Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsKeNa_07g0001860 | OGI:07004740 | 16/16 | KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:1579508-1652089 | ||||||||
Gene Symbol | RLK, RLCK221, OsRLCK221, YK35, RLCK226, OsRLCK226, RLCK237, OsRLCK237 | ||||||||||
DNA seq | 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Function | L-type lectin-domain containing receptor kinase SIT2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XUN6] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKeNa_07g0001860 | OsKeNa_07g0001860.02 | Chr07 | 1579508 | 1614614 | - | NAM | ||
CDS seq | atgaggcatatgtacaagcgtttaattctatgccaactcatattccttggccacgaccttgcatccttcaccattgctgaggagcagttcatctactctggcttcagtcaagccaacctaagccttgatggcacagctacaataacaccagaagggctccttcagctgaccaatggcacctttaacctcaaaggtcatgcactctacccagctcctctgcaatttcgtaggcatcccactggtgacgtgcaatctttttcgctcaccttcatcttcagcatcctctctgctattcctgacaaaggtgcagatggcatggccttctttatctccacaaacaagagtttctccaacgcgctgccagcccagtatttagggatcctcaatgaccagaacaacggcaacacaagcaaccatatattcgcagttgagcttgacaccatccaaaacagtgagttccaggacatcagtgacaaccatgttggcatcaacattaatagtctccactctgtgcaatcccgggatgctggcttctatgatgacaaaaatggtgtgttcaagaacttgacgcttgttagccgtgacgtgatgcaagtgtgggttgagtatgatgcaggatccacacagattgatgtaaccttggctcccatcaaagtggctaaacctacactgccactagtctcagccatctacaatctttcaacagtgctcccaggtacagcatacattggcttctcatcagccactggggtgatcaactcaagatattatgtgcttggctggagcttcagcatgggtggaactgcttctgggattgacataaggaagctaccaaagttacctcatgttggaccaaggcctcgctcaaaggttttgaagatcattatgccagccactattgcagcatccatctttgttgcaggggctctcttagttcttcttatcacctgtgggcaaaggcctgtcaagcagaatgcacaaggtgaccgatttatgttggttgattgggtacttgagcattggcagaaaggatcgatggtggagacaatagacaagaggctacaaggaaactgcaacataaatgaggcatgccttgtgctgaaacttgggctcttgtgctcacaaccattcgctaggtcaaggcccagtatgaaccatgtcatgctatacctcaacggagacatgccacttccagagttcacgccaactgatacgagcctgaacatgctagcattgatggaaaacagaggattagacccttccggtctcatctgcctcctcctccttgccggagctagcctcgccgcgtgcaccgccggcgacggcaacgacgacgaccaccagttcgtttactcaggcttcaccggcagcaacctcaccctcgacggagccgccgtgatcacgcgcaccggccttctcgagctcaccaatggcacgctccgccagaaagcccacgccatccatccggccccgttccgcctccgcggcggctcgtcgtcgtcgtcgacggcgacggcgacggcgacggcgacacggtccttctcggcgtccttcgtgttcgccatcctatgccccgacgccgacgcctgcggccacggcatcgtcttcttcgtcgcaccggccaaccacagcttctccggcgcgttccccagccagtacatcggcctcttcaacggcagcagcgacggcgacgccgggaaccacctcgtcggcgtcgagctcgacaccgaccagaacaacgagttccgtgatatcgacggcaaccacatcggcgtcgacatcaacagcctcacctccattaactcaaccagcgccggctactacgacgacaacgacggcggcaactccggcgaccatggcttccacaacctgacgctggcgagccacggcgaggccatgcaagtgtgggtcgattacaacggcacggccaagcagatcaccgtcgccatggctcccctcaagatggccaagccttccaagccattgttgtcttctacctacgacctctccacggtgttcgtcgccgacgagccctacatggtgggcttctcgtcggcgacgggttctttcaactccagacactacgttctcggttggagcttcgccatggatggacctgctccggccatcgacatcgacaagctgcccaagctgcctcgcttcgcccccaagcacaagcccaagatggtagagataattccgccattggcgacggctacattcatcgtcgcattgggaaccgtctctgttcttctgatacggagacggatgaggtacaccgagttgcgggaagattgggaggttgagtttggaccgcatcggttctcctacaaggacttgttccgcgccacggatggattcaagagcatgaatctggttggtgtcggaggatttgggagagtatacaagggagtgcttcaatcatctaaattggagattgctgtcaagagggtatcacatgattcgaagcaaggcatgaaagagttcattgcggaggttgttagcataggtcgactacagcatcgtaatcttgttcagttacttggttattgcaggcgaaaaggtgaacttcttttggtgtatgagtatatggcgaatggaagtcttgataaacacttgtacagtgaaggtgataagcgggttacttgtgggcgaagaccaatcatgcaagttccagagggcgaacaacatgtgttggttgactgggtgctcgagcattggcacaaaggatcaataactgagatagtggatacaaagctccatggaaactataatgtagatgaggtatgtctagtactaaagcttggattattatgctcacatcctctctccaatgcaaggcccaatataaggcaagtgatgaagtacctaactggagacatggcaatgccagaactggtgccaacacaccacagctttcatacacttgcactgatgcagaaccaaggattcgactcatacattgcactctcctttcttctccatatcctgctgttccatggctttaatcttgtgctggccgtcagtgccagcgatgaccagttcgtcttctctggcttctccggtgccaacgtcaccctcgatggcacggccacggtcacagcaggcggcctccttgagctgaccaacggcacgacccagctcaaaggccatgccttcttcccagctcccttgagcttccgcgggtcactcaacggcacggtgcaatccttctcagcctcctttgtgtttgccatcctcacatcttaccccaacctgagctgccatggcatcgccttcgttgttgcgccgagcaacaatctatccacagcactggcagcacagtacatgggactcaccaacatcgacaacaatggcaacgcgagcaaccacatttttgctgcagagattgacaccatgcagaatgttgagttccaggacatcaacaacaaccatatcggtgttgacatcaatggcctccactcggtggaatcacactatgcaggctactacgacaagaatggaagcttccataacatgaatcttatcagcggcgatgttatgcaggcatgggtggattatgatggagatatcgctcaaattaacatcaccattggtccaattgatatgtctaaaccaggaaggtcactcatctctaccacatacaacctctcagatgttctcatggagccatcattcatcggattctcctctgcgacaggcccaatcaactctcggcactacattcttggttggagcttcggcatgaacaagcctgctccaaacattgatattgccaagttgccaaagctacctcgccttgccccaaagcctcaatccaaggtcttggtaatcctacttccaatagctatcgcagcattcatcctttctgtgggcatcgccatggtttttctagtacggagaagacagagatatgctgaactgcgtgaagattgggaggatgagtttggaccgcatcggttcgcatacaaggatttactccatgctactgatggattcagtgacaagcatattcttggagcgggagggtttggcagagtatacaaaggaattctcccaaaatcaaaattggaggttgctgtgaagagggtgtcccatgaatcaaggcaaggaatgaaagagtttgttgctgaggtagctagtattggcaggattcgacaccgcaacctcgtgcaactacttggttattgccggagaaagggtgagctccttttggtatatgactacatgtcaaatggcagtcttgacagatatttgcattatgaagggaacaagccggtcttggattgggttcagaagttccaaattatcaaagatgttgcatctggtttactctaccttcatgagaagtgggataaagttgtcattcaccgggatatcaaagcaagcaatgtactactcgataaagaaatgaatgcacgactcggcgattttggcctagcaaggctgtatgaccatggcactgatgcacacacaacgcatatggttggcaccatgggttaccttgcaccagagctaattcacacagggaaggcatcaactcttacagatgtttttgcatttggcacattccttctcgaggtcatatgtgggcaaaggcctattaaggaagatgcacacggaaatcaaattttgttagtcgattgggtacttgagcattggcacaatgaatccctacttgacacagttgatccaaggttacaaggtgattacaatgtggaagaggcatgccttgtgctaaagcttgggctgctctgctcacacccttctactaatgccaggccatgcatgcaacaagttgtggactaccttgaaggagatacaccagttccagaattggcatcaacacaccggaacttcaacgagctagcctcaatgagaaaaaaaggttttgacccatacatcatgtcatataatccatcatcaacggaggaagatgacatacatgtgctctgcgtggtcggagccaacgagcttctcgtcgtcgcagccagcggcaa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Protein seq | MNVRLGDFGLARLYDHGTDMQTTHLVGTIGYLAPELANTGKASPATDVFSFGIFVLEVTCRRRPIEHGMNSEYKFTLVDWVIDRWHEGSLLEAMDPKLQNNYDDDEACLALKLGLLCSHPSSIAIARPTMWHVMQYLNHDLPFPELMATDMVRNRCVDSPISYCQSVAFVRAMPVVNRWCFLPILFFISILLVIILPSLATTLGDGQFVYYGFANSNLIVDGAVTVLPEGLLELTNGTVNQKGHAFHPTPFRLRKSPNSAVQSFSASLVFGIVSPLLHASTEGMAFFLAPSSNFSDVLPAQYLGLFNYSNNGNLSNHIFAVEIDTAQNNEFMDIDGNHVGIDICDLHSATSSSAGYYDDITGSFRNLSLISGEAMQIWINYDGEATWIDVALAPFKMARPTKTLLSMSYNLSAVLTDVAYVGLSAATGQIESRHYILGWSFSMNGPAPPFFTAHLPNLPKARVDRKATQLILLPLIFPLATPTFVFLVILAIFFFVRRRLRYAELREDWEIEFGPHRFSFKDLYLATEGFKNSHLLGTGGFGRVYKGLLSKSKSQIAVKRVSHESRQGIREFVAEVVSIGRLRHRNIVQLLGYCRRKGELLLVYDYMPNGSLDNYLYGHSNRSILDWIQRFRIIKGVASGLWYLHGEWEQVVIHRDIKASNVLLDEEINARLGDFGLARLYDHGTDMQTTRLVGTIGYLAPELLQKGKASPLTDVFAFGIFVLEVTCGRRPIEHKMNSDQLKLVDWVIDCWNERSLLEAMDPKLQNEYDADEACLALKLGLLCSHQSPAARPSMWHVMQYLNHDLPFPELAPMDMVQNRQVDSPVAYCQSVVSDGTISGLSERSMKQYTLPIILFLTISISLLAISASGDHDQFIYTGFTGSNLTLDGAAKITATGLLGLTNDTFRIKGHASHPAPLRFRKSPNGTVQSFSVSFVFGILSSFGDIRGHGFAFFIAPSNDFSTAFPIQFLGLLNDINNGSSTNHLFAIELDTIRNDEFGDIDNNHVGIDINSLNSVRSSYAGFYNDNNGALTNVSLIGDKPMQVWVEYDGNATQIDVTLAPLGIGRPKRPLLSVVHNLSTVLTDQAYLGFSSSTGLSTGHHYIVLPIASAIFVLAIGVAIVLLVRRHLRYKEVREDWEVEYGPHRFAYKDLFDATKGFKNKNLVGTGGFGRVYKGVLPNSRLEVAIKRVSYESKQGIKEFVAEVVSIGHLQHRNVVKLLGYCRRKGELLLVYDYMANGSLDKYLYRQEGKPTLNWGQRFQIIKDIASGLLYLHEEWDKVVIHRDVKASNVLLDKQLNGRLGDFGLARLYDHGTDPQTTHVVGTIGYLAPELVHRGKATTLTDVFSFGIFILEVTCGQKPIKEDSQGRQLILVDWVLQNWHKGSLLDTVDIKIQGNYDIGEACLVLKLGLMCSHPFPNVRPNVRQVMQYLDGDVPLPELKPEHFSFDMLALIQKQNEANIPHMEHLSLLLPLIALALNLAITMSEDQFVYSGFSGRNLTLDGAATVTDDGVLELTNRTVHIKGHAFYPTPWQFRKTPNGTVQSFSINFVFGMIPVYSNEKCTDGMTFVISPTSDMSSAQDSQYLGLLNKTSDGKASNHIFAVELDSSQNTEFHDIDDNHVGIDINNLTSVQSRPAGFYSDNKSIFNNLSLCSYKPMQVWVDYNEDTTQIKVTMAPIEVGKPLRPLLSEIHNLSLVLEEPSYIGFSASTGPINTLYCVLGLSLGINRPAPAIDLSKLPKLPRVSPKPRTKLLEIILPIATATFILIVGTTIVLLVRRRMRYAELHEDWEAEFGPHRFSYKDLFHATDGFKNRNLLGLGGFGKVYKGVLPTSKLHVAVKRVSHDSKQGMKEFIAEIVSIGRLRHRNLVQLLGYCRRKGELLLVYEYMPNGSLDKYLYCEDSKPTLDWAQRFQIIKGVASGLFYLHDRWEKIVIHRDVKASNVLLDGEMNGRLGDFGLAKLYDHGADPQTTHVVGTMGYLAPELARTGKATPLTDVYAFGIFILEVTCGQRPIDNYADDNSQMLIDCVVEHWHKGSLTNMLDKRLLGDYDADEVCLVLKLGLLCAHPFCKSRPSMRQVMQYLDGDKPLPELMPTNLSYSMLAVMQIEGFEQYTSLPSIASSSDITSSISTHAAMNHLSYLLQFFFLFISNLSALATGEDQFIYSGFNGANLTLDGVASVTPDGLLKLTNGTLRLQGHAFHPTPFSFKKKPNGTVNSFAVSYIFAIYCLRPVICGHGIAFVVSVSKNFSTAMASQYLGLINDHNNGDPTNHFFAIELDTNQNDEFNDVNNNHVGIDINSLTSLNSSSVGYYTDSNGNFNNITLTSYKMMQVWLEYNGDNRQINVTLAPIKMAKPVKPLLSTYYDLSTVLTDMAYVGFSSSTGSFVARHYVLGWSFGINKPAPAIDISKLPKLPYEGEKTHSKVLEITLPIATATFVLAMIALIILLIRRRLRYAEIREDWEVEFGPHRFSYKDLFCATEGFKNKNLLGIGGFGRVYKGLLPTSKLEIAVKRISHDSNQGMKEFVAEIVSIGHLQHRNLVQLHGYCRRKSELILVYDYMSNGSLDKHLYGQENNSTLTWAQRFQIIKDIASGLLYLHEEWEKVILHRDIKPSNILLDDNMNGRLGDFGLARLYDHGTDPQTTHVVGTIGYLAPELARTSKATPLTDVFAFGMFVLEVTCGRKPIDHTAQDNQLMLVDWVLHCWHQGFLNDAVDIKLQGVYNIDEACLALKLGLLCAHPFINKRPSMRHVTQILNREMELPELTPTHMSFNMLSLMQNQGFDPETMTNQFLISNSTLSDLSEVRQTSHTKFFFLFLLVSFGINCASFTNTSDDQLLYLGFTSANLITDDTTVVTSNGLLELTNGTINRKGHAFYPSPLHFRKPHNNKVHSFAVSFVFAIRSSYPRMSLHGLAFVVSPSINFSNALAIQYLGLLNSKNRGSKSNHILAIEFDTILNIEFEDIDDNHVGIDINDLHSIKSHSAGYYDDRNSSFQNMSLISGDAMQAWVDYNGEDKKISVTMAPIKMAKPKRPLILISYDLSTVLKEPSYIGFSASTGLVDSRHYILGWSFGMNKPAPMINVNKLPKLPRQGPNPQPKLLAITLPIASATFVILFCGVFITIVRRRLRYVELKEDWEIEFGPHRFSYKDLFHATHGFDNKNLLGAGGFGKVYKGVLPSSKLEVAVKRVSHESRQGMKEFVAEVVSIGRIRHRNIVQLLGYCRRKGELLLVYDYMPNGSLDAYLYNNELKPTLSWDQRFRIIKGIASGLFYLHDKWEKVVIHRDIKASNVLLDTEMNGRLGDFGLARLYDHGTDLQTTHVVGTMGYLAPELVCTGKASPLTDVFAFGAFLLEVTCGQRPVNHSSQDSPGVLVDWVLEHWQKGLLTNTVDARLQGDYNIDEACFVLKLGLLCSHPFTNMRPNMQQVMQYLDGDVPLPELTQMDMSFSIISMMQDEGFNPYTLSSYPPPGTSIVRCLTEQTKEQLGSLHVSLAVSLSDKDRKGIEDYAEDSCSLASYMIRVKPGLLPVQPSPKHLCTFWHLNSLVLHKLHMENQPVLFSAVFILYVSFLGPFCASSGEESFVYSGFASTGAANLTLDGSAMVTTTGLLQLTDSMPNIQGHAFYPTPLRFKKQSNGIVQSFSVAFMFGIISPYSDASTDGMAFVVAPNKGFPDAKAAQFLGLLNISSDNSTSNHMFAVEIDTAQNTELDDIDGYHVGIDINSLHSKKSQHIGFYNDQHGGLLKNLTLTGSNCKPVQVWVDYDGETTQINVTLAPIKVTKPTRPLLSVPFNLSTVLTDQAYIGFSAATGPLTSHYYVLGWSFAMNAPAPPIEISRLPRLPCPGDNRLQKILQILLPIVAVALIFIVVMILVRRQQRYAELREDWEVEFGPHRFSYKDLFNATEGFKSKHILGVGGFGKVYKGVLRTSKLEVAVKKVSHGSNQGMKEFISEVVSIGHLRHRNLVQLLGYCRRKGELLLVYDYMPNGSLDKYLYGEDNKPVTCGRWPISNSAHHGRKMLVDWVLQHWHQGSLPETVDPKLHGIYNVDEACLVLTLGLMCSHPIPGARPIMRQVMQYLDGDAPLPEFTPATLNSSLLAIMHNEGVDPYVAQYPWSGNSLGTMTPDIFMKIMLFGLLAVLAGCSDAVDQFVYSGFTGSNLTLDGGARVTPSGLLELTNGMVRLKGHAFHPTPLHLHESPNGTVQSFSISFVFAILCDYPDSCGHGLAFFIAPSKNFASAFWTQYLGLFNNKNNGDPNNHIFAIELDTVQNDDLQDISNNHIGININSLYSMKSRDAGFYDDKSGDFKNLTLISQKAMQVWVNYDREITQINVTMAPLNVEKPVKPLLSTTYNLSTVLTDSAYIGFSSSTGTVSGKHYVLGWSFGMNSPAPSIDIAKLPRLAVVFLLSAGTTIFLCMRRNLRYAELREDWEVEYGPRRFCYKDLFDATEGFKNKHLLGTGGFGSVYKGVLPISRLDIAVKRVSHDSTQGMKEFIAEIVSIGCLQHRNLVQLLGYCRRKGELLLVYDYMPNGSLDKYLYGKEGKPTLDWTQRFQIIKGVASGLLYLHEESEKVIIHRDIKASNVLLDNDTNARIGDFGLARLYDHGTDPETTRVVGTIGYLAPELARGGKATPLTDVFAFGMFILEVTCGQKPVMQNTEDDQLVLIDWVLEHWHKGSLADTVDIKLQGEYNIDEACLALNIGLLCSHPLISVRPNMRQVVQYLNKDIPLPESMPTHLSFYVMALIQNKGFSPCTITDPSSATSFGTISSTSLSEGR
