Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsKYG_12g0012940 | OGI:12048010 | 16/16 | KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr12:17520663-17530556 | ||||||||
Gene Symbol | RGA2 | ||||||||||
DNA seq | 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||||||||||
Function | Putative disease resistance protein RGA1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA42] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKYG_12g0012940 | OsKYG_12g0012940.01 | Chr12 | 17520663 | 17530556 | + | NAM | ||
CDS seq | ATGGCAGCACTGTCTGTCTTTGCTTCATCAATACTCTCAAAGGTCACTACATTTGCTGTTGAATATGCTCTCGACGACATCAAACTTGCTTGCACAGTTAGGAGTGAGATGGAAAAGCTGAGAAACTCATTGAAGGCTATTTGCGCTGTTCTTAAAGATGCTGAAAGGAAGCAATCTACATCTAGTTCACTTAAACATTGGCTGGAAAACCTCAAAGACGTTGTCTACGACATAGATGATGTTCTCGATGACGTTGGGACACGAGCATTGCAGCAGAAAGTTGGAAAAGGTGAAATCCGTACTTATTTTGCTCAACTATGCATTTTTCCTTTTGAACTGGGAAGAAAGATAAGAAGGGTTCGTGAAAGGCTAAATGAAATATCTGCACTTAAAAGAAATTTTGATTTGAAAGAAGAACCAATAGACACACCTTCAGATCGAGTTGTACAGAGAGAAACATACTCCATTGTAGATGAGCGAAAGATTGTTGGGAGAGATAAAGCTAAAAATGATATTGTGAAGGTGATTTCAGAAGCTGCTGAATCTAATTCTGATACACTGTCAGTGCTTCCACTAATTGGAATGGGAGGTGTAGGCAAGACTGCCCTAGCAAAACTGGTATTTAATGACAAACGAACCAAAGAAAAGTTTGATAAGATGCTATGGGCATGTGTAGCTAATGTGTCTGATCTTAAACATATAGTAGATATAATCATACAATCAGATAGCGGTGAAAGCAACAAGCAATTAACCCTAGAAGCACTACAAAAGAAACTTCATGAGCTTTTAGGAGATAAGAGATACTTGCTAGTGTTAGACGACATATCACATGATAACATTAATGATTGGGAAGAATTGATGAACCTGCTACCGAGTGGTAGAAGTGGAAGCATGATTTTAATCACCACACGTCTTTCAAAAATTGCATCAGTATTGAAAACCTTAGAGCCATATGAAGTGCCAAAACTTTCACATGAAGAATGCATGAAAGTATTTGCTCGATATGCATTCAAAGGAGAGAAGGCAAAGGATACTGAGTTACTAAAAATTGGAGAATCCATTGTACAGAAATGTGATGGTCTTCCTTTAGCAGTTAGGACTCTGGGATCCCTATTGTCTATGGAAGATATCTCTAAGTGGCAAGAAGTTAAGGAAACAAATATCCCAAACACAGATATCTTCTTATCCACTTTTCCAAAGGACTATGAGATTTTCAGAGAACTTTTAATAATGTATTGGATGGCAATGGGTCTGTTGAATACAGCTAGTGGAAGTAAGGAGGCAATAAGAACGGGAGAGAGATATTTTAGTGAGCTTGCAGGGAAATCTCTTTTCCAAGACTATGTTTTTAGTCATGATGGCACCATCTCACATTGTAAAATGCATAGCTTTGTTCATGACCTAGCAATATCTGTATCTCCCAATGAGCATGCAACAATTAGCTGTGAAAACTTTAGTGCCTCCAAAAGAGTTAAGCATCTTGTGTGGGACCAGAAGGAGTTCTCAAAGGACCTAAAATTTCCAAAACAACTGAGAAGGGCAGGGAAGGCAAGGACATTTGCGAGTAGGCACAACTATGGTACTATCTCTTGGCAACCTTTACACGCCTACGTCTTGGTTTTCTCTAAAGTTGAGTTTGAGGAGTTACCAAGTTCAATTGGAAATTTGAAGCACCTAAGGTACCTAGATCTGCAATGGAATATGAAGATCAAATACGTGCCCAATTCTCTGTGTAAGCTGGTGAATTTGCAAACACTTCAGCTTGCTTGGTGCAAAGAACTGGAGGAGCTGCCAAGAGATGTTAAAAAACTTGTCAGCTTGAGGTACTTAATCCTCACATCTAAGCAACATTATCTTCCTAATGATGCCCTCATGGGTTGGACTTCCATGGTATTTCTACAGATTAGTGCCTGCCCAATGTTAACATCACTGACAGAAGGATTTGGCAGCCTCAGTGTACTTCGAGAGCTATTTGTCTTTAATTGTCCAAATTTGCCCTCTCTCCCCTCTAGCATGAACCGGTTAGTCACCCTTCAGAAATTGGTGATTCATAACTGTGATGAGTTAAATTTGATGGAACCAAAGGAAGCAATGGGTGGAATGAAGAGTCTCATTGAACTTGTGGGGCTTCCAAAGTTTGAGACCTTTCCAGATAGCTTTGCATCAGCTGCTTCCACTCTTGAATACCTGAAGGTTAGTGACTGCAAAGAATTCAAGAAGTTGCCAGATTTCATCCAGAGATTTTCTTCTCTGAAGAAAATTGAGATCCCTGAAAGGCGTCAATATTCCAAAATGACTGTGCTGTCTGTCCTTGCTTCATCAATACTGTCAAAGGTCACCACGTTTGCTGTTGAATATGCTCTCGACGACATTAAATTTGCTTGGAATGTTAAGAGTGAGCTGGAAAAGTTGAAAAACTCATTGGGAGCTATTTGTGCTGTTCTGAAAGATGCAGAAAGGAAGCAATCTACACACAGTTCACTTAAGCATTGGCTTGAAAATCTCAAAGATGTTGTCTATGACATAGATGATGTTCTGGATGATGTTGGGACACGAGTGTTGCAGCAGAAAGTTAGAAAAGGTGAAATCTGTACTTATTTTGCCCAACTAACCATCTTTCCTTTTGAACTGGGAAGAAAAATAAGAAAGGTCCGTGAAAGGCTAAATGAAATAGCTGCGCTTAAAAGAGATTTTGAATTGAAAGAAGAACCAATAGACACACCTTCAGATCAATTTGCCCAGAGAGAAACACACTCCCTTATAGGCGAGCAAAATATTTTTGGAAGAGATAAAGCTAAAAATGATATTGTCAAGATGATTTCAGAAGCTGCTGAATCTAATTCTAATACCCTGTCAGTGCTTCCACTAATTGGAATGGGAGGTGTAGGCAAGACTGCCCTAGCAAAACTGGTATTTAATGATAAATCAACCAAAGATAAGTTTGATAAGATGCTATGGGCATCTGTATCTAATGCCGGTGAAAGCAATAACCAATTAACCCTAGAAGCATTAACAAAGAAACTTCATGAGCTTTTAAGGGACAAGAGATACTTGCTAGTGTTAGATGACATATCAAATGATAATGTCAACTGGGAAGAATTGATAAACCTGCTACCGAGTGGTAGAAGTGGATGCATGATTTTAATCACTACACGTCTTACAAAAATTGCATCAGAATTGAAGACATTAGAACCATACGAAGTGCCAAAACTTCCACATGAAGAATGCAGGAAAATATTTGTTCGATATGCTTTCAGAGGAGAAAAGGCGAAGGATAGAGAGTTACTAAAAATTGGAGAATCCATTGTACAGAAATGTGATGGCCTTCCTTTAGCAGCTAGAACATTGGGATCCCTATTGTTCAGAAAAGACATTTCTATGTGGCAAGAAGTAAAGGAAAATAATTTGCTGAGTACTGGGAAAGGTAAAGATGATATCTTGTCAGTATTAAAACTCAGTGATGCACTTCCATCTGATTTAAAAACTTGTTTTTCCTGGTTATCCACTTTTCCAAAGGACTATGATATTTTCAGAGAACTTATAATAATGTATTGGATGGCAATGGGTCTATTGAATCCAGCTAGTCGAACTAAGGAGGCAATAAGAGTGGGAGAGAAATACTTTAATGAGCTTGCTGGAAGATCTCTTTTCCAGGACTATGTTTTTAATCATGATGGCAGCATCTCACATTGCAAAATGCATAGCCTTGTTCATGATCTAGCAATATCTGTGTCTCAAAATGAGCATGCAATTGTTGGCTGTGAAAATTTTACTGCCACTGAAAGAGTTAAGAACCTAGTGTGGGACCACAAAGACTTCACAACAGAACTAAAATTTCCAACACAACTGAGAAGGGCAAGAAAGGCTAGGACATTTGCATGTAGGCATAACTATGGTACTGTGAGCAAATCCTTTCTTGAAGATCTCTTAGCAACCTTCACACTCCTAAGAGTCTTGGTTTTCTCTGAAGTTGAGTTTGAGGAGTTACCAAGTTCAATTGGAAATTTGAAGCACCTAAGGTACCTAGACCTTCAATGGAATATGAAGATAAAATTCCTACCCAATTCCCTGTGTAAGCTGGTGAATTTACAAACACTTCAACTCGCTTGGTGCAAAGAACTGGAGGAGCTGCCAAAAGATGTGAAAAGACTTGTCAGCTTGAGGTACTTGATTCTCACATCTAAGCAACAATATTTACCTAAAGATGCCCTTGGTGGTTGGACTTCCATGGTATTTCTACAGATTAATGCCTGCCCAATGTTGACATCACTAACAGAAGGATTTGGCAGCCTCAGTGCACTCAGAGAGCTATTTGTCTTTAATTGTCCAAAGTTGCCATCTCTCCCCTCCAGCATGAACCGGCTTGTCACCCTTCAGAAATTGGTGATTCATAACTGTGATGAGTTAGATTTGATGGAATCAGAGGAAGCAATGGGTGGGCTGAATAGTCTCGAATCAATTGAACTTGCAGGACTTCCCAAGTTTAAGACCTTTCCAGATAGCTTTGCATCAGCTTCTTCCTCTCTTCAATACCTGAAGGTTAGTGACTGCCCACAATTCGAGGAGTTGCCAGATTTCATTAAGAGATTCTCCTCTCTGAAGAAAATTGAGATCCCTAAAAGCCGTGCACCTTCCCCTTCCACTGGAACCTGGGCATAG
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Protein seq | MAALSVFASSILSKVTTFAVEYALDDIKLACTVRSEMEKLRNSLKAICAVLKDAERKQSTSSSLKHWLENLKDVVYDIDDVLDDVGTRALQQKVGKGEIRTYFAQLCIFPFELGRKIRRVRERLNEISALKRNFDLKEEPIDTPSDRVVQRETYSIVDERKIVGRDKAKNDIVKVISEAAESNSDTLSVLPLIGMGGVGKTALAKLVFNDKRTKEKFDKMLWACVANVSDLKHIVDIIIQSDSGESNKQLTLEALQKKLHELLGDKRYLLVLDDISHDNINDWEELMNLLPSGRSGSMILITTRLSKIASVLKTLEPYEVPKLSHEECMKVFARYAFKGEKAKDTELLKIGESIVQKCDGLPLAVRTLGSLLSMEDISKWQEVKETNIPNTDIFLSTFPKDYEIFRELLIMYWMAMGLLNTASGSKEAIRTGERYFSELAGKSLFQDYVFSHDGTISHCKMHSFVHDLAISVSPNEHATISCENFSASKRVKHLVWDQKEFSKDLKFPKQLRRAGKARTFASRHNYGTISWQPLHAYVLVFSKVEFEELPSSIGNLKHLRYLDLQWNMKIKYVPNSLCKLVNLQTLQLAWCKELEELPRDVKKLVSLRYLILTSKQHYLPNDALMGWTSMVFLQISACPMLTSLTEGFGSLSVLRELFVFNCPNLPSLPSSMNRLVTLQKLVIHNCDELNLMEPKEAMGGMKSLIELVGLPKFETFPDSFASAASTLEYLKVSDCKEFKKLPDFIQRFSSLKKIEIPERRQYSKMTVLSVLASSILSKVTTFAVEYALDDIKFAWNVKSELEKLKNSLGAICAVLKDAERKQSTHSSLKHWLENLKDVVYDIDDVLDDVGTRVLQQKVRKGEICTYFAQLTIFPFELGRKIRKVRERLNEIAALKRDFELKEEPIDTPSDQFAQRETHSLIGEQNIFGRDKAKNDIVKMISEAAESNSNTLSVLPLIGMGGVGKTALAKLVFNDKSTKDKFDKMLWASVSNAGESNNQLTLEALTKKLHELLRDKRYLLVLDDISNDNVNWEELINLLPSGRSGCMILITTRLTKIASELKTLEPYEVPKLPHEECRKIFVRYAFRGEKAKDRELLKIGESIVQKCDGLPLAARTLGSLLFRKDISMWQEVKENNLLSTGKGKDDILSVLKLSDALPSDLKTCFSWLSTFPKDYDIFRELIIMYWMAMGLLNPASRTKEAIRVGEKYFNELAGRSLFQDYVFNHDGSISHCKMHSLVHDLAISVSQNEHAIVGCENFTATERVKNLVWDHKDFTTELKFPTQLRRARKARTFACRHNYGTVSKSFLEDLLATFTLLRVLVFSEVEFEELPSSIGNLKHLRYLDLQWNMKIKFLPNSLCKLVNLQTLQLAWCKELEELPKDVKRLVSLRYLILTSKQQYLPKDALGGWTSMVFLQINACPMLTSLTEGFGSLSALRELFVFNCPKLPSLPSSMNRLVTLQKLVIHNCDELDLMESEEAMGGLNSLESIELAGLPKFKTFPDSFASASSSLQYLKVSDCPQFEELPDFIKRFSSLKKIEIPKSRAPSPSTGTWA
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|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.0 | 0.0 | None |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_12g0489800 | SBH | 0.071512 | 0.0 | 0.173627 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os12g29280 | RBH | 0.137758 | 0.0 | 0.063871 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os12g0489800 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0013040 | RBH | 0.245534 | 3.250876 | 1.154927 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_12g0013160 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.000000 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0013080 | SBH | 0.164126 | 4.344239 | 5.772913 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_12g0012830 | SBH | 0.059502 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_12g0012560 | SBH | 0.655090 | 1.292716 | 1.410530 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_12G0241700 | SBH | 1.1415525 | 5.387933 | 0.916849 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_12g0012750 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.096704 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_12G0261000 | RBH | 0.427013 | 3.092329 | 3.2352155 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_12g0012580 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_12g0012980 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_12g0012800 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_12g0012710 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.132076 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_12g0012990 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_12G012680 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.173978 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_12g0012560 | SBH | 0.099196 | 3.278061 | 0.491494 |