWVFSLPRDSTTAKGNPTPSIPLLAAAVDPISIAGDGEHRIASHRGGAQARQSPRPSSLPASDPGGGLSSSLGAAAGAVVLLLPFRLRSTPAGGDGVLPGPDRGFEDSIPHGTGGHHAWWCEMAADAES

Event Type	Chromosome	Start	End	Strand	Alternative mRNAs	Total mRNAs	Source
SE	Chr11	20902256	20902540	+	OsKeNa_11g0016250.01,OsKeNa_11g0016250.03	OsKeNa_11g0016250.02,OsKeNa_11g0016250.03,OsKeNa_11g0016250.01	All
SE	Chr11	20906105	20907036	+	OsKeNa_11g0016250.03	OsKeNa_11g0016250.01,OsKeNa_11g0016250.02,OsKeNa_11g0016250.03	All

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.061499	0.515041	5.583245

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_11g0538900	RBH	1.318559	1.073620	8.430646
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os11g33240	RBH	0.836572	0.677473	2.036093
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os11g0538900	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_11g0016310	RBH	0.511793	7.188119	8.692750
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_02g0007270	RBH	0.636356	15.767469	23.434031
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_11g0016220	RBH	0.209006	8.031842	13.623994
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_11g0015790	SBH	0.000000	0.534949	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_11g0016240	RBH	2.237002	21.228081	32.387070
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_11G0308800	RBH	6.178944	13.5636875	7.2831805
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_11g0016500	RBH	0.196884	1.617613	2.080583
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_11G0317000	RBH	3.29926	4.238878	6.796623
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_11g0016440	RBH	0.137623	0.391795	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_11g0016430	RBH	0.497201	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_11g0016040	RBH	1.285153	12.604136	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_Ung0071590	RBH	0.000000	0.0	1.143072
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_11g0016130	RBH	0.296325	4.504160	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_11G015930	RBH	0.040852	2.319333	2.321572
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_11g0016370	RBH	1.516603	14.061145	17.000450

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