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|
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKeNa_07g0001860 | OsKeNa_07g0001860.03 | Chr07 | 1607291 | 1609560 | - | IsoSeq | ||
CDS seq | atggcacgctccgccagaaagcccacgccatccatccggccccgttccgcctccgcggcggctcgtcgtcgtcgtcgacggcgacggcgacggcgacggcgacacggtccttctcggcgtccttcgtgttcgccatcctatgccccgacgccgacgcctgcggccacggcatcgtcttcttcgtcgcaccggccaaccacagcttctccggcgcgttccccagccagtacatcggcctcttcaacggcagcagcgacggcgacgccgggaaccacctcgtcggcgtcgagctcgacaccgaccagaacaacgagttccgtgatatcgacggcaaccacatcggcgtcgacatcaacagcctcacctccattaactcaaccagcgccggctactacgacgacaacgacggcggcaactccggcgaccatggcttccaca
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|||||||
Protein seq | MARSARKPTPSIRPRSASAAARRRRRRRRRRRRRHGPSRRPSCSPSYAPTPTPAATASSSSSHRPTTASPARSPASTSASSTAAATATPGTTSSASSSTPTRTTSSVISTATTSASTSTASPPLTQPAPATTTTTTAATPATMAST |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.230921 | 0.095846 | 1.286250 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_07g0132500 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.042393 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g03810 | RBH | 0.448387 | 0.351246 | 0.213359 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os07g0130100 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0001930 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_03g0036010 | RBH | 0.116522 | 0.0 | 1.513016 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0001760 | RBH | 0.433948 | 0.0 | 0.622571 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0009360 | RBH | 0.026981 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0010410 | RBH | 6.252750 | 0.0 | 6.557066 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0026900 | RBH | 0.050517 | 0.938392 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0001950 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0024400 | RBH | 1.236949 | 0.5785255 | 1.0078525 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0001790 | RBH | 0.096715 | 0.031098 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0001950 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0001980 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_07g0002000 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0001930 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G002040 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.0 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0001990 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